View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13649_low_1 (Length: 736)
Name: NF13649_low_1
Description: NF13649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13649_low_1 |
 |  |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 708
Target Start/End: Original strand, 3800482 - 3801163
Alignment:
| Q |
25 |
ataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagccctt |
124 |
Q |
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| T |
3800482 |
ataacaagattctttgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaagattgaagccctt |
3800581 |
T |
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| Q |
125 |
gaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaaatga |
224 |
Q |
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| T |
3800582 |
gaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaagttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaaatga |
3800681 |
T |
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| Q |
225 |
tgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataac |
324 |
Q |
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| T |
3800682 |
tgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaacgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataac |
3800781 |
T |
 |
| Q |
325 |
atatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtct |
424 |
Q |
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| T |
3800782 |
atatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtct |
3800881 |
T |
 |
| Q |
425 |
tcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatctt |
524 |
Q |
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| T |
3800882 |
tcactatattcttggcgaacaacctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacat--tatcgagaaatagttataagagctttatctt |
3800979 |
T |
 |
| Q |
525 |
gcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaaca |
624 |
Q |
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| T |
3800980 |
ttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaaca |
3801079 |
T |
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| Q |
625 |
tgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg |
708 |
Q |
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|
|
| T |
3801080 |
tgcaatatctaaaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattgg |
3801163 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 687
Target Start/End: Original strand, 4001184 - 4001860
Alignment:
| Q |
21 |
caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc |
120 |
Q |
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| T |
4001184 |
caatataacaagattctttccagaaaacttctttgggaatgattttagagggtaatgtatccaacaaatatatcttagatcagttgggaaagattgaagc |
4001283 |
T |
 |
| Q |
121 |
ccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaa |
220 |
Q |
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| T |
4001284 |
ccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccaatgaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaa |
4001383 |
T |
 |
| Q |
221 |
atgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttc-aatcattgaaagccatatttttaaccaaa |
319 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4001384 |
atgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaattacaaatcattgaaagccatatttttaaccaaa |
4001483 |
T |
 |
| Q |
320 |
ataacatatgt----------tatctgaaatagcca-aatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgact |
408 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4001484 |
atgacatatgtttctaaaaagtttctaaaaacgccattatattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgact |
4001583 |
T |
 |
| Q |
409 |
gcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagtt |
508 |
Q |
| |
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| ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |
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|
| T |
4001584 |
tcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagtt |
4001683 |
T |
 |
| Q |
509 |
atgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattca |
608 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| |||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4001684 |
ataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaaccactgaattgtcactttcag--tctcttaatagatgtttcatgtaatccactttcaaattca |
4001781 |
T |
 |
| Q |
609 |
atccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac |
687 |
Q |
| |
|
| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4001782 |
acccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattac |
4001860 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 708
Target Start/End: Original strand, 4217505 - 4218217
Alignment:
| Q |
17 |
agttcaatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattg |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4217505 |
agttcaatataacaagattctctgcagaaaagttctctgggaatgattttagagggtaacatacccaacgaagatatcttagatcatttggaaaagattg |
4217604 |
T |
 |
| Q |
117 |
aagcccttgaggaagaagttccaaa---------tcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaac |
207 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4217605 |
aagccctcgaggaagaagatccaaacagtcattatcgtacccaccaaaaaaattcaaaaatttcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaac |
4217704 |
T |
 |
| Q |
208 |
tccaactccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaa-tcattgaaagccat |
306 |
Q |
| |
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| || | || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
4217705 |
ttcagcatccaaactgatgacaagtttacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaattacaaatcattgaaagccaa |
4217804 |
T |
 |
| Q |
307 |
atttttaaccaaaataacatatgtta----------tctgaaatagccaa-atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggat |
395 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| ||||||||| ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| | || |||||||| |
|
|
| T |
4217805 |
atttgtaaccaaaatgacatatgtttctaaaaagtttctaaaaacgccattatattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggat |
4217904 |
T |
 |
| Q |
396 |
cccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattata |
495 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||| |||||||||| | || ||||| | |||||||||||||| ||||| | ||| || ||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
4217905 |
cccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaacctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatc |
4218004 |
T |
 |
| Q |
496 |
ttcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatcc |
595 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
4218005 |
ttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggccactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatcc |
4218104 |
T |
 |
| Q |
596 |
actttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaa |
695 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4218105 |
actttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaa |
4218204 |
T |
 |
| Q |
696 |
cttcttgaattgg |
708 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |
|
|
| T |
4218205 |
tttcttgaattgg |
4218217 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 22 - 687
Target Start/End: Original strand, 4008892 - 4009552
Alignment:
| Q |
22 |
aatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagcc |
121 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||| |||||| || |
|
|
| T |
4008892 |
aatataacaagattctccgcagaaaacttctttggcaatgattttagagggtaactcatccaagaaatatatcttagatcagttggaaaagattgaatcc |
4008991 |
T |
 |
| Q |
122 |
cttgaggaagaagttccaaa---------tcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaa |
212 |
Q |
| |
|
|| |||||| ||| |||||| | || | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
4008992 |
ctcgaggaaaaagatccaaacattcttgatagtttccaccatgaaaatccaaaaatagcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcag |
4009091 |
T |
 |
| Q |
213 |
ctccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatattttt |
312 |
Q |
| |
|
|| ||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||| ||| |||| |
|
|
| T |
4009092 |
cttcctgatcgctgacaagtctacacgtatgcttctaataacatcagtgccctgccattaatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atactttt |
4009177 |
T |
 |
| Q |
313 |
aaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcat |
412 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4009178 |
taccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcat |
4009277 |
T |
 |
| Q |
413 |
tttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatga |
512 |
Q |
| |
|
||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| | |
|
|
| T |
4009278 |
tttataggatcttcactagattcttaacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataa |
4009377 |
T |
 |
| Q |
513 |
gagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatcc |
612 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| || |
|
|
| T |
4009378 |
gagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaaccc |
4009477 |
T |
 |
| Q |
613 |
attgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac |
687 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
4009478 |
gttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac |
4009552 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 21 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 3956708 - 3956056
Alignment:
| Q |
21 |
caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc |
120 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| | |
|
|
| T |
3956708 |
caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaagattgaatc |
3956609 |
T |
 |
| Q |
121 |
ccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaa |
220 |
Q |
| |
|
|||| ||||| | | |||||| | | | | || ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || | |||| |
|
|
| T |
3956608 |
ccttcaggaatacgatccaaaccatctatgtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcagtttcctac |
3956509 |
T |
 |
| Q |
221 |
atgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaa |
320 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||| || |
|
|
| T |
3956508 |
ttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atatttttcaccagaa |
3956423 |
T |
 |
| Q |
321 |
taacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagg |
420 |
Q |
| |
|
||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
3956422 |
agacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagg |
3956323 |
T |
 |
| Q |
421 |
gtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagcttta |
520 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| |||| |
|
|
| T |
3956322 |
gtcttcactggattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagattta |
3956223 |
T |
 |
| Q |
521 |
tcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaa |
620 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| || ||||| | |
|
|
| T |
3956222 |
tctttcaacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaaga |
3956123 |
T |
 |
| Q |
621 |
aacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac |
687 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |
|
|
| T |
3956122 |
aacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac |
3956056 |
T |
 |
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 21 - 679
Target Start/End: Original strand, 3985878 - 3986543
Alignment:
| Q |
21 |
caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc |
120 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
3985878 |
caatataacaagtttctctgcagaaaacttctttggcaatgactctagagggtaatgtacccaatgaagatatcttagatcagttggaaaaggttgaagc |
3985977 |
T |
 |
| Q |
121 |
ccttgaggaagaagttccaaa---------tcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactcca |
211 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||| | ||| ||||| |||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |
|
|
| T |
3985978 |
ccttgaggaagaagatccaaacaatcatgattgtacccaccataaaaatccaaaaatttcaggttcgtcatcttagcaaatacatcagggcttaacttca |
3986077 |
T |
 |
| Q |
212 |
actccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttt |
311 |
Q |
| |
|
|| ||||| || |||||||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| | | |||||||||||| || ||||| |
|
|
| T |
3986078 |
gcttcctaattgctgacaagtttagacatatgcttctaatagcatcagtaccctgtcatgaatggaaaagaaaattctaaatcattgaaagacacatttt |
3986177 |
T |
 |
| Q |
312 |
taaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgca |
411 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| | || || | |||||| ||||||||||||||| || ||||| | || |||| |||||||||| |||||| |
|
|
| T |
3986178 |
aaaccaaaataacaaatgttatgtaaagatgcta--tattttataccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatcccataatcgactgcg |
3986275 |
T |
 |
| Q |
412 |
ttttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatg |
511 |
Q |
| |
|
||| | |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
3986276 |
tttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatg |
3986375 |
T |
 |
| Q |
512 |
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611 |
Q |
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| T |
3986376 |
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3986475 |
T |
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612 |
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679 |
Q |
| |
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|
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| T |
3986476 |
cattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagt |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 21 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 3920974 - 3920295
Alignment:
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120 |
Q |
| |
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| T |
3920974 |
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T |
 |
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214 |
Q |
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| T |
3920874 |
ccttgaggaaaaagatccaaatagtcatcaaaataaccccaaaaatccaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaactttagct |
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T |
 |
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314 |
Q |
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| T |
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T |
 |
| Q |
315 |
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414 |
Q |
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| T |
3920684 |
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T |
 |
| Q |
415 |
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514 |
Q |
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| T |
3920584 |
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3920485 |
T |
 |
| Q |
515 |
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614 |
Q |
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| T |
3920484 |
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3920385 |
T |
 |
| Q |
615 |
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704 |
Q |
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| T |
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tgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaa |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 21 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 3934195 - 3933515
Alignment:
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Q |
| |
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T |
 |
| Q |
121 |
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214 |
Q |
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| T |
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ccttgaggaaaaagatccaaatagtcatcaaaatcaacccaaaaattcaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaactttagct |
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T |
 |
| Q |
215 |
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314 |
Q |
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| T |
3933995 |
tcctattttctaagaagtctacacgtatgcttctgatagcatcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaa-------tca---aaatatatacttttta |
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T |
 |
| Q |
315 |
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414 |
Q |
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| T |
3933905 |
ccaaaatgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattt |
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T |
 |
| Q |
415 |
tctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgaga |
514 |
Q |
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| T |
3933805 |
tccaaggtc---actagattcttgccgaacaacctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataaga |
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T |
 |
| Q |
515 |
gctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccat |
614 |
Q |
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| T |
3933708 |
gctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccat |
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T |
 |
| Q |
615 |
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708 |
Q |
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| T |
3933608 |
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T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 704
Target Start/End: Original strand, 3808907 - 3809586
Alignment:
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Q |
| |
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T |
 |
| Q |
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aagcccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactcc |
216 |
Q |
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| T |
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T |
 |
| Q |
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315 |
Q |
| |
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| T |
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ctcattgttcgcag------acttatgcttcttatagaatcagtaccctgtcatgaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacctttttaac |
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T |
 |
| Q |
316 |
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415 |
Q |
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| T |
3809201 |
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T |
 |
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515 |
Q |
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| T |
3809298 |
tcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagag |
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T |
 |
| Q |
516 |
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615 |
Q |
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| T |
3809398 |
ctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccatt |
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T |
 |
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gaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaa |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 145 - 704
Target Start/End: Original strand, 4024247 - 4024805
Alignment:
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T |
 |
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ttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaa-tcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaatagc |
343 |
Q |
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T |
 |
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443 |
Q |
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| T |
4024446 |
gtattatgttt-accttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaa |
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T |
 |
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444 |
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543 |
Q |
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T |
 |
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544 |
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643 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
644 |
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704 |
Q |
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| T |
4024745 |
tttttctctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaa |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 21 - 685
Target Start/End: Original strand, 3816487 - 3817150
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| Q |
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215 |
Q |
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| T |
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T |
 |
| Q |
216 |
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311 |
Q |
| |
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| T |
3816687 |
cctcattgttggcaa------acttatgcttctaatagcattggtaccctgcaatcatgaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacatttt |
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T |
 |
| Q |
312 |
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410 |
Q |
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| T |
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taatcgacatgacaaatattaatctaaaaatgaca--tattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgc |
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T |
 |
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411 |
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510 |
Q |
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| T |
3816879 |
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T |
 |
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511 |
gagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaat |
610 |
Q |
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| T |
3816976 |
aagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaac |
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T |
 |
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611 |
ccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcatt |
685 |
Q |
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|
| T |
3817076 |
ccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcatt |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #12
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Query Start/End: Original strand, 432 - 673
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Q |
| |
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T |
 |
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532 |
ttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaata |
631 |
Q |
| |
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T |
 |
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632 |
tctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataa |
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Q |
| |
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| T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #13
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| |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 353 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963835
Alignment:
| Q |
353 |
tttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctccc |
452 |
Q |
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| T |
3964166 |
tttaccttgtcattttttaatacttcata---aatgtcatcatcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc |
3964070 |
T |
 |
| Q |
453 |
ggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactga |
552 |
Q |
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| T |
3964069 |
tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga |
3963970 |
T |
 |
| Q |
553 |
attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct |
652 |
Q |
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| T |
3963969 |
attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct |
3963870 |
T |
 |
| Q |
653 |
aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac |
687 |
Q |
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| T |
3963869 |
tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattac |
3963835 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 708
Target Start/End: Original strand, 13396855 - 13397524
Alignment:
| Q |
24 |
tataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagccct |
123 |
Q |
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| T |
13396855 |
tataacaagattatcaacagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaataaagatatcttagatcagttggaaaaaattgaagccct |
13396954 |
T |
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124 |
tgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaaatg |
223 |
Q |
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| T |
13396955 |
tgaggaagacgatccaaaccgtctatatcatgaaaatacaaaaatttcaggttggtcatcttatcaaatacaggcgggcttaacttcagcttcctaattg |
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T |
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224 |
atgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataa |
323 |
Q |
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| T |
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ctgacaagtctacacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattattataaaagaaaa-----------tcaaa---atattttttaccaaaatga |
13397140 |
T |
 |
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324 |
catatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtc |
423 |
Q |
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| T |
13397141 |
caaatgttatctaaaattgccaaat-ttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtc |
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T |
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ttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatct |
523 |
Q |
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| T |
13397240 |
ttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttatct |
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T |
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tgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaac |
623 |
Q |
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| T |
13397340 |
ttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaactcatcccgttgaagaaac |
13397439 |
T |
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624 |
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708 |
Q |
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13397440 |
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T |
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