View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13631_low_1 (Length: 816)
Name: NF13631_low_1
Description: NF13631
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13631_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 714; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 796
Target Start/End: Complemental strand, 11593187 - 11592414
Alignment:
| Q |
23 |
cacaaagttgttgttgttgaatatgatcaagatggttaccaaaacaccaaaatctcaatcttacctgaacaacaacaaacccatcaacaagattacacca |
122 |
Q |
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| T |
11593187 |
cacaaagttgttgttgttgaatatgatcaagatggttaccaaaacaccaaaatctcaatcttacctgaacaacaacaaacccatcaacaagattacacca |
11593088 |
T |
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| Q |
123 |
acatggattctggtttcatagaaaacaccaaagatagaatcaaagaagctgcttctgttctaccaaacatgggtcaaggaatttcacatgatgcatcttc |
222 |
Q |
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| T |
11593087 |
acatggattctggtttcatagaaaacaccaaagacagaatcaaagaagctgcttctgttcttccaaacatgggtcaaggaatttcacaagatgcatcttc |
11592988 |
T |
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| Q |
223 |
atcacattataatcttcatactcctaatgctagagatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggat |
322 |
Q |
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| T |
11592987 |
atcacattataatcttcatactcctaatgccaaaaatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaagcaaaggat |
11592888 |
T |
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| Q |
323 |
aaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatg |
422 |
Q |
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| T |
11592887 |
aaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatg |
11592788 |
T |
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| Q |
423 |
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522 |
Q |
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| T |
11592787 |
ctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtt |
11592688 |
T |
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| Q |
523 |
taaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttg |
622 |
Q |
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| T |
11592687 |
taaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttg |
11592588 |
T |
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| Q |
623 |
aatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctg |
722 |
Q |
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| T |
11592587 |
aatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctg |
11592488 |
T |
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| Q |
723 |
tggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
796 |
Q |
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| T |
11592487 |
tggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
11592414 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 714; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 796
Target Start/End: Original strand, 11644932 - 11645705
Alignment:
| Q |
23 |
cacaaagttgttgttgttgaatatgatcaagatggttaccaaaacaccaaaatctcaatcttacctgaacaacaacaaacccatcaacaagattacacca |
122 |
Q |
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| T |
11644932 |
cacaaagttgttgttgttgaatatgatcaagatggttaccaaaacaccaaaatctcaatcttacctgaacaacaacaaacccatcaacaagattacacca |
11645031 |
T |
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| Q |
123 |
acatggattctggtttcatagaaaacaccaaagatagaatcaaagaagctgcttctgttctaccaaacatgggtcaaggaatttcacatgatgcatcttc |
222 |
Q |
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| T |
11645032 |
acatggattctggtttcatagaaaacaccaaagacagaatcaaagaagctgcttctgttcttccaaacatgggtcaaggaatttcacaagatgcatcttc |
11645131 |
T |
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| Q |
223 |
atcacattataatcttcatactcctaatgctagagatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggat |
322 |
Q |
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| T |
11645132 |
atcacattataatcttcatactcctaatgccaaaaatgctaaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtgatggagaaagcaaaggat |
11645231 |
T |
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| Q |
323 |
aaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgtttattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatg |
422 |
Q |
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| T |
11645232 |
aaagcctcagaaacaattgataagaagagagatattgttaattcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatg |
11645331 |
T |
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| Q |
423 |
ctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagggaaagagatgggacaaacgtt |
522 |
Q |
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| T |
11645332 |
ctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatgataatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaaggcaaagaaatgggacaaacgtt |
11645431 |
T |
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| Q |
523 |
taaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttg |
622 |
Q |
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| T |
11645432 |
taaagaacatgttgttcacaacgtgaccgaggcgaaagacggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttg |
11645531 |
T |
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| Q |
623 |
aatttattgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggataacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctg |
722 |
Q |
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| T |
11645532 |
aatttgttgggattttcaagtggttatggaatgaatgtttggatcacatttgtttctagttatgttttgtctagggttatgccaagacaacaatttgctg |
11645631 |
T |
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| Q |
723 |
tggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
796 |
Q |
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| T |
11645632 |
tggtccagagtaagatttatcctgtttattttagggctatgggttattgtttattggttgctttgttgggtcat |
11645705 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 240; Significance: 1e-132; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 263 - 654
Target Start/End: Original strand, 37180666 - 37181056
Alignment:
| Q |
263 |
aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacatgtaatggagaaagcaaaggataaagcttcagaaacaattgataagaagagagatattgttt |
362 |
Q |
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| T |
37180666 |
aaagagcttatttgtgatgcatatggtaaatgcaaacacgcaatggagaaagcaaaggataaagcctcataaacaattgataagaagagagatattgttt |
37180765 |
T |
|
| Q |
363 |
attcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgctaaagagagagtttatgataaagcaaatgatgtttatga |
462 |
Q |
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| T |
37180766 |
atgcaaacaaagaagcagtgaaagaagttggtaacaatgttgttgatgcagttgataatgttaaagagaaagtttatgataaagctaatgatgtttatga |
37180865 |
T |
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| Q |
463 |
taatgttcaagaatacacaaaagggtcattagaaaaagg-gaaagagatgggacaaacgtttaaggaacatgttgttcacaacgtgaccgaagcgaaaga |
561 |
Q |
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| T |
37180866 |
taatgttcaagattccacaaaagggtcattggaaaaaggaaaaaaaaatgggacaaacattgaaggaacatgttggt---aacgtgaccgagacataaga |
37180962 |
T |
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| Q |
562 |
cggtgtgaagaagtttatgtcattatcaatggagagagttgaatcattgatgagtttgttgaatttatt-gggattttcaagtggttatggaat |
654 |
Q |
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| T |
37180963 |
cggtgtaaagaagtttgtgtcattatctatggagagagttgaatcattgacgaaagagttgaatttgttagggatttgcaagtggttatggaat |
37181056 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000008; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 101 - 220
Target Start/End: Original strand, 31069243 - 31069361
Alignment:
| Q |
101 |
acccatcaacaagattacaccaacatggattctggtttcatagaaaacaccaaagatagaatcaaagaagctgcttctgttctaccaaacatgggtcaag |
200 |
Q |
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| T |
31069243 |
acccatcaagatgatttcaccaatatcgattcaagtttcatagaaaacaccgaagacaaaatgaaagaaattgcttcagttcttccaaaaat-ggtcaag |
31069341 |
T |
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| Q |
201 |
gaatttcacatgatgcatct |
220 |
Q |
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| T |
31069342 |
gaatatcacaagattcatct |
31069361 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 87
Target Start/End: Original strand, 39126935 - 39126987
Alignment:
| Q |
34 |
tgttgttgaatatgatcaagatggttaccaaaacaccaaaatctcaatcttacc |
87 |
Q |
| |
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| T |
39126935 |
tgttgttgaatacgaccaagatagttaccaaagcacc-aaatctcaatcttacc |
39126987 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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