View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13639_high_1 (Length: 598)

Name: NF13639_high_1
Description: NF13639
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13639_high_1
NF13639_high_1
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (17-580)||(9838955-9839518)
chr3 (17-580)||(9849833-9850396)
chr3 (17-580)||(10363210-10363773)
chr3 (17-580)||(10433456-10434019)
chr3 (17-580)||(10663620-10664183)
chr3 (17-542)||(10527490-10528015)
chr3 (17-580)||(10195767-10196330)
chr3 (17-580)||(10088884-10089447)
chr3 (17-580)||(10127022-10127585)
chr3 (17-580)||(10032097-10032660)
chr3 (17-580)||(10260792-10261355)
chr3 (17-580)||(11769328-11769891)
chr3 (17-580)||(10375257-10375820)
chr3 (17-580)||(10077363-10077926)
chr3 (17-580)||(10580695-10581267)
chr3 (17-580)||(10184336-10184899)
chr3 (25-543)||(11781402-11781920)
chr3 (25-543)||(10517616-10518134)
chr3 (17-564)||(13171141-13171688)
chr3 (17-564)||(13333014-13333561)
chr3 (17-564)||(13344199-13344746)
chr3 (17-571)||(8861389-8861943)
chr3 (17-571)||(11159429-11159983)
chr3 (17-229)||(10672127-10672339)
chr3 (17-571)||(11130438-11130992)
chr3 (17-564)||(13161090-13161637)
chr3 (17-564)||(13289775-13290322)
chr3 (17-571)||(11148266-11148820)
chr3 (19-571)||(10889409-10889961)
chr3 (17-536)||(10500712-10501231)
chr3 (354-571)||(11153523-11153739)
chr3 (11-99)||(11246027-11246115)
chr3 (17-106)||(13396057-13396146)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (17-580)||(26906991-26907554)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (17-564)||(135300-135847)
scaffold0002 (17-564)||(145351-145898)
scaffold0002 (17-377)||(153656-154016)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (17-311)||(57823-58126)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (25-532)||(31679153-31679660)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (25-542)||(11485170-11485687)
chr8 (25-379)||(44957109-44957462)
chr8 (432-542)||(44957515-44957625)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-542)||(17852335-17852860)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (25-485)||(826100-826551)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (448-580)||(29836737-29836869)
chr7 (25-106)||(29837208-29837289)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 9839518 - 9838955
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  9839518 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 9839419  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  9839418 caaaattgaagtccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 9839319  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| ||||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9839318 ctgcctatttcttcaagggctgtgtttgaactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 9839219  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9839218 gatctaatttatgtattggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaaggg 9839119  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||  ||||||||    
T  9839118 acttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttctttaacgcaactcga 9839019  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9839018 aggacatcaagattattgctatcccatgttatggaagtgaccgattcaaggagagacttggtta 9838955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 9850396 - 9849833
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||    
T  9850396 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcactgtt 9850297  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  9850296 caaaattgaagtccactcacttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 9850197  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| ||||||||||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  9850196 ctgcctatttcttcaagggctgtgtttgaactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 9850097  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  9850096 gatctaatttatgtattggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaaggg 9849997  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||  ||||||||    
T  9849996 acttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttctttaacgcaactcga 9849897  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  9849896 aggacatcaagattattgctatcccatgttatggaagtgaccgattcaaggagagacttggtta 9849833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Original strand, 10363210 - 10363773
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||||||||    
T  10363210 aatatgcaaagcatcttttcaagtgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgttgctgtt 10363309  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10363310 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacggagaagtcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10363409  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||     
T  10363410 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtactattgtgaaactcatcatttcccagtgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgatagaa 10363509  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10363510 gatctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaaggg 10363609  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
     |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  10363610 gcttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaatatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcga 10363709  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  10363710 aggacatcaagattattgctttccgaagttatggaagtggcagattcaaggagagactttgtta 10363773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Original strand, 10433456 - 10434019
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  10433456 aatatgcaaagcatcttttcaaacgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatacgttgctgtt 10433555  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||| |    
T  10433556 caaaattgaagtccactctgttatatctacctttgaacgtaaaagtcctcctattgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatctcc 10433655  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| |||||||||||| |||||||| || |   ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  10433656 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtattgaggtgaaactcatcactgcccaatgcatgcttcgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 10433755  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10433756 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaaggg 10433855  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||    
T  10433856 acttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacacga 10433955  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10433956 aggacatcaagattattgctatcccaagttctggaagtgaccgattcaaggagagacttggtta 10434019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10664183 - 10663620
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  | |||| ||||| |||||||||    
T  10664183 aatatgcaaaacatctcttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcattgcgcaagttccatatgttgctgtt 10664084  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10664083 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctaatgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10663984  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     ||||  ||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||     
T  10663983 ctgcctgtttcttcaagggttgtgtttgaactatggtgaaactcgtcgcttcccaatgcatgctttgaaagtaaggaccaacaatcttcatttgatagaa 10663884  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10663883 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaactttttgttcgcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaaggg 10663784  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    |||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  10663783 acttgctagttcactccaatcattataattgtcattccacagatcatcgaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcga 10663684  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||  ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10663683 aggacatcaagatctttgctatcccaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgtta 10663620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 10528015 - 10527490
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||    
T  10528015 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatacgttgctgtt 10527916  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||     
T  10527915 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccatactttcttgcaatcttt 10527816  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |     
T  10527815 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgtactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgataaaa 10527716  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||| || |||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||| | | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||    
T  10527715 gttttagtttatgtataggaaatgtgcgtgccacctcagcaacttttcgttggtgggttgttataatcaccatacttccaggttttccatcaatgagtgg 10527616  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| | ||| |||||||||| | |||||||    
T  10527615 acttactagctcatcccaatcattgtaattgtcattccatagatcatccaacacaaacaaaaatctcttctcccttgagattttctttaactgaactcga 10527516  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctccca 542  Q
    || | ||||||||||||||| |||||    
T  10527515 aggatatcaagattattgctttccca 10527490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10196330 - 10195767
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10196330 aatatgcaaaacatcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10196231  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  10196230 caaaattgaagtccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacacttccttgcaatcttc 10196131  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
      ||| ||| |||||||| |||||||| |||||| | |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||     
T  10196130 aggccaattgcttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgacagaa 10196031  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10196030 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaaggg 10195931  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    |||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||    
T  10195930 acttactagtgcaatccaatcattataattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacttga 10195831  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | | |||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10195830 aggacaccaagatcattgctatccgaagttgtcgaagtgacagattcaaggagagactttgtta 10195767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10089447 - 10088884
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10089447 aatatgcaaaacatcttttcaaatgacagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10089348  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||    
T  10089347 caaaattgaagtccactctgttatttctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttggcagctattggcaatcctccacacttccttgcaatcttc 10089248  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
      ||| ||| |||||||| |||||||| |||||| | |||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||     
T  10089247 cggccaattgcttcaagggttgtgtttgtactatggggaaacttatcattgcccaatgcatgctttgagagtaaagtccaacaatcttcatttgacagaa 10089148  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10089147 gttctaatttatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaaggg 10089048  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    |||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||    
T  10089047 acttactagtgcaatccaatcattataattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacttga 10088948  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | | |||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10088947 aggacaccaagatcattgctatccgaagttgtcgaagtgacagattcaaggagagactttgtta 10088884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10127585 - 10127022
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| |||| ||||    
T  10127585 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgttgttgtt 10127486  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10127485 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10127386  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     ||||  |||||||||||  ||| ||| || |||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||      
T  10127385 ctgcctgtttcttcaagggctgtatttgtattatgctgaatctcatcacttcccaatgcatgctttgatagtaaagaccaacaatcttcatctgatagta 10127286  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
     || || || ||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  10127285 cttttagttcatgtataggaaatgtgcgtgccacctcagcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccattaatgaaggg 10127186  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  10127185 acttactagctcatcccaatcattacaattgtcattccatagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttttccctcgagattttctttaacgcaactcga 10127086  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10127085 aggacatcaagattattgctatcccaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgtta 10127022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10032660 - 10032097
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10032660 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10032561  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10032560 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagccctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10032461  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     ||||  |||||||||||  ||| |||  | |||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  10032460 ctgcctgtttcttcaagggctgtatttgcattatgctgaatctcatcactgcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 10032361  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10032360 gttttagttcatgtataggaaatgtgcatgccacctcagcaacttttcgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaaggg 10032261  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  10032260 acttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcatccaaaacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcga 10032161  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||  ||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10032160 aggacatcaagatctttgctatccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgtta 10032097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10261355 - 10260792
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||    
T  10261355 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcgctgtt 10261256  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10261255 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10261156  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     ||||  |||||||||||  ||| ||| || |||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||     
T  10261155 ctgcctgtttcttcaagggctgtatttgtattatgctgaatctcatcactgcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacagtcttcattcgatagaa 10261056  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||  ||| ||||| |||||||||||||  || ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||    
T  10261055 gttttagttcatgtataggaaatgtgcatgccacctcagcaactttttgttgccgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaacgaaggg 10260956  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
     |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||    
T  10260955 gcttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcga 10260856  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || |  |||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10260855 aggatgtcaagattattgatatcccaatttctagaagtgactgattcaaggagagacttggtta 10260792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 11769891 - 11769328
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||   ||||    
T  11769891 aatatgcaaaacatcttttcaagtgagatggaagatattgataacttaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttgataagttccatatgtcattgtt 11769792  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     ||||||| |||||||||  |||| |||||  ||||||||||||| ||||||| |||| |||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  11769791 taaaattgcagtccactctgttatatctacctttgaacgtagaagccctcctattgttatagcggcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 11769692  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  11769691 cttcctatttcttcaagggttgtgtttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatttgatagaa 11769592  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| | |||||||    
T  11769591 gttttaattcatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagcaacttttcgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccaggttttccattactgaaggg 11769492  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||||||    
T  11769491 acttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacatatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcaagtttttctttaactcaactcga 11769392  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  11769391 aggatatcaagattattgctatcccaagttcttgaagtgaccgattcaaggagagacctggtta 11769328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Original strand, 10375257 - 10375820
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||  ||||||||    
T  10375257 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatgtaatcattaggtaagttccatacattgctgtt 10375356  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    |||||| || ||||||||  |||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10375357 caaaatggatgtccactctgttacatctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10375456  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| |||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||     
T  10375457 ctgcctatttcttcaagggttgtgtttgaactatggtgaaactcatcactacccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacagtcttcattcgatagaa 10375556  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||  ||||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||    
T  10375557 gttttagttcatgtataggaaatgtgcatgctaccttagcaacttttcgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccgggttttccatcaatgaaggg 10375656  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||  ||||||||    
T  10375657 acttactagttcaccccaatcataataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgattttttctttaacgcaactcga 10375756  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  10375757 aggacatcaagattattgctatcccatgttcttgaagtgaccgattcaaggagagacttggtta 10375820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10077926 - 10077363
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  || || ||    
T  10077926 aatatgcaaaacatattttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagcaggaagaattttatcatttggtaagttccatacattactatt 10077827  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||  ||||||||  |||| |||||  |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10077826 caaaattgttgtccactctattatatctacctttgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10077727  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| |||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||  || ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||| ||    
T  10077726 ctgcctatttcttcaagggttgagtttgtactatggtgaaactcaccaactctcaatgcatgctttgaaagtaaataccaacaatcttcatttgataaag 10077627  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | |||||| | |||||||||||||||||    
T  10077626 gttctaatatatgtataggaaatgtgcgtgccacctctgcaactttttgttggcgtgttgttataatcaccatgcttccatgctttccatcaatgaaggg 10077527  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    |||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||||||||    
T  10077526 acttacaagttcatcccaatcactataattgtcattccacatatcatctaacacaaacaaaaatcttttatccctcgagtttttttttaactcaactcga 10077427  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | |||||||| |||| | |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  10077426 aggacatcaagatcattgttatcccaagttctagaagtgatcgattcaaggagagacttggtta 10077363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10581267 - 10580695
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||||    
T  10581267 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaatgcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgctgctgtt 10581168  T
Q  117 caaaattgaa---------gtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttctt 207  Q
    ||||||||||         |||||||   ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  10581167 caaaattgaaaaaattgaagtccactttgttatgtctacctttgaagggagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttctt 10581068  T
Q  208 gcaatcttcttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcat 307  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  10581067 gcaatcttcctgccaatttcttcaagggctgtatttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatagtttgagagtaaagaccaacaatcttcat 10580968  T
Q  308 ttgatagaggttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatc 407  Q
    |||||||||||||||| ||||| | || |||  ||||||| | || || ||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||     
T  10580967 ttgatagaggttctaaattatgtacagcaaacatgtgtgccatctttgtaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatt 10580868  T
Q  408 aatgaagggacttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||     
T  10580867 aatgaagggacttactagctcatcccaatcattacaattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagattttctttaac 10580768  T
Q  508 tcaactcgaagaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10580767 tcaacacgaaggacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgtta 10580695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 10184899 - 10184336
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||| ||    
T  10184899 aatatgcaaaacatattttcaaatgagagggaagacattgataactcaaatgcaaagtaggaagaattttatcatttggtaagttccatacattgctatt 10184800  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||  ||||||||  |||| |||||  | |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10184799 caaaattgttgtccactctattatatctaccttcgaacctagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10184700  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| |||||||||| | ||| |||| || ||  |||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||     
T  10184699 ctgcctatttcttcaaaggttgagtttctagtacggtgaaactcaccaactctcaatgcatgctttgagagtaacgaccaacaatcttcatttgatagaa 10184600  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||| || || ||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||| || ||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10184599 gttttagttcatgtataggaaatgtgtgtgccacctcagctactttttcttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatcaatgaaggg 10184500  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||   ||||||||| |||||||||    
T  10184499 acttactagctcatcccaatcatcataactgtcattccacagatcatccaatacaaacaaaaatcttttctcccttgaatgtttctttaactcaactcga 10184400  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10184399 aggacatcaagattattgctatcccaagttgtggaagtgacagattcaaggagagacttggtta 10184336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 25 - 543
Target Start/End: Original strand, 11781402 - 11781920
Alignment:
Q  25 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 124  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||||||| |||||| |||||  |||||||| | |||||    
T  11781402 aaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaactttatcatttcgtaagttccatatattgctgttgagaattg 11781501  T
Q  125 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 224  Q
    |||||||||| |||    ||||  ||||||| | ||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||| |||| ||    
T  11781502 aagtccactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgtcttggcagctattggcaatccaccacattttttagcaatcttcctgccaat 11781601  T
Q  225 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 324  Q
     ||||| ||| ||| || |||||     | | | || | ||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  11781602 ctcttctaggtttgggtatttacggcgatcacagtccttactaccaaatgcatgtttcgagagtaaagaccaacaatcttcatgagatagaggttctaat 11781701  T
Q  325 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttacta 424  Q
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||  ||||||||||    
T  11781702 gcatgaataggaaatgtgtgtgccacctctgcaactttttgttggcgagttgttataatcaccgaacttccaggttttccatcattgagtggacttacta 11781801  T
Q  425 gctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatc 524  Q
    |||||  ||||||||| ||||  |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||| | |||    
T  11781802 gctcaagccaatcattgtaatcatcattccacaaatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagttctttttcaattcaactcgaaggatatc 11781901  T
Q  525 aagattattgctctcccaa 543  Q
    |||||||| ||| ||||||    
T  11781902 aagattatcgctttcccaa 11781920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 25 - 543
Target Start/End: Complemental strand, 10518134 - 10517616
Alignment:
Q  25 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 124  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||| | |||||    
T  10518134 aaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattttatcatttcgtaagttccatatgttgctgtttagaattg 10518035  T
Q  125 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 224  Q
    ||| |||||| |||    ||||  ||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||| |  || ||||| ||| | ||||||||| |||| ||    
T  10518034 aagaccactccttttcaactacctttgaacgcataagtcctccaagtgttttggcagctattggtaacccaccacattttttagcaatcttcctgccaat 10517935  T
Q  225 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 324  Q
     ||||||||  ||| || |||||| |  | |   || | ||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  10517934 ctcttcaagatttgggtatttactgtgatcactgtccttactaccaaatgcatgttttgagagtaaagaccaacaatcttcatgagatagaggttctaat 10517835  T
Q  325 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttacta 424  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||  ||| || |||||||||||| |||  ||||||||||    
T  10517834 tcctgaataggaaatgtgtgtgccacctctgcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccgaactcccgggttttccatcattgagtggacttacta 10517735  T
Q  425 gctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatc 524  Q
    | |||  ||||||||| ||||  |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| | || || |||||||||||||| | |||    
T  10517734 gttcaagccaatcattgtaatcatcattccacaaatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagttctttttcaattcaactcgaaggatatc 10517635  T
Q  525 aagattattgctctcccaa 543  Q
    |||||||| ||| ||||||    
T  10517634 aagattatcgctttcccaa 10517616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 13171688 - 13171141
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13171688 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13171589  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  13171588 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 13171489  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13171488 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13171389  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||    
T  13171388 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatgg 13171289  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || ||||||||||||    
T  13171288 agttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcga 13171189  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattca 564  Q
    |||||||||||||||||| | || | |  ||| |||||||||||||||    
T  13171188 agaaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattca 13171141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 13333561 - 13333014
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13333561 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13333462  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  13333461 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 13333362  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13333361 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13333262  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||   ||| || | ||| |  ||    
T  13333261 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttccttttttgccgttaatcagtgg 13333162  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| || || |||| || ||||||||||||    
T  13333161 agttactaactcatcccaatcattataattgtcattccacaggtcatccaacactaacaaaaatcttttatccctcaagtttttattcaattcaactcga 13333062  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattca 564  Q
    |||||||||||||||||| | || | |  ||| |||||||||||||||    
T  13333061 agaaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattca 13333014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 13344746 - 13344199
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | | |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13344746 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgtaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13344647  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  13344646 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 13344547  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13344546 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13344447  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||    
T  13344446 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatgg 13344347  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || ||||||||||||    
T  13344346 agttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcga 13344247  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattca 564  Q
    |||||||||||||||||| | || | |  ||| |||||||||||||||    
T  13344246 agaaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattca 13344199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 8861943 - 8861389
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||    
T  8861943 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtt 8861844  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||     
T  8861843 caaaacttcagtccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatcttt 8861744  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  8861743 ctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 8861644  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||    
T  8861643 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccactgtttccattaatcaaagg 8861544  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||| || |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||||| ||||||||||    
T  8861543 agttacaagttcatcccactcattataattgtcattccataggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaatgttttctttagttcaactcga 8861444  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagag 571  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8861443 agaaaatcaagattattgttttcccaagctcttgaagtgacagattcaagaagag 8861389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Original strand, 11159429 - 11159983
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||    
T  11159429 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtt 11159528  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||      
T  11159529 caaaacttcagtccactctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatctgt 11159628  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  11159629 ctaccaattgcttctaggtttgagcctttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 11159728  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||    
T  11159729 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccactgtttccattaatcaaagg 11159828  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||||| ||||||||||    
T  11159829 agttacaagttcatcccaatcattataattgtcattccaaaggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtcgctcaaagttttctttagttcaactcga 11159928  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagag 571  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||    
T  11159929 agaaaatcaagattattggtttcccaagctcttgaagtgacagattcaagaagag 11159983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 17 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 10672339 - 10672127
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||| |||||||||    
T  10672339 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagtttcatatgttgctgtt 10672240  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  10672239 caaaattgaagtccactcagttatgtctacctttgaacgtagaagtcctcctattgttttagcagctattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 10672140  T
Q  217 ttgccgatttctt 229  Q
     |||| |||||||    
T  10672139 ctgcctatttctt 10672127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Original strand, 11130438 - 11130992
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||  ||| |||     
T  11130438 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtc 11130537  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||     
T  11130538 caaaacttcagtccactctttagcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatcttt 11130637  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  11130638 ctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 11130737  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||    
T  11130738 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccattgtttccattaatcaaagg 11130837  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||| | ||||||||||    
T  11130838 agttacaagttcatcccaatcattataattgtcattccataggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaaagttttcttcagttcaactcga 11130937  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagag 571  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||  || ||||||||||||||||| ||||    
T  11130938 agaaaatcaagattattgttttcccaagcccttgaagtgacagattcaaggagag 11130992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 13161637 - 13161090
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13161637 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatatgatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13161538  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| | ||||||| ||    |||||  ||||||| | || ||| || || |||||||||||||| ||||  || ||||| ||| | || |||||     
T  13161537 tagaattgtactccactctttagcatctacctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatcttt 13161438  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| |  |||||||     |    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13161437 ctaccaatttcttccagatttgggcatttactaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13161338  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||| | ||| || | ||| || ||    
T  13161337 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttcccgttttgccgttaatcaatgg 13161238  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||| || || |||||||||    
T  13161237 agttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagtttttattcaactcaactcga 13161138  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattca 564  Q
    ||| |||||||||||||||| || | || ||| || ||||||||||||    
T  13161137 agagaatcaagattattgctttcgccagctcttgaggtgacagattca 13161090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 13290322 - 13289775
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  13290322 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 13290223  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| | ||||||| ||    |||||  ||||||| | || ||| || || |||||||||||||| ||||  || ||||| ||| | || |||||     
T  13290222 tagaattgtactccactctttagcatctacctttgaacgcaaaattccaccgagcgttttagcagctatgggcaacccaccacattttttggcgatcttt 13290123  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| |  |||||||     |    | |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  13290122 ctaccaatttcttccagatttgggcatttactaccaccacggacttcacttccaaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 13290023  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||||||||| | ||| || | ||| || ||    
T  13290022 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccctacttcctgttttgccgttaatcaatgg 13289923  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || | ||||||||||    
T  13289922 agttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcaccaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcagttcaactcga 13289823  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattca 564  Q
    ||| |||||||||||||||| || | |  ||| |||||||||||||||    
T  13289822 agagaatcaagattattgctttcaccacctcttgaagtgacagattca 13289775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Original strand, 11148266 - 11148820
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| |  | ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||    
T  11148266 aatatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaacacattgtcatttggtaagttccatattttgttgtt 11148365  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||| |  ||||||||| ||    |||    ||||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||     
T  11148366 caaaacttcagtccactctttggcatctctttttgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccaacacactttcttgcaatcttt 11148465  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |     
T  11148466 ctaccaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaa 11148565  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||| ||||||   ||||||| ||| || ||    
T  11148566 cttctaatttatgaataggaaatgtatgtgcaacctctgcaactttttgttggcgtgttgtgacgatgaccctgcttccactgtttccattaatcaaagg 11148665  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
      |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  |  || |  ||||||| | ||||||||||    
T  11148666 tgttacaagttcatcccaatcattataattgtcattccataagtcatccaacacaaacaaaaatcttttggctctcaaagttttcttcagttcaactcga 11148765  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagag 571  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||  || ||||||||||||||||| ||||    
T  11148766 agaaaatcaagattattgttttcccaagcccttgaagtgacagattcaaggagag 11148820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 125; E-Value: 4e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 10889961 - 10889409
Alignment:
Q  19 tatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttca 118  Q
    |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||| | || ||| ||||||||||||| |||||  ||| ||||||    
T  10889961 tatgaaaaacatcttttcaattgggagggaagatattgataactcagaagcaatgcaggtaaaacattgtcatttggtaagttccatattttgttgttca 10889862  T
Q  119 aaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttctt 218  Q
    ||| |  |||||| || ||    |||    | ||||| |  | |||||| |||||||| |||||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||   |    
T  10889861 aaacttcagtccattctttggcatctcttttcgaacgcaatactcctccaagtgtttttgcagctatgggcaacccagcacactttcttgcaatctgtct 10889762  T
Q  219 gccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggt 318  Q
     || ||| |||| ||| ||| |  |||| | |    ||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||| |||| |  |    
T  10889761 accaattgcttctaggtttgagcatttattgtcacaaaagttttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccatgtatcttcattagataaaact 10889662  T
Q  319 tctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggac 418  Q
    |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| |  |  ||||| ||||||   ||||||| ||| || |||     
T  10889661 tctaatttgtgaataggatacgtgtgtgcaacctctgcaactttttgctggcgtgttgtgatgacgaccctgcttccactgtttccattaatcaaaggag 10889562  T
Q  419 ttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaag 518  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| ||  || |  ||||||||| ||||||||||||    
T  10889561 ttacaagttcatcccaatcattataattgtcattccataggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaaagttttctttagttcaactcgaag 10889462  T
Q  519 aaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagag 571  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||    
T  10889461 aaaatctagattattgttttcccaagctcttgaagtcacagattcaagaagag 10889409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 10501231 - 10500712
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||  || | |||  ||||||||  ||||| ||||| || ||| ||    
T  10501231 aataggcaaagcatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatacaaagtgggcaaaattgtatcatttcttaagttccatatgtcgctatt 10501132  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    || ||||| ||||||||| |||    |  |  ||||||| |  |||||||| |||| ||| |||||||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  10501131 cagaattgcagtccactctttttcaaccgcctttgaacgcaatagtcctccaagtgcttttgcagctatcggcaatccaccacactttctagcaatcttc 10501032  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| || ||||| ||  ||| || ||||| |     | | || |||   || ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  10501031 ctgccaatctcttctagctttgggtatttaccacgaacatagtcttcatcaccaaatgcatgcttcgagagtaaagtccaacaatcatcatcagatagag 10500932  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  | | ||| | || ||  | | | |||||    
T  10500931 gttctaatttatgaataggaaatgtgcatgcgacctctgcaactttttgttcgcgtgttgttattatcactttgcctcctgtttctctgttagtcaaggg 10500832  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | ||| || ||||||||| |||  |||| ||||||||||||  || |||| |||||||||||||||| | ||| || |   |||| |||| |||||| ||    
T  10500831 agttattaactcatcccagtcaacataactgtcattccacatgtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaaatgtttcattaactcaacttga 10500732  T
Q  517 agaaaatcaagattattgct 536  Q
    || | |||||||||||||||    
T  10500731 aggatatcaagattattgct 10500712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 354 - 571
Target Start/End: Original strand, 11153523 - 11153739
Alignment:
Q  354 tgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttactagctcatcccaatcattataattgtcattc 453  Q
    ||||||||||| || ||||||||| |  ||||| || ||||||  |||||||| ||| || ||| |||| || |||||  |||| |||||||| ||||||    
T  11153523 tgcaactttttcttggcgtgttgtgatgatcactctgcttccactttttccataaatcaatggagttacaagttcatctgaatcgttataattatcattc 11153622  T
Q  454 cacagatcatccagcacaaacaaaaatcttt-tctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaa 552  Q
    || |  ||||||| |||||  |||||||||| ||||  ||    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||  | | ||| |||    
T  11153623 cataagtcatccaacacaacaaaaaatctttgtctc--tcagaattttctttaactcaactcgaagaaaatcaagattgttactttcatatgctcttgaa 11153720  T
Q  553 gtgacagattcaagcagag 571  Q
    |||||||||||||| ||||    
T  11153721 gtgacagattcaaggagag 11153739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 11 - 99
Target Start/End: Original strand, 11246027 - 11246115
Alignment:
Q  11 tcgaagaatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaag 99  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| | |||| ||||| |  || |||||||||||||||    
T  11246027 tcgaacaataggcaaaacatcttttcaattgagaggaaagatattgatagctcagaagcaatgcaggcaatatgttatcatttggtaag 11246115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 17 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 13396146 - 13396057
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccata 106  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||  ||| |  ||||| ||| | ||||||||||||||||| || |||||    
T  13396146 aataggcaaaacatcttttcaaatgggaaggaagatgttgatatgtcagaaacaaagaaggcataatattatcatttggtatgttccata 13396057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 26907554 - 26906991
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| || | ||||    
T  26907554 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaaggtattgataactcaaatgcaaagctggaagaatattatcatttcgtaagttccatacgtcgttgtt 26907455  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  26907454 caaaattgaagtccactctgttatgtctacctttgaacgtagaattcctcctagtgttttagcagcaattggcaatcctccacactttcttgcaatcttc 26907355  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| |||||||| ||| |||||||  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  26907354 ctgccaatttcttcgagggttgtgttaatactatggtgaaactctttacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcagttgatagag 26907255  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||    
T  26907254 gttctaatttatgtataggaaatgtatgtgccacctctgcaactttttgttggcgcgttgttataatcaccatgcttccaggttttccatgaatgaaggg 26907155  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    |||||| || || ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||| |||| |||||||||    
T  26907154 acttacaagttcttcccaatcactataattgtcgttccacaggtcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttccttaactcaactcga 26907055  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    || | ||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  26907054 aggacatcaagattattggtatcccaagttctggaagtgaccgattcaaggagagatttggtta 26906991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 172; Significance: 4e-92; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 17 - 564
Target Start/End: Original strand, 135300 - 135847
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  135300 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaatattatcatttggtaagttccatatgtcactatt 135399  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| |||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  135400 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttaggagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 135499  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  135500 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 135599  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||    
T  135600 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatgg 135699  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || ||||||||||||    
T  135700 agttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcga 135799  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattca 564  Q
    |||||||||||||||||| | || | |  ||| |||||||||||||||    
T  135800 agaaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattca 135847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 168; E-Value: 9e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 564
Target Start/End: Original strand, 145351 - 145898
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  145351 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatt 145450  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  145451 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 145550  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  145551 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 145650  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |  |||||| ||||||| | ||| || | ||| || ||    
T  145651 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgtgatgatcaccatacttcccgttttgccgttaatcaatgg 145750  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| || || |||  || ||||||||||||    
T  145751 agttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcga 145850  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctcccaagttctagaagtgacagattca 564  Q
    |||||||||||||||||| | || | |  ||| |||||||||||||||    
T  145851 agaaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattca 145898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 17 - 377
Target Start/End: Original strand, 153656 - 154016
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | | |||||||||| | |||  ||||||||||||||| ||||| ||  || ||    
T  153656 aataggcaaaacatcttttcaaatgtgagggaagatattgataacttagacgcaaagcaggtaaaattgtatcatttggtaagttccatatgtcactatt 153755  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
     | ||||| ||||||||| |||   |||||  ||||||| | || |||||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||| | ||||||||     
T  153756 tagaattgcagtccactcttttgcatctacctttgaacgcaaaattcctccgagtgttttagcagctatgggcaatccaccacactttttggcaatcttt 153855  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     | || |||||||| ||  ||| ||  || |||    ||   || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  153856 ctaccaatttcttctagatttgggtactttctacctcgacggtcttcacttccgaatgcatgctttgaaagtaacgaccaacagtcatcatctgatagag 153955  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgt 377  Q
    | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  153956 gatctactttgtgaataggaaacgtgtgtgcaacctccgcaactttttgttggcgtgttgt 154016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 17 - 311
Target Start/End: Original strand, 57823 - 58126
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||| | |||||||    
T  57823 aatatgcaaagcatcttttcaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttcgcaagttccatatgctgctgtt 57922  T
Q  117 caaaa---------ttgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttctt 207  Q
    |||||         ||||||||||||   ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  57923 caaaattgaaaaaattgaagtccactatgttatgtctacctttgaaaggagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcaatcccccacaccttctt 58022  T
Q  208 gcaatcttcttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcat 307  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  58023 gcaatcttcctgccaatttcttcaagggctgtatttgtactatggtgaaactcatcacttcccaatgcatagtttgagagtaaagaccaacaatcttcat 58122  T
Q  308 ttga 311  Q
    ||||    
T  58123 ttga 58126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 2e-87; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 25 - 532
Target Start/End: Original strand, 31679153 - 31679660
Alignment:
Q  25 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 124  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||| |||||||||||| || | ||||| ||   |||| |||||||    
T  31679153 aaacatgttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaaagcaaggcagggagaacattatcatttggaaaattccatatgtcattgtttaaaattg 31679252  T
Q  125 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 224  Q
     | ||||||| ||    || ||  |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| | || ||    
T  31679253 cactccactctttcgcatccacttttgagcgtagaagtcctccaagtgttttggcagctattggcaatccgcaacacttttttgcaatcttcctaccaat 31679352  T
Q  225 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 324  Q
    | |||| ||| ||| || |||||       ||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  31679353 tgcttctaggcttgggtatttacggccacaaagttcttcacttccaaatgcatgctttgagagtaaagaccagcaatcatcatctgatagaggttctaat 31679452  T
Q  325 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttacta 424  Q
    ||||  |||||||| || || |  | ||| |||||||||| ||  |||||||| | ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||    
T  31679453 ttatagataggaaaggtatgggtgaactcggcaactttttattgacgtgttgtgataatcaccctacttccagattctccatcaatgaagggagtgacta 31679552  T
Q  425 gctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatc 524  Q
    | | || ||||||||||||  | ||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||| || ||| ||||||||  ||||||||||||||    
T  31679553 gatgatgccaatcattatagctatcattccacatgtcatccaacacaaacaaaaatctttttcccttcaagttttgctttaatttgactcgaagaaaatc 31679652  T
Q  525 aagattat 532  Q
    ||||||||    
T  31679653 aagattat 31679660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 126; Significance: 1e-64; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 25 - 542
Target Start/End: Complemental strand, 11485687 - 11485170
Alignment:
Q  25 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 124  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || ||  ||||||||  ||||| ||||| || ||| | || |||||    
T  11485687 aaacatctttttaaatgagagggaagatattgataactcaaatgcaaagctggcaggattgtatcattttttaagttccatatgtcgctatgcagaattg 11485588  T
Q  125 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 224  Q
     ||||||||| |||    ||||  ||||| | |  |||||||| |||| ||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||    
T  11485587 tagtccactccttttcaactacctttgaatgcattagtcctccaagtgcttttgcagcaattggcaatccaccacactttctagcaatcttcctgccaat 11485488  T
Q  225 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 324  Q
     ||||| ||| ||| || |||||      |||| || ||||  || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
T  11485487 ctcttctaggtttgggtatttaccccgaagaaattcttcaccgccaaatgcatgcttcgagagtaaagaccaacaatcttcatcagatagaggttctaat 11485388  T
Q  325 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttacta 424  Q
    |||||||||||||||| |  ||| |||||||||||||| | || |||||||||||  |||||| | ||| ||| || ||||| ||| |||||| ||| ||    
T  11485387 ttatgaataggaaatgcgcatgcgacctctgcaactttctcttcgcgtgttgttatgatcaccttgcttacagtttctccattaatcaagggagttatta 11485288  T
Q  425 gctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatc 524  Q
     |  ||||||||||  ||||||||| ||||| |  || |||| ||||||||||| |||| | |||||| |    ||| ||||||||||| |||| | |||    
T  11485287 accgatcccaatcaagataattgtcgttccatatgtcgtccaacacaaacaaaattcttctatccttcaaatgcttcattaattcaacttgaaggatatc 11485188  T
Q  525 aagattattgctctccca 542  Q
    |||||||||||| |||||    
T  11485187 aagattattgctttccca 11485170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 25 - 379
Target Start/End: Original strand, 44957109 - 44957462
Alignment:
Q  25 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 124  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||  |||||||| || ||| ||||| || ||| |||| |||||    
T  44957109 aaacatcttttcaaatgagaaggaagatattgataactcaaatgcaaagcaggcaaaattgtatcatttcgttagttccatatgtcgctattcagaattg 44957208  T
Q  125 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 224  Q
    |||||||||| |||    |||   ||||||| | ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| ||| | ||||||||| |||| ||    
T  44957209 aagtccactccttttcaactatctttgaacgcataagtcctcccagtgttttggcagctattggcaatccaccacattttttagcaatcttcctgccaat 44957308  T
Q  225 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaa-ac--tcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttct 321  Q
     ||||| ||| ||| || ||  ||    |||| ||  || || ||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  44957309 ctcttctaggtttgggtattacct----tgaacacggtcttcgctgtcaaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcttcatcagatagaggttct 44957404  T
Q  322 aatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgtta 379  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||    
T  44957405 aatttatgaatcggaaatgtgtgtgcaacctctgcaacgttttgttcacgtgttgtta 44957462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 432 - 542
Target Start/End: Original strand, 44957515 - 44957625
Alignment:
Q  432 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagatta 531  Q
    ||||||  |||||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||| | ||| || |   |||| ||||||||||| |||| | ||||||||||    
T  44957515 ccaatcgatataattgtcattccatatgtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaaatgtttcattaattcaacttgaaggatatcaagatta 44957614  T
Q  532 ttgctctccca 542  Q
    | ||| |||||    
T  44957615 tcgctttccca 44957625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 122; Significance: 3e-62; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 17 - 542
Target Start/End: Original strand, 17852335 - 17852860
Alignment:
Q  17 aatatgcaaaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgtt 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||| | |||||  | ||| ||    
T  17852335 aatatgcaaaacatattttcaaatgagacggaagatattgataactcaaatgcaaagccgggagaattttatcattttgtaattgccatatatcgctatt 17852434  T
Q  117 caaaattgaagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttc 216  Q
    || ||||| |||||||||||||   |||||  | || || |  ||||| || |||| ||| |||||||||||||  ||  |||||||||| |  ||||||    
T  17852435 cagaattgcagtccactcattttcatctaccttcgagcgcattagtccaccgagtgctttggcagctattggcaagccatcacactttctagatatcttc 17852534  T
Q  217 ttgccgatttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagag 316  Q
     |||| ||| |||| |   ||| || |||||| |    ||  || |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  |||| ||    
T  17852535 ctgccaattgcttctaaatttgagtatttactgtgaccaaggtcttcacctccaaatgcatgctttgagagcaaagaccaacaatcttcatcggatatag 17852634  T
Q  317 gttctaatttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaaggg 416  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||| |  |||||||||||  || ||| | ||||||| |||||| | ||  |||||    
T  17852635 gttctaatttatgaattggaaatgtgcgtgcaacctccgcaactttttttaggcgtgttgttatgatgaccttgcttccagcttttcccttaaacaaggg 17852734  T
Q  417 acttactagctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcga 516  Q
    | |||||||||||  |||||||   |||||||||||||| |  || |||| |||||||||||||||| | ||| || |   |||| |||||||||||||     
T  17852735 agttactagctcactccaatcaacgtaattgtcattccataagtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaattgtttcattaattcaactcgg 17852834  T
Q  517 agaaaatcaagattattgctctccca 542  Q
    || | ||||||||||| ||| |||||    
T  17852835 aggatatcaagattatcgctttccca 17852860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 5e-45; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 826551 - 826100
Alignment:
Q  25 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccataagttgctgttcaaaattg 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||| |||||||| || ||||| |||||||||||| |||     
T  826551 aaacatcttttcaaatgagagggaaggtatagataactcaaaagcaaagcaggcagaatgttattatttggtatgttccatatgttgctgttcaagattt 826452  T
Q  125 aagtccactcatttatgtctacagttgaacgtagaagtcctcctagtgttttagcagctattggcagtccgccacactttcttgcaatcttcttgccgat 224  Q
      |||||||| |||   | ||   |||| |  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  826451 cggtccactcctttgcatttaactttgagctcaaaagccctcctagcgttttggcagctattggcaatccaccacacttttttgcaatcttcttcccaat 826352  T
Q  225 ttcttcaaggattgtgtttttactattgtgaaactcatcacttcccaatgcatgctttgagagtaaagaccaacaatcatcatttgatagaggttctaat 324  Q
    | |||| | | ||| || |||         ||  ||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||  || |  ||||||||||| |||    
T  826351 tgcttctaaggttgggtattt---------aatgtcaccacttccaaatgcatacttggagagtaaagaccaacaatgttcgtccgatagaggttccaat 826261  T
Q  325 ttatgaataggaaatgtgtgtgctacctctgcaactttttgtttgcgtgttgttacaatcaccctacttccaggttttccatcaatgaagggacttacta 424  Q
    |||||||||||| | || ||||| |||||||||||| |||  | ||||||||| |  |||||||||||||||   ||||||| ||  || |||   | ||    
T  826260 ttatgaataggatacgtatgtgcaacctctgcaactctttcgtagcgtgttgtgatgatcaccctacttccacaatttccattaaccaatggagcaatta 826161  T
Q  425 gctcatcccaatcattataattgtcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatctttt 485  Q
    | |||| ||| ||||||||| | |||||||| |   |||||| ||||||||||||||||||    
T  826160 gatcatgccagtcattataactatcattccataagccatccaacacaaacaaaaatctttt 826100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 29836869 - 29836737
Alignment:
Q  448 tcattccacagatcatccagcacaaacaaaaatcttttctccttcgagcttttctttaattcaactcgaagaaaatcaagattattgctctcccaagttc 547  Q
    |||||||| | ||||||||  |||| |||||||||||| |  ||| |  ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||| | | |||   ||    
T  29836869 tcattccaaacatcatccaatacaatcaaaaatcttttgttgttcaaatttttcttcaattcaactcgaagaagatcaaggttattggtattccattctc 29836770  T
Q  548 tagaagtgacagattcaagcagagacttggtta 580  Q
    | |||||||||  |||||| ||||| |||||||    
T  29836769 ttgaagtgacaacttcaaggagagatttggtta 29836737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 29837289 - 29837208
Alignment:
Q  25 aaacatcttttcaaatgagagggaagatattgatacctcaaatgcaaagcaggaagaatattatcatttggtaagtcccata 106  Q
    |||||||||||||| ||| | ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |  |  |||||||||| ||||| |||||    
T  29837289 aaacatcttttcaagtgacaaggaagatcttgataactcaaatgcaatgcaggcatgactttatcatttgataagttccata 29837208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University