View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13634_high_1 (Length: 819)

Name: NF13634_high_1
Description: NF13634
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13634_high_1
NF13634_high_1
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (14-801)||(35213836-35214616)
chr3 (531-798)||(29523715-29523987)
chr3 (531-798)||(11203717-11203989)
chr3 (531-798)||(12342196-12342467)
chr3 (531-798)||(33496445-33496717)
chr3 (520-793)||(19890581-19890859)
chr3 (599-798)||(7031055-7031259)
chr3 (592-798)||(36801106-36801317)
chr3 (534-801)||(48570012-48570284)
chr3 (543-665)||(40930510-40930632)
chr3 (541-689)||(26770969-26771117)
chr3 (541-689)||(2755854-2756002)
chr3 (551-797)||(34332805-34333056)
chr3 (543-797)||(2364176-2364435)
chr3 (541-689)||(963143-963291)
chr3 (543-676)||(7312801-7312934)
chr3 (595-676)||(19920263-19920344)
chr3 (588-680)||(15312604-15312696)
chr3 (13-153)||(41304281-41304419)
chr3 (743-801)||(11310382-11310440)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (525-801)||(10999915-11000195)
chr2 (520-801)||(14439648-14439933)
chr2 (520-801)||(12645431-12645717)
chr2 (552-801)||(40176564-40176817)
chr2 (531-769)||(38604344-38604587)
chr2 (552-797)||(41206915-41207165)
chr2 (586-797)||(15917553-15917769)
chr2 (593-788)||(17764994-17765194)
chr2 (719-801)||(33515947-33516029)
chr2 (596-788)||(28252628-28252825)
chr2 (543-676)||(4552194-4552327)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (520-801)||(2170235-2170523)
chr8 (520-801)||(43270345-43270634)
chr8 (531-798)||(37434030-37434302)
chr8 (531-798)||(20824194-20824466)
chr8 (527-801)||(13200018-13200297)
chr8 (531-794)||(17699384-17699652)
chr8 (520-642)||(42177548-42177670)
chr8 (573-801)||(13879499-13879732)
chr8 (630-801)||(2529781-2529957)
chr8 (718-801)||(42177727-42177810)
chr8 (541-801)||(25090282-25090547)
chr8 (24-102)||(43396583-43396663)
chr8 (598-797)||(32266463-32266667)
chr8 (543-797)||(13396287-13396546)
chr8 (544-652)||(41665352-41665460)
chr8 (541-676)||(9922626-9922761)
[»] chr6 (15 HSPs)
chr6 (520-801)||(20882992-20883278)
chr6 (531-798)||(10577219-10577491)
chr6 (531-795)||(17606304-17606573)
chr6 (531-798)||(21630077-21630351)
chr6 (531-798)||(17573625-17573897)
chr6 (520-794)||(11462314-11462588)
chr6 (589-798)||(17579109-17579323)
chr6 (541-689)||(15958793-15958941)
chr6 (589-676)||(18651262-18651349)
chr6 (588-676)||(12734150-12734238)
chr6 (65-127)||(2516303-2516365)
chr6 (594-652)||(2553686-2553744)
chr6 (543-649)||(24767406-24767512)
chr6 (545-689)||(13937712-13937856)
chr6 (735-788)||(14373170-14373223)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (531-798)||(27766940-27767212)
chr5 (527-801)||(18359058-18359336)
chr5 (531-798)||(33385344-33385616)
chr5 (531-798)||(10776662-10776935)
chr5 (531-798)||(8300152-8300424)
chr5 (531-798)||(25857394-25857666)
chr5 (573-801)||(27795378-27795611)
chr5 (593-788)||(19255154-19255355)
chr5 (551-676)||(28535665-28535790)
chr5 (543-680)||(26072913-26073050)
chr5 (594-797)||(23238283-23238491)
chr5 (543-667)||(42928165-42928289)
chr5 (594-676)||(8228051-8228133)
chr5 (544-678)||(18089744-18089878)
chr5 (541-689)||(33169670-33169818)
chr5 (551-652)||(35983781-35983882)
chr5 (541-641)||(27165932-27166032)
chr5 (552-676)||(31641537-31641660)
chr5 (520-634)||(24407995-24408109)
chr5 (594-652)||(27117194-27117252)
[»] chr4 (18 HSPs)
chr4 (531-798)||(12697711-12697983)
chr4 (520-801)||(20002613-20002906)
chr4 (531-798)||(8360998-8361270)
chr4 (531-676)||(45472679-45472824)
chr4 (520-694)||(55725645-55725819)
chr4 (573-801)||(54483171-54483404)
chr4 (534-801)||(2822010-2822282)
chr4 (714-798)||(4548377-4548461)
chr4 (573-801)||(48311990-48312223)
chr4 (543-797)||(7403812-7404071)
chr4 (544-689)||(11587181-11587326)
chr4 (543-650)||(15740272-15740379)
chr4 (551-788)||(1828530-1828772)
chr4 (543-652)||(19755316-19755425)
chr4 (543-652)||(19784381-19784490)
chr4 (598-676)||(47685932-47686010)
chr4 (541-689)||(46145687-46145835)
chr4 (66-114)||(21402206-21402254)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (520-801)||(37254653-37254939)
chr7 (531-756)||(18532568-18532798)
chr7 (520-799)||(25619356-25619646)
chr7 (543-676)||(235419-235552)
chr7 (543-797)||(11277234-11277493)
chr7 (752-801)||(18530405-18530454)
chr7 (541-676)||(17720660-17720795)
chr7 (543-652)||(47877032-47877141)
chr7 (603-689)||(551595-551681)
chr7 (64-150)||(31023543-31023629)
chr7 (596-649)||(29968027-29968080)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (531-798)||(43388265-43388537)
chr1 (520-801)||(37191169-37191455)
chr1 (531-798)||(16917779-16918051)
chr1 (590-801)||(51993757-51993973)
chr1 (543-797)||(51052379-51052638)
chr1 (552-664)||(47623068-47623180)
chr1 (51-147)||(48046184-48046280)
chr1 (541-667)||(35541083-35541209)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (594-797)||(3151-3359)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 623; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 623; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 801
Target Start/End: Original strand, 35213836 - 35214616
Alignment:
Q  14 aaatttcaaaagtaaaataatcgtgaagatatagaaggaaaaaacataaggtaaatgcaagtaaatttataaatattgatgacgtcattttagataaaga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35213836 aaatttcaaaagtaaaataatcgtgaagatatagaaggaaaaaacataaggtaaatgcaaggaaatttataaatattgatgaggtcattttagataaaga 35213935  T
Q  114 tcctagtagtggtgtttcaaatgttgcataaaaaatttcatcacgtgaggggcttacatcaaagattggtgctcaaagggaatgataatttacaaacctt 213  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35213936 ttctaggagtggtgtttcaaatgttgcataaaaaatttcatcacgtgaggggcttacatcaaagattggtgctcaaagggaatgataatttacaaacctt 35214035  T
Q  214 tgaaatgaatcttaagttttaaactaggatctacaataaattagga---agaaatcctcagttttggtctgatttaaaatatgtaaaaaatatgtcaagt 310  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||    
T  35214036 tgaaacgaatcttaagttttaaactaggatctacaataaattaggaggtagaaatcctcagttttggtctgatttaaaatatgt-----------caagt 35214124  T
Q  311 gtggaggatagagtgatttctcatcgacatgttaaaattttgtcgcagccaaagcctttatcagatatcactacagaaccaatcccatgctatagattta 410  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35214125 gtggaggatagagtgatctctcatcgacatgttaatattttgtcgcagccaaagcctttatcagatatcactaccgaaccaatcccatgctatagattta 35214224  T
Q  411 ataaagaatcgaataaaaaacaaattgaggatcaaaatactaatgcatttcatgatatgcatatggttagttcttagagtgatataatgaccaaaaagaa 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35214225 ataaagaatcgaataaaaaacaaattgaggatcaaaatactaatgcatttcatgatatgcatatggttagttcttagagtgatataatgaccaaaaagaa 35214324  T
Q  511 ctatataatatcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctg 610  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||     ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35214325 ctatataatatcatattagaggttatactgttcgtggtgta----acatgttaacatcacgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctg 35214420  T
Q  611 acataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta--- 707  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||       
T  35214421 gcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgtttggcggatgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgccagaacgtgggattctatat 35214520  T
Q  708 --ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
      |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35214521 gtggaagctcagttttgtgtaacgggatgttggcatgttgaagatgtgaatcatttgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 35214616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 29523715 - 29523987
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  29523715 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 29523814  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  29523815 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggcacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 29523914  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    |||||||||  |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29523915 aacgggatgcaggcaggttaaagatgtgaatcatttattcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 29523987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 11203989 - 11203717
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  11203989 ggttatactgttcgtggtgtatatgatttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 11203890  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  11203889 aagtttctatacttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 11203790  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11203789 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggttcattgtggcct 11203717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 12342196 - 12342467
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| |||||    
T  12342196 ggttatactgttcatggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttc-tttaa 12342294  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  12342295 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 12342394  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12342395 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttattcttctcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 12342467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 33496717 - 33496445
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| ||| |||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  33496717 ggttatactgttcatggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaatatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 33496618  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  33496617 aagtttctatcattgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgt 33496518  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    || |||||| || || |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33496517 aatgggatgcggacaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 33496445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 520 - 793
Target Start/End: Complemental strand, 19890859 - 19890581
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  19890859 atcagattagaggttatactgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaataacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaaca 19890760  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | |||||||||||||||| |||||||| | |||| ||||||||||||| || ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |     ||| | |    
T  19890759 ggttcctttaaaagtttccatccttgcattgcggttgttgagggatcgattacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattacatttgtggaggat 19890660  T
Q  715 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgt 793  Q
    ||  |||| || || |||||||||||||||||||||  || |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19890659 cgaatttgcgtcacaggatgtgggcatgttgaagatacgactcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgt 19890581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 599 - 798
Target Start/End: Original strand, 7031055 - 7031259
Alignment:
Q  599 ggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgt 698  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | |||     
T  7031055 ggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaactttctatccttgcttggcgtctgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacga 7031154  T
Q  699 gggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgt 793  Q
    |||||| ||     ||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  7031155 gggattttagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgt 7031254  T
Q  794 ggcct 798  Q
    |||||    
T  7031255 ggcct 7031259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 592 - 798
Target Start/End: Original strand, 36801106 - 36801317
Alignment:
Q  592 aaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtc 691  Q
    |||||||||||||||| |  |||||| || |||| |||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  36801106 aaaatatggagttaatttagcataaataggttcccttaaaagtttatatccttgcttggcaactgctgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggt 36801205  T
Q  692 agaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggt 786  Q
     | | ||| |||| ||     ||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||| | || |||||||||||||||||||||    
T  36801206 ggcatgtgagattatatctgtggaaaatcggttttgtgtatcgggatgtgggcaggttgaagatgtaaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggt 36801305  T
Q  787 gcattgtggcct 798  Q
    ||||||||||||    
T  36801306 gcattgtggcct 36801317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 534 - 801
Target Start/End: Original strand, 48570012 - 48570284
Alignment:
Q  534 tatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaag 633  Q
    |||||| ||||||| || |||||| |||||||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||| ||||||    
T  48570012 tatactgttcgtggggtatatgacttgttgacatcacatgaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatctagcacaaacagatacctctaaaag 48570111  T
Q  634 tttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaac 728  Q
    ||||  ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| | ||| || || | || || ||| ||     ||| ||| || ||||||| ||    
T  48570112 tttcagtccttgcttagcggttgttgagggatcgtttacctactaaagctaatctgacaaatcgcggcattttaccgatggaggctaggctttgtgtcac 48570211  T
Q  729 gggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| |||||||  | || ||||| || |||||||||    
T  48570212 gggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatatgtttttgacttgtcctttcttcggtgctttatggcctatg 48570284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 543 - 665
Target Start/End: Original strand, 40930510 - 40930632
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| ||||||||  | |||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  40930510 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcaacctcagttgcatcaaaacatggagttagtttgacataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 40930609  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggat 665  Q
    |||||||||| || |||||||||    
T  40930610 ttgcttggcgacttttgagggat 40930632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 541 - 689
Target Start/End: Original strand, 26770969 - 26771117
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 640  Q
    |||||||||| ||||||||| | |||| |  |||||| ||| |  | |||| ||||||||||||||| || |||||||||  |||| | ||||| |||||    
T  26770969 ttcgtggtgtgtatgacatgctaacattacaggaacatccttagttacatccaaatatggagttaatgtggcataaacaggctcctcttaaagtctctat 26771068  T
Q  641 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
     ||| |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||    
T  26771069 tcttacttggcggcttttgagggatcgtttacctacgaaagcaaatttg 26771117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 541 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 2756002 - 2755854
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 639  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| ||||    
T  2756002 ttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtacctttgaaagtgtcta 2755904  T
Q  640 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||| |||||||    
T  2755903 tatttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaataaaatttg 2755854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 551 - 797
Target Start/End: Original strand, 34332805 - 34333056
Alignment:
Q  551 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 650  Q
    |||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  34332805 ctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttgg 34332904  T
Q  651 cggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttg 745  Q
    |  ||  |||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||    
T  34332905 caacttctgagagatcgattacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttg 34333004  T
Q  746 aagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 797  Q
    ||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||||| |||||    
T  34333005 aagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggcc 34333056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 543 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 2364435 - 2364176
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| |||||||    
T  2364435 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctatcc 2364336  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 737  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||||||     ||| |  ||||| || ||  | ||||||||    
T  2364335 ttgcttggcgactactgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgcgttgctggatgtgg 2364236  T
Q  738 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 797  Q
    |  ||| |||||||| | |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  2364235 gattgtcgaagatgttactcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggcc 2364176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 541 - 689
Target Start/End: Original strand, 963143 - 963291
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 639  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||| ||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| ||||    
T  963143 ttcgtggtgtgtatgatatgctgacttcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtcta 963241  T
Q  640 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  963242 tttttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttg 963291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 543 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 7312934 - 7312801
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| |||||||    
T  7312934 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtacctctcaaagtatctatcc 7312835  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  7312834 ttgcttggcgactaatgagggatcggttacctac 7312801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 595 - 676
Target Start/End: Original strand, 19920263 - 19920344
Alignment:
Q  595 atatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  19920263 atatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 19920344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 588 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 15312696 - 15312604
Alignment:
Q  588 catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaa 680  Q
    ||||||||| |||||||||| || ||||||||| | ||| ||||||| | |||  |||||||| | ||| ||||| |||||||||||| ||||    
T  15312696 catcaaaatttggagttaatttggcataaacaggtacctctaaaagtctatatatttgcttggtgactgctgaggaatcgtttgcctattaaa 15312604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 41304419 - 41304281
Alignment:
Q  13 aaaatttcaaaagtaaaataatcgtgaagatatagaaggaaaaaacataaggtaaatgcaagtaaatttataaatattgatgacgtcattttagataaag 112  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| ||||| ||||  |||||||||||||| | ||||||||| ||| ||| | ||| ||||||| || ||| |||||| |     
T  41304419 aaaatttcataagcaaaa-aattgtgaaaatatgaaaggaaaaaacata-gataaatgcaattaatttttttaatgttgatgaggtaattatagatagaa 41304322  T
Q  113 atcctagtagtggtgtttcaaatgttgcataaaaaatttca 153  Q
    ||  ||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  41304321 attttaggagtggtggttcacatgttacataaaaaatttca 41304281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 743 - 801
Target Start/End: Original strand, 11310382 - 11310440
Alignment:
Q  743 ttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||||||| |||| |||| |||||||| |||| |||||| ||| |||||||||||    
T  11310382 ttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttgcccaaattttggcgcactgtggcctatg 11310440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 525 - 801
Target Start/End: Original strand, 10999915 - 11000195
Alignment:
Q  525 attagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattc 624  Q
    ||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||     
T  10999915 attagaggttatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcataggaacaatctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgccataaacaggttt 11000014  T
Q  625 ctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggtt 719  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||     ||||||||||||    
T  11000015 ctttaaaagtttctatccttgcttggtggctgtt-agggatcgtttgcctactaaatcaaatttggcagaacgtgggattctatctgtggaagctcggtt 11000113  T
Q  720 ttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11000114 ttgtgtaacggaatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatttgttcttatcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 11000195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 14439933 - 14439648
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    ||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  14439933 atcagattaaaggttatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacgacctcatgttcatcaaactatggagttaatctggcataaaca 14439834  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | |||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||     |||||||    
T  14439833 ggttcctttaaaagtttctatcttggcttgacgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtagaacgtgggattctatctgtggaagct 14439734  T
Q  715 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14439733 cggttttatgtaacgggatgtgggtaggttgaagatgtgaatcatttgtt-ttgtcttgtccaatttttgatgcattgtggcctatg 14439648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 12645717 - 12645431
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    |||||| | |||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||  |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  12645717 atcagactggaggatatactgttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaaaaccctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaaca 12645618  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | || || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||  |||||| |||| ||  | ||||||     ||| |||    
T  12645617 ggtttctctaaaagtttcaatccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttgacagatcgcagaattctacctttggaggct 12645518  T
Q  715 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  12645517 cggttttgtgttacagggtgtgggcatgttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttgcccaatttttggcgcattgtggcctatg 12645431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 552 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 40176817 - 40176564
Alignment:
Q  552 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 651  Q
    |||||| | |||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||| | ||| ||||||||||  ||||||||||||    
T  40176817 tatgacttattgacatcacaggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttagtctggcacaaacaggtacctctaaaagtttcagtccttgcttggc 40176718  T
Q  652 ggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggatt---cta-ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaa 747  Q
    || |||||||||||||||| |||||||||   |||||| || | || ||  ||   | | ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40176717 ggttgttgagggatcgtttacctactaaagtcaatttgacaaatcgcggcttttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaa 40176618  T
Q  748 gatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||||||  |||| |||| |||| ||||||| | || ||||| ||||||||||||    
T  40176617 gatgtgtctcatttgtttttgttttgtccattcttcggtgctttgtggcctatg 40176564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 531 - 769
Target Start/End: Original strand, 38604344 - 38604587
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||| |||    
T  38604344 ggttacactgttcggggtgtgtatgacatgttgacatcacaggaacaacctaattttcatcaaaatatggagttaatctggcataaacaagtacctctaa 38604443  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggat-----tctaggaagctcggttttgtgt 725  Q
    ||||||| |||||||| |||| |||||| || |||||||| ||||| | |   |||||| || | ||||| ||     ||  ||| |||||||| |||||    
T  38604444 aagtttcaatccttgcatggctgctgttaagagatcgtttacctacaatagtcaatttggcatatcgtggcatccttctcatggaggctcggttatgtgt 38604543  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgt 769  Q
      | || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  38604544 ctcaggctgtgggcatgttgaagatgtaaatcatgtgtttttgt 38604587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 552 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 41207165 - 41206915
Alignment:
Q  552 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 651  Q
    ||||||||| |||||||   |||||| |||||  | |||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  41207165 tatgacatgctgacatcgcaggaacatcctcagttacatccaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtctctatccttgcttggc 41207066  T
Q  652 ggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggatt-----ctaggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttga 746  Q
    ||||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| |||     || ||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| |||||    
T  41207065 ggcttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggcaaatcgtggcattattcccttggaggcgcggttgtgtgtcactggatgcgggcacgttga 41206966  T
Q  747 agatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 797  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || |||||    
T  41206965 agatgtcaatcatttgttcttgtcttgtccaacttttggtgccttatggcc 41206915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 586 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 15917769 - 15917553
Alignment:
Q  586 ttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaa 685  Q
    ||||||||||||| |||||||| |  |||||| || ||||| | ||||| | ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||| |||   ||    
T  15917769 ttcatcaaaatattgagttaatttcgcataaataggttcctctgaaagtctgtatccttgcttggggactgctgagggatcgtttacctacaaaagttaa 15917670  T
Q  686 tttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatt 780  Q
    |||| || | ||||| ||| |      |||||  ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  15917669 tttggcaaatcgtggtattattcctttggaagtgcggttgtgtgtcactggttgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaact 15917570  T
Q  781 tttggtgcattgtggcc 797  Q
    ||||| || ||||||||    
T  15917569 tttggcgcgttgtggcc 15917553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 593 - 788
Target Start/End: Original strand, 17764994 - 17765194
Alignment:
Q  593 aaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtca 692  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||  |||| | ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| |||||||| ||    
T  17764994 aaatatggagttaatatggcataaacaggctcctcttaaagtctctattcttgcttggcggctattgagggatcatttacctacgaaagcaaatttggca 17765093  T
Q  693 gaacgtgg---gattc--taggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtg 787  Q
     | |||||    ||||  | ||| || ||||| ||||| || || ||||| || || ||||||||||||||  |||| |||||||| |||||||||||||    
T  17765094 aaccgtggtatcattcctttggaggcgcggttgtgtgtcactggttgtggtcacgtggaagatgtgaatcacttgtttttgtcttgcccaatttttggtg 17765193  T
Q  788 c 788  Q
    |    
T  17765194 c 17765194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 719 - 801
Target Start/End: Original strand, 33515947 - 33516029
Alignment:
Q  719 tttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  |||| |||| |||||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  33515947 tttgtgtcacgagatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatatgtttttgtcttgtcctttctttggtgctttgtggcctatg 33516029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 596 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 28252825 - 28252628
Alignment:
Q  596 tatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaa 695  Q
    |||||| ||||| || ||||||||| | ||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||   ||||||| || |     
T  28252825 tatggaattaatttggcataaacaggtacctctaaaagtatctattcttgcttggcggcttttgagggatcgcttacctacgaagggaaatttggcaaac 28252726  T
Q  696 cgtgggattct-----aggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 788  Q
    | ||| ||| |      ||| |  ||||| |||||  | || ||||| |||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28252725 catggcattattcatatggaggggcggttatgtgtttccggttgtggtcatgatgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccattttttggtgc 28252628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 543 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 4552327 - 4552194
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || |||||| || ||||| | ||||| |||||||    
T  4552327 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaataggttcctcttaaagtatctatcc 4552228  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  4552227 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 4552194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 2170523 - 2170235
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    |||||||||  ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2170523 atcagattactggttatactgtccgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaaca 2170424  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||     ||||  |    
T  2170423 ggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgaccgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtagaacgtgggattctatctgtggaaaat 2170324  T
Q  715 cg--gttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2170323 cggtgttttgtgtaacggggtgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 2170235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 43270634 - 43270345
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgg---gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataa 616  Q
    |||| |||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  43270634 atcatattaaaggttatactgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacatattgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttcatctggcataa 43270535  T
Q  617 acagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaa 711  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||| |||||||     ||||    
T  43270534 acaggttcctttaaaagtttctatccttacttggcgactgttgaaggatcgtttgcctactaaaacaaatttggtagaacgtgagattctatctgtggaa 43270435  T
Q  712 gctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43270434 gctcggttttgtgtaacgggttgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggtctatg 43270345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 37434302 - 37434030
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  |||||||||    
T  37434302 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacatgttcctttaa 37434203  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  37434202 aagtctctattcttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtgt 37434103  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37434102 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 37434030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 20824466 - 20824194
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| ||| |||||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  20824466 ggttatactgttcatggtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 20824367  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  20824366 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgt 20824267  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  20824266 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgtggcct 20824194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 527 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 13200297 - 13200018
Alignment:
Q  527 tagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcct 626  Q
    |||||| |||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||    
T  13200297 tagaggctatactgttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttagtttggcataaacaggttcct 13200198  T
Q  627 ttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggtttt 721  Q
     |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||||  |||||| |||| ||  | ||||||     ||| ||||||||||    
T  13200197 ctaaaagtttcaatccttgcttggcagctattgagggatcgtttacctacaaaatacaatttggcagagcgcagaattctacctatggaggctcggtttt 13200098  T
Q  722 gtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||| || || |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  13200097 gtgttactgggtgtgggcatgttgaagatgtgactcatatgtttttgtcttgcccaatttttggcgcattgtggcctatg 13200018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 531 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 17699652 - 17699384
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||    
T  17699652 ggttatactgttcgtggtgttcatgacttgttgacatcacatgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaa 17699553  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||   | || ||||||| ||     ||||  ||| ||||||||    
T  17699552 aagtttctatccttgcttggcgactgctgagggatcgtttacctactatatcaaatttggtggcacatgggattatatctgtggaaaatcgattttgtgt 17699453  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtg 794  Q
    | |||||||| |||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  17699452 atcgggatgtaggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtg 17699384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 520 - 642
Target Start/End: Original strand, 42177548 - 42177670
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| |||||||||| || ||| ||||    
T  42177548 atcagattagaggttatactgtacgtggtgtatatgacatgttgacatcacatgaacaactttatgttcatcaaaatttggagttaatatggcattaaca 42177647  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    | |||||||||||||||||||||    
T  42177648 ggttcctttaaaagtttctatcc 42177670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 573 - 801
Target Start/End: Original strand, 13879499 - 13879732
Alignment:
Q  573 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 672  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| || ||| || | ||| | |||||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  13879499 gaacaacctcagattcatcaaagtatggagttagtctggcacaaataggtacctctcaaagttacagtctttgcttggcggttgttgagggatcgtttac 13879598  T
Q  673 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 767  Q
    |||||||| | |||||| || | ||||| ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  13879599 ctactaaagccaatttggcaaatcgtggcattttaccgttggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatctgttttt 13879698  T
Q  768 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  13879699 gtcttgtcctttctttggtgctttgtggcctatg 13879732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 630 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 2529957 - 2529781
Alignment:
Q  630 aaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtg 724  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||  ||||||  ||| ||||| ||||||     ||| |||||||||||||    
T  2529957 aaagtttcaatccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttggtagatcgtggaattctacttttggaggctcggttttgtg 2529858  T
Q  725 taacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    | || || |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||| ||  ||||||||||||||    
T  2529857 ttacagggtgtgggcatgttgaagatgtgactcatttgtttttgtcttgcccaattttcggcacattgtggcctatg 2529781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 718 - 801
Target Start/End: Original strand, 42177727 - 42177810
Alignment:
Q  718 ttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  42177727 ttttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttctcttgtccaattttcggtacattgtggcctatg 42177810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 541 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 25090547 - 25090282
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 640  Q
    ||||||| || |||||| | |||||||||   |||||  ||||| ||||||| |||||||||||| |||  || |||||| | ||| |||||||||| ||    
T  25090547 ttcgtggggtatatgacttattgacatcacatgaacactctcatcttcatcacaatatggagttagtctagcacaaacaggtacctctaaaagtttcaat 25090448  T
Q  641 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattct-----aggaagctcggttttgtgtaacgggatgt 735  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| | |||||| || | || || ||| |      ||| ||| || ||||||| | |||||||    
T  25090447 ccttgcttggcggttgttgagggatcgactacctactaaagccaatttgacaaatcgcggcattttgccgatggaggctaggctttgtgtcatgggatgt 25090348  T
Q  736 gggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||||||| |||||  |||| ||||  |||| |||||| | || ||||| ||||||||||||    
T  25090347 gggcatgttgaaaatgtgtctcatttgtttctgtcctgtccattcttcggtgctttgtggcctatg 25090282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 24 - 102
Target Start/End: Original strand, 43396583 - 43396663
Alignment:
Q  24 agtaaaataatcgtgaagatatagaaggaaaaaacata--aggtaaatgcaagtaaatttataaatattgatgacgtcatt 102  Q
    ||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||  ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  43396583 agtaaaaaaatcgtgaagatatgaaaggaaaaaaaatatgaggtaaatgcaggtaaatttattaatattgatgaggtcatt 43396663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 598 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 32266667 - 32266463
Alignment:
Q  598 tggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacg 697  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||    
T  32266667 tggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagtaatttggcaaaccg 32266568  T
Q  698 tgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattg 792  Q
    ||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||||||    
T  32266567 tggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattg 32266468  T
Q  793 tggcc 797  Q
    |||||    
T  32266467 tggcc 32266463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 543 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 13396546 - 13396287
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||  ||||||||||||| || ||||||||  ||||| | ||||| |||||||    
T  13396546 cgtggggtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccaattacatcatcatatggagttaatttggcataaacaagttcctctcaaagtatctatcc 13396447  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 737  Q
    |||||||||| ||  |||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||    
T  13396446 ttgcttggcgactcctgagagatcggttacctacaaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgg 13396347  T
Q  738 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 797  Q
    | | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||||| |||||    
T  13396346 gaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgcattatggcc 13396287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 544 - 652
Target Start/End: Original strand, 41665352 - 41665460
Alignment:
Q  544 gtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 643  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||    
T  41665352 gtggggtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccaattacatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcct 41665451  T
Q  644 tgcttggcg 652  Q
    |||||||||    
T  41665452 tgcttggcg 41665460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 541 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 9922761 - 9922626
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 640  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | ||||||||  |||||||||| || |||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  9922761 ttcgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacttggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctat 9922662  T
Q  641 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    |||||| || || ||  |||||||||| || |||||    
T  9922661 ccttgcatgacgacttctgagggatcggttacctac 9922626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 167; Significance: 5e-89; HSPs: 15)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 5e-89
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Original strand, 20882992 - 20883278
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    ||||||||||||| |||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  20882992 atcagattagaggctatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaaccacatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaata 20883091  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || |||  ||| ||||| ||| ||     ||| |||    
T  20883092 ggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggattgtttacctactaaatcgaacttggtagatcgtggcattatatctgtggaggct 20883191  T
Q  715 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20883192 cggttttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatatgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggcctatg 20883278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 10577219 - 10577491
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  10577219 ggttatactgtttgtggtgtatatgactttttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatagagttaatttggcataaacaggttcctttaa 10577318  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  10577319 aagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattataactgtggaaaatcggttttgtgt 10577418  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10577419 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 10577491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 531 - 795
Target Start/End: Original strand, 17606304 - 17606573
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  17606304 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaatctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 17606403  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||   |||||||| ||| ||     ||||  ||| ||||||||    
T  17606404 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcatttacctactaaatcaaatttggtggaacgtggaattatagctgtggaaaatcgattttgtgt 17606503  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtgg 795  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17606504 aacgggatacgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtgg 17606573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 21630077 - 21630351
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||||||    
T  21630077 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaccaggttcctttaa 21630176  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatc--aaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgt 723  Q
    ||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||| ||||| |||||  |||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||    
T  21630177 aagtttctatccttgtttggcgactattgagggatcgtttacctacaaaatcaaaaatttggtggaacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgt 21630276  T
Q  724 gtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21630277 gtaacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgctttgtggcct 21630351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 17573625 - 17573897
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| ||||| |||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  17573625 ggttatactgttcgttgtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 17573724  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  17573725 aagattctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgt 17573824  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  17573825 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgccttgtggcct 17573897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 520 - 794
Target Start/End: Complemental strand, 11462588 - 11462314
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    |||| |||||| | |||| | |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  11462588 atcatattagatgctatattgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaacaacatattcatcaaaatatggagttaatctggtataaaca 11462489  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | ||     ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| ||| ||     |||  ||    
T  11462488 ggtt-----aaaagtttcaatccttgcttggcagctgttgagggatcttttacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattatatatgcggagact 11462394  T
Q  715 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtg 794  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11462393 cggttttttgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtg 11462314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 8e-51
Query Start/End: Original strand, 589 - 798
Target Start/End: Original strand, 17579109 - 17579323
Alignment:
Q  589 atcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaattt 688  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  17579109 atcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaattt 17579208  T
Q  689 gtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaattttt 783  Q
    |   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||    
T  17579209 ggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgtaacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgactttt 17579308  T
Q  784 ggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||| |||||||||    
T  17579309 ggtgccttgtggcct 17579323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 541 - 689
Target Start/End: Original strand, 15958793 - 15958941
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 640  Q
    |||| ||||| | ||||||| ||||||||  |||||||| |||  | |||| ||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||    
T  15958793 ttcgcggtgtgtctgacatgctgacatcacaggaacaacttcagttacatccaaatatgaagttaatatggcataaacaggttcctcttaaagtctctat 15958892  T
Q  641 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
     |||||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||    
T  15958893 tcttgcttggcggcttttgagggatcatttacctacgaaagcaaatttg 15958941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 589 - 676
Target Start/End: Original strand, 18651262 - 18651349
Alignment:
Q  589 atcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  18651262 atcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtctctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 18651349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 588 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 12734238 - 12734150
Alignment:
Q  588 catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  12734238 catcataatatggatttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 12734150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 65 - 127
Target Start/End: Original strand, 2516303 - 2516365
Alignment:
Q  65 taaatgcaagtaaatttataaatattgatgacgtcattttagataaagatcctagtagtggtg 127  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||| ||||||||||| |||| |||||||    
T  2516303 taaatccaagtaaatttattaatattgataatgtcattatagataaagattctaggagtggtg 2516365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 594 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 2553744 - 2553686
Alignment:
Q  594 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcg 652  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  2553744 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcg 2553686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 543 - 649
Target Start/End: Original strand, 24767406 - 24767512
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || ||  |  | |||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  24767406 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccctagttacatcaaaatatggagttaattttgcataaacaggttcctatcaaagtctctatcc 24767505  T
Q  643 ttgcttg 649  Q
    |||||||    
T  24767506 ttgcttg 24767512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 545 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 13937856 - 13937712
Alignment:
Q  545 tggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 643  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| |||||  |    
T  13937856 tggtgtgtatgatatgttgacttcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtctatttt 13937758  T
Q  644 tgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    |||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  13937757 tgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttg 13937712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 735 - 788
Target Start/End: Original strand, 14373170 - 14373223
Alignment:
Q  735 tgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 788  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||    
T  14373170 tgggcatgatgaagatgtaaatcatttgtttttgtcttgtccattttttggtgc 14373223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 157; Significance: 5e-83; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 27767212 - 27766940
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  27767212 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 27767113  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  27767112 aagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctacaaaatcaaatttggtggaacgtgggattatatatgtggaaaatcggttttgtgt 27767013  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27767012 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgctttgtggcct 27766940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 527 - 801
Target Start/End: Original strand, 18359058 - 18359336
Alignment:
Q  527 tagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcct 626  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||    
T  18359058 tagaggttatactgttcgtggtgtatatgacatgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctagcataaacaggttcct 18359157  T
Q  627 ttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggtttt 721  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||| | ||| ||     ||| | ||||||||    
T  18359158 ttaaaagtttcaatccttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcagatcgt-gcattatatatgtggaggatcggtttt 18359256  T
Q  722 gtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  18359257 gtgtcacgggatctgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccgattttcggtgcattgtggcctatg 18359336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 33385344 - 33385616
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||    
T  33385344 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaa 33385443  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||| ||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  33385444 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggcacgtggaattatatctgtggaaaatcggttttgtgt 33385543  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33385544 atcgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 33385616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 10776935 - 10776662
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaa-atatggagttaatctgacataaacagattccttta 629  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  10776935 ggttatactgtccgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaatatatggagttaatttggcataaacaggttccctta 10776836  T
Q  630 aaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtg 724  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||| ||     ||||  |||||||||||    
T  10776835 aaagtttctatccttgcttggcgactgctgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggcacgtgggattatatctgtggaaaatcggttttgtg 10776736  T
Q  725 taacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10776735 tatcgggatgtgggcaagttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 10776662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 133; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 8300152 - 8300424
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  8300152 ggttatactgttcgtggtgcatatgacctgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 8300251  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  8300252 aagtttctatccttgtttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccggttttgtgt 8300351  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  8300352 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgccttgtggcct 8300424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 25857394 - 25857666
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  25857394 ggttatactgttcgtggtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcttgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 25857493  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   || ||||||||    
T  25857494 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgtggaaaaccgattttgtgt 25857593  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||   | ||||||||| |||||||||    
T  25857594 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtttgacttttggtgccttgtggcct 25857666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 573 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 27795611 - 27795378
Alignment:
Q  573 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 672  Q
    |||||||||||  |||||| || |||||||||| |||| || |||||| | ||| | |||||| |  || ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27795611 gaacaacctcagattcatccaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacctctcaaagttacagtctttgcttggcggttgttgagggatcgtttgc 27795512  T
Q  673 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 767  Q
    |||||||| | |||||| || | ||||| ||| ||     ||| ||| || | ||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  27795511 ctactaaagccaatttggcaaatcgtggcattttaccgttggaggctaggctatgtgtcacgggctgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgttttt 27795412  T
Q  768 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||||  | |||||||| ||||||||||||    
T  27795411 gtcttgtcctttctttggtgctttgtggcctatg 27795378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 593 - 788
Target Start/End: Original strand, 19255154 - 19255355
Alignment:
Q  593 aaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtca 692  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||| || | ||||| |||||||||||||||||| |  |||||||||| || ||||| |||   |||||| ||    
T  19255154 aaatatggagttaatttggcataaacagatttctctcaaagtatctatccttgcttggcggtttctgagggatcggttacctacaaaaaataatttggca 19255253  T
Q  693 gaacgtgggatt-----ctaggaa-gctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggt 786  Q
     |  |||| |||     || |||  || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  19255254 aattgtggcattattcccttggagcgcgcggttgtgtgtcactggatgcgggcacgttgaagatgtcaatcatttgttcttgtcttgtccaacttttggt 19255353  T
Q  787 gc 788  Q
    ||    
T  19255354 gc 19255355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 8e-17
Query Start/End: Original strand, 551 - 676
Target Start/End: Original strand, 28535665 - 28535790
Alignment:
Q  551 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 650  Q
    |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | |||||||| ||||||||||| || |||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  28535665 ctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcagttacatcaaaacatggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctatccttgcttgg 28535764  T
Q  651 cggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    || ||  |||||||||| || |||||    
T  28535765 cgacttctgagggatcggttacctac 28535790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 543 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 26073050 - 26072913
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    |||||||| |||||| || |||||||   |||||| || ||| | ||||||||| |||||||||| || |||||| |  ||||||| |||||  |||||     
T  26073050 cgtggtgtgtatgacttgctgacatcgcaggaacagccccatttgcatcaaaatttggagttaatttggcataaatatgttcctttgaaagtccctatct 26072951  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaa 680  Q
    ||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  26072950 ttgtttggcgactgttgagggatcgattacctactaaa 26072913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 594 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 23238491 - 23238283
Alignment:
Q  594 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcag 693  Q
    |||||||||||||| || |||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| ||     
T  23238491 aatatggagttaatttggcataaataggttcctctcaaagtttctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagtaatttggcaa 23238392  T
Q  694 aacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 788  Q
    | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||    
T  23238391 accgtggcattttagctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 23238292  T
Q  789 attgtggcc 797  Q
    ||| |||||    
T  23238291 attatggcc 23238283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 543 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 42928289 - 42928165
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||   |||||| || ||  | |||| ||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  42928289 cgtggagtctatgacatgctgacatcgcaggaacagccccagttacatccaaatatggagttaatttggtataaacaggttcctctcaaagtctctatcc 42928190  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcg 667  Q
    ||| |||||||||  ||||||||||    
T  42928189 ttgtttggcggcttctgagggatcg 42928165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 594 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 8228133 - 8228051
Alignment:
Q  594 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| | || ||||| ||||| || |||||    
T  8228133 aatatggagttaatttgacataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctac 8228051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 544 - 678
Target Start/End: Original strand, 18089744 - 18089878
Alignment:
Q  544 gtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 643  Q
    ||||||| |||||||||||||||   | ||||||||| | | |||| |||||| |||||||||| || || |||||| | || || ||||| |||||| |    
T  18089744 gtggtgtgtatgacatgttgacagtgtaggaacaaccccttattcaacaaaatttggagttaatttggcacaaacaggtaccgttgaaagtctctatctt 18089843  T
Q  644 tgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctacta 678  Q
    |||||| || || ||||| |||||||| |||||||    
T  18089844 tgcttgacgactattgagagatcgtttacctacta 18089878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 541 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 33169818 - 33169670
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 639  Q
    |||||||||| ||||| ||| |||| || | |||| |||| |||||| ||||||||||||||||| || || || |||||| | ||||| ||||| ||||    
T  33169818 ttcgtggtgtgtatgatatgctgacttcgtaggaaaaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaacaggtgcctttgaaagtgtcta 33169720  T
Q  640 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  33169719 tttttgcttggcgtttgctgagggaccggttacctactaaacaaaatttg 33169670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 551 - 652
Target Start/End: Original strand, 35983781 - 35983882
Alignment:
Q  551 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 650  Q
    |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | |||||||| ||||||||||| || | || |||| ||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  35983781 ctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcagttacatcaaaacatggagttaatttggcttacacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttgg 35983880  T
Q  651 cg 652  Q
    ||    
T  35983881 cg 35983882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 541 - 641
Target Start/End: Original strand, 27165932 - 27166032
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 640  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||  |||||||||  || | |||||||||||||| ||||| || ||  ||||| | ||| ||||||| |||||    
T  27165932 ttcgtggtgtttatgacatgttggcatcacaggaacaacccaatttacatcaaaatatggaattaatttggcaccaacaggtacctctaaaagtctctat 27166031  T
Q  641 c 641  Q
    |    
T  27166032 c 27166032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 552 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 31641660 - 31641537
Alignment:
Q  552 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 651  Q
    ||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | |||||||| ||||||||||| || |||| |||| ||||| | ||||||||||||||||| |||     
T  31641660 tatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacatggagttaatttggcatacacaggttcctct-aaagtttctatccttgcatgga 31641562  T
Q  652 ggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    | ||  |||||||||| || |||||    
T  31641561 gactactgagggatcggttacctac 31641537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 520 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 24408109 - 24407995
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaac 618  Q
    |||||||| | || |||||  |||||||||| ||||| |||||||||||   ||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| || || |||||||    
T  24408109 atcagattggtgggtatacggttcgtggtgtgtatgatatgttgacatcgcaggaacaacc-catgttacatcaaagtatggagttgatttggcataaac 24408011  T
Q  619 agattcctttaaaagt 634  Q
    || | ||||| |||||    
T  24408010 aggtacctttgaaagt 24407995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 594 - 652
Target Start/End: Original strand, 27117194 - 27117252
Alignment:
Q  594 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcg 652  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  27117194 aatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcg 27117252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 157; Significance: 5e-83; HSPs: 18)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 12697983 - 12697711
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || ||||||||| |||||||||    
T  12697983 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatgaaattaatttggcataaacaggttcctttaa 12697884  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  12697883 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaaatttggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 12697784  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12697783 aacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattatggcct 12697711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 20002906 - 20002613
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  20002906 atcagattagaggctatactgttcgtggtgtttatgacatgttgacatcacacgaacaacctcatgttaatcaaaatatggagttaatttggcataaaca 20002807  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta------------ 707  Q
    | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |                
T  20002806 ggttcttttaaaagtttctatcattgcttggcggctgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcagaccgtggcattacatctgtggactgt 20002707  T
Q  708 ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  20002706 ggaggctcggttttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccatttttcggtgcattgtggcctatg 20002613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 8361270 - 8360998
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||  ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||    
T  8361270 ggttatattgttcgtggtgtatatgatttgttgccatcacaggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcccttaa 8361171  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||   | |||||| ||| ||      |||  ||||||||||||    
T  8361170 aagtttctatccttgtttggcgactgctgaggaatcgtttacctagtaaatcaaatttggtggcacgtggaattatatctgttgaaaatcggttttgtgt 8361071  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8361070 atcgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 8360998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 531 - 676
Target Start/End: Original strand, 45472679 - 45472824
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  45472679 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaaccacctcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 45472778  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  45472779 aagtttctatccttgtttggcgactgttgagggatcgtttacctac 45472824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 520 - 694
Target Start/End: Original strand, 55725645 - 55725819
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    |||||| | |||| |||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  55725645 atcagactggaggatatactgttcatggtgtgtatgatatgttgacatcacaggaacaacctcatgtttatcaaaatatggagttaatttggcataaaca 55725744  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcaga 694  Q
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||  |||||| ||||    
T  55725745 agttcctctaaaagtttcaatccttgcttggcggctattgagggatcgcttacctacaaaatacaatttggcaga 55725819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 573 - 801
Target Start/End: Original strand, 54483171 - 54483404
Alignment:
Q  573 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 672  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| || |||||| | ||| |||||||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  54483171 gaacaacctcagattcatcaaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacctctaaaagttacagtctttgcttggcggttgttgagggatcgtttac 54483270  T
Q  673 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 767  Q
    |||||||| | |||||| || | || || ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  54483271 ctactaaaaccaatttgacaaatcgcggcattttatcgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgttttt 54483370  T
Q  768 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  54483371 gtcttgtccattctttggtgctttgtggcctatg 54483404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 534 - 801
Target Start/End: Original strand, 2822010 - 2822282
Alignment:
Q  534 tatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaag 633  Q
    |||||| ||| ||| || |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||| ||||||    
T  2822010 tatactgttcatggggtatatgacttgttgacatcataggaacaacctcatattcatcaaaatatggagttaatctggcacaaacaggtacctctaaaag 2822109  T
Q  634 tttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaac 728  Q
    ||||  ||| |||||||||  ||||||||||||| || ||||||||| | ||| || || | |  || ||| ||     ||| ||| || |||| || ||    
T  2822110 tttcagtccatgcttggcgattgttgagggatcgcttacctactaaagctaatctgacaaatcacggaattttaccgatggaggctaggctttgcgtcac 2822209  T
Q  729 gggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    || ||||||||||||||||||||||  ||||||||| || || |||||  | || ||||| ||||||||||||    
T  2822210 ggaatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatgtgtttttatcatgtccgttcttcggtgctttgtggcctatg 2822282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 9e-26
Query Start/End: Original strand, 714 - 798
Target Start/End: Original strand, 4548377 - 4548461
Alignment:
Q  714 tcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  4548377 tcggttttgtgtaacgggatgcgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgcccaatttttggtgcattgtggcct 4548461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 573 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 48312223 - 48311990
Alignment:
Q  573 gaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgc 672  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||||||||| |||| || |||||| | | | |||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||| ||| |    
T  48312223 gaacaacctcagattcatcaaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacatctaaaagttacagtccttgcttgggggttgttgagggatcatttac 48312124  T
Q  673 ctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttctt 767  Q
    |||||||| | |||||| || | ||  | ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||    
T  48312123 ctactaaagccaatttgacaaatcgcagcattttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgttttt 48312024  T
Q  768 gtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
     ||||||||| | || ||||| ||||||||||||    
T  48312023 atcttgtccattcttcggtgctttgtggcctatg 48311990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 543 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 7404071 - 7403812
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||||||||| ||||||| || ||||||||  ||| ||| ||||| |||||||    
T  7404071 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatatgaagttaatttggcataaacaagttcatttcaaagtctctatcc 7403972  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 737  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||| ||    
T  7403971 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaaaagaatttggcaaaccgtggcattttacgtttggaggcgcggttgtgtgtctctggatgcgg 7403872  T
Q  738 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 797  Q
    | | ||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| |||| |||| || |||||    
T  7403871 gaacgttgaagatgtcaatcatttgtttttgtcttgtccaacttttagtgccttatggcc 7403812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 544 - 689
Target Start/End: Original strand, 11587181 - 11587326
Alignment:
Q  544 gtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcct 643  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||  |||||| |||||  | |||| |  |||||||||||| || |||||| |||| ||| | ||||| ||||| ||    
T  11587181 gtggtgtgtatgacatgctgacatcacaggaacagcctcagttgcatccatctatggagttaatttggcataaatagatacctatcaaagtatctattct 11587280  T
Q  644 tgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    ||||||||||||  ||||| ||||||| ||||| |||  |||||||    
T  11587281 tgcttggcggcttctgaggaatcgtttacctacgaaagaaaatttg 11587326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 543 - 650
Target Start/End: Complemental strand, 15740379 - 15740272
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| || || ||  | || || |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  15740379 cgtggagtctatgatatgttgacatcataggagcagccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 15740280  T
Q  643 ttgcttgg 650  Q
    ||||||||    
T  15740279 ttgcttgg 15740272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 551 - 788
Target Start/End: Original strand, 1828530 - 1828772
Alignment:
Q  551 ctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttgg 650  Q
    |||||| ||||||||||||  ||| || || ||  | ||||| |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  1828530 ctatgatatgttgacatcacaggagcagccccagttacatcataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttgg 1828629  T
Q  651 cggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttg 745  Q
     | || ||| | ||| | || ||||| ||| | |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | || |||||| ||||||    
T  1828630 agactattgcgagataggttacctacaaaaactaatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctgggtgtgggaatgttg 1828729  T
Q  746 aagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 788  Q
    |||||||  ||||| |||| ||||||||| ||| |||||||||    
T  1828730 aagatgttgatcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgc 1828772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 543 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 19755425 - 19755316
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||   || || || ||  |||||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  19755425 cgtggggtctatgacatgctgacatcacaagagcagccccaatttcatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 19755326  T
Q  643 ttgcttggcg 652  Q
    ||||||||||    
T  19755325 ttgcttggcg 19755316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 543 - 652
Target Start/End: Original strand, 19784381 - 19784490
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||   || || || ||  |||||||  ||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  19784381 cgtggggtctatgacatgctgacatcacaagagcagccccaatttcatcatcatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 19784480  T
Q  643 ttgcttggcg 652  Q
    ||||||||||    
T  19784481 ttgcttggcg 19784490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 598 - 676
Target Start/End: Original strand, 47685932 - 47686010
Alignment:
Q  598 tggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    |||| ||||| |||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  47685932 tggacttaatttgacataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttggcgacttttgagagatcggttacctac 47686010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 541 - 689
Target Start/End: Complemental strand, 46145835 - 46145687
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgtt-catcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttcta 639  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||   ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| || || || ||| || | ||||| ||||| ||||    
T  46145835 ttcgtggtgtgtatgatatgttgacttcgcaggaacaacc-catgttacatcaaaatatggagttgatttggcacaaataggtgcctttgaaagtgtcta 46145737  T
Q  640 tccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    |  ||||||||||  || ||||||| || || |||||||||  |||||||    
T  46145736 tttttgcttggcgcttgctgagggaccgattacctactaaacaaaatttg 46145687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 66 - 114
Target Start/End: Original strand, 21402206 - 21402254
Alignment:
Q  66 aaatgcaagtaaatttataaatattgatgacgtcattttagataaagat 114  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  21402206 aaatgcaagtaaatttattaatattgatgaagtcattataaataaagat 21402254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 155; Significance: 7e-82; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 7e-82
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 37254939 - 37254653
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37254939 atcagattagaggctatcctgttcgtggtgtatacgacatgttgacatcacgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaaca 37254840  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | || ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||| ||||  |||| ||| ||     |||  ||    
T  37254839 ggttactttaaaagtttcaatccttgcttggcggttgttgagggatcgtttacctactaaatccaacttggcagattgtggcattatatctgtggagact 37254740  T
Q  715 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37254739 cggttttgtgtcacggaatgtggacattttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggcctatg 37254653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 531 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 18532798 - 18532568
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||| | |||||||||| |||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  18532798 ggttatattgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacatgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctcgcataaacaggttcctttaa 18532699  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||     ||||  ||||||||||||    
T  18532698 aagtttatatccttgcttggcgactgttgagggatcgtttacctactaaatcaattttggtagaacgtggaattctatctgtggaaaatcggttttgtgt 18532599  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaat 756  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18532598 aacgggatgtgggcaggttgaagatgtgaat 18532568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 520 - 799
Target Start/End: Complemental strand, 25619646 - 25619356
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgt------tcatcaaaatatggagttaatctgaca 613  Q
    |||||||||||||||||| | |  ||||||| ||||||||||| | ||||  |||||||||||||||      ||||||||||||||||||||| || ||    
T  25619646 atcagattagaggttatattgtctgtggtgtatatgacatgtttatatcacaggaacaacctcatgtacatgttcatcaaaatatggagttaatatggca 25619547  T
Q  614 taaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----g 708  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |     |    
T  25619546 taaacaggttcctttaaaagtttctatccttgcttggcggttgttgagggaacgattacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattgcatctgtg 25619447  T
Q  709 gaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggccta 799  Q
    || |  || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25619446 gaggaccgattttgtgtcacaggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattgtggccta 25619356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 543 - 676
Target Start/End: Original strand, 235419 - 235552
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||  ||| || || ||  | |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| | | ||||| |||||||    
T  235419 cgtggagtctatgacatgttgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcatctcaaagtctctatcc 235518  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  235519 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctac 235552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 543 - 797
Target Start/End: Original strand, 11277234 - 11277493
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||  ||| ||||| ||  | || || |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  11277234 cgtggagtctatgatatgctgacatcacaggagcaaccccagttacaccataatatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 11277333  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 737  Q
    |||||||||| || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||    
T  11277334 ttgcttggcgacttttgagagatcggttacctacgaaaaataatttggcaaaccgtggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgg 11277433  T
Q  738 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 797  Q
    | | ||||||||||| |||||| |||| | |||||||  || |||| ||||||| |||||    
T  11277434 gaacgttgaagatgttaatcatttgttttagtcttgtgtaaattttagtgcattatggcc 11277493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 752 - 801
Target Start/End: Complemental strand, 18530454 - 18530405
Alignment:
Q  752 tgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18530454 tgaatcatttgtttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 18530405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 541 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 17720795 - 17720660
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 640  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||  ||| || |||||  | ||||||||  |||||||||| || |||| |||| ||||| | |||||||||||    
T  17720795 ttcgtggagcctatgacatgctgacatcacaggagcagcctcacttacatcaaaacttggagttaatttggcatacacaggttcctctcaaagtttctat 17720696  T
Q  641 ccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctac 676  Q
    |||||| ||||| ||  |||||||||| || |||||    
T  17720695 ccttgcatggcgacttctgagggatcggttacctac 17720660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 543 - 652
Target Start/End: Complemental strand, 47877141 - 47877032
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | |||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  47877141 cgtggagtttatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacatcaaaatagggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 47877042  T
Q  643 ttgcttggcg 652  Q
    ||||||||||    
T  47877041 ttgcttggcg 47877032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 603 - 689
Target Start/End: Original strand, 551595 - 551681
Alignment:
Q  603 ttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||| || || ||  |||||||||||||| |  | ||||| |||||||| ||||||||||||    
T  551595 ttaatttggcataaacaggttcctttaaaggtgtcaatttttgcttggcggctgatccgtgatcgcttgcctaccaaatcaaatttg 551681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 64 - 150
Target Start/End: Original strand, 31023543 - 31023629
Alignment:
Q  64 gtaaatgcaagtaaatttataaatattgatgacgtcattttagataaagatcctagtagtggtgtttcaaatgttgcataaaaaatt 150  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| |||||||  ||||   |||||||||| |||| ||||||| ||||  |||||||| |||||||    
T  31023543 gtaaatgcaagaaaatttattaattttgatgagatcatcaaagataaagattctaggagtggtggttcatgtgttgcattaaaaatt 31023629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 596 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 29968080 - 29968027
Alignment:
Q  596 tatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttg 649  Q
    |||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  29968080 tatggagttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatccttgcttg 29968027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 153; Significance: 1e-80; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Complemental strand, 43388537 - 43388265
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  43388537 ggttatactgttcgtggtgtatatgacttgttgacatcacaggaacaacttcatgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 43388438  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| |||   |||||||||||| ||     ||||  ||||||||||||    
T  43388437 aagtttctatccttgcttggcgattgttgagggatcgtttacctactaaatcaaaattggtggaacgtgggattatagctgtggaaaatcggttttgtgt 43388338  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    |||||||||  |||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43388337 aacgggatgcaggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 43388265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 520 - 801
Target Start/End: Original strand, 37191169 - 37191455
Alignment:
Q  520 atcagattagaggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaaca 619  Q
    |||||||||||||||||| | |  ||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||     
T  37191169 atcagattagaggttataatgtctgtggtgtatatgacatgttgacatcacatgaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctggcataaact 37191268  T
Q  620 gattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagct 714  Q
    | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || ||| |||| ||||| |||  |     ||| | |    
T  37191269 ggttcatttaaaagtttatatccttgcttggcggctgttgagagatcgattacctactaaatccaacttggcagatcgtggcattacatctgtggaggat 37191368  T
Q  715 cggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcctatg 801  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  37191369 cgattttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatatgtttttgtcttgtccaattttcggtgcattatggcctatg 37191455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 531 - 798
Target Start/End: Original strand, 16917779 - 16918051
Alignment:
Q  531 ggttatactcttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaa 630  Q
    ||||||||| |||||||||  |||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||    
T  16917779 ggttatactgttcgtggtgcatatgacttgttgacatcacaggaacaacctcttgttcatcaaaatatggagttaatttggcataaacaggttcctttaa 16917878  T
Q  631 aagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgt 725  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||   | ||| |||||| ||     ||||   |||||||||||    
T  16917879 aagtttctatccttgcttggcgactgttgagggatcgcttacctactaaatctaatttggtggcacgagggattatagctgcggaaaaccggttttgtgt 16917978  T
Q  726 aacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcct 798  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  16917979 aatgggatgtgggcaggttgaagatgtgaatcatttatttttgtcttgtccgacttttggtgctttgtggcct 16918051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 590 - 801
Target Start/End: Original strand, 51993757 - 51993973
Alignment:
Q  590 tcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttg 689  Q
    ||||| |||||||||| |||| || |||||| | ||| |||||||| |   ||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  51993757 tcaaagtatggagttagtctggcacaaacaggtacctctaaaagttacagcccttgcttggcggttgataagggatcgtttacctactaaagccaatttg 51993856  T
Q  690 tcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttg 784  Q
     || | |  || ||| ||     ||| ||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || | |||||||||||| | || |    
T  51993857 acaaatcacggcattttaccgatggaggctaggctttgtgtcacgggatgtgggcatgttgaagatgtgtctcatttgattttgtcttgtccattcttcg 51993956  T
Q  785 gtgcattgtggcctatg 801  Q
    |||| ||||||||||||    
T  51993957 gtgctttgtggcctatg 51993973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 543 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 51052638 - 51052379
Alignment:
Q  543 cgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatcc 642  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| ||||| | ||||| |||||||    
T  51052638 cgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggttcctctcaaagtatctatcc 51052539  T
Q  643 ttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcagaacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgg 737  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |||   |||||| || | ||||| ||||||     ||| |  ||||| |||||  | ||||||||    
T  51052538 ttgcttggcgacttctgagggatcggttacctacaaaacttaatttggcaaatcgtggcattctatctgtggaggagcggttatgtgtttctggatgtgg 51052439  T
Q  738 gcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgcattgtggcc 797  Q
    |  ||| ||||||||   |||| |||| ||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  51052438 gattgtcgaagatgtttctcatttgtttttgtcttgtgcaacttttggtgcattatggcc 51052379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 552 - 664
Target Start/End: Original strand, 47623068 - 47623180
Alignment:
Q  552 tatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggc 651  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||  | |||  | ||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| ||||| ||||||||||    
T  47623068 tatgacatgctgacatcacaggaacaacctcagttacattcatatatggaattaatttggcataaacaggtacctctcaaagtatctattcttgcttggc 47623167  T
Q  652 ggctgttgaggga 664  Q
    |||| ||||||||    
T  47623168 ggcttttgaggga 47623180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 147
Target Start/End: Original strand, 48046184 - 48046280
Alignment:
Q  51 gaaaaaacataaggtaaatgcaagtaaatttataaatattgatgacgtcattttagataaagatcctagtagtggtgtttcaaatgttgcataaaaa 147  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |||| ||||| |||||  ||||| ||||||||||| |||  | ||||| || | ||||||||||||||    
T  48046184 gaaaaaacaagaggtaaatgcaagtaaaattatcaatatggatgagatcattatagataaagattctatgaatggtggtttatatgttgcataaaaa 48046280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 541 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 35541209 - 35541083
Alignment:
Q  541 ttcgtggtgtctatgacatgttgacatcatgggaacaacctcatgttcatcaaaatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctat 640  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||  ||| || || ||  | || || |||||||| ||||| || ||||||||| | ||| | ||||| |||||    
T  35541209 ttcgtggagtctatgacatgctgacatcacaggagcagccccagttacaccataatatggacttaatttggcataaacaggtccctctcaaagtatctat 35541110  T
Q  641 ccttgcttggcggctgttgagggatcg 667  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||    
T  35541109 ccttgcttggcgactactgagggatcg 35541083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 594 - 797
Target Start/End: Complemental strand, 3359 - 3151
Alignment:
Q  594 aatatggagttaatctgacataaacagattcctttaaaagtttctatccttgcttggcggctgttgagggatcgtttgcctactaaatcaaatttgtcag 693  Q
    |||||||||||||| || ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||| || ||||| |||   |||||| ||     
T  3359 aatatggagttaatttggcataaacaggttcctcttaaagtttctatccttgcttggagacttttgagagatcggttacctacgaaaagcaatttggcaa 3260  T
Q  694 aacgtgggattcta-----ggaagctcggttttgtgtaacgggatgtgggcatgttgaagatgtgaatcatgtgttcttgtcttgtccaatttttggtgc 788  Q
    | | ||| ||| ||     ||| || ||||| |||||  | ||||||||| | ||||||||||| |||||| |||| |||||||||  || |||| ||||    
T  3259 accatggcattttacctttggaggcgcggttgtgtgtttctggatgtgggaacgttgaagatgttaatcatttgtttttgtcttgtgtaacttttagtgc 3160  T
Q  789 attgtggcc 797  Q
    ||| |||||    
T  3159 attatggcc 3151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University