View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13638_low_2 (Length: 540)

Name: NF13638_low_2
Description: NF13638
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13638_low_2
NF13638_low_2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (5-526)||(5101332-5101853)
chr2 (5-526)||(5118891-5119412)
chr2 (34-526)||(5080121-5080616)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (5-526)||(14412432-14412959)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (73-526)||(16885678-16886134)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (144-526)||(25647383-25647765)
chr8 (128-526)||(23258575-23258961)
chr8 (118-526)||(25323027-25323435)
chr8 (118-526)||(25695731-25696139)
chr8 (144-526)||(25715564-25715946)
chr8 (144-526)||(25800649-25801031)
chr8 (144-526)||(25341351-25341733)
chr8 (144-526)||(25570257-25570639)
chr8 (144-526)||(25453353-25453735)
chr8 (134-526)||(25605008-25605400)
chr8 (144-451)||(25311445-25311752)
chr8 (168-475)||(25686072-25686379)
chr8 (144-526)||(24874764-24875146)
chr8 (204-526)||(24912451-24912773)
chr8 (118-526)||(25476032-25476440)
chr8 (118-526)||(22900091-22900499)
[»] scaffold0070 (2 HSPs)
scaffold0070 (118-526)||(16325-16733)
scaffold0070 (144-247)||(49869-49972)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (128-526)||(3821-4219)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (123-526)||(10324224-10324621)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 526
Target Start/End: Original strand, 5101332 - 5101853
Alignment:
Q  5 acctccatgtgatcagcataggaaaaagtcaaagatgctatcaatcatatgcatatcatccataattgttgtgttaggcattttggttgttgcatccata 104  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||| ||||    
T  5101332 acctccatgtgataaacataggaaaaagtcaaagatgttattaatcatattgatatcatccataattgttgtgctatgtattttggttgttgcatgcata 5101431  T
Q  105 atacttcagattcataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtcc 204  Q
    |||||||  || |||||||||||||| | | ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  5101432 atacttcgaatgcataaaaggagaaagggtaaaaattcacttgaaaggggtttacacactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactagtgc 5101531  T
Q  205 aagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5101532 aagcaactaatggattcagtgagagtaatttacttggaaggggtggctttggatccgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcaattaa 5101631  T
Q  305 agtacttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagt 404  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| |||    
T  5101632 agtacttgacttgacaatggcagaagcatcaagaagctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatgagt 5101731  T
Q  405 agttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttct 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5101732 agttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaagatggttatactctgataactattttttggatttct 5101831  T
Q  505 tgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5101832 tgcaaaggttgaacataatgat 5101853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 526
Target Start/End: Original strand, 5118891 - 5119412
Alignment:
Q  5 acctccatgtgatcagcataggaaaaagtcaaagatgctatcaatcatatgcatatcatccataattgttgtgttaggcattttggttgttgcatccata 104  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  5118891 acctccatgtgataaacataggaaaaaatcaaagatgttattaatcatattgatatcatccataattgctgtgctaggcattttggttgttgcatgcata 5118990  T
Q  105 atacttcagattcataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtcc 204  Q
    |||||||  || |||||||||| ||| ||||| | ||||||||| ||| |||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |    
T  5118991 atacttcgaatgcataaaaggaaaaaggttgacagtccacttgagaggagtttatccgctctaggagttccaagaaggatttcctattatgaacttgtgc 5119090  T
Q  205 aagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaa 304  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5119091 aagcaactaatggattcagtgacagtaatttacttggaagaggtggttttggatccgtgtataatggaatgctttctagtgggaagatgatagcaattaa 5119190  T
Q  305 agtacttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagt 404  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| |||    
T  5119191 agtacttgacttgacaatggcagaagcatcaagaagctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaaccttcgacatagaaatctagttcaaattatgagt 5119290  T
Q  405 agttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttct 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5119291 agttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaagatggttatactctgataactattttttggatttct 5119390  T
Q  505 tgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  5119391 tgcaaaggttgaacataatgat 5119412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 34 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 5080616 - 5080121
Alignment:
Q  34 caaagatgctatcaatcatatgcatatcatccataattgttgtgttaggcattttggttgttgcatccataatacttcagattcataaaaggagaaatgt 133  Q
    |||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | |||||| |||| ||||||| || || |||| || | | ||    
T  5080616 caaagatgttattaattgtatgcatatcatccataattgttgtgttgggcattttggctattgcatgcatagtacttcaaatgcacaaaaagaaagaagt 5080517  T
Q  134 tgaaaatccacttgaaaggggtttatccacta---taggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagt 230  Q
    |||||||||||||||||  | |||||| || |   ||||  ||  ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  5080516 tgaaaatccacttgaaaaagatttatcaacaaatttagggcttttaaaaaggatttcctattctgaacttgtgcaagcaactaatggatttagtgagact 5080417  T
Q  231 aaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatggaagcag 330  Q
    || ||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||     
T  5080416 aatttactaggaaagggtggctttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatggtagcaattaaagtacttgacttgaaattggaagcaa 5080317  T
Q  331 catcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatc 430  Q
    || ||| ||||||| |||||||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| |||| ||||  ||||||||||||  | ||||||  ||    
T  5080316 caacaaaaagctttaatgcagaatgcaatgctatgcgcaatcttcggcatcgaaatcttgttgagatcatcaccagttgttcaaatgttaatttcaggtc 5080217  T
Q  431 tctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    | | || |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||||||    
T  5080216 tttggtaatggagttaatgtcaaatggaagcttggaaaaatggttatacactgataactattttttaggtttcttgcaaagattgactataatgat 5080121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 14412959 - 14412432
Alignment:
Q  5 acctccatgtgatcagcataggaaaaagtcaaaga------tgctatcaatcatatgcatatcatccataattgttgtgttaggcattttggttgttgca 98  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||      |||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||| |||||| |  ||||||||    
T  14412959 acctccatgtgatcaacataggaaaaagtcaaagacaaagatgctattaatcatatccatatcactcataattgctgtgttgggcattattattgttgca 14412860  T
Q  99 tccataatacttcagattcataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaac 198  Q
    |  | ||| ||||| || |||||||||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14412859 tgtacaatgcttcaaatgcataaaaggaaaaaggttgaaagtccacgtgaaaggggtttatccactgtaggagttccaataaggatttcctattatgaac 14412760  T
Q  199 tcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagc 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14412759 tcgtccaagcaactaatggattcagcgagactaatttacttggaaggggtggttttggatcagtgtataaaggaatgctttctattgggaagatgatagc 14412660  T
Q  299 agttaaagtacttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagatt 398  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| || |||    
T  14412659 agttaaagtacttgacttaacaatggaagctacttcaagaagctttgatgcagaatgcaatgcaatgcgcaacctccggcatagaaatctcgtccaaatt 14412560  T
Q  399 atcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttgg 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||    
T  14412559 atcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaacggaagtttggaaaaatggttatactctaataacaattttttgg 14412460  T
Q  499 atttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  14412459 atttcttgcaaaggttgaacataatgat 14412432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 191; Significance: 1e-103; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 73 - 526
Target Start/End: Original strand, 16885678 - 16886134
Alignment:
Q  73 ttgtgttaggcattttggttgttgcatccataatacttcagattcataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccacta---tagg 169  Q
    ||||| ||| ||||||||||||   || |||||| ||||  || ||||||| || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||    ||||    
T  16885678 ttgtgatagccattttggttgtcctatgcataattcttctaatgcataaaaagaaaaaagttgaaaatccacttgaaatgggtttatcaactgatttagg 16885777  T
Q  170 agttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaa 269  Q
     ||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||| || || || |||||||||||     
T  16885778 ggttccaagaaggatttcatattatgaacttgtgcaagcaactaatggatttagcgagagtaacttacttggaaaggggggcttcggctctgtgtatcag 16885877  T
Q  270 ggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgca 369  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||    
T  16885878 ggaatgctttctaccgggaagatggtagcaattaaagtacttgacttgaatatggaagcaacatcaagaagttttgacgcagaatgcaatgcaatgcgca 16885977  T
Q  370 accttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaa 469  Q
      ||||| ||||||||||| ||| || |||| |  ||||||||||||   |||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16885978 ttcttcgacatcgaaatcttgttgaggttattacaagttgttcaaataaagatttcaagtcattggtgatggagtttatgtcaaatggaagtgttgaaaa 16886077  T
Q  470 atggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    |||||| ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16886078 atggttatactcggataactattgtttagatttcttgcaaaggttgaatataatgat 16886134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 6e-66; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 144 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25647765 - 25647383
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25647765 cttgaaaggggtttgtcaactttaggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25647666  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 342  Q
    |||| | |||||||||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| || |||||  || |||  |||||  ||||    
T  25647665 ggggagcatttggatctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgattt-acaatcagaggcaaaatcaaagagct 25647567  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25647566 ttgatgcagaatgtaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagaagttgatcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25647467  T
Q  443 gtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||| | |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  25647466 gttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaaatttcttgcaaaggttaaatataatgat 25647383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 128 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 23258961 - 23258575
Alignment:
Q  128 aaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgag 227  Q
    |||||||||||||    |||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||    
T  23258961 aaatgttgaaaatattgttgaaaggggtttatcaaccttaggagttccaagaagaatatcatattatgaacttgtgcaagcaacaaatggattcaatgag 23258862  T
Q  228 agtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatggaag 327  Q
    || || |||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| | |||| ||  |||  ||||||| |||||||||||| |||| |||  ||          
T  23258861 agcaatttacttggaacggggggctttggctctgtgtatcaagggaagcttcctgatggtgagatgattgcagttaaagtatttgatttgcaaa------ 23258768  T
Q  328 cagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaa 427  Q
          |||  ||||||||||||||||| ||||||||| | || || |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  23258767 ------caaagagctttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttccaatcttgatttcaa 23258674  T
Q  428 atctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    |||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||| |||  ||  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  23258673 atcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatattcagataaccattgcttaaatttcttgcaaaggttaaatataatgat 23258575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 118 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25323435 - 25323027
Alignment:
Q  118 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 217  Q
    |||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || || |||||||||||  | ||||||||||||||    
T  25323435 ataaaaggagaaagaatgaaaatactcttgaaaggggtttgtcaactttaggagctccaagaagaatatcatattatgaacttttgcaagcaactaatgg 25323336  T
Q  218 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 317  Q
    ||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||| ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| |||    
T  25323335 attaaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcagggaaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg 25323236  T
Q  318 acaatg-gaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 416  Q
     ||||  || |||  |||||  |||||||||| |||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||    
T  25323235 -caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaat 25323137  T
Q  417 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttga 516  Q
    | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||| | |  ||||||| |||||||| |    
T  25323136 cttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgttgacaaatggttatattcaaataactattgtctaaatttcttacaaaggttaa 25323037  T
Q  517 acataatgat 526  Q
    | ||||||||    
T  25323036 atataatgat 25323027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 118 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25696139 - 25695731
Alignment:
Q  118 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 217  Q
    |||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  25696139 ataaaaggagaaagaatgaaaatactcttgaaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgtgcaagcaactaatgg 25696040  T
Q  218 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 317  Q
    ||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  25696039 attcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg 25695940  T
Q  318 acaatg-gaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 416  Q
     ||||  || |||  |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||    
T  25695939 -caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagcagttgctcaaat 25695841  T
Q  417 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttga 516  Q
    | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| |    
T  25695840 cttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaa 25695741  T
Q  517 acataatgat 526  Q
    | ||||||||    
T  25695740 atataatgat 25695731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 144 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25715946 - 25715564
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25715946 cttgaaaggggtttttcaactttaggagctccaagaagaatatcctattatgaaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25715847  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat-ggaagcagcatcaagaagct 342  Q
    |||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||  |  |||  ||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25715846 gggggggatttggctctgtttatcaaggaaagcttcatgatggtgagatgattgcagtaaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25715748  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||| ||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25715747 ttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagaagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25715648  T
Q  443 gtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||| |||| | |   ||||||||||||||| || ||||||||    
T  25715647 gttcatgtcaaatggaagtgtagaaaaatggttatattcaaataaatattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 25715564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 144 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25801031 - 25800649
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25801031 cttgaaaggggtttgtcaactttaggagctccaagaagaatatcgtattatgaacttgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25800932  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 342  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | |||| ||  |||  ||||||| ||||| |||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25800931 gggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcctgatggtgagatgattgcagtcaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25800833  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||||||| | ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25800832 ttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgtcatcgaaatttggtaaagattatcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25800733  T
Q  443 gtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||| | |  ||||||| |||||||| || ||||||||    
T  25800732 gttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaaatttcttacaaaggttaaatataatgat 25800649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 144 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25341733 - 25341351
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25341733 cttgaaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcctattatgaaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25341634  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 342  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25341633 gggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25341535  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25341534 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatatggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25341435  T
Q  443 gtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||| ||||||||||||||||| || || ||||| || ||  ||||| |||   |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  25341434 gttcatgtcaaatggaagtgtagacaattggttatattcaaataacaattgaataaatttcttgcaaaggttaaatataatgat 25341351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 144 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25570639 - 25570257
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||||||  || |||||| || || ||| || || |||||||||||  |  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  25570639 cttgaaaggggtttatcagctttaggagctctaagaagaatatcatattatgaacttttgaaagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaa 25570540  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 342  Q
    ||||  | ||||| ||||||||||||||   |||| ||  |||  |||| || ||||| |||||| |||| || |||||  || |||  |||||  ||||    
T  25570539 gggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaaagtatttgattt-acaatcagaggcaaaatcaaagagct 25570441  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25570440 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25570341  T
Q  443 gtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| || ||||||||    
T  25570340 gttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 25570257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 144 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25453735 - 25453353
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||  ||||| ||| || ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25453735 cttgaaaggggtttgtcaactttgggaactccaagaagaatatcctattatgaacttttgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25453636  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 342  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25453635 gggggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25453537  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    |||||| |||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||  | || |||||    
T  25453536 ttgatgaagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtaatgga 25453437  T
Q  443 gtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
     || ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| || ||||||||    
T  25453436 attcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctcagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 25453353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 134 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25605400 - 25605008
Alignment:
Q  134 tgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaa 233  Q
    ||||||| | |||| ||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||| |||||||||     
T  25605400 tgaaaatactcttggaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcatattatgaacttgtgcaagcaacaaatggattcaatgagagtaat 25605301  T
Q  234 ttacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagca 332  Q
    || ||||||||||| | |||||||||||| ||||| || | ||||  |  |||  | ||||| || ||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |    
T  25605300 ttccttggaaggggagcatttggatctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgaaatgattgccgttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaa 25605202  T
Q  333 tcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctc 432  Q
    ||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||| ||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||      
T  25605201 tcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcggaatctggtaaagattatcagcagttgctcaaatcttgatttcaaatcat 25605102  T
Q  433 tagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||  ||||||||| | |  ||||||| |||||||| || ||||||||    
T  25605101 tggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagaaaaatggttatattcaaataactattgtctaaatttcttacaaaggttaaatataatgat 25605008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 144 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 25311752 - 25311445
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||| || ||| | |||| ||||| ||| || |||||||||||| | || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25311752 cttgaaaggggtttgtcaactttgggagctccaagaagaatatcctattatgaaattgtgcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaa 25311653  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 342  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||    
T  25311652 gggggggatttggctctgtttatcagggcaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagct 25311554  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  25311553 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 25311454  T
Q  443 gtttatgtc 451  Q
    ||| |||||    
T  25311453 gttcatgtc 25311445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 168 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 25686379 - 25686072
Alignment:
Q  168 ggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatc 267  Q
    |||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  25686379 ggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgttcaagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatc 25686280  T
Q  268 aaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgt 366  Q
    | || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  ||||||||||||||||| ||||| |||     
T  25686279 atgggaagcttcttgatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaatgagctttgatgcagaatgcaatgcgatga 25686181  T
Q  367 gcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtgga 466  Q
    | || || || ||||||||||| ||  |||||||| ||||||| ||||||| |||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  25686180 gaaatctacgacatcgaaatctagtaaagattatcggtagttgctcaaatcttgattttaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtaga 25686081  T
Q  467 aaaatggtt 475  Q
     ||||||||    
T  25686080 caaatggtt 25686072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 144 - 526
Target Start/End: Original strand, 24874764 - 24875146
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    |||||||||||||||||  || |||||| || || ||| || || |||||||||||  |  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  24874764 cttgaaaggggtttatcagctttaggagctctaagaagaatatcatattatgaacttttgtaagcaacaaatggattcaatgagagaaaattacttggaa 24874863  T
Q  244 ggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagct 342  Q
    ||||  | ||||| ||||||||||||||   |||| ||  |||  |||| || ||||| |||||| |||| || |||||  || |||  |||||  ||||    
T  24874864 gggggagctttggctctgtgtatcaaggggagcttcctgatggtgagattattgcagtcaaagtatttgattt-acaatcagaggcaaaatcaaagagct 24874962  T
Q  343 ttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatgga 442  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||    
T  24874963 ttgatgcagaatgcaatgcaatgagaaatctacgtcatcgaaatctggtaaagattatcagtagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatgga 24875062  T
Q  443 gtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||| ||||||||||||||||| || |  ||||| || ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| || ||||||||    
T  24875063 gttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaaatataatgat 24875146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 204 - 526
Target Start/End: Original strand, 24912451 - 24912773
Alignment:
Q  204 caagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagtta 303  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| |||||||    
T  24912451 caagcaactaatggattcaatgagagtaatttccttggaagggggggatttggctctgtttatcatgggaagcttcttgatggtgagatgattgcagtta 24912550  T
Q  304 aagtacttgacttgacaatg-gaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatca 402  Q
    ||||| |||| ||| ||||  || |||  |||||  |||||||||| |||||| ||||| ||| | || || || ||||||||||| ||  |||||||||    
T  24912551 aagtaattgatttg-caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatctggtaaagattatca 24912649  T
Q  403 gtagttgttcaaatcctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggattt 502  Q
    | ||||| ||||||| ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  ||||||||| | |   |||    
T  24912650 gcagttgctcaaatcttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataactattgtctaagttt 24912749  T
Q  503 cttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    |||||||||||| || ||||||||    
T  24912750 cttgcaaaggttaaatataatgat 24912773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 118 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 25476440 - 25476032
Alignment:
Q  118 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 217  Q
    ||||||||| |||  || ||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  25476440 ataaaaggaaaaagattcaaaatactcttgaaaggggtttatcaactttaggagctctaagaagaatttcctattatgaacttgtgcaagcaactaatgg 25476341  T
Q  218 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 317  Q
    ||||| |||| |||| ||||||||| |||| || ||||| ||||| ||||  || |  ||    | ||   ||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  25476340 attcaatgagtgtaatttacttggacgggggggctttggctctgtatatcgggggaatctccgcaatgatgagatgattgcggttaaagtaattgatttg 25476241  T
Q  318 acaat-ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 416  Q
     || |  || |||  | |||  |||||||||| |||||| ||||||| | | || || || ||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||    
T  25476240 -cagtcagaggcaaaagcaaagagctttgatgtagaatgcaatgcaacgagaaatctacgacatcgaaatcttgttaagattatttgtagttgttcaaat 25476142  T
Q  417 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttga 516  Q
    |  |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |   |||| | || ||||  |||||||||||||||||    
T  25476141 ctcgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatatttaaataattgttgtttgagtttcttgcaaaggttga 25476042  T
Q  517 acataatgat 526  Q
    | ||||||||    
T  25476041 atataatgat 25476032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 118 - 526
Target Start/End: Original strand, 22900091 - 22900499
Alignment:
Q  118 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 217  Q
    ||||||||| ||  ||||||||| | ||||||||   |||||| ||| | |||| ||||| ||| ||||| |||||||| || || |||||||| |||||    
T  22900091 ataaaaggaaaatggttgaaaatactcttgaaagaaatttatcaactcttggagctccaagaagaatttcttattatgagcttgtgcaagcaacaaatgg 22900190  T
Q  218 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 317  Q
    ||| | ||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||| | || | |||||| | |||  ||||  | || ||||||||  |||| |||    
T  22900191 atttaatgagagtaatttgcttggaaggggaggatttgggtctgtgtatgaggggaagctttcaaatggtgagatatttgcggttaaagtgattgatttg 22900290  T
Q  318 acaatggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatc 417  Q
    |    ||| | |  || | | |||||||||  |||||| |||||| || | || || |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||     
T  22900291 aactcggaggaaaaattacggagctttgatcgagaatgcaatgcattgagaaatctacggcatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaata 22900390  T
Q  418 ctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaa 517  Q
     |||||||||| |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||  |||| | || |||  |||||||||||||||| ||    
T  22900391 ttgatttcaaagcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtggacaaatggttatattcaaataattgttgtttaaatttcttgcaaaggttaaa 22900490  T
Q  518 cataatgat 526  Q
     ||||||||    
T  22900491 tataatgat 22900499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 102; Significance: 2e-50; HSPs: 2)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 118 - 526
Target Start/End: Original strand, 16325 - 16733
Alignment:
Q  118 ataaaaggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatgg 217  Q
    |||||||||||||   ||||||| | |||||||||||||| || ||| |||||| ||||| ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  16325 ataaaaggagaaagaatgaaaatactcttgaaaggggtttgtcaactctaggagctccaagaagaatatcctattatgaacttgtgcaagcaactaatgg 16424  T
Q  218 attcagtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttg 317  Q
    ||||| ||||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| ||||| || | ||||  |  |||  ||||||| || ||||||||| |||| |||    
T  16425 attcaatgagagtaatttccttggaagtgggggatttggctctgtttatcaggggaagcttcttgatggtgagatgattgccgttaaagtaattgatttg 16524  T
Q  318 acaat-ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaat 416  Q
     ||||  || |||  |||||  ||||||||||||||||| ||||| ||| | || || || ||||||||| | ||  |||||||||| ||||| ||||||    
T  16525 -caatcagaggcaaaatcaaagagctttgatgcagaatgcaatgcgatgagaaatctacgacatcgaaatttggtaaagattatcagcagttgctcaaat 16623  T
Q  417 cctgatttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttga 516  Q
    | ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| || |  ||||| || ||  ||||||||| | |   ||||||||||||||| |    
T  16624 cttgatttcaaatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacagttggttatattcaaataactattgtctaagtttcttgcaaaggttaa 16723  T
Q  517 acataatgat 526  Q
    | ||||||||    
T  16724 atataatgat 16733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 144 - 247
Target Start/End: Original strand, 49869 - 49972
Alignment:
Q  144 cttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgagagtaaattacttggaa 243  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||||| || || ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||     
T  49869 cttgaaaggggtttatcaactttaggagctctaagaagaatttcctattatgaacttgtgcaagcaactaatggatttagtgagtgtaatttacttggac 49968  T
Q  244 gggg 247  Q
    ||||    
T  49969 gggg 49972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 128 - 526
Target Start/End: Original strand, 3821 - 4219
Alignment:
Q  128 aaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattcagtgag 227  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||||||||  |  |||||| ||||| ||| || || ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||   |||    
T  3821 aaatgttgaaaatacttttgaaaggggtttatcagcattaggagctccaagaagaatatcatattatgaacttgtggaagcaacaaatggattcgaagag 3920  T
Q  228 agtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaatg-gaa 326  Q
    || |||||||||||||||||  | ||||| ||||||||| | || | |||| ||| |||  ||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||  ||     
T  3921 agcaaattacttggaagggggagctttggttctgtgtatgaggggaagcttcctaatggtgagatgattgcagttaaagtaattgatttg-caatctgag 4019  T
Q  327 gcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgatttca 426  Q
    |||  |||||  || ||||||| |||||| ||||||||| | || || || ||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  4020 gcaaaatcaaagagttttgatgtagaatgcaatgcaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagcagttgttcaaatcttgatttca 4119  T
Q  427 aatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataatgat 526  Q
    ||||  | ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||  |||| || | | |  |||||||||||||||| || ||||||||    
T  4120 aatcattggtgatggagttcatgtcaaatggaagtgtagacaaatggttatattcaaataaataatgtataaatttcttgcaaaggttaaatataatgat 4219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 123 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 10324621 - 10324224
Alignment:
Q  123 aggagaaatgttgaaaatccacttgaaaggggtttatccactataggagttccaaaaaggatttcctattatgaactcgtccaagcaactaatggattca 222  Q
    |||| ||| ||||||||| | ||||||||||  |||||   | |||||| | ||| ||| || || ||||||||||| ||  ||||||| ||||| ||||    
T  10324621 aggaaaaacgttgaaaatactcttgaaagggaattatcagttttaggagctacaagaagaatatcatattatgaacttgtggaagcaacaaatggtttca 10324522  T
Q  223 gtgagagtaaattacttggaaggggtggatttggatctgtgtatcaaggaatgctttctagtgggaagatgatagcagttaaagtacttgacttgacaat 322  Q
     ||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||||||||| || |||||| ||   ||  ||||||| ||||| |||||| |||| |   ||      
T  10324521 atgagagtaaattacttggaagggggagctttggctctgtgtatcaggggatgcttcctgacggtgagatgattgcagtcaaagtaattgatt---ca-- 10324427  T
Q  323 ggaagcagcatcaagaagctttgatgcagaatgtaatgcaatgtgcaaccttcggcatcgaaatctcgttcagattatcagtagttgttcaaatcctgat 422  Q
     || |||  ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| | || || || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10324426 -gaggcaaaatcaacaagctttgatgcagaatgcaatgtaatgagaaatctacgacatcgaaatctggttaagattatcagtagttgttcaaatcatgat 10324328  T
Q  423 ttcaaatctctagtgatggagtttatgtcaaatggaagtgtggaaaaatggttgtactctgataactattttttggatttcttgcaaaggttgaacataa 522  Q
    |||||| |  | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| || || ||||||||||  ||  |||||||||| ||||| || ||||    
T  10324327 ttcaaagcattggtgctggagttcatgtcaaatggaagtgtggacgattggttatattcagataactattgcttaaatttcttgcataggttaaatataa 10324228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University