View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13622_low_4 (Length: 660)

Name: NF13622_low_4
Description: NF13622
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13622_low_4
NF13622_low_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-643)||(22512397-22513031)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 587; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 643
Target Start/End: Original strand, 22512397 - 22513031
Alignment:
Q  9 caccagtgcccggaccggcagttactcattatggtgacagaggaagacgacgaagaggaggttgaggctcaagctttagtagctgcaatggaggaagaaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22512397 caccagtgcccggaccggcagttacgcattatggtgacagaggaagacgacgaagaggaggttgaggctcaagctttagtagctgcaacggaggaagaaa 22512496  T
Q  109 atgaggacgaaggtgatttcagtgagatgagttggagcgggcttatgacagaggagaagcaaaggttacgcacgatgaaattaaaggggtgtgtaggagg 208  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22512497 atgaggacgaaggtgatttgagtgtgatgagtttgagcggtcttatgacagagaagtggcaaaggttacacacgatgaaattaaaggggtgtgtaggagg 22512596  T
Q  209 gcttcccatacttatgcttgttgatagtagggcaactcaatttcatcttcaagaaattggtagaggccatgggttgggagacagaagccacagcgcccct 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22512597 gcttcccatacttatgcttgttgatagtagggcaactcaatttcatcttcaagaaattggtagaggccatgggttgggagacagaagccacagcgcccct 22512696  T
Q  309 gcaagtgaaaataggggagggatacaaggctcaaactcaaggggaatgcaagaatattgaagtggaaattggtggcctcaaacaaatcaataatgcttgg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22512697 gcaagtgaaaataggggagggatacaaggctcaaactcaaggggaatgcaagaatattgaagtggaaattggtggcctcaaacaaatcaataatgcttgg 22512796  T
Q  409 cttttttatttgggcggcattgatttaatgttgggaataacgtggttgacgaagattgaaggaatgtgggttgactgggtacagcagcttatgcgtttca 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22512797 cttttttatttgggcggcattgatttaatgttgggaatagcgtggttgacgaagattggaggaatgtgggttgactgggtacagcagcttatgcgtttca 22512896  T
Q  509 agctaaatggagaatgggtagagctgaagggccaaggtgatgatgtaagtcgacagggggctctgcagaatttgttgtcacggcctaggcaggagatagt 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22512897 agctaaatggagaatgggtagagctgaagggccaaggtgatgatgtaagtcgacagggggctctgcagaatttgttgtcacggcctaggcaggagatagt 22512996  T
Q  609 ggggctgtttgtgacaattgggggtacaattgttg 643  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22512997 ggggctgtttgtgacaattgggggtacaattgttg 22513031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University