View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13637_low_8 (Length: 235)

Name: NF13637_low_8
Description: NF13637
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13637_low_8
NF13637_low_8
[»] chr8 (20 HSPs)
chr8 (19-220)||(23262132-23262333)
chr8 (39-204)||(25730861-25731026)
chr8 (38-204)||(24916949-24917114)
chr8 (39-203)||(25379874-25380038)
chr8 (39-203)||(25433630-25433794)
chr8 (46-204)||(25711038-25711196)
chr8 (39-204)||(25688399-25688564)
chr8 (49-203)||(25470031-25470185)
chr8 (46-203)||(25331254-25331411)
chr8 (39-204)||(25486062-25486227)
chr8 (39-203)||(25599439-25599603)
chr8 (46-207)||(25825896-25826057)
chr8 (46-207)||(24890242-24890403)
chr8 (46-207)||(25428470-25428631)
chr8 (46-207)||(25501209-25501370)
chr8 (40-204)||(22880526-22880690)
chr8 (49-177)||(25407970-25408098)
chr8 (70-179)||(25687355-25687464)
chr8 (46-214)||(25635477-25635645)
chr8 (143-204)||(25738347-25738408)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (39-204)||(25409-25574)
scaffold0070 (39-214)||(41102-41276)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-206)||(23394147-23394339)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (46-203)||(10332161-10332318)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 20)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 19 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23262333 - 23262132
Alignment:
Q  19 acttcggaccccaataatccgttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23262333 acttcggaccccaataatccgttggtaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttc 23262234  T
Q  119 acagtttgaatctcacaaacatgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcctacaatacctt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23262233 acagtttgaatctcacaaacatgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcctacaatacctt 23262134  T
Q  219 tg 220  Q
    ||    
T  23262133 tg 23262132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 39 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25731026 - 25730861
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||| ||||  |||     
T  25731026 gttggctaataattggtcaacttcctcttctgtatgcaattgggttggtgtaacttgtgatgagcgacacggtagagtccacagtttgattctcctaaat 25730927  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||    
T  25730926 atgtgtcttagaggtaccgtttccccaaacttggggaatctgtcctttcttgttatacttgacctc 25730861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 204
Target Start/End: Original strand, 24916949 - 24917114
Alignment:
Q  38 cgttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaa 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| | ||||||| ||||  | |    
T  24916949 cgttggctaataattggtcaacctcctcttccgtatgcacttgggttggtgtaacttgtgatgagcgacacggtagagtttatagtttgattctccgaca 24917048  T
Q  138 catgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || |||||||||| ||||||||||    
T  24917049 cat-gatcttagaggtaccgtttccccaaacttggggaatttgtccttccttgttatacttgacctc 24917114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 39 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25380038 - 25379874
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||| || |||||||  |||  ||||    
T  25380038 gttggctaataattggtcaacctcctcttctgtatgcaattgggttggtgtaacttgtgatgagcgacacaatagagtccatagtttgatcctccaaaac 25379939  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacct 203  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||    
T  25379938 atgagtcttagaggtaccgtttccccaaacttggggaatctgtcctttcttgttatacttgacct 25379874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 39 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25433794 - 25433630
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  25433794 gttggctaataattggtcaacctcatcttccgtatgcaattggattggtgtaacttgtgatgagcggcacggtagagttcacagtttgattctccgaaac 25433695  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacct 203  Q
    ||| |||   ||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  25433694 atgagtcaaggaggtaccgtttccccaaacttggggaatctgtccttccttgttatacttgacct 25433630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 46 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25711196 - 25711038
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    ||||||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||||| ||||  ||| ||| |||    
T  25711196 aataattggtcaactgcatcttctgtatgcaattgggttggtgtaacttgtgacgagcgtcacggtagagtccaaagtttgattctccaaaatatgagtc 25711097  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||    
T  25711096 ttagaggtaccgtttccccaaacttggggaatctgtcctttcttgttatacttgacctc 25711038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 39 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25688564 - 25688399
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| | ||||  ||||    
T  25688564 gttggctaataattggtcaacatcctcttctgtatgtagttgggttggtgtaacttgtgatgagcgacacggaagagtccatagtttaattctccaaaac 25688465  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || ||||| |||| ||||||||||    
T  25688464 atgagtcttagaggtattgtttccccaaacttggggaatatgtccttcctagttatacttgacctc 25688399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25470185 - 25470031
Alignment:
Q  49 aattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtctta 148  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |  ||||||| ||||  ||||||| ||||||    
T  25470185 aattggtcaacctcctcttctgtatgcaattgggttggtgtaacttgtgatgagcgacacggaagagtccgtagtttgattctccgaaacatgagtctta 25470086  T
Q  149 gaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacct 203  Q
     |||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||    
T  25470085 aaggtaccgtttctccaaacttggggaatctgtcatttcttgttatacttgacct 25470031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 46 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25331411 - 25331254
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||| ||||  ||||||| |||    
T  25331411 aataattggtcaacatcctcttctgtatgtaattgggctggtgtaacttgtgatgagcggcatggtagagtccacagtttgattctccaaaacatgagtc 25331312  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacct 203  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| |||||||||    
T  25331311 ttagaggcaccgtttccccaaacttggggaatctgtcctttcttgttatacttgacct 25331254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 39 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25486227 - 25486062
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||| |||||  | ||||||| ||||  ||||    
T  25486227 gttggctaataattggtcaacctcctcttctgtgtgcagttgggttggtgtcacttgtgatgagcgtcacggaagagtatatagtttgattctccgaaac 25486128  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| | || || ||||||| ||||||||||    
T  25486127 atgagtcttagaggtactgtttccccaaatttagggaatatgtcctttcttgttatacttgacctc 25486062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 39 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25599603 - 25599439
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||||| ||||  | ||    
T  25599603 gttggctaataattggtcaacctcctcttctgtatgcacttgggctggtgtaacttgtgatgagcgacatggtagagtccatagtttgattctccgagac 25599504  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacct 203  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||| | |||||| | || ||||||||||  ||||||||    
T  25599503 atgagtcttagaggtaccgtttccccaaacatagggaatttgtcattccttgttatgcttgacct 25599439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 46 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25826057 - 25825896
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||| || ||||||   ||||| || ||||||||||||  ||||||| |||    
T  25826057 aataattggtcaacatcctcttctgtatgcacttgggttggtgtcgcttgtgatgagcgacacaacagagtccatagtttgaatctccaaaacatgagtc 25825958  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcc 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || |||||||||| |||| ||||||||    
T  25825957 ttagaggtattgtttccccaaacctggggaatttgtcgttccttgttatacttaacctctcc 25825896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 46 - 207
Target Start/End: Original strand, 24890242 - 24890403
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    ||||||||||||||  ||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||   ||||| || ||||||||||||   |||||| |||    
T  24890242 aataattggtcaacatcctctcctgtatgcacttgggttggtgtcacttgtgatgagcgacacaacagagtccatagtttgaatctccataacatgagtc 24890341  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcc 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || |||||||||| |||| ||||||||    
T  24890342 ttagaggtattgtttccccaaacctggggaatttgtcgttccttgttatacttaacctctcc 24890403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 46 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25428631 - 25428470
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| || || ||||||   ||||| || ||||||| ||||  ||||||| |||    
T  25428631 aataattggtcaacatcctcttctgtatgcacttgggttggtgtcacttgcgatgagcgacacaacagagtccatagtttgattctccgaaacatgagtc 25428532  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||||| |||| | ||||||    
T  25428531 ttagaggtactgtttccccaaacctggggaatttgtcgttccttgttatacttaatctctcc 25428470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 46 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25501370 - 25501209
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    ||||||||||||||  |||||   ||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||   ||||| || ||||||||||||   |||||| |||    
T  25501370 aataattggtcaacatcctctcatgtatgcacttgggttggtgtcacttgtgatgagcgacacaacagagtccatagtttgaatctccataacatgagtc 25501271  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcc 207  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||| | || |||||||||| |||| ||||||||    
T  25501270 ttagaggtattgtttccccaaacctggggaatttgtcgttccttgttatacttaacctctcc 25501209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 40 - 204
Target Start/End: Original strand, 22880526 - 22880690
Alignment:
Q  40 ttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaaca 139  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||  |  ||||||||||||||||||    
T  22880526 ttggctaataattggtcaacatcctctcctatatgcagttgggttggtgtaacttgtgatgaacgacacaatagagtctatggtttgaatctcacaaaca 22880625  T
Q  140 tgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    ||   |||||||||||| ||||||| | | | |||||| | || || ||||||| ||||||||||    
T  22880626 tgaaccttagaggtactatttccccgagcattgggaatatgtcgtttcttgttatacttgacctc 22880690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 49 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 25408098 - 25407970
Alignment:
Q  49 aattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtctta 148  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||| ||||  ||||||| ||||||    
T  25408098 aattggtcaacctcctcttttgtatgcaattgggttggtgtcacttgtgatgagcgacacggaagagtccatagtttgattctccgaaacatgagtctta 25407999  T
Q  149 gaggtactgtttccccaaacttggggaat 177  Q
     |||||  |||||||||||||| ||||||    
T  25407998 aaggtatcgtttccccaaacttagggaat 25407970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 25687464 - 25687355
Alignment:
Q  70 gtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtcttagaggtactgtttccccaaact 169  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| |||   ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  25687464 gtatgcaattgggttggtgcaacttgtgacgggcgatacggtagagtccacagtttgattctacgaaacatgagtcttagaggtaccgtttcgccaaact 25687365  T
Q  170 tggggaatct 179  Q
    || |||||||    
T  25687364 tgaggaatct 25687355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 46 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 25635645 - 25635477
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    |||||||||||||| || ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||  ||||||  ||||||||||  |  |||||||| | |    
T  25635645 aataattggtcaactacatcttatgtatgtagttgggttggtgtcacttgtgatgagcgacacaatagagtcaacagtttgaaaatatcaaacatgagac 25635546  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcctacaata 214  Q
    || |||| ||| |||| |||||| |||||||| | || |||||||||| |||| |||||||| ||||||    
T  25635545 ttggaggcactatttctccaaacctggggaatttgtcgttccttgttatacttaacctctcccacaata 25635477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25738408 - 25738347
Alignment:
Q  143 gtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||||||    
T  25738408 gtcttagaggtaccgtttccccaaacttggggaatctgtcctttcttgttatacttgacctc 25738347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 90; Significance: 1e-43; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 39 - 204
Target Start/End: Original strand, 25409 - 25574
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||||| ||||  ||||    
T  25409 gttggctaataattggtcaacctcctcttccgtatgcaattggattggtgtaacttgtgatgagcggcacggtagagtccacagtttgattctccgaaac 25508  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctc 204  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||| ||||||||||    
T  25509 atgagtcttagaggtaccgtttccccaaatttggggaatatgtccttccttgttatacttgacctc 25574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 39 - 214
Target Start/End: Original strand, 41102 - 41276
Alignment:
Q  39 gttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaac 138  Q
    |||||| ||||||||||| ||  |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||||||| ||||  ||||    
T  41102 gttggctaataattggtccacatcctcttcagtgtgcagttgg-ttggtgtcacttgtgatgagcgacacggaagagtccatagtttgattctctgaaac 41200  T
Q  139 atgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctcctacaata 214  Q
    |||  ||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| || |||||| ||| ||| ||| ||||| ||||||    
T  41201 atgaatcttataggtactgttttccctgacttggggaatctttcgttccttattatactagacatctcccacaata 41276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 77; Significance: 7e-36; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 206
Target Start/End: Original strand, 23394147 - 23394339
Alignment:
Q  14 tcatcacttcggaccccaataatccgttggcaaataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtag 113  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||  ||| || ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||  |||    
T  23394147 tcattacttcagaccccaatgatatgttagctaataattggtcaacctcctcttctgtatgcagttgggttggtgtcacttgtgatgagagacaccatag 23394246  T
Q  114 agttcacagtttgaatctcacaaacatgggtcttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacctctc 206  Q
    ||| ||||| |||| ||||  ||||||| ||||||| |||||  |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  23394247 agtccacagcttgactctccgaaacatgagtcttagtggtacaatttctccaaagttggggaatctgtctttccttgttatacttgacatctc 23394339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 9e-20; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 46 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 10332318 - 10332161
Alignment:
Q  46 aataattggtcaaccacctcttcagtatgcagttgggttggtgtaacttgtgacgaccgacacggtagagttcacagtttgaatctcacaaacatgggtc 145  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||||||||||   |||||| || ||||| ||||||||  ||||||||| ||||  ||||||| | |    
T  10332318 aataattggtcaacctcctcatcggtatgcaattgggttggtgttgtttgtgatgagcgacatggtagagtctacagtttgattctccaaaacatgaggc 10332219  T
Q  146 ttagaggtactgtttccccaaacttggggaatctatctttccttgttaaacttgacct 203  Q
    ||||||| |   |||||||||||||||||||  | || || ||||||| |||||||||    
T  10332218 ttagaggcaacatttccccaaacttggggaacttgtcctttcttgttacacttgacct 10332161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University