View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13649_low_1 (Length: 736)

Name: NF13649_low_1
Description: NF13649
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13649_low_1
NF13649_low_1
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (25-708)||(3800482-3801163)
chr4 (21-687)||(4001184-4001860)
chr4 (17-708)||(4217505-4218217)
chr4 (22-687)||(4008892-4009552)
chr4 (21-687)||(3956056-3956708)
chr4 (21-679)||(3985878-3986543)
chr4 (21-704)||(3920295-3920974)
chr4 (21-708)||(3933515-3934195)
chr4 (17-704)||(3808907-3809586)
chr4 (145-704)||(4024247-4024805)
chr4 (21-685)||(3816487-3817150)
chr4 (432-673)||(4018018-4018259)
chr4 (21-134)||(4024078-4024191)
chr4 (353-687)||(3963835-3964166)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (24-708)||(13396855-13397524)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 708
Target Start/End: Original strand, 3800482 - 3801163
Alignment:
25 ataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagccctt 124  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
3800482 ataacaagattctttgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaagattgaagccctt 3800581  T
125 gaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaaatga 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||    
3800582 gaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaagttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaaatga 3800681  T
225 tgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataac 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3800682 tgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaacgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataac 3800781  T
325 atatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtct 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
3800782 atatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtct 3800881  T
425 tcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatctt 524  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   | |||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||| |||||||||||||    
3800882 tcactatattcttggcgaacaacctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacat--tatcgagaaatagttataagagctttatctt 3800979  T
525 gcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaaca 624  Q
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
3800980 ttaacctttctaacccaacagccactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaaca 3801079  T
625 tgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 708  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| | || |||||||||||||||    
3801080 tgcaatatctaaaaaatactttttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattgg 3801163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 397; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 687
Target Start/End: Original strand, 4001184 - 4001860
Alignment:
21 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc 120  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||  || ||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
4001184 caatataacaagattctttccagaaaacttctttgggaatgattttagagggtaatgtatccaacaaatatatcttagatcagttgggaaagattgaagc 4001283  T
121 ccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaa 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||    
4001284 ccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccaatgaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcagcttcctaa 4001383  T
221 atgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttc-aatcattgaaagccatatttttaaccaaa 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
4001384 atgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaattacaaatcattgaaagccatatttttaaccaaa 4001483  T
320 ataacatatgt----------tatctgaaatagcca-aatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgact 408  Q
    || ||||||||          | ||| |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||   | ||   |||||||||||||||  ||||    
4001484 atgacatatgtttctaaaaagtttctaaaaacgccattatattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgact 4001583  T
409 gcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagtt 508  Q
     | ||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||    
4001584 tcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagtt 4001683  T
509 atgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattca 608  Q
    || ||||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||| ||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
4001684 ataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaaccactgaattgtcactttcag--tctcttaatagatgtttcatgtaatccactttcaaattca 4001781  T
609 atccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 687  Q
    | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
4001782 acccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattac 4001860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 708
Target Start/End: Original strand, 4217505 - 4218217
Alignment:
17 agttcaatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   | |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
4217505 agttcaatataacaagattctctgcagaaaagttctctgggaatgattttagagggtaacatacccaacgaagatatcttagatcatttggaaaagattg 4217604  T
117 aagcccttgaggaagaagttccaaa---------tcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaac 207  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||         |||||   ||||  ||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
4217605 aagccctcgaggaagaagatccaaacagtcattatcgtacccaccaaaaaaattcaaaaatttcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaac 4217704  T
208 tccaactccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaa-tcattgaaagccat 306  Q
    | || |  || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||     
4217705 ttcagcatccaaactgatgacaagtttacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaattacaaatcattgaaagccaa 4217804  T
307 atttttaaccaaaataacatatgtta----------tctgaaatagccaa-atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggat 395  Q
    |||| |||||||||| |||||||||           ||| |||  ||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||   | ||   ||||||||    
4217805 atttgtaaccaaaatgacatatgtttctaaaaagtttctaaaaacgccattatattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggat 4217904  T
396 cccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattata 495  Q
    |||||||  ||||   ||| |||||||||| | || ||||| | |||||||||||||| ||||| | |||   || ||||||||||||||| |||||||     
4217905 cccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaacctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatc 4218004  T
496 ttcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatcc 595  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
4218005 ttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggccactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatcc 4218104  T
596 actttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaa 695  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
4218105 actttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaa 4218204  T
696 cttcttgaattgg 708  Q
     ||||||||||||    
4218205 tttcttgaattgg 4218217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 22 - 687
Target Start/End: Original strand, 4008892 - 4009552
Alignment:
22 aatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagcc 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||  || ||||||||||||| |||||||| |||||| ||    
4008892 aatataacaagattctccgcagaaaacttctttggcaatgattttagagggtaactcatccaagaaatatatcttagatcagttggaaaagattgaatcc 4008991  T
122 cttgaggaagaagttccaaa---------tcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaa 212  Q
    || |||||| ||| ||||||         | || |  |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
4008992 ctcgaggaaaaagatccaaacattcttgatagtttccaccatgaaaatccaaaaatagcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaacttcag 4009091  T
213 ctccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatattttt 312  Q
    || ||| |  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||           | |||   ||| ||||    
4009092 cttcctgatcgctgacaagtctacacgtatgcttctaataacatcagtgccctgccattaatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atactttt 4009177  T
313 aaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcat 412  Q
     |||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
4009178 taccaaaatgacaaatgttatctaaaattgccaaatatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcat 4009277  T
413 tttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatga 512  Q
    ||| |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |    
4009278 tttataggatcttcactagattcttaacgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataa 4009377  T
513 gagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatcc 612  Q
    ||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||| ||    
4009378 gagctttatcttttaacctttctaacccaatagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaaccc 4009477  T
613 attgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 687  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
4009478 gttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac 4009552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 21 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 3956708 - 3956056
Alignment:
21 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||| |    
3956708 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgagagtgattttagagggtaacatatccaatgaagatattttagatcagttggaaaagattgaatc 3956609  T
121 ccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaa 220  Q
    |||| ||||| | | |||||| | | | |  || ||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||  | ||||     
3956608 ccttcaggaatacgatccaaaccatctatgtcacgaaaatccaaaaactgcaggttggtcatcttatcaaatacattggggcttaacttcagtttcctac 3956509  T
221 atgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaa 320  Q
     || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||           | |||   |||||||| |||| ||    
3956508 ttgctgacaagtctagacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattaatgtaaaagaaaa-----------tcaaa---atatttttcaccagaa 3956423  T
321 taacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagg 420  Q
      ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  ||||||||||||||||    
3956422 agacaaatgttatctaaaattgccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagg 3956323  T
421 gtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagcttta 520  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||| ||||    
3956322 gtcttcactggattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagattta 3956223  T
521 tcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaa 620  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || ||||| |    
3956222 tctttcaacctttctaaaccaacagccactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaaga 3956123  T
621 aacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
3956122 aacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattac 3956056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 21 - 679
Target Start/End: Original strand, 3985878 - 3986543
Alignment:
21 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc 120  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||    
3985878 caatataacaagtttctctgcagaaaacttctttggcaatgactctagagggtaatgtacccaatgaagatatcttagatcagttggaaaaggttgaagc 3985977  T
121 ccttgaggaagaagttccaaa---------tcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactcca 211  Q
    |||||||||||||| ||||||         | |||   ||||| |||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
3985978 ccttgaggaagaagatccaaacaatcatgattgtacccaccataaaaatccaaaaatttcaggttcgtcatcttagcaaatacatcagggcttaacttca 3986077  T
212 actccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttt 311  Q
     || ||||| || |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| ||||||||| | | |||||||||||| || |||||    
3986078 gcttcctaattgctgacaagtttagacatatgcttctaatagcatcagtaccctgtcatgaatggaaaagaaaattctaaatcattgaaagacacatttt 3986177  T
312 taaccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgca 411  Q
     ||||||||||||| ||||||| | ||   || |  |||||| ||||||||||||||| || |||||  | ||   |||| ||||||||||  ||||||     
3986178 aaaccaaaataacaaatgttatgtaaagatgcta--tattttataccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatcccataatcgactgcg 3986275  T
412 ttttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatg 511  Q
    |||  | |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
3986276 tttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttatg 3986375  T
512 agagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatc 611  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |    
3986376 agagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaactcaacc 3986475  T
612 cattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagt 679  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
3986476 cattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagt 3986543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 21 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 3920974 - 3920295
Alignment:
21 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc 120  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | || |||||||| ||| ||||    
3920974 caatataacaagattctcagcaaaaaacttctctgagaatgattttagagggtaatctatccaatgaagatatcttaaaccagttggaaaagattcaagc 3920875  T
121 ccttgaggaagaagttccaaatcgt------atttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaact 214  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||      | | |||   |||||||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||    
3920874 ccttgaggaaaaagatccaaatagtcatcaaaataaccccaaaaatccaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaactttagct 3920775  T
215 ccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaa 314  Q
     ||||  |  | | |||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||       |||   |||   ||| |||| |    
3920774 tcctattttctaagaagtttacacgtatgcttctgatagcatcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaa-------tca---aaatatatacttttta 3920685  T
315 ccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattt 414  Q
    ||||||| ||   ||||||||||||  |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||   ||||  |||||||||  |||||| |||    
3920684 ccaaaatgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgttt 3920585  T
415 tctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgaga 514  Q
    |  ||||| ||| ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
3920584 ttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataaga 3920485  T
515 gctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccat 614  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
3920484 gctttatctttcaagctttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccat 3920385  T
615 tgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 704  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| | || ||||| |||||    
3920384 tgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaa 3920295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 21 - 708
Target Start/End: Complemental strand, 3934195 - 3933515
Alignment:
21 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||| ||| || |||||||| ||| ||||    
3934195 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaacatacccaatgaagatatctaagaccagttggaaaagattcaagc 3934096  T
121 ccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaa------aatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaact 214  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||  | |  || ||      ||| |||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||    
3934095 ccttgaggaaaaagatccaaatagtcatcaaaatcaacccaaaaattcaaaaattggaggttggtcatcttatcaaatacatgagggcttaactttagct 3933996  T
215 ccctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaa 314  Q
     ||||  |  | | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||       |||   |||   ||| |||| |    
3933995 tcctattttctaagaagtctacacgtatgcttctgatagcatcagaaccctgccattaatgtaaaagaaaa-------tca---aaatatatacttttta 3933906  T
315 ccaaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattt 414  Q
    ||||||| ||   ||||||||||||  |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||| | ||   ||||  |||||||||  ||||||||||    
3933905 ccaaaatgactattgttatctgaaaatgccatataatgtttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattt 3933806  T
415 tctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgaga 514  Q
    || | ||||   |||| ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
3933805 tccaaggtc---actagattcttgccgaacaacctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataaga 3933709  T
515 gctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccat 614  Q
    |||||||||| |||| |||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||    
3933708 gctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccat 3933609  T
615 tgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 708  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| | || ||||| | |||||||    
3933608 tgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattgg 3933515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 704
Target Start/End: Original strand, 3808907 - 3809586
Alignment:
17 agttcaatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||    
3808907 agttcaatataacaagattctctgcagaaaagttctctgggaatgattttagaggacaatacatccaatgaagatatcttagattagttggaaaagattg 3809006  T
117 aagcccttgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactcc 216  Q
    || || ||||||||||   |  |||   | | || ||  ||||| |||| |||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | || |    
3809007 aaacctttgaggaagacaattgaaactatctatatcaccaaaatacaaaaatcgaagtttggtcatcttatcaaatacacgagggcttaactcgagcttc 3809106  T
217 ctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaa-atttcaatcattgaaagccatatttttaac 315  Q
    || | || |  ||       || ||||||||| |||| |||||||||||  ||| || |||||| |||| |||  |||| ||||||| ||  ||||||||    
3809107 ctcattgttcgcag------acttatgcttcttatagaatcagtaccctgtcatgaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacctttttaac 3809200  T
316 caaaataacatatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcatttt 415  Q
     || || ||| ||||||||| |||  | ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||  |||||| ||||    
3809201 -aacatgacaaatgttatctaaaaatgaca--tactttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgcgtttt 3809297  T
416 ctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagag 515  Q
      ||||| ||| ||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
3809298 tcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttataagag 3809397  T
516 ctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccatt 615  Q
    |||| |||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || | |||||| ||||| ||||| |||| |||||    
3809398 ctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccactctcaaactcaacccatt 3809497  T
616 gaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 704  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
3809498 gaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaa 3809586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 145 - 704
Target Start/End: Original strand, 4024247 - 4024805
Alignment:
145 tatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaaatgatgacaagtctacacgtatgc 244  Q
    |||| |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||  || ||  ||   |  |||||||||||||| |||||    
4024247 tattcaccacgaaaatccaaaaattgcaggttggtcatcttagcaaatgcatgagagcttaacatcagctttcttcttcctgacaagtctacacttatgc 4024346  T
245 ttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaa-tcattgaaagccatatttttaaccaaaataacatatgttatctgaaatagc 343  Q
    |||||||| |||||||||||| | || ||||||| |||||||||| || | | | |||||| |||||||| ||||||| ||| | ||  ||| |||   |    
4024347 ttctaataacatcagtaccctgc-atgaatgtaagagaaaaatttaaaattagttaaagccgtatttttagccaaaatgacaaacgtcgtctaaaaatac 4024445  T
344 caaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaa 443  Q
      | ||| ||| ||||||||||||| |||||||||| | ||   |||| ||||||||||  |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||    
4024446 gtattatgttt-accttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaa 4024544  T
444 caacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaac 543  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||  ||||    
4024545 caacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaac 4024644  T
544 agccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatac 643  Q
    ||||||||||||||| || ||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||    
4024645 agccactgaattatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatac 4024744  T
644 ttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaa 704  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| | || ||||| |||||    
4024745 tttttctctaaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaa 4024805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 21 - 685
Target Start/End: Original strand, 3816487 - 3817150
Alignment:
21 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |   |||||||||||||| ||| | ||  ||||||| ||||||||    
3816487 caatataacaagattctttgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggcagtatgtccaatgaagatattttataccaagtggaaaagattgaagc 3816586  T
121 ccttgaggaagaag---ttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatc-gcaggttggtcatcttagcaaa-tacatgagggcttaactccaactc 215  Q
    |||||||||| ||    |   ||| | | | |||||  ||||| |||| | | ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||    
3816587 ccttgaggaaaaacaaatcaaaaaccttctataccaccaaaatacaaaaaaccgcaggttggtcatcttatcaaaatacatgacggcttaacttcagctc 3816686  T
216 cctaaatgatgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctac---cattaatgtaaaagaaaa-atttcaatcattgaaagccatatttt 311  Q
    ||| | || || |||      || |||||||||||||||||  ||||||| |   ||| || |||||| |||| |||  |||| ||||||| || |||||    
3816687 cctcattgttggcaa------acttatgcttctaatagcattggtaccctgcaatcatgaaagtaaaataaaacattaaaatctttgaaaggcacatttt 3816780  T
312 taaccaaaataacatatgtta-tctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgc 410  Q
    ||| | | || ||| || ||| ||| |||  | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||| ||||||  ||||||    
3816781 taatcgacatgacaaatattaatctaaaaatgaca--tattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattccataatcgactgc 3816878  T
411 attttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttat 510  Q
     ||||| | ||||   |||| ||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
3816879 gttttccaaggtc---actagattcttgccgaacaatctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttat 3816975  T
511 gagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaat 610  Q
     ||||||||||||| |||| |||||||| || |||||||  |||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
3816976 aagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaatccaac 3817075  T
611 ccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcatt 685  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
3817076 ccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcatt 3817150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 432 - 673
Target Start/End: Original strand, 4018018 - 4018259
Alignment:
432 attcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacct 531  Q
    ||||||| |||||||  ||||  ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||| || ||||| || ||| ||| ||||||||| ||||||    
4018018 attcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacct 4018117  T
532 ttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaata 631  Q
    ||||||| ||   || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||  ||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |    
4018118 ttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaaga 4018217  T
632 tctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataa 673  Q
    ||| |||||  ||||| ||||   ||||| ||||||||||||    
4018218 tctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataa 4018259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 21 - 134
Target Start/End: Original strand, 4024078 - 4024191
Alignment:
21 caatataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagc 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
4024078 caatataacaagattctttgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaattcatccaagaaagatatcttagatcagttggaaaagattgaagc 4024177  T
121 ccttgaggaagaag 134  Q
    ||||||||||||||    
4024178 ccttgaggaagaag 4024191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 353 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963835
Alignment:
353 tttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttgacgaacaacctccc 452  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||   ||| |||  |||||||||  |||| |   ||| ||||||| ||||  ||||||| ||||||| |||||    
3964166 tttaccttgtcattttttaatacttcata---aatgtcatcatcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc 3964070  T
453 ggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatcttgcaacctttctaacacaacagccactga 552  Q
      ||||| ||||| | |||  ||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |  ||| ||||||||| ||||||||||||| ||   || |||||    
3964069 tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga 3963970  T
553 attatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 652  Q
    ||||||||| ||||||||| || | ||  |||| | ||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
3963969 attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct 3963870  T
653 aaacgatcaagatcatcataattgagtctcattac 687  Q
       ||||| |||||||||||| | | |||||||||    
3963869 tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattac 3963835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 349; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 349; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 708
Target Start/End: Original strand, 13396855 - 13397524
Alignment:
24 tataacaagattctctgcagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaatgaagatatcttagatcatttggaaaaaattgaagccct 123  Q
    |||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
13396855 tataacaagattatcaacagaaaacttctctgggaatgattttagagggtaatgcatccaataaagatatcttagatcagttggaaaaaattgaagccct 13396954  T
124 tgaggaagaagttccaaatcgtatttaccatgaaaatccaaatatcgcaggttggtcatcttagcaaatacatgagggcttaactccaactccctaaatg 223  Q
    ||||||||| | |||||| ||| | || ||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| || || ||||| ||    
13396955 tgaggaagacgatccaaaccgtctatatcatgaaaatacaaaaatttcaggttggtcatcttatcaaatacaggcgggcttaacttcagcttcctaattg 13397054  T
224 atgacaagtctacacgtatgcttctaatagcatcagtaccctaccattaatgtaaaagaaaaatttcaatcattgaaagccatatttttaaccaaaataa 323  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||           | |||   |||||||| |||||||| |    
13397055 ctgacaagtctacacttatgcttctaatagcatcagtaccctgtcattattataaaagaaaa-----------tcaaa---atattttttaccaaaatga 13397140  T
324 catatgttatctgaaatagccaaatattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtc 423  Q
    || ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
13397141 caaatgttatctaaaattgccaaat-ttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatcgactgcattttctagggtc 13397239  T
424 ttcactatattcttgacgaacaacctcccggcccatttcttgaaaaatgtcatgcatagatataacattatattcagaaatagttatgagagctttatct 523  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
13397240 ttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttatct 13397339  T
524 tgcaacctttctaacacaacagccactgaattatcactgtcagaatctctcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaatccattgaaaaaac 623  Q
    | ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||  || ||||| ||||    
13397340 ttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaactcatcccgttgaagaaac 13397439  T
624 atgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataattgagtctcattactttatcaacttcttgaattgg 708  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| | || ||||| |||||||||    
13397440 atgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaattgg 13397524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University