View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13643_low_1 (Length: 737)

Name: NF13643_low_1
Description: NF13643
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13643_low_1
NF13643_low_1
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (22-656)||(35368104-35368725)
chr2 (51-560)||(35374296-35374784)
chr2 (290-589)||(35355899-35356183)
chr2 (34-548)||(35371486-35371983)
chr2 (39-257)||(35345987-35346205)
chr2 (300-567)||(35343134-35343388)
chr2 (252-566)||(35347807-35348112)
chr2 (280-568)||(35335752-35336021)
chr2 (30-253)||(35355585-35355808)
chr2 (49-259)||(35364256-35364469)
chr2 (301-566)||(35346269-35346532)
chr2 (34-253)||(35343475-35343694)
chr2 (34-253)||(35348166-35348385)
chr2 (440-566)||(35351474-35351605)
chr2 (386-568)||(35364651-35364830)
chr2 (19-253)||(35335477-35335699)
chr2 (447-559)||(35341070-35341188)
chr2 (38-113)||(35351004-35351079)
chr2 (19-112)||(35340561-35340656)
chr2 (300-366)||(35340922-35340986)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (61-113)||(9063702-9063754)
chr4 (61-114)||(9060405-9060458)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 656
Target Start/End: Original strand, 35368104 - 35368725
Alignment:
Q  22 taactagttagtgactaatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgagaaga 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  35368104 taactagttagtgactaatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccaataaga 35368203  T
Q  122 atcttgatcctcgttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagttt 221  Q
    ||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35368204 atcatgatccgtgttatgataatcttcttcaatacaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacttcaccttcaccatatgcatgctgcttgcagttt 35368303  T
Q  222 agagcaatgaccatggaaatggatgccattttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttga--tgagttgtgtttgagttaggattggagact 319  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||| | ||| ||| ||| || ||||||||||  || ||| | |||||||||  |||||||| |    
T  35368304 agagcaatgaccatggaaatgaatacca--ttagttatattatatgctaaggtagttgtgtgagttgagttgtgtt-tatttgagttaccattggagagt 35368400  T
Q  320 ttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtgtatgtttgctt-aaggtgtg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  35368401 ttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaacc-----acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaaggaatg 35368495  T
Q  419 agcatatatttcttaatgtctgcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttacaattcagcatacacgttggaaatagcagctaa 518  Q
    |||    ||  ||   || ||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||    
T  35368496 agc----atggctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtctttacaattcagcttaaatgttggaaatagcagcaaa 35368591  T
Q  519 gaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatggatgtatagaacatataaagtggaacacgcgacaagttgattcgattcgat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  35368592 gaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatggatgtatagaacatataaagtggaacacgcgacaagttgattcgattc-at 35368690  T
Q  619 tcattttgctatgaatatttattggttagtcaaaggcc 656  Q
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35368691 ---ttttgctatgaatatttattggttattcaaaggcc 35368725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 51 - 560
Target Start/End: Original strand, 35374296 - 35374784
Alignment:
Q  51 acattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgagaagaatcttgatcctcgttatgataatcttctt 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |  |||||||| | ||  ||||||||||||||||||    
T  35374296 acattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcatcatcaccttcctggtaagaatctcggtctccgttatgataatcttctt 35374395  T
Q  151 caatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatggaaatggatgccat 250  Q
    ||||||||||||||  |||| || ||||||||| |      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374396 caatgcaagatacacttgtataatcaaaccaatta------ccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatggaaatggatgccat 35374489  T
Q  251 tttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttgatgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataag 350  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || | ||||   |    
T  35374490 tttagttatatgagatgctaatgtaattgtgtgagttga---gctgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatata--acaaaaagagttg 35374584  T
Q  351 ttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatatatttcttaatgtctgcatgtgtaat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||     || | || |||||||||||||    
T  35374585 ttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacac-----aagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcata----cctcagtgcctgcatgtgtaat 35374675  T
Q  451 ggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttacaattcagcatacacgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttg 550  Q
     |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35374676 agaatcttgtgcagccacattggcaattgtctttac-attcagcatacacgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttg 35374774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 290 - 589
Target Start/End: Original strand, 35355899 - 35356183
Alignment:
Q  290 tgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacac 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  || | ||||   ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||       
T  35355899 tgagttgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttatatata--acaaaaagagt-gttgttggagttgttctaacacaagtaaaccacacaa--- 35355992  T
Q  390 aagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatatatttcttaatgtctgcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttaca-a 488  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||     || | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  35355993 --gaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatac----ctcagtgcctgcatgtgtaatagaatcttgtgcagccacattggcaattgtctttacaca 35356086  T
Q  489 ttcagcatacacgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatggatgtatagaacatataaagt 588  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||  |||||||||||||||    
T  35356087 ttcagcttacacgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgc--ttaatggatg--tagaacatataaagt 35356182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 34 - 548
Target Start/End: Original strand, 35371486 - 35371983
Alignment:
Q  34 gactaatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatc---------gccttcccgagaagaatc 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||         |||||||    | || ||    
T  35371486 gactaatgtaagttaacacattagagttttaggcagcgggagcatagtcataaccaccgtcgtcgtcgtcgtcatcgtcgtcgccttccttgcatgagtc 35371585  T
Q  125 ttgatcctcgttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttaga 224  Q
    | ||||  | ||  | ||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||| |      |||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  35371586 tcgatctccattgcggtaatcttcttcaatgcaagatacacttgtataatcaaaccaatta------ccttcaccatatacatgttgcttgcactttaga 35371679  T
Q  225 gcaatgaccatggaaatggatgccattttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttgatgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtg 324  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  35371680 gcaatgaccatcaaaatggatgccattttagttatatgagatgctaacgtaattgtgtgagt---tgagttgtgtttgagttagaattggagagtttgtg 35371776  T
Q  325 tgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcata 424  Q
    |||||||||||  |  ||||   ||| |||| ||||| || |  |||||| |||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  35371777 tgttatatataacatgagaa---aag-tgtt-gagttattgtgccacaagtaaacc-----acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagc--- 35371863  T
Q  425 tatttcttaatgtctgcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttacaattcagcatacacgttggaaatagcagctaagaatca 524  Q
     ||  ||   ||  | |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||  || |||| | ||||||||    
T  35371864 -atggctccttgcttccatgtgtaatgggatcttgtgcagcatcattggcatttctctttacaattcagcttacacgttgataaaagcaacaaagaatca 35371962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 39 - 257
Target Start/End: Original strand, 35345987 - 35346205
Alignment:
Q  39 atgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgagaagaatcttgatcctcgttat 138  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    |||||||||||||| | ||      
T  35345987 atgtaagttaacacattagagttttacgcagcgggagcatagtcataaccaccatcatcgtcatcatcgccttccttgtaagaatcttgatccccattgc 35346086  T
Q  139 gataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatgga 238  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | |  ||||||||| ||||||  ||||||||   | ||||||||||| || |    
T  35346087 gataatcttctacaatacaagatacagatgtataaccaaaccaatcaccgttgccttcaccacatgcattctgcttgcacaatggagcaatgaccgtgaa 35346186  T
Q  239 aatggatgccattttagtt 257  Q
    |||||||||||||||||||    
T  35346187 aatggatgccattttagtt 35346205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 300 - 567
Target Start/End: Complemental strand, 35343388 - 35343134
Alignment:
Q  300 ttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtg 399  Q
    ||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||  ||||||||| || |||||| |||| ||| | |||||  |||||||||||     ||||||||    
T  35343388 ttgagttaggattagagagttt-tgtgttatatata--actagaagagaacttgttg-agttattccaccacaattaaaccacacaa-----gaagtgtg 35343298  T
Q  400 tatgtttgcttaaggtgtgagcatatatttcttaatgtctgcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttacaattcagcataca 499  Q
    ||||||| |||||||||||||| |    | ||   || ||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |    
T  35343297 tatgtttacttaaggtgtgagctt----tgctacgtgcctgcatgtgtaatggcatattgggcagccacattggcaattgtctttacaattcagcttaaa 35343202  T
Q  500 cgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatg 567  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35343201 tgttggaaatagcagcaaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatg 35343134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 252 - 566
Target Start/End: Complemental strand, 35348112 - 35347807
Alignment:
Q  252 ttagttatatgagatggtaatgtaattatgtgagttgatgagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagt 351  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||| || ||||||||||   | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |||||| ||||    
T  35348112 ttagttatatgatatgctaaggtagttgtgtgagttga---gctgtgtttgagttaggattggagagtttgtgtgttata--tataacaagaagagaagt 35348018  T
Q  352 tgttggagttgttctaacacaagcaaaccacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatatatttcttaatgtctgcatgtgta--a 449  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||     |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    ||  ||   || |||||||||||  |    
T  35348017 tgtt-gagtagttctaacacaagcaaacc-----acacaagaagtgtgtaagtttgcttaaggtatgagc----atggctacgtgcctgcatgtgtaata 35347928  T
Q  450 tggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttacaattcagc----atacacgt-tggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaa 544  Q
    |||  ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    |||||||| |||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  35347927 tggggtcttgtgcagccacattggcaattgtctctacaattcagcatatatacacgtatggaaa-agaagcaaagactcaagaatattgacaaaatagaa 35347829  T
Q  545 tgtttgagtggatgcatataat 566  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  35347828 tgtttgagtggatgcatataat 35347807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 280 - 568
Target Start/End: Original strand, 35335752 - 35336021
Alignment:
Q  280 tgtgagttgat--gagttgtgtttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttctaacacaagcaa 377  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||          |||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||| |||||||||    
T  35335752 tgtgagttgatttgagttgtgtttgagttaggattggagagtt----------atatataactagaagaaaagctgttg-agctgttctagcacaagcaa 35335840  T
Q  378 accacacaacacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatatatttcttaatgtctgcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaat 477  Q
    ||||| ||      ||||||||| ||||||||||||||||||||||      ||   || ||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  35335841 accacgcag-----gaagtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgagcatgg----ctcggtgcctgcatgtgtaatggcatcttgtgtagccacattggcaat 35335931  T
Q  478 tgtctttacaattcagcatacacgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataatgg 568  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35335932 tgtctttacaattcaacttacacgttggaaa-agaagcaaagaatcaagaatattgacaaaataaaatgtttgagtggatgcatataatgg 35336021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 30 - 253
Target Start/End: Original strand, 35355585 - 35355808
Alignment:
Q  30 tagtgactaatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgagaagaatcttgat 129  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    |||| ||| |||    
T  35355585 tagtgacttatgtaagttaacacattagagttttaggcagcaggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcatcatcgccttccatgtaagagtctcgat 35355684  T
Q  130 cctcgttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaat 229  Q
    |  | ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | | ||||||| ||||| |||| | |||||| ||| ||| |||    
T  35355685 ctccattgcgataatcttcttcaatgcaagatacatatgtataaccaaaccaatcaccattaccttcatcatatccatgctccttgcactttggagtaat 35355784  T
Q  230 gaccatggaaatggatgccatttt 253  Q
    | |||| ||||| |||||||||||    
T  35355785 ggccatagaaattgatgccatttt 35355808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 49 - 259
Target Start/End: Original strand, 35364256 - 35364469
Alignment:
Q  49 acacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgagaagaatcttgatcctcgttatgataatcttc 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |  ||| | ||||| ||||   |||||||||    
T  35364256 acacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttccctgtataaatttcgatccccgttggtataatcttc 35364355  T
Q  149 ttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcacc---atatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgaccatggaaatggat 245  Q
    |||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||| | |||||||||||   |||||||| ||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||    
T  35364356 ttcaatgcaagatacacacgtataaccgaaccaatcaccgtcaccttcaccattatatgcatattgcttgcactttggagcaatgaccgtggaaatgaat 35364455  T
Q  246 gccattttagttat 259  Q
    | |||||| |||||    
T  35364456 gtcattttggttat 35364469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 301 - 566
Target Start/End: Original strand, 35346269 - 35346532
Alignment:
Q  301 tgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataacta----gaagataagttgttggagttgtt----ctaacacaagcaaaccacacaacacaag 392  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    |||||   |||||||||||||||    ||| |||||| ||||||||||| |  ||    
T  35346269 tgagttaggattggagagtttgtgtgttatatatataactaacaagaagagctgttgttggagttgtttgttctatcacaagtaaaccacacaaga--ag 35346366  T
Q  393 aagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatatatttcttaatgtctgcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttacaattca 492  Q
      |||||| ||||||||||||||||||||||      ||  ||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35346367 t-gtgtgtgtgtttgcttaaggtgtgagcatgg----ctcgatgcctgcatgtgcaatgggatcttgtgcagccacattggcaattgtctttacaattca 35346461  T
Q  493 gcatacacgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaatgtttgagtggatgcatataat 566  Q
    || |||||||||||||  |||||  |||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35346462 gcttacacgttggaaaatgcagcatagaatcaagaata---accaaatagaatgtttgagtggatgcatataat 35346532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 34 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 35343694 - 35343475
Alignment:
Q  34 gactaatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgagaagaatcttgatcctc 133  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||     | || ||| ||||  |    
T  35343694 gactaatgtaagttaacacattagtgttttaggcggctggagcatagtcgtaaccaccatcatcgtcatcatcgccttctttgcatgagtctcgatctcc 35343595  T
Q  134 gttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgacc 233  Q
     || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||| | | ||||||||||||| |||| |||| ||| ||| ||  |||| ||    
T  35343594 attgtgataattttcttcaatgcaagatacacatgtataactaatccaatcaccgttaccttcaccatatccatgctgctcgcactttggaataatggcc 35343495  T
Q  234 atggaaatggatgccatttt 253  Q
    |  |||||||||||||||||    
T  35343494 aaagaaatggatgccatttt 35343475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 34 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 35348385 - 35348166
Alignment:
Q  34 gactaatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgagaagaatcttgatcctc 133  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||    | || ||| ||||  |    
T  35348385 gactaatgtaagttaacacattagagttttaggcagtgggagcatagtcgtaaccaccatcatcgtcatcatcaccttccttgcatgagtctcgatctcc 35348286  T
Q  134 gttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcaccatatgcatgttgcttgcagtttagagcaatgacc 233  Q
     ||  ||| |||||||| |||||||||||||  |||| |||||||||||||| | | ||||||||  ||| |||| |||||||| ||| ||| |||  ||    
T  35348285 attgcgattatcttctttaatgcaagatacacttgtataaccaaaccaatcaccgttaccttcactgtatccatgatgcttgcactttggagtaatagcc 35348186  T
Q  234 atggaaatggatgccatttt 253  Q
    |  |||||||||||||||||    
T  35348185 aaagaaatggatgccatttt 35348166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 440 - 566
Target Start/End: Original strand, 35351474 - 35351605
Alignment:
Q  440 gcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtctttacaattcagcatacacgttggaaatagcagc-----taagaatcaagaatattga 534  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| || ||||||| ||||||||||  ||||||      ||||||||||||||||||    
T  35351474 gcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattggcaattgtttttataagtcagcatgcacgttggaagaagcagcaaattaaagaatcaagaatattga 35351573  T
Q  535 caaaatagaatgtttgagtggatgcatataat 566  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35351574 aaaaatcgaatgtttgagtggatgcatataat 35351605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 386 - 568
Target Start/End: Original strand, 35364651 - 35364830
Alignment:
Q  386 acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatatatttcttaatgtctgcatgtgtaatggaatcttgtgcagccacattcgcaattgtcttta 485  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||   ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  35364651 acacaagaagtgtgtatgtttgcttaaggtgtgagcatgg----ctccttgcttgcatgtgtaatgggatcttgtgcagccacattggcatttgtcttta 35364746  T
Q  486 caattcagcatacacgttggaaatagcagctaagaatcaagaatattgacaaaatagaa-tgtttgagtggatgcatataatgg 568  Q
    ||||||||| |||| ||||| || || ||  |||||||||||||| ||  |||||| || | ||| ||||||||||||||||||    
T  35364747 caattcagcgtacatgttgggaaaagaagaaaagaatcaagaataatgggaaaatataatttttttagtggatgcatataatgg 35364830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 66; E-Value: 9e-29
Query Start/End: Original strand, 19 - 253
Target Start/End: Original strand, 35335477 - 35335699
Alignment:
Q  19 tactaactagttagtgactaatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcccgaga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||                
T  35335477 tactaactagttagtgactaatgtaagttaacacattactactttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcgtcatcatcatc------------ 35335564  T
Q  119 agaatcttgatcctcgttatgataatcttcttcaatgcaagatacagatgtacaaccaaaccaatcaacctcaccttcacc---atatgcatgttgcttg 215  Q
       |||    ||| | || | ||||||||||||||||||||||| |  |||  ||||||||||||||   || ||||||||   | ||||||||||||||    
T  35335565 ---atcaccttccccattgtaataatcttcttcaatgcaagatatatttgtgtaaccaaaccaatcacagtcgccttcaccgttaaatgcatgttgcttg 35335661  T
Q  216 cagtttagagcaatgaccatggaaatggatgccatttt 253  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35335662 cactttggagcaatgaccatggaaatggatgccatttt 35335699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 447 - 559
Target Start/End: Original strand, 35341070 - 35341188
Alignment:
Q  447 taatggaatcttgtgcagccacattcgcaa--ttgtctttacaattcagcatacacgttggaaatagcagctaagaatcaag----aatattgacaaaat 540  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||| |||||    ||||||||||||||    
T  35341070 taatgggatcttgtgcagccacattggcaaaattgtctttacaattcagcatacacgttggaagaagcagcatagattcaagaattaatattgacaaaat 35341169  T
Q  541 agaatgtttgagtggatgc 559  Q
    |||||||||||||||||||    
T  35341170 agaatgtttgagtggatgc 35341188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 38 - 113
Target Start/End: Original strand, 35351004 - 35351079
Alignment:
Q  38 aatgtaagttaacacattagagttttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcc 113  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  35351004 aatgtaagttagcacattagagtcttatgcagcgggagcgtagtcataaccaccatcatcgtcatcatcaccttcc 35351079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 19 - 112
Target Start/End: Original strand, 35340561 - 35340656
Alignment:
Q  19 tactaactagttag-tgactaatgtaagttaacacattagagtttt-atgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttc 112  Q
    |||||||||| ||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||    
T  35340561 tactaactagctagctgactaatataagttcacacattagagtttttatgcagctggagcatagtcataaccaccatcgtcgtcatcatcaccttc 35340656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 300 - 366
Target Start/End: Original strand, 35340922 - 35340986
Alignment:
Q  300 ttgagttaggattggagactttgtgtgttatatatataactagaagataagttgttggagttgttct 366  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||    
T  35340922 ttgagttagtattggagagtttgtgtg--atatatataacaagaagagaacttgttggagttgttct 35340986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 61 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 9063754 - 9063702
Alignment:
Q  61 tttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttcc 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  9063754 tttaagcagcgggagcatagtcataaccaccatcatcgtcatcatcaccttcc 9063702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 61 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 9060458 - 9060405
Alignment:
Q  61 tttatgcagcgggagcatagtcataaccaccgtcatcgtcgtcatcgccttccc 114  Q
    |||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  9060458 tttaagcagcgggagcataatcatatccaccatcatcgtcatcatcaccttccc 9060405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University