View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1362_low_1 (Length: 827)

Name: NF1362_low_1
Description: NF1362
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1362_low_1
NF1362_low_1
[»] chr4 (55 HSPs)
chr4 (7-799)||(27430655-27431443)
chr4 (395-700)||(27444685-27444990)
chr4 (443-693)||(27554260-27554509)
chr4 (476-733)||(27557400-27557657)
chr4 (466-683)||(27526074-27526291)
chr4 (468-662)||(27498397-27498591)
chr4 (468-660)||(27501301-27501493)
chr4 (466-663)||(27513738-27513935)
chr4 (474-660)||(27486967-27487153)
chr4 (482-683)||(27505680-27505881)
chr4 (474-660)||(27523373-27523559)
chr4 (474-683)||(27479862-27480071)
chr4 (475-660)||(27516580-27516765)
chr4 (466-683)||(27473853-27474070)
chr4 (491-666)||(17970277-17970452)
chr4 (504-663)||(27425793-27425952)
chr4 (482-660)||(27469444-27469622)
chr4 (474-660)||(27476671-27476857)
chr4 (504-662)||(27412652-27412804)
chr4 (497-665)||(27415603-27415768)
chr4 (451-665)||(27502754-27502968)
chr4 (497-663)||(27414297-27414463)
chr4 (503-645)||(27424513-27424655)
chr4 (504-602)||(27503964-27504062)
chr4 (488-633)||(27460489-27460634)
chr4 (504-665)||(27570049-27570210)
chr4 (504-660)||(27485943-27486099)
chr4 (504-660)||(27497322-27497478)
chr4 (487-683)||(27500321-27500517)
chr4 (504-660)||(27506682-27506838)
chr4 (505-660)||(27478884-27479039)
chr4 (503-617)||(27411455-27411569)
chr4 (466-660)||(27466805-27466999)
chr4 (482-576)||(27502113-27502207)
chr4 (487-617)||(27567282-27567412)
chr4 (497-621)||(27585711-27585835)
chr4 (497-645)||(27421924-27422076)
chr4 (504-663)||(27563346-27563505)
chr4 (504-602)||(27468327-27468425)
chr4 (504-602)||(27524566-27524664)
chr4 (487-645)||(27556362-27556520)
chr4 (505-602)||(27475580-27475677)
chr4 (497-602)||(27514933-27515038)
chr4 (504-680)||(27420372-27420548)
chr4 (508-600)||(27490004-27490096)
chr4 (550-613)||(27423253-27423316)
chr4 (509-600)||(27508896-27508987)
chr4 (466-645)||(27571622-27571801)
chr4 (451-626)||(27507760-27507935)
chr4 (487-645)||(27419054-27419212)
chr4 (219-362)||(27444508-27444642)
chr4 (530-660)||(27527145-27527275)
chr4 (487-645)||(27559223-27559381)
chr4 (506-663)||(27565953-27566110)
chr4 (78-185)||(27557966-27558073)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (473-688)||(55084742-55084957)
chr3 (474-667)||(38028736-38028929)
chr3 (474-667)||(38040051-38040244)
chr3 (473-667)||(50909937-50910131)
chr3 (474-667)||(38036763-38036956)
chr3 (473-666)||(50904761-50904954)
chr3 (488-688)||(50911853-50912053)
chr3 (473-688)||(38024844-38025059)
chr3 (473-688)||(38031296-38031511)
chr3 (473-667)||(38033744-38033942)
chr3 (504-666)||(38043881-38044043)
chr3 (488-665)||(48840696-48840872)
chr3 (568-660)||(50913480-50913572)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (474-667)||(21604724-21604917)
chr8 (473-688)||(21607265-21607480)
chr8 (488-579)||(21634608-21634699)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (468-661)||(1754206-1754398)
chr5 (504-665)||(1756757-1756918)
chr5 (474-626)||(1759266-1759422)
chr5 (475-613)||(1754719-1754857)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (491-666)||(3073547-3073722)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 55)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 799
Target Start/End: Original strand, 27430655 - 27431443
Alignment:
Q  7 tccaataatatcaaagcaacaaagttcttttaataaatatatactgagtcctaagattgccattatgtaaaggttacttaacaatccaacaaatcaatta 106  Q
    ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  27430655 tccaacaaaatcaaagcaacagagttcttttaataaatatatactgagtcctaagattgcgattgcgtaaaggttacttaacaatccaacaaatctatta 27430754  T
Q  107 ctgatccaaaaccagtagaaactcccagatggttttgaaataaaacatattttcatcgttcatagtaaagtaaaatttgnnnnnnncgtgaattatggaa 206  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||    
T  27430755 ctgatccaaaaccagtagagactcccagatggttttgaaataaaacatattttcgtcgttcatagtaaagtaaaatttgtttttttcgtgaattatggaa 27430854  T
Q  207 taggnnnnnnnctaagcatatgcaagtcaaataagtctcttcgtattatatttctgcgtataagtttaatttgcaatacaaattaactgaaaagtttcct 306  Q
    ||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27430855 taggaaaaaaactaagcatatgcaagtcaaataagtctcttcgtattatatttctgcgtataagtttaatttgcaatacaaattaactgaaaagtttcct 27430954  T
Q  307 aagcaagtcataatctctttgtttatatataatcacctgactcagttgtttttctannnnnnnnnnncatttacataaggtagactaagtaagtgcctgc 406  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    || ||||||||| ||||||||||||           |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27430955 aagcaagtcataatctctctgtttata----ataacctgactcggttgtttttctattttttttcttcatttaaataaggtagactaagtaagtgcctgc 27431050  T
Q  407 tgtacaatttttcctcaaataatctatttcatttccttcttctgaagatgttagcacagattcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27431051 tgtacaatttttcctcaaataatctatttcagttccttcttctgaagatgttagcacagattcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgc 27431150  T
Q  507 aaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgg 606  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27431151 aaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgg 27431250  T
Q  607 gatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacattttgaagatgcttggtttgaagccctttttgag 706  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27431251 gatcacaaacctcttcatttcatccccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgtgcattttgaagatgcttggtttgaagccctttttgag 27431350  T
Q  707 acaacaggtaatcggaaacccattcttgtatatatgtgtttttaaaagaagatattgagctaagagtgaaagacttgtgtataagaagattgt 799  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27431351 acaacaggtaatcggaaacccattcttgtatatatgtgtttttaaaagaagatattgagctaagagtgaaagacttgtgtataagaagattgt 27431443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 395 - 700
Target Start/End: Original strand, 27444685 - 27444990
Alignment:
Q  395 gtaagtgcctgctgtacaatttttcctcaaataatctatttcatttccttcttctgaagatgttagcacagattcaaacgagaagtaatatttaagaaaa 494  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27444685 gtaagtgccttctgtacaattttgcctaaaataatctatgtcagttccttcatctgaagatattagcacagattcaaacgagaagtaatatctaagaaaa 27444784  T
Q  495 cgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaa 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||    
T  27444785 cgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaa 27444884  T
Q  595 gtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacattttgaagatgcttggtttgaa 694  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | | | ||||||||||| |||||||| |    
T  27444885 gtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgca 27444984  T
Q  695 gccctt 700  Q
    ||||||    
T  27444985 gccctt 27444990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 443 - 693
Target Start/End: Complemental strand, 27554509 - 27554260
Alignment:
Q  443 ttcttctgaagatgttagcacagattcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatc 542  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  27554509 ttcttctgaagg-gttagcacagattcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctacaaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatc 27554411  T
Q  543 caaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatac 642  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| || |||||| | ||  | || ||||  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  27554410 caaattgttcctcagcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattgatatcacaaaccgcttcatttcctctccaacatatac 27554311  T
Q  643 tgcaatatatccctttggcacattcgcacattttgaagatgcttggtttga 693  Q
    |||||  |||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||||    
T  27554310 tgcaaggtatccctttggcacatccactccttttgaagatgcttggtttga 27554260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 476 - 733
Target Start/End: Complemental strand, 27557657 - 27557400
Alignment:
Q  476 gaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattctt 575  Q
    ||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  27557657 gaagtgatatctaagaaaacatcttctctgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattctt 27557558  T
Q  576 gaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacattt 675  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| | |||  ||    
T  27557557 gaaatgatggttggtttaagtatgacattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatatccccttggcacatccacaccctt 27557458  T
Q  676 tgaagatgcttggtttgaagccctttttgagacaacaggtaatcggaaacccattctt 733  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |   || ||||||||| || ||||||||||||    
T  27557457 tgaagatgcttggtttgatgcccttctgatgataacaggtaaacgaaaacccattctt 27557400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 466 - 683
Target Start/End: Original strand, 27526074 - 27526291
Alignment:
Q  466 attcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattc 565  Q
    ||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  ||    
T  27526074 attcaaacgagaagtgatctctaagaaaacgtcttctctgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctc 27526173  T
Q  566 aacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacat 665  Q
    ||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| | |||||||||||| ||||    
T  27526174 aacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttggaacat 27526273  T
Q  666 tcgcacattttgaagatg 683  Q
       ||| |||||||||||    
T  27526274 cgacaccttttgaagatg 27526291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 468 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 27498591 - 27498397
Alignment:
Q  468 tcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaa 567  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  27498591 tcaaacgagaagtgatatctaagaacatgtcttctccgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaa 27498492  T
Q  568 caattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggca 662  Q
    ||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  27498491 caagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatatagggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttggca 27498397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 468 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 27501493 - 27501301
Alignment:
Q  468 tcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaa 567  Q
    |||||| |||||| |||| |||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  27501493 tcaaacaagaagtgatatctaagaacatgtcttctctacaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaa 27501394  T
Q  568 caattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    ||| ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||    
T  27501393 caagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttgg 27501301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 466 - 663
Target Start/End: Original strand, 27513738 - 27513935
Alignment:
Q  466 attcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattc 565  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| || ||||||| || ||||| |||    
T  27513738 attcaagcgagaagtgatatctaagaatacttcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttc 27513837  T
Q  566 aacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcac 663  Q
    ||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||    
T  27513838 aacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatatccttttggcac 27513935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 474 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 27487153 - 27486967
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| |||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  27487153 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttctttgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattc 27487054  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    |||||| || |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||  ||||| || || ||||| | ||||||||||||    
T  27487053 ttgaaacgatggttggtttaagtatgataaagggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttgg 27486967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 482 - 683
Target Start/End: Original strand, 27505680 - 27505881
Alignment:
Q  482 atatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatg 581  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  27505680 atatctaagaaaatctcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatg 27505779  T
Q  582 acggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacattttgaaga 681  Q
    | | |||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||  ||||| || || ||||| | ||| ||||||||||| | |  || |||||||||    
T  27505780 aggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttggcacctccaaaccttttgaaga 27505879  T
Q  682 tg 683  Q
    ||    
T  27505880 tg 27505881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 474 - 660
Target Start/End: Original strand, 27523373 - 27523559
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||    
T  27523373 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttctttgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 27523472  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    ||| ||||| | ||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||  ||||| || || ||||| | ||| ||||||||    
T  27523473 ttggaatgaagtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatagccctttgg 27523559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 474 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 27480071 - 27479862
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| |     
T  27480071 gagaattaatatctaagaaaatgtcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaactt 27479972  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacat 673  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||||  || |||||||| | ||||||||  ||||| || |||||||| | ||| || |||||||| | |  || |    
T  27479971 ttggaatgatgtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaacgcttcattttctctcctacgtatactgctagatagccttttggcacgtccaaacct 27479872  T
Q  674 tttgaagatg 683  Q
    ||||||||||    
T  27479871 tttgaagatg 27479862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 475 - 660
Target Start/End: Original strand, 27516580 - 27516765
Alignment:
Q  475 agaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattct 574  Q
    |||||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  27516580 agaagtgatatctaagaaaacttcttctttgcaaggaatagtgagaccccccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattct 27516679  T
Q  575 tgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    || |||||   ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||| ||||| || || | ||||||||||||    
T  27516680 tggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatgtcctttcctacatacacagctagatatccctttgg 27516765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 466 - 683
Target Start/End: Complemental strand, 27474070 - 27473853
Alignment:
Q  466 attcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattc 565  Q
    |||||| |||||||| || | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||   |||  ||    
T  27474070 attcaagcgagaagtgatgtctaagaaaacgtcttctccgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctc 27473971  T
Q  566 aacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacat 665  Q
    | ||||||||| |||||   ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| || || || || | |||||||||||| |||     
T  27473970 agcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatctcctctcctacgtacacagctagatatccctttggaacac 27473871  T
Q  666 tcgcacattttgaagatg 683  Q
     | || ||||||||||||    
T  27473870 ccacagattttgaagatg 27473853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 491 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 17970452 - 17970277
Alignment:
Q  491 aaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggt 590  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||| |||| |||||| ||  || ||| ||| | ||||||||| | |||||    
T  17970452 aaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggt 17970353  T
Q  591 tcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacatt 666  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||    
T  17970352 tcaagtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcacatt 17970277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 504 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 27425952 - 27425793
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| | ||||||   |||| |||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27425952 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 27425853  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcac 663  Q
    |||||||||| ||| |||   ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27425852 tgggatcacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcac 27425793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 482 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 27469622 - 27469444
Alignment:
Q  482 atatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatg 581  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| |||||||||| || |||||  |||||| |||||| ||||    
T  27469622 atatctaagaaaatttcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatg 27469523  T
Q  582 acggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    | | ||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||  ||||| || || ||||| | ||||||||||||    
T  27469522 atgtttgcttcaaatatgatatagggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttgg 27469444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 474 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 27476857 - 27476671
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    |||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||   |||  ||| || |||    
T  27476857 gagaggtaatatccaagaaaatgtcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttc 27476758  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    ||| ||||| | |||||||||||||||||  || |||||||||| ||||||||  || |||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  27476757 ttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctcaccaacatacactgctagatatccctttgg 27476671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 504 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 27412804 - 27412652
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| | ||| || |||||| |||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  27412804 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 27412705  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggca 662  Q
    ||||||||||||||  |||      ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  27412704 tgggatcacaaaccgtttc------tctccaacatacacggcaatatatccctttggca 27412652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 497 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 27415768 - 27415603
Alignment:
Q  497 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagt 596  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||  | | ||| ||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||    
T  27415768 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagt 27415669  T
Q  597 atgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacat 665  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||   |||  | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  27415668 atgatatggggatcacaaatcgct---tttgttttccaacatacactgcaagatatccctttggcacat 27415603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 451 - 665
Target Start/End: Original strand, 27502754 - 27502968
Alignment:
Q  451 aagatgttagcacagattcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgt 550  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||| |||| || |||||  ||||||   |||||||| || ||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  27502754 aagatgttagcacctactcaagcgagaagtgatatctacgaaaaaatcttcttcacaaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattct 27502853  T
Q  551 tcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatat 650  Q
    ||| | |||||  ||| ||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| |  ||||| ||||| || |||| ||    
T  27502854 tccacagcttggctcagcaagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattggaatcacaaaccgcttcatcttctctcctacataaacggcaagat 27502953  T
Q  651 atccctttggcacat 665  Q
    |||| ||||||||||    
T  27502954 atccttttggcacat 27502968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 497 - 663
Target Start/End: Original strand, 27414297 - 27414463
Alignment:
Q  497 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagt 596  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| || | |||||| |  |||||||||||||| |||||||||||||    
T  27414297 tcttcactgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagt 27414396  T
Q  597 atgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcac 663  Q
    ||||||  || ||||||||||   ||||||  |||||||| || ||||||| ||| || ||||||||    
T  27414397 atgatacaggaatcacaaaccgtctcattttatctccaacgtagactgcaagatagccttttggcac 27414463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 503 - 645
Target Start/End: Original strand, 27424513 - 27424655
Alignment:
Q  503 ctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgata 602  Q
    ||||| ||||| || ||||||||  ||||||| ||||||||| ||| ||| || | |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27424513 ctgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27424612  T
Q  603 ttgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgc 645  Q
     ||| |||||||||| | ||||||  ||||||||||| |||||    
T  27424613 ctggaatcacaaaccgcctcatttgatctccaacatagactgc 27424655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 504 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 27504062 - 27503964
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgata 602  Q
    |||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27504062 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 488 - 633
Target Start/End: Complemental strand, 27460634 - 27460489
Alignment:
Q  488 aagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggtt 587  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||   |||  ||| ||||||||| |||||   ||    
T  27460634 aagaaaatgtcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatgattttt 27460535  T
Q  588 ggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctcc 633  Q
    | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  27460534 gcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatgtcctctcc 27460489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 504 - 665
Target Start/End: Original strand, 27570049 - 27570210
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| |||||||| || | |||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||     
T  27570049 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 27570148  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacat 665  Q
     ||||||||| ||| | ||  ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27570149 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacat 27570210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 504 - 660
Target Start/End: Original strand, 27485943 - 27486099
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||    
T  27485943 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 27486042  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    |||||  ||||||| ||||  ||  ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27486043 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27486099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 504 - 660
Target Start/End: Original strand, 27497322 - 27497478
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| |||||| ||||||| | ||||||  | |||||||| |||||||| ||    
T  27497322 tgcaaggaatggtgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagat 27497421  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
     ||||||||||||| |||   ||  ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27497422 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27497478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 487 - 683
Target Start/End: Original strand, 27500321 - 27500517
Alignment:
Q  487 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggt 586  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||  |||||||||||||||| || ||||| || | |||  ||| ||||||||| |||||   |    
T  27500321 taagaaaaggtcttctctgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaactt 27500420  T
Q  587 tggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacattttgaagatg 683  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||||||||  ||||| || || ||||| | |||||| ||||| || | | || ||||||||||||    
T  27500421 tggtttaagtatgatatagggatcacaaatcgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccttttggtacgtccacagattttgaagatg 27500517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 504 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 27506838 - 27506682
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||  | |||||||| |||||||||||    
T  27506838 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatat 27506739  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    |||||||||||||| | ||  ||  ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27506738 tgggatcacaaaccgcgtctgtttctctccgacatatactgcaacatagccctttgg 27506682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 505 - 660
Target Start/End: Original strand, 27478884 - 27479039
Alignment:
Q  505 gcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatatt 604  Q
    ||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||  | ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||    
T  27478884 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 27478983  T
Q  605 gggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    ||||  ||||||| ||||  ||  ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||    
T  27478984 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27479039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 503 - 617
Target Start/End: Original strand, 27411455 - 27411569
Alignment:
Q  503 ctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgata 602  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||||| ||| || |||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  27411455 ctgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27411554  T
Q  603 ttgggatcacaaacc 617  Q
     ||| ||||| ||||    
T  27411555 ctggaatcacgaacc 27411569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 466 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 27466999 - 27466805
Alignment:
Q  466 attcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattc 565  Q
    |||||| | |||||| || | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||   |||  ||    
T  27466999 attcaagctagaagtgatgtctaagaaaacttcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctc 27466900  T
Q  566 aacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    | || |||||| ||| |   ||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||| || || ||||| | ||||||||||||    
T  27466899 agcagttcttggaataatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatctcctttcctacgtacactgctagatatccctttgg 27466805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 482 - 576
Target Start/End: Original strand, 27502113 - 27502207
Alignment:
Q  482 atatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttg 576  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  27502113 atatctaagaaaatgtcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttg 27502207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 487 - 617
Target Start/End: Complemental strand, 27567412 - 27567282
Alignment:
Q  487 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggt 586  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||| ||| || | |||||| |  ||||||||||| || |||    
T  27567412 taagaaagcatcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatggt 27567313  T
Q  587 tggttcaagtatgatattgggatcacaaacc 617  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  27567312 tggttcaagtatgatactggaatcacgaacc 27567282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 497 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 27585835 - 27585711
Alignment:
Q  497 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagt 596  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||| ||| ||| ||||||||  | |||||||||||||    
T  27585835 tcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcatcaaatcttgaaacaatggttggttcaagt 27585736  T
Q  597 atgatattgggatcacaaacctctt 621  Q
    ||||||  ||||||||||| |||||    
T  27585735 atgatacggggatcacaaatctctt 27585711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 497 - 645
Target Start/End: Original strand, 27421924 - 27422076
Alignment:
Q  497 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcat----atccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttc 592  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |    ||||||||| ||| || |||||||| |  |||||||||||| | |||||||||    
T  27421924 tcttcactgcaaggaattgtgagaccacccgttggatgatcgtatccatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaataatggttggttc 27422023  T
Q  593 aagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgc 645  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||  ||||||   ||||||||||| |||||    
T  27422024 aagtatgatactggaatcacgaaccgtttcattctatctccaacatagactgc 27422076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 504 - 663
Target Start/End: Original strand, 27563346 - 27563505
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||| ||| ||| ||||||||  | | |||||||||||||||||     
T  27563346 tgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatac 27563445  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcac 663  Q
     ||||||||||  |||||   ||  |||||||| || ||||||| ||| |||||||||||    
T  27563446 ggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagccctttggcac 27563505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 504 - 602
Target Start/End: Original strand, 27468327 - 27468425
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgata 602  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  27468327 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgata 27468425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 504 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 27524664 - 27524566
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgata 602  Q
    |||| ||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  27524664 tgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 51; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 487 - 645
Target Start/End: Original strand, 27556362 - 27556520
Alignment:
Q  487 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggt 586  Q
    ||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||  | | ||| ||||||||||||| ||| || |||||||  |  |||||||||||||| |||    
T  27556362 taagaaagcatcttcactgcatggaattgtgagaccacccatagaatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatgtagtaattcttgaaatgaaggt 27556461  T
Q  587 tggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgc 645  Q
    ||||||||  |||| || || |||||||| | ||||||||  ||||||||||| |||||    
T  27556462 tggttcaataatgaaatgggaatcacaaatcgcttcattttttctccaacataaactgc 27556520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 505 - 602
Target Start/End: Original strand, 27475580 - 27475677
Alignment:
Q  505 gcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgata 602  Q
    ||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27475580 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 497 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 27515038 - 27514933
Alignment:
Q  497 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagt 596  Q
    |||||| | |||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||    
T  27515038 tcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagt 27514939  T
Q  597 atgata 602  Q
    ||||||    
T  27514938 atgata 27514933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 504 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 27420548 - 27420372
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||||||||| | ||||||  ||||| ||| |||  |||||||||| |||||| ||||||||||||     
T  27420548 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatac 27420449  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacattttgaag 680  Q
     ||||| | | ||| | ||  ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  27420448 ggggattaaataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagattttgaag 27420372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 508 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 27490096 - 27490004
Alignment:
Q  508 aggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatga 600  Q
    |||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  27490096 aggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatggtttgtttaagtatga 27490004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 550 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 27423316 - 27423253
Alignment:
Q  550 ttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcaca 613  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27423316 ttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgatatgcggatcaca 27423253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 509 - 600
Target Start/End: Complemental strand, 27508987 - 27508896
Alignment:
Q  509 ggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatga 600  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27508987 ggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatga 27508896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 466 - 645
Target Start/End: Complemental strand, 27571801 - 27571622
Alignment:
Q  466 attcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattc 565  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||  | || || | |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| || | ||||||     
T  27571801 attcaagcgagaagtaagatttaggaattcatcctcgccgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgattt 27571702  T
Q  566 aacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgc 645  Q
    |  ||||||||||| || || ||| |||| ||||||| ||| ||||| |||| | |||||   ||||||||||| |||||    
T  27571701 agtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatactggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgc 27571622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 451 - 626
Target Start/End: Original strand, 27507760 - 27507935
Alignment:
Q  451 aagatgttagcacagattcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgt 550  Q
    |||||||||||||  | |||| |||||||| |||| ||||||||  ||||||   ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
T  27507760 aagatgttagcacctactcaagcgagaagtgatatctaagaaaagatcttcttcacaaggaattgtaagaccacccattggatggtcatatccaaattct 27507859  T
Q  551 tcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcattt 626  Q
    ||  | || ||  | | ||| ||||||| ||| | ||| ||||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||    
T  27507860 tcgacagcctggctgagcaactcttgaagtgaagtttgattcaaatatgacattggaattacaaaccgcttcattt 27507935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 487 - 645
Target Start/End: Original strand, 27419054 - 27419212
Alignment:
Q  487 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggt 586  Q
    ||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||| || | |||||| |  ||||||||||| || ||     
T  27419054 taagaaagcatcttcaccgcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggc 27419153  T
Q  587 tggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgc 645  Q
    ||| |||| ||||||| ||| ||||| |||| | |||||   ||||||||||| |||||    
T  27419154 tggctcaaatatgatactggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgc 27419212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 219 - 362
Target Start/End: Original strand, 27444508 - 27444642
Alignment:
Q  219 taagcatatgcaagtcaaataagtctcttcgtattatatttctgcgtataagtttaatttgcaatacaaattaactgaaaagtttcctaagcaagtcata 318  Q
    ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||     | ||||||| |||  |||||| |||| |||  ||||||||    
T  27444508 taagcatatgccagacaaatatgtctctttgtattatatttctgcatataagttt-----gtaatacaacttagttgaaaattttcgtaaataagtcata 27444602  T
Q  319 atctctttgtttatatataatcacctgactcagttgtttttcta 362  Q
    |||||||||||     ||||||| || |||||||||||||||||    
T  27444603 atctctttgtt----cataatcatctcactcagttgtttttcta 27444642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 530 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 27527275 - 27527145
Alignment:
Q  530 ggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgt 629  Q
    ||||| ||||||||||| | |||||| |||||| ||| ||| ||| |||| || |||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||  ||  |    
T  27527275 ggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttctgtttat 27527176  T
Q  630 ctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    |||||||||| || |||| ||| ||||||||    
T  27527175 ctccaacatacaccgcaagatagccctttgg 27527145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 487 - 645
Target Start/End: Original strand, 27559223 - 27559381
Alignment:
Q  487 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggt 586  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| | ||| || | |||  | || || | ||||||||| | |    
T  27559223 taagaaagcatcttcactgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatgaagat 27559322  T
Q  587 tggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgc 645  Q
    || |||||  |||| || || |||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  27559323 tgattcaataatgaaataggaatcagaaatctcttcattttgtctccaacataaactgc 27559381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 506 - 663
Target Start/End: Original strand, 27565953 - 27566110
Alignment:
Q  506 caaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattg 605  Q
    |||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||   | ||||||  ||||  ||| ||| ||||||||  | |||||||||| ||||||||| |    
T  27565953 caaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatgg 27566052  T
Q  606 ggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcac 663  Q
    |||||||||| | |||   ||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  27566053 ggatcacaaatcgcttttgtttctctccaacatacactgcaagatatccctttggcac 27566110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 78 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 27558073 - 27557966
Alignment:
Q  78 ggttacttaacaatccaacaaatcaattactgatccaaaaccagtagaaactcccagatggttttgaaataaaacatattttcatcgttcatagtaaagt 177  Q
    ||||| |||||| |||| |||| | |||||||| |||||| ||||| | | | |||| ||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||| ||    
T  27558073 ggttaattaacattccagcaaaactattactgaaccaaaaacagtatagattaccagctggttttgaaataaaacatatttccttctttcatattaaggt 27557974  T
Q  178 aaaatttg 185  Q
    ||||||||    
T  27557973 aaaatttg 27557966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 3e-44; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 473 - 688
Target Start/End: Complemental strand, 55084957 - 55084742
Alignment:
Q  473 cgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaatt 572  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| || |||||||||| |||||| ||  || ||||||| |    
T  55084957 cgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagt 55084858  T
Q  573 cttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcaca 672  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||| | | || |||||||||||| || |    
T  55084857 cttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgcaagacacccttttggcacattcacaga 55084758  T
Q  673 ttttgaagatgcttgg 688  Q
    |||||| |||| ||||    
T  55084757 ttttgatgatgtttgg 55084742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 474 - 667
Target Start/End: Original strand, 38028736 - 38028929
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |     
T  38028736 gagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggtt 38028835  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattc 667  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||||| | ||||||||  |||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  38028836 ttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacattc 38028929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 474 - 667
Target Start/End: Original strand, 38040051 - 38040244
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||  |     
T  38040051 gagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggtt 38040150  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattc 667  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||||| | ||||||||  |||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  38040151 ttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacattc 38040244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 473 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 50910131 - 50909937
Alignment:
Q  473 cgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaatt 572  Q
    ||||||||||| |  ||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |    
T  50910131 cgagaagtaatttgcaagaagacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagt 50910032  T
Q  573 cttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattc 667  Q
     ||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| ||||||| |  |||||  ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  50910031 tttgaaatgaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataaccctttggcacattc 50909937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 474 - 667
Target Start/End: Original strand, 38036763 - 38036956
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |     
T  38036763 gagaagtaatatgcaagaaaacgtattctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaatt 38036862  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattc 667  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||  || ||||  |||||||  |||||||  |||||||| || ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  38036863 ttgaaatgaagcttggttcaagtatggcatggggacaacaaaccgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacattc 38036956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 473 - 666
Target Start/End: Original strand, 50904761 - 50904954
Alignment:
Q  473 cgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaatt 572  Q
    |||||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||  ||||| ||| || ||||||| |    
T  50904761 cgagaagtgatatgcaaaaaaacctcttctctgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagt 50904860  T
Q  573 cttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacatt 666  Q
    |||||||||| | |||||||||||| || ||  |||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||    
T  50904861 cttgaaatgaagtttggttcaagtaggacatatggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttggcacatt 50904954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 488 - 688
Target Start/End: Original strand, 50911853 - 50912053
Alignment:
Q  488 aagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggtt 587  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||| || |||||  |||| || ||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| | ||||||||| | ||    
T  50911853 aagaaaacaccttctgtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagctt 50911952  T
Q  588 ggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcacattttgaagatgcttg 687  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||    
T  50911953 ggttcaagtatgacttggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttggcacattcacaacttttgatgatgcttg 50912052  T
Q  688 g 688  Q
    |    
T  50912053 g 50912053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 473 - 688
Target Start/End: Original strand, 38024844 - 38025059
Alignment:
Q  473 cgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaatt 572  Q
    ||||||||||| |  | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||  |||| || ||||||||||||| |||||| |||||| |||| || |    
T  38024844 cgagaagtaatttccatgaaaatgtcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagt 38024943  T
Q  573 cttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcaca 672  Q
     |||||| || | ||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||      
T  38024944 tttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagc 38025043  T
Q  673 ttttgaagatgcttgg 688  Q
    |||||| |||||||||    
T  38025044 ttttgatgatgcttgg 38025059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 473 - 688
Target Start/End: Original strand, 38031296 - 38031511
Alignment:
Q  473 cgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaatt 572  Q
    ||||||||||| |  | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| |||||  |||| || ||||||||||||| |||||| |||||| |||| || |    
T  38031296 cgagaagtaatttccatgaaaatgtcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagt 38031395  T
Q  573 cttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcaca 672  Q
     |||||| || | ||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| ||      
T  38031396 tttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagc 38031495  T
Q  673 ttttgaagatgcttgg 688  Q
    |||||| |||||||||    
T  38031496 ttttgatgatgcttgg 38031511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 473 - 667
Target Start/End: Original strand, 38033744 - 38033942
Alignment:
Q  473 cgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgtt----ggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaac 568  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||| |||| ||||||||||  || ||  ||    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  38033744 cgagaagtaatatgcaagaaaacatcttctgtgcagggaattgtgatgccgcccattaattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaac 38033843  T
Q  569 aattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattc 667  Q
    || | ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||||||| ||||||||  |||||||  || ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  38033844 aagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttgctctccaatgtacactgcaagatagccctttggcacattc 38033942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 504 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 38044043 - 38043881
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||||||||| || ||  ||||||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||| |||||||| || | ||| ||||||||||| ||    
T  38044043 tgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatgacat 38043944  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacatt 666  Q
     ||||||||||||| ||||||||| |||||||  || ||||||| ||| | ||||||||||||    
T  38043943 agggatcacaaaccgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagatagctctttggcacatt 38043881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 488 - 665
Target Start/End: Original strand, 48840696 - 48840872
Alignment:
Q  488 aagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggtt 587  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||| || |||  ||| | ||||||| ||||||||||| | ||    
T  48840696 aagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggctt 48840794  T
Q  588 ggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacat 665  Q
    ||||||||||||  || ||||| ||||| | |||||| || ||||| || || | ||||| |||||||||||||||||    
T  48840795 ggttcaagtatggcatggggattacaaatcgcttcatctcctctccgacgtacaatgcaagatatccctttggcacat 48840872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 568 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 50913572 - 50913480
Alignment:
Q  568 caattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttgg 660  Q
    ||||||||||||| | || |  |||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||  ||||||||||| ||||||| ||| || |||||    
T  50913572 caattcttgaaataaaggctcattcaagaatgatattggaatcaagaacctcttcattttctctccaacatacactgcaagatagccttttgg 50913480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 7e-36; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 474 - 667
Target Start/End: Original strand, 21604724 - 21604917
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattc 573  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||  |     
T  21604724 gagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgtt 21604823  T
Q  574 ttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattc 667  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||  | ||||| ||||| | ||||||||  ||||| || || ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  21604824 ttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctcctacttacactgcaagatagccctttggcacattc 21604917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 473 - 688
Target Start/End: Original strand, 21607265 - 21607480
Alignment:
Q  473 cgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaatt 572  Q
    ||||||||||| |  | |||||  |||||| |||||||||  ||||| |||||  |||| || ||||||||||||| |||||| |||||| |||| || |    
T  21607265 cgagaagtaatttccatgaaaatatcttctgtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagt 21607364  T
Q  573 cttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacattcgcaca 672  Q
     |||||| || | | ||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||      
T  21607365 tttgaaaggaagctcggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttggtacattcacaac 21607464  T
Q  673 ttttgaagatgcttgg 688  Q
    |||||| |||||||||    
T  21607465 ttttgatgatgcttgg 21607480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 579
Target Start/End: Complemental strand, 21634699 - 21634608
Alignment:
Q  488 aagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaa 579  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||  || ||  || |||| ||||||||||||| |||||| |||||| ||| ||| ||||||||    
T  21634699 aagaaaacatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaa 21634608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 74; Significance: 2e-33; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 468 - 661
Target Start/End: Original strand, 1754206 - 1754398
Alignment:
Q  468 tcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaa 567  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||  | ||||| |||||| |||| |||||||| | ||  || |     
T  1754206 tcaagcgagaagtgatatctaagaaaaggt-ttctctacaaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttag 1754304  T
Q  568 caattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggc 661  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || | |||||| ||||||    
T  1754305 caatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacggggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacatatacagctagatatccttttggc 1754398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 504 - 665
Target Start/End: Original strand, 1756757 - 1756918
Alignment:
Q  504 tgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatat 603  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | || || ||||||||||||| ||| || |||||| ||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1756757 tgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttcttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatat 1756856  T
Q  604 tgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacat 665  Q
    |||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||  ||||||| ||| |||||||| ||||    
T  1756857 tgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatagccctttggtacat 1756918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 474 - 626
Target Start/End: Complemental strand, 1759422 - 1759266
Alignment:
Q  474 gagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgat----tcaaca 569  Q
    ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||  ||| ||||||||||||| ||||| |    ||||||    
T  1759422 gagaagtgatatctaagaaaacttcttctctgcaaagaatggtgagaccacccattggatggttgtattcaaattgttcctcagcttgcttggctcaaca 1759323  T
Q  570 attcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcattt 626  Q
    ||||||| ||||| | |||||| || |||||||  || |||||||||| ||||||||    
T  1759322 attcttggaatgatgtttggtttaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattt 1759266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 475 - 613
Target Start/End: Complemental strand, 1754857 - 1754719
Alignment:
Q  475 agaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattct 574  Q
    |||||| ||||||  ||| || |||||| ||||| |||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||||| | |||| | |||||| |||||||   |    
T  1754857 agaagttatattttcgaagacatcttctgtgcaaagaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggat 1754758  T
Q  575 tgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcaca 613  Q
    ||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1754757 tgaaacgatggttgattcaagtatgatattgggatcaca 1754719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 68; Significance: 6e-30; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 491 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 3073722 - 3073547
Alignment:
Q  491 aaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacctgttggatggtcatatccaaattgttcctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggt 590  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| || ||||| |||| |||||| ||  || ||| ||| | ||||||||| | |||||    
T  3073722 aaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggt 3073623  T
Q  591 tcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcgtctccaacatatactgcaatatatccctttggcacatt 666  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || || |||| ||||||||||||||||||    
T  3073622 tcaagtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcacatt 3073547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University