View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1364_low_19 (Length: 450)

Name: NF1364_low_19
Description: NF1364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1364_low_19
NF1364_low_19
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (11-450)||(5344558-5344997)
chr6 (11-408)||(5128362-5128759)
chr6 (11-412)||(5383061-5383462)
chr6 (11-428)||(5690104-5690521)
chr6 (11-392)||(5073853-5074234)
chr6 (11-414)||(5447320-5447723)
chr6 (19-428)||(5284342-5284751)
chr6 (14-399)||(5096456-5096841)
chr6 (11-393)||(5433789-5434171)
chr6 (23-412)||(5278301-5278690)
chr6 (23-412)||(5176474-5176863)
chr6 (14-392)||(5102562-5102940)
chr6 (17-424)||(5181878-5182285)
chr6 (23-399)||(5157585-5157961)
chr6 (23-394)||(5350149-5350518)
chr6 (16-393)||(5354564-5354941)
chr6 (23-399)||(5066651-5067027)
chr6 (29-412)||(5257297-5257680)
chr6 (23-394)||(5425663-5426034)
chr6 (17-399)||(5370319-5370701)
chr6 (63-399)||(5446905-5447241)
chr6 (109-397)||(5243910-5244198)
chr6 (11-412)||(5396685-5397086)
chr6 (176-409)||(5147006-5147239)
chr6 (16-167)||(5179521-5179672)
chr6 (16-167)||(5281280-5281431)
chr6 (11-67)||(5243858-5243914)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (11-399)||(4344394-4344782)
chr4 (11-399)||(4320564-4320952)
chr4 (11-423)||(4123884-4124296)
chr4 (11-394)||(4360830-4361213)
chr4 (11-399)||(4335093-4335481)
chr4 (14-415)||(4133373-4133772)
chr4 (16-399)||(6498476-6498859)
chr4 (14-388)||(7885339-7885713)
chr4 (16-198)||(6621457-6621639)
chr4 (16-193)||(6545398-6545575)
chr4 (279-399)||(6772852-6772972)
chr4 (14-195)||(6651019-6651200)
chr4 (16-191)||(6752916-6753091)
chr4 (16-344)||(6796590-6796918)
chr4 (226-321)||(6532392-6532487)
chr4 (307-381)||(6588437-6588511)
chr4 (307-381)||(6728172-6728246)
[»] scaffold0294 (1 HSPs)
scaffold0294 (11-388)||(8845-9222)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (11-436)||(8877319-8877745)
chr5 (122-168)||(20812256-20812302)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (37-408)||(47986823-47987194)
chr3 (37-408)||(47996110-47996481)
chr3 (37-408)||(48005397-48005768)
chr3 (37-408)||(48014682-48015053)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (29-424)||(36213792-36214187)
chr7 (11-386)||(18935147-18935522)
chr7 (17-386)||(34724537-34724906)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (33-242)||(22584181-22584390)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (16-195)||(6611-6790)
[»] scaffold0813 (1 HSPs)
scaffold0813 (14-195)||(4774-4955)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (23-168)||(7164729-7164874)
chr8 (122-165)||(3286691-3286734)
chr8 (122-168)||(3398696-3398742)
chr8 (122-167)||(3364149-3364194)
chr8 (122-167)||(3391712-3391757)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 5344997 - 5344558
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344997 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 5344898  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344897 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 5344798  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344797 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 5344698  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataa 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5344697 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgtaagaacataa 5344598  T
Q  411 atgttgtagagaaacttaggggagaagcgttataaagtat 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5344597 atgttgtagagaaacttaggggagaagcgttataaagtat 5344558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 11 - 408
Target Start/End: Original strand, 5128362 - 5128759
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||||| | |||| | ||||| |||| |||||    
T  5128362 cacagagagatatatccaatgctttttgaccttactactgaaaagggtactctttttattgcagtgttatttgcaagcagagttgttaatgattccattt 5128461  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5128462 gttccaagtcctcttccaacttgtcaatcattatacaaccagaaagaatgagagttttcaaagatttcaacttatagatgcttcttgggaggctacatag 5128561  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    |||||| || ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||  ||||| |||| ||||  ||| ||||||   |||||||| ||||    
T  5128562 gctaatgcaatcttccaaatttatcagaagaattttattgagatgtccgatgctagtagaaacctcagacaacattgaacaatctttgagtactagcttt 5128661  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacat 408  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||| ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  5128662 tcaagattaggtaaatatgaaaagtctggggtgtgtgtcagacaatgagaatgactatgattgagaattttcagcttctccatcatctgcaagaacat 5128759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 11 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5383462 - 5383061
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||||||||||  | | ||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| | || | | |||||||||| |||||    
T  5383462 cacaaagaaatatatacaatactttttgaccttaaaattgaaaggggaactcttgttattgcagtgttatctgcaagcaaagtagttaaagattccattt 5383363  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  5383362 gttctatgtcctcttccaacttggtaatctttaaacaaccagaaagaatgagagttttcagagatttcaacttataaatgcttcttgggaggctacatag 5383263  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||  |||| || ||||||||  ||||||||| ||||    
T  5383262 gctaacacagtcttccaaattaatcagaagaattttcttgagatctccaatgctaggagaaacctcggacaacctcggacaatctgcgagtactagcttt 5383163  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataa 410  Q
    ||||||||||| || |  || ||||| ||||| || | ||||||||||||||||||||| || || ||||||||  |||||||| ||||  |||||||||    
T  5383162 tcaagattaggcaaatttgagaagtctggggtctgcaccaggtaatgagaatgactaaggtttaggattttcagtatctccatcctctgcaagaacataa 5383063  T
Q  411 at 412  Q
    ||    
T  5383062 at 5383061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 11 - 428
Target Start/End: Original strand, 5690104 - 5690521
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| | | ||||||| ||  |||||||| |||||| |||||| | |||| |||||||||||| |||||    
T  5690104 cacagagaaatatacccaatgctttttgaccttacaattgaaaagggcacacttgttattccagtgtcatttgcaagcagagtggttaaagattccattt 5690203  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||| || |||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || | ||    
T  5690204 gttccaagtcctcttccaacttgttaatcattgaacacccggaaagaatgagagttttcagagatttcaacttatagatgcttcttggaaggttagaaag 5690303  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| |||||||||||   ||||| || ||||    
T  5690304 gctaatacaatcttccaaatttatcagaagaattttgtcgagatgtccaatgctatgggaaacctcacgcaaccttggacaatctttgagtattagcttt 5690403  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataa 410  Q
    ||||||||||| | |   |||||||| ||||| ||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||   |||| ||||    
T  5690404 tcaagattaggcatgattgaaaagtctggggtctgtgtcagataatgagagtgactaagattgagaattttaagcttctccatcatctacaagaatataa 5690503  T
Q  411 atgttgtagagaaactta 428  Q
    || ||  |||||||||||    
T  5690504 atattaaagagaaactta 5690521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 11 - 392
Target Start/End: Original strand, 5073853 - 5074234
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| |    
T  5073853 cacaaagaaatatatccaatgcttttcgaccttactactgaaaagggcactcttgttattgcggtgttatttgctatcagagtggttaaagatgtcatct 5073952  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    ||    
T  5073953 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatcattgaacacccggaaagaatgagagtttttagagatttcaacttatagatacttcttggaaggctctgaag 5074052  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
     | |||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| | |||| |||||||||| |||  |||| |||||||||||   ||||||||  | |    
T  5074053 accaatacaatcttccaaatttatcagaagaattttattgagatgttcaatactatgagaaacctctgacaaccttggacaatctgtgagtactagttgt 5074152  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctcca 392  Q
    ||||||||||| ||||  ||||| || || |||||  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5074153 tcaagattaggcaagtttgaaaaatctggagtttgcgtcagataatgagaatgactaagattgagtattttcagcttctcca 5074234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 11 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 5447723 - 5447320
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||| |||||  ||||||| ||| ||||||||| ||| |||||||| | |||| |||||||||||| ||| |    
T  5447723 cacaaagaaatatatccaatgctcttcgacctaactaccgaaaagggcactgttgttattgaagtattatttgcaagcagagtggttaaagattccatct 5447624  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||    
T  5447623 gttccaagtcctcttccagcttgtcaatctttaaacaaccagaaagaatgagagttttcaaagatttcaacttatagatgcttcttgggaggttacctag 5447524  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    || |||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||  ||||||||||   |||||||| ||||    
T  5447523 gccaatacaatcttccaaatttatcagaagaattttattgagatgtccaatgctaggagaaacctcagacaacattggacaatctttgagtactagcttt 5447424  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataa 410  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||| | | | ||||   |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||| ||||  |||||| ||    
T  5447423 tcaagattaggcaagcatgaaaagtccgggatgtttgtcagacgatgagaatgactaagattgagatttttcagattttccatcctctgcaagaacaaaa 5447324  T
Q  411 atgt 414  Q
    ||||    
T  5447323 atgt 5447320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 19 - 428
Target Start/End: Original strand, 5284342 - 5284751
Alignment:
Q  19 aatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaag 118  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |||||||| || |||||| ||||||||||| |||| |||||||||    
T  5284342 aatatatccaatgcttttcgaccttactactgaaaagggcactcttgttattgcggtgttattagctatcagagtggttaaagatgtcatctgttctaag 5284441  T
Q  119 tcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatac 218  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||| ||  ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  5284442 tcctcttccaacttgtcaatcattgaacacccaaaaagaatgaaagtttttagagatttcaacttatagatgcttcgtgggaggctacataagctaatac 5284541  T
Q  219 agtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagatt 318  Q
    |  |||| ||||| || | |  |||||| ||||||| |||||||||| | |||| |||| | |  |||||||||||   ||| |||| ||||||||||||    
T  5284542 aaccttcaaaatttatcaaagcaattttattgagatttccaatgctaggtgaaacctcagatagccttggacaatctttgagcactagcttttcaagatt 5284641  T
Q  319 aggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataaatgttgta 418  Q
    ||| | ||  |||||||| ||| || || | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| || |     
T  5284642 aggcatgttcgaaaagtcagggcttcgtgtgagataatgggaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcctctgcaagaacataaatattatt 5284741  T
Q  419 gagaaactta 428  Q
    ||||||||||    
T  5284742 gagaaactta 5284751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5096841 - 5096456
Alignment:
Q  14 agagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgtt 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||    
T  5096841 agagaaatgtatccaatgctttttgaccttactactgaaaagggtactctttttattccagtgttatttgcaagcagaatggttaatgattccatttgtt 5096742  T
Q  114 ctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggct 213  Q
    ||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||  |||||    
T  5096741 ctatgtcctcttccaactcgtcaatcattatacacccagaaagaatgagagttttcagagatttcaacttatagatgcttcctggaaggctacgaaggct 5096642  T
Q  214 aatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttca 313  Q
    || ||| ||||||||||  || ||||||||||   |||||| |||||||||| |||||| |||| ||||  ||||||||||    ||||| | ||| |||    
T  5096641 aacacaatcttccaaatctattagaagaatttcactgagatttccaatgctaggagaaacctcagacaacattggacaatctttaagtaccagcttctca 5096542  T
Q  314 agattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    |||||||| | ||| |||||||| ||||| ||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||    
T  5096541 agattaggcatgtatgaaaagtctggggtgtgtgtcagacaatgagaatgactaagatttagaattttcagtttttccatcctctg 5096456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 11 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 5434171 - 5433789
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||| || | |||| |||  || ||| || ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||| ||| |    
T  5434171 cacaaagagatatatccaatgctttttgatctcagtactgaaagaggcactctttttattgcagtgttatttgcaagcagagtggttaaagattccatat 5434072  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||    
T  5434071 gttccaagtcatcttccaaattgtcaatctttaaacagccagtaaggatgagagttttcaaagatttcaacttatatatgcttcttgggaggttacatag 5433972  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    || |||||| ||||||||||| || ||||||||||  |||||||  ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||   |||||||||||||    
T  5433971 gccaatacaatcttccaaatttatcagaagaatttcattgagatggccaatgctaggagaaatctcagaaagacttggacaatctgtgagtactaacttt 5433872  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccat 393  Q
    ||||||||||| || |  |||||||| || |||||| |||| |||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  5433871 tcaagattaggcaaatttgaaaagtctggtgtttgtgtcagataatgacaatgactaaggttaagaattttcagcttctccat 5433789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 23 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5278690 - 5278301
Alignment:
Q  23 tatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcct 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||   | ||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  5278690 tatccaatgctttttgaccttactatagacaagggcactcttgttattgcagtgttatttgcaagcagagtagttaaagattccatttgttccaagtcct 5278591  T
Q  123 cttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtc 222  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| || ||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| || ||    ||||||||||| ||    
T  5278590 cttccaacttgtcaatcatcgaacacccagaaagaatgagtgttttcaaagatttcaacttatagatacttcttggaagactctgaaggctaatacaatc 5278491  T
Q  223 ttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggt 322  Q
    |||||| || || ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||| | |||||  | |||||||||||||||     
T  5278490 ttccaagtttatcagaagaattttatcgagatatccaatgctatgagaaacctcacacaaccttgggcaatctatgagtataagcttttcaagattaggc 5278391  T
Q  323 aagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataaat 412  Q
    | ||  |||||||| ||||| | | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||    
T  5278390 atgtttgaaaagtctggggtctctgtcagataatgagaatgactaagattaagaattttcagcttctccatcctctgcaagaacaaaaat 5278301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 158; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 23 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5176863 - 5176474
Alignment:
Q  23 tatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcct 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |||| | |||||||||| ||||||||| |||||||    
T  5176863 tatccaatgctttttgaccttactattgacaagggcactcttgttattgcagtgttatttgcaagcagagtagttaaagattccatttgttccaagtcct 5176764  T
Q  123 cttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtc 222  Q
    ||||||||||||||||| |  |||| || ||||||||||| ||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| || ||    ||||||||||| ||    
T  5176763 cttccaacttgtcaatcatcgaacacccagaaagaatgagtgttttcaaagatttcaacttatagatacttcttggaagactctgaaggctaatacaatc 5176664  T
Q  223 ttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggt 322  Q
    |||||| || || ||||||||||| | ||||| |||||||||||| |||| ||||| ||| ||||| ||||| | |||||  | |||||||||||||||     
T  5176663 ttccaagtttatcagaagaattttatcgagatgtccaatgctatgggaaacctcacgcaaccttgggcaatctatgagtataagcttttcaagattaggc 5176564  T
Q  323 aagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataaat 412  Q
    | ||  |||||||| ||||| | | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  |||||| ||||    
T  5176563 atgtttgaaaagtctggggtctctgtcagataatgagaatgactaagattaagaattttcagcttctccatcctctgcaagaacaaaaat 5176474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 14 - 392
Target Start/End: Original strand, 5102562 - 5102940
Alignment:
Q  14 agagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgtt 113  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |  ||| ||||||| |||| ||||||||    
T  5102562 agagagatatatccaatgctttttgaccttactactgaaaagggcactgttgttattgcagtgttgtttgctagaagagtggttaatgattccatttgtt 5102661  T
Q  114 ctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggct 213  Q
    | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||  |||| | ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||    
T  5102662 ccaagtcgtcttccaacttgtcaatcattaaacacccagaaagaatgagtattttcaaagatttcaacttatagatgcttcttggaaggctacgaaggct 5102761  T
Q  214 aatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttca 313  Q
    || ||| ||||||||||  || ||||| ||||   |||||||||||||| || || ||| |||| ||||  ||||||||||   |||||| | ||| |||    
T  5102762 aacacaatcttccaaatctattagaagtatttcagtgagatctccaatggtaggacaaacctcagacaacattggacaatctttgagtaccagcttctca 5102861  T
Q  314 agattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctcca 392  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  5102862 agattaggcaagtatgaaaagtcaggggtgtgcgtcagacaatgagaatgactaagatttagaattttcagcttttcca 5102940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 17 - 424
Target Start/End: Original strand, 5181878 - 5182285
Alignment:
Q  17 gaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttcta 116  Q
    ||||||||| |||||||||| ||| |||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||||||||||| |    
T  5181878 gaaatatatgcaatgcttttggactttactactgaaaacggcactcttgttattgcagtgttatttgcaatcaatgtggttaaagatttcatttgttcca 5181977  T
Q  117 agtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaat 216  Q
    | ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| |||||    ||||||||    
T  5181978 aatcctcttccaacttgtcaatcattaaacacccagaaagaatgagagtgtttaatgatttcaaattatagatgcttcttggaaggctttgaaggctaat 5182077  T
Q  217 acagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaaga 316  Q
     || ||||||||||| || | ||| ||||| |||||||||||||| || || ||||  ||| ||||  | ||||||||   ||||||||||| ||||||     
T  5182078 gcaatcttccaaatttatcaaaagtattttattgagatctccaatactttgggaaacttcagacaacttcggacaatctgtgagtactaactgttcaagg 5182177  T
Q  317 ttaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataaatgttg 416  Q
    ||||| ||||  |||||||| || || | |  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||| |||||||     
T  5182178 ttaggcaagtttgaaaagtctggagtctttgacagaaaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccagcctctgcaagaacagaaatgtta 5182277  T
Q  417 tagagaaa 424  Q
    || |||||    
T  5182278 taaagaaa 5182285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 23 - 399
Target Start/End: Original strand, 5157585 - 5157961
Alignment:
Q  23 tatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcct 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||  | ||| | |||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||    
T  5157585 tatccaatgctttttgaccttactactgaaaagggtactctttttattgcagtgtcgtgtgcaagcagagtggttaaagattccatctgttctatgtcct 5157684  T
Q  123 cttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtc 222  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||| | | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||| ||| ||    
T  5157685 cttccaacttgtcaatcattatacaccctgaaagaattaaaattttcagagatttcaacttatagatgcttcttggaaggcttcgaaggctaacacaatc 5157784  T
Q  223 ttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggt 322  Q
    ||||||||  || ||||||||||   |||||| |||||||||| |||||| |||| ||||  ||||||||||   |||||| | ||| |||||||||||     
T  5157785 ttccaaatctattagaagaatttcactgagatttccaatgctaggagaaacctcagacaacattggacaatctttgagtaccagcttctcaagattaggc 5157884  T
Q  323 aagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    | ||| |||||||| ||||| ||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  5157885 atgtatgaaaagtctggggtgtgcgtcagacaatgagaatgactaagatttagaatttttagcttttccatcatctg 5157961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 23 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 5350518 - 5350149
Alignment:
Q  23 tatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcct 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | || |||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5350518 tatccaatgctttttgaccttactactgaaaagggtattctttttattgcagttttatgtgcaagcagagtggttaaagattccatttgttctatgtcct 5350419  T
Q  123 cttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtc 222  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||    ||||||| ||| ||    
T  5350418 cttccaacttgtcaatcattatacaccctgaaagaatgagagttttgagagatttcaacttaaagatgcttcttggaaggctttgaaggctaacacaatc 5350319  T
Q  223 ttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggt 322  Q
     |||||||  || ||||||||||   ||||||||||||||||| |||||| |||  ||||  ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||     
T  5350318 ctccaaatctattagaagaatttcactgagatctccaatgctaggagaaacctcggacaacattggacaatctttgagtactagcttttcaagattaggc 5350219  T
Q  323 aagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatc 394  Q
    | ||| ||||||||  |||| ||| ||||  ||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5350218 atgtatgaaaagtc--gggtgtgtgtcagacaacaagaatgactaagatttagaattttcagcttttccatc 5350149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 393
Target Start/End: Original strand, 5354564 - 5354941
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    ||||||||||||||||||||| || || |||| | | ||||| ||| ||||||||||||||| |||||| | |||  |||||||||||| || ||||||     
T  5354564 agaaatatatccaatgcttttggaactaactattgagaagggtactcttgttattgcagtgtcatttgcaagcagggtggttaaagattccaattgttcc 5354663  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaa 215  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||| |||||| | ||| |||    
T  5354664 aagtcctcttccaacttgtctaactttttacaaccagaaagaatgagagttttcaaagatttcaacttgtagatgcttcttgggaggctagaaaggttaa 5354763  T
Q  216 tacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaag 315  Q
    | |||||||  ||||| || ||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||||  ||| | ||  ||||||||||   |||||| | |||||||||    
T  5354764 tgcagtctttgaaatttatcagaagaattttattgagatgtccaatgcttggagaaacttcagataacattggacaatctttgagtacaagcttttcaag 5354863  T
Q  316 attaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccat 393  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||| ||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  5354864 attaggcatgtaagaaaagtcaggggtatgtgtcagacaatgtgaatgactaagattgagaattttcagatgctccat 5354941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 23 - 399
Target Start/End: Original strand, 5066651 - 5067027
Alignment:
Q  23 tatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcct 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | || |||||||||| |||| ||| | |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5066651 tatccaatgctttttgaccttactactgaaaagggtattctttttattgcagttttatgtgcaagcagagtggttaaagattccatttgttctatgtcct 5066750  T
Q  123 cttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtc 222  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||  ||||||| ||| ||    
T  5066751 cttctaacttgtcaatcattatacacccagaaagaatgagagttttaagagatttcaacttatagatgcttcttggaaggttacgaaggctaacacaatc 5066850  T
Q  223 ttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggt 322  Q
    ||||||||  || ||||||||||   |||| | ||| ||  || |||||| |||  ||||  ||||||||||   |||||||| |||||||||||||||     
T  5066851 ttccaaatctattagaagaatttcactgagttttcctattgtaggagaaacctcggacaatattggacaatctttgagtactagcttttcaagattaggc 5066950  T
Q  323 aagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    |  || |||||||| ||||| || |||||  |||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||    
T  5066951 atatatgaaaagtcaggggtgtgcatcagacaatgagaatggctaagatttagaattttcagcttttccatcctctg 5067027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 29 - 412
Target Start/End: Original strand, 5257297 - 5257680
Alignment:
Q  29 atgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttcca 128  Q
    ||||||||||| ||||  ||| | || || ||| |||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  5257297 atgctttttgatcttaaaactgataatggcactcttgttattgcagtgttatttgcaattagagtggttaaagatgtcatctgttctaagtcctcttcca 5257396  T
Q  129 acttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaa 228  Q
    ||||||||||| || |||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    |||| ||||||||| ||||||||    
T  5257397 acttgtcaatcattgaacacccagaaagaatgaaagtttttagagatttcaacttatagatgcttcttgggagttcgcataagctaatacaatcttccaa 5257496  T
Q  229 attaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaa 328  Q
    ||| || | || |||||||||||||| |||||||||   ||||| |  | | |   ||||||||||   |||||||||||||||||||||||| | ||      
T  5257497 atttatcaaaacaattttcttgagatttccaatgcttgaagaaaccctagatagcattggacaatctttgagtactaacttttcaagattaggcatgttg 5257596  T
Q  329 gaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataaat 412  Q
    |||||||| ||| ||  | | ||  || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  5257597 gaaaagtcagggcttcttgtgagacaacgggaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcctctgcaagaacataaat 5257680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 23 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 5426034 - 5425663
Alignment:
Q  23 tatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcct 122  Q
    ||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||| ||| || |||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  5426034 tatccaatgctttgtgacattaccactgaaaagggtactctttttattgcagttttatgtgcaatcagagtggttaaagattccatttgttctatgtcct 5425935  T
Q  123 cttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtc 222  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||    |||| || ||| ||    
T  5425934 cttccaacttgtcaatcattacacacccagaaagaatgagagttttcagagatttcaacttatagatgtttcttggaaggctttgaaggcgaacacaatc 5425835  T
Q  223 ttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggt 322  Q
    ||| ||||| || ||||||||||   |||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||   ||| || | |||||||||||||||     
T  5425834 ttctaaatttattagaagaatttctctgagatttccaatgctaggagaaatctcagacaacattggacaatctttgagcaccagcttttcaagattaggc 5425735  T
Q  323 aagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatc 394  Q
    | | | | |||||| |||||  |  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5425734 atgaatgtaaagtcaggggtgcgcgtcagacaatgagaatgactaagatttagaattttcagcttttccatc 5425663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 17 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5370701 - 5370319
Alignment:
Q  17 gaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttcta 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||  || ||||||||||||||||||| | |||| ||||||| |||| ||| |||||||    
T  5370701 gaaatgtatccaatgctttttgaccgtactactgaaaagggtaccctttttattgcagtgttatttgcaagcagagtggttaatgattccatctgttcta 5370602  T
Q  117 agtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaat 216  Q
      |||||||||||||| |||||| ||| ||| || |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||  |||||||     
T  5370601 tatcctcttccaacttctcaatcattacacaccctgaaagaataagagtctttagagatttcaacttataaatgcttcttggaaggttacgaaggctaac 5370502  T
Q  217 acagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaaga 316  Q
    ||| ||||| ||||  || ||||||||||    |||||  ||||||||| |||||| |||| |||   ||| ||||||   ||||||||||||||||||     
T  5370501 acaatcttcaaaatctattagaagaatttcgccgagattcccaatgctaggagaaacctcagacagcattgaacaatctttgagtactaacttttcaagc 5370402  T
Q  317 ttaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| ||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  5370401 ttaggcaagtatgaaaagtctggggtgtgcgtcagacaatgagaatgactaagatttagaatttttagcttttccatcatctg 5370319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 121; E-Value: 8e-62
Query Start/End: Original strand, 63 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 5447241 - 5446905
Alignment:
Q  63 ttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgag 162  Q
    ||||||||| |||||||||||| |  ||| |||||||||||| |||||  || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  5447241 ttgttattgaagtgttatttgcaagaagagtggttaaagattccattttctcgaagtcctcttccaccttgtcaatctttaaacaaccagaaagaacgag 5447142  T
Q  163 agtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatg 262  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||| ||  |||    
T  5447141 agttttcaaagatttcaacttatagatgctttttgggaggctacataggctaatgcagtcttccaagtttatcagaagaattttattgagatgtctgatg 5447042  T
Q  263 ctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaat 362  Q
    ||| | |||| |||| ||||   ||| |||||   ||||||||  |||| |||||||||   ||  |||||||| ||| ||||| | || || || ||||    
T  5447041 ctaggtgaaacctcagacaacagtgggcaatctttgagtactagtttttgaagattaggcgtgtttgaaaagtcagggctttgtgtgagatagtgcgaat 5446942  T
Q  363 gactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  5446941 ggctaagattgagaatttttagcttctccatcctctg 5446905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 109 - 397
Target Start/End: Original strand, 5243910 - 5244198
Alignment:
Q  109 ttgttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacat 208  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| || || ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |      
T  5243910 ttgttccaagtcctcttccaacttctcaatcattatacaccctgagagaatgaaagttttcagagatttcaacttatagatgcttcttggaaggcttcga 5244009  T
Q  209 aggctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaact 308  Q
    ||||||| ||| ||||||||||  || ||||||||||   ||||||  ||||||||| ||||||||||  ||||   || ||||||   |||||||| ||    
T  5244010 aggctaacacaatcttccaaatctattagaagaatttcactgagattcccaatgctaggagaaatctcggacaacactgaacaatctttgagtactagct 5244109  T
Q  309 tttcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatc 397  Q
    |||||||||| |  | ||| |||||||| ||||| ||  ||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  5244110 tttcaagatttgacatgtatgaaaagtctggggtgtgcgtcagacaatgagaatgactaagatttagaatttttagcttttccatcatc 5244198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 11 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5397086 - 5396685
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||| ||||||  | | |||| || ||| || ||||||||||||||||||| | ||   |||||||||||| ||| |    
T  5397086 cacaaagagataaatccaatgctttttaaccttaaaattgaaaacggcactctttttattgcagtgttatttgcaaccaaggtggttaaagattccatct 5396987  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| || || |||||||| |||||||||  |||||| || |||||||  ||||||| ||| || ||||||||||| || |||||||| |||||    ||    
T  5396986 gttccaaatcttcttccaatttgtcaatcagtaaacacccagaaagaagaagagtttgtagtgatttcaacttataaatacttcttggaaggctttgaag 5396887  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
      ||||||| |  |||||||| || ||||| ||||| || |||||||||||  |||| ||||  ||  ||||  ||||||||||   || |||||  | |    
T  5396886 cttaatacaattctccaaatttattagaagtatttttttcagatctccaatattatgggaaacttctgacaactttggacaatcagtgactactagttgt 5396787  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataa 410  Q
    ||||||||||| | ||  |||||||| ||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  |||||||||    
T  5396786 tcaagattaggcatgtttgaaaagtctggggtctgtgtcaaataatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccagcctctgcaagaacataa 5396687  T
Q  411 at 412  Q
    ||    
T  5396686 at 5396685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 176 - 409
Target Start/End: Original strand, 5147006 - 5147239
Alignment:
Q  176 ttcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatct 275  Q
    |||||| |||| || |||||||| || || |  |||||| |||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||  |    
T  5147006 ttcaacctatatatacttcttggaagacttcgaaggctagtacaatcttccaaatttatcagaagaattttattgagatatccaatactatgagaaactt 5147105  T
Q  276 cacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgag 375  Q
    || ||||  ||||||||||   ||||||||  | |||||||||||| ||||   ||||||  ||||| ||| |||  |||||||| |||||||| |||||    
T  5147106 cagacaacattggacaatcagagagtactagttgttcaagattaggcaagtttaaaaagtttggggtctgtgtcaaataatgagagtgactaagcttgag 5147205  T
Q  376 aattttcagcttctccatcatctgttagaacata 409  Q
    |||||| |||||||||||| ||||  ||||||||    
T  5147206 aatttttagcttctccatcctctgcaagaacata 5147239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5179672 - 5179521
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||| | ||||||||||||| ||| || |||||  | ||||| |||| ||||| |||     
T  5179672 agaaatatatccaatgtttttcaaccttcctactgcaaagggaactctagttattgcagtgtcattagcaatcagggtcgttaaggattccatttcttcc 5179573  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagttt 167  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||| |||||||    
T  5179572 aagtcctcttccaacttgttaatctttgaacacccagaaagaatcagagttt 5179521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 5281431 - 5281280
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||||||||||||| ||||  ||||| |||||  |||||||||| ||||||||||||||| ||| || |||||  | ||||| |||| |||||||||     
T  5281431 agaaatatatccaatgtttttcaaccttcctactgcaaagggaactcttgttattgcagtgtcattagcaatcagggtcgttaaggattccatttgttcc 5281332  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagttt 167  Q
    ||||||||||| ||||||| |||| || |||| || |||||||| |||||||    
T  5281331 aagtcctcttctaacttgttaatcattgaacacccagaaagaatcagagttt 5281280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 67
Target Start/End: Original strand, 5243858 - 5243914
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgtt 67  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||    
T  5243858 cacaaagaaatatatccgatgctttttgaccttactactgaaaagggcactcttgtt 5243914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 11 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4344782 - 4344394
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  4344782 cacaaagaaataaatccaatgcgttttgaccttactactgaaaagggtacttttgttatagcagtgttatttgcaatcagagtggttaaagattccattt 4344683  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||| |||| ||    
T  4344682 gttccaagtcctcttccaacttgtcaatcattaaacatccagatagaatgagagttttcagagatttcaacgtatagatgtttcttggaaggttacaaag 4344583  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||||||||| | || |||||| || | ||||||||| ||||||| |||||| || || ||||||||| |||  |||||||||||   |||||||| ||||    
T  4344582 gctaatacaatttttcaaatttatcaaaagaattttgttgagatgtccaatactttgggaaatctcagacagccttggacaatctttgagtactagcttt 4344483  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||| ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  4344482 tcaagattaggcaagtatgaaaagtcaggcgtctgtgtcagacaatgagaatgactgagattgagaattttcagctgatccatcctctg 4344394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 11 - 399
Target Start/End: Original strand, 4320564 - 4320952
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||  |||| |||||||| |||||  |||||||||||| |||||    
T  4320564 cacagagaaataaatccaatgctttttgaccttactaatgaaaagggaacttttgttataccagtattatttgcaatcagggtggttaaagattccattt 4320663  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||| || ||||  |||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  4320664 gttccaagtcctcttccaacttgtcaatcattaaacatcccgatagaatgagagtattcagagttttcaacgtatagatgtttcttggaaggctacaaag 4320763  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||||||||| |||| |||||| || | || || ||| ||||||| |||||||||||| |||| || | |||  ||||| |||||  |||| |||| ||||    
T  4320764 gctaatacaatctttcaaatttatcaaaacaacttttttgagatgtccaatgctatgggaaacctgagacagccttgggcaatcttcgagcactagcttt 4320863  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||  | |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  4320864 tcaagattaggcaagtatgaaaagtcaggggtctgtgtcaaatgatgagaatgactaagatttagaatcttcagctgctccatcctctg 4320952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 423
Target Start/End: Original strand, 4123884 - 4124296
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  4123884 cacagagaaataaatccaatgctttttgaccttactaccgaaaagggcacttttgttatagcagtattatttgcaatcagagtggttaaagattccattt 4123983  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||  ||| ||| ||||||| ||| || | ||    
T  4123984 gttccaactcctcttccaacttgtcaatcattaaacatcccgatagaatgagagttttcagagatttcaacgaataaatgtttcttggaaggttagaaag 4124083  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    |||| |||| |||| |||||| || | ||||| |||||| |||| ||||||  |||| || | |||| |||  |||||||||||   |||||| | ||||    
T  4124084 gctagtacaatctttcaaatttatcaaaagaactttcttaagatgtccaattgtatgggatacctcagacagccttggacaatctttgagtaccagcttt 4124183  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataa 410  Q
    ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  |||||| ||    
T  4124184 tcaaggttaggcaagtatgaaaagtcaggggtctgtgtcagataatgagaatgactaagattgagaattttcagctgctccattctctgcaagaacagaa 4124283  T
Q  411 atgttgtagagaa 423  Q
    || || |||||||    
T  4124284 atattatagagaa 4124296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 11 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 4361213 - 4360830
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||| | | ||||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||    
T  4361213 cacaaagaaataaatccaatgcgttttgatcttacaattgaaaagggtacttttgttataccagtgttatttgcaatcagagtggttaaagattccattt 4361114  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||| || |||| || || |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||| |||| ||    
T  4361113 gttccaagtcctcttccaacgtgtcaatcattgaacatccagatagaatgagagttttcagagatttcaacgtatagatgtttcttggaaggttacaaag 4361014  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    |||||| || |||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||| || || ||||||||| |||  |||||||||||    ||||||| ||||    
T  4361013 gctaatgcaatctttcaaatttatcaaaagaattttcttgagatgtccaatactttgggaaatctcagacagccttggacaatctttaagtactagcttt 4360914  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatc 394  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4360913 tcaagattaggcaagtatgaaaagtcaggcgtctgtgtcagatattgagaatgactaagattgagaattttcagctgctccatc 4360830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 11 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4335481 - 4335093
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||| ||| || ||| |||||||||||| |||||    
T  4335481 cacaaagagatatagccaatgctttttgactttactactgaaaagggcacttttgttataccagtgttatctgccatgagagtggttaaagattccattt 4335382  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| ||||||| ||| |||| ||    
T  4335381 gttccaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacatcctgatagaatgagagttttcagagacttcaacgtatagatgtttcttggaaggttacaaag 4335282  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    |||||| || |||| |||||| || | ||||| |||||| |||| ||||||  |||| || | |||| |||  || ||||||||   ||||||||  |||    
T  4335281 gctaatgcaatctttcaaatttatcaaaagaactttcttaagatgtccaattgtatgggatacctcagacagcctcggacaatctttgagtactaggttt 4335182  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  4335181 tcaagattaggcaagtatgaaaaatcaggggtctgtgttagataatgagaatgactaagattgagaattttcaactgctccatcctctg 4335093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 415
Target Start/End: Original strand, 4133373 - 4133772
Alignment:
Q  14 agagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgtt 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||   | |||||| |||||||||| | ||||||||    
T  4133373 agagaaatatattcaatgctttttgaccttgcgactgaaaagggcacttttgttattgcagtgttatccacaatcagagtggttaaagactccatttgtt 4133472  T
Q  114 ctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggct 213  Q
    | |||||  ||||||| ||||||||  ||||||| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||  ||||||| ||||||| ||| |||  |||||    
T  4133473 ccaagtc--cttccaatttgtcaataattaaacagccagaaagaataagagttttcagagatttcaacgaatagatggttcttggaaggttacgaaggct 4133570  T
Q  214 aatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttca 313  Q
    | ||||||||| |||||| || |  |||| ||| | |||||  |||||| |||| |||| |||| |||  |||||||||||   ||||| ||  |||||     
T  4133571 agtacagtctttcaaatttataatgagaactttatggagatgaccaatggtatgggaaacctcagacagccttggacaatctttgagtattagtttttct 4133670  T
Q  314 agattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataaatg 413  Q
    |||||||| | ||  ||||| || ||||| ||||  ||  |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| | ||||  |||||| |||||    
T  4133671 agattaggcatgtgtgaaaaatctggggtctgtactagacaatgagaatgactaagattgagaaattttagattctccagcctctgcaagaacaaaaatg 4133770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Original strand, 6498476 - 6498859
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||  || ||||   | || || |||| ||| |||||     
T  6498476 agaaatgtatccaatgctttttgatcttactattgaaaagggaacttttgttatagcagtcttatccgcaatcaaggttgtcaatgattccatctgttcc 6498575  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaa 215  Q
    | |||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||| | ||||| |||||| || || |||||||||||||| || ||| |    || | |     
T  6498576 acgtcctcctccaatttgtcaatcttggaacatccagaaagaatcaaagtttctagagattttaatttatagatgcttctcggaaggttttgaagaccag 6498675  T
Q  216 tacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaag 315  Q
    | |||||   ||||||||| |  |||| |||   ||||  |||||||||||| || | |  | ||||||||||||| ||   |||||||| ||||||||     
T  6498676 tgcagtccgtcaaattaatcattagaagtttacagagagatccaatgctatgggagaccgtagacaaacttggacagtctttgagtactagcttttcaat 6498775  T
Q  316 attaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctg 399  Q
    |||||| ||||| | |||||| |||||||  ||||  |  ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||||||    
T  6498776 attaggcaagtacgtaaagtctggggtttcaatcaaattctgagaatgactaagattaagaattttaagattctctagcatctg 6498859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 14 - 388
Target Start/End: Original strand, 7885339 - 7885713
Alignment:
Q  14 agagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgtt 113  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||  |||||| ||| |||| || ||||||| ||  || | ||   |||||||||||||||||||||    
T  7885339 agagaaataaatgcaatgctttttgatcttactactgcaaagggcactcttgtgatagcagtgtcatccgcaaccaaggtggttaaagatttcatttgtt 7885438  T
Q  114 ctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggct 213  Q
    |||  |||||||| ||||||||||| |||  ||| || || |||||||| ||||| || || |  |||||||| ||||| ||||| ||    |  ||||     
T  7885439 ctatatcctcttctaacttgtcaatttttgtacatccagacagaatgagtgttttcagcgagtctaacttatatatgctccttggaagttctcgaaggcc 7885538  T
Q  214 aatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttca 313  Q
      |||| |||| |||||| || | |||||| || ||||||| ||| ||  ||  ||||| |  | ||||||| |||||||||   |||| ||||||||||    
T  7885539 tgtacaatctttcaaatttattaaaagaatctttttgagatgtcctatattagaagaaaccgaagacaaactgggacaatccttaagtattaacttttca 7885638  T
Q  314 agattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttc 388  Q
    ||||| || || |  |||||||| ||||| ||| ||| ||  ||||||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  7885639 agatttggcaattttgaaaagtcgggggtatgtctcaagttgtgagaatgactcaaattaagaattttcagcttc 7885713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 198
Target Start/End: Original strand, 6621457 - 6621639
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||||||||||||| |||| || | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||  || ||||   | || || |||| ||| |||||     
T  6621457 agaaatatatccaatgtttttagatcgtactattgaaaagggaacttttgttatagcagtcttatccgcaatcaaggttgtcaatgattccatctgttcc 6621556  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttgg 198  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| |  |||| || |||||||| | ||||| |||||| || || |||||||||||||||||    
T  6621557 aagtcctcctccaatttgtcaatcatggaacatcctgaaagaattaaagtttctagagattttaatttatagatgcttcttgg 6621639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 193
Target Start/End: Original strand, 6545398 - 6545575
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||||||||||||||||||  | || |||| | ||||||| ||||||||||| ||||| ||||  || ||||   |  | || |||| ||| |||||     
T  6545398 agaaatatatccaatgcttttcaatctaactattgaaaagggcacttttgttatagcagtcttatccgcaatcaaggttttcaacgattccatctgttcc 6545497  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgctt 193  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||  |||| ||||||||||| | ||||| |||||| || || ||||||||||||    
T  6545498 aagtcctcctccaatttgttaatcttggaacatcccgaaagaatcaaagtttctagagattttaatttatagatgctt 6545575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 279 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 6772972 - 6772852
Alignment:
Q  279 acaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaat 378  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||   |||  | ||| |||||||||||||| |||||    
T  6772972 acaaacttggacaattcttgagtactagcttttcaagattcggcaagtatgaaaagtctggggtttcggtcaaatcatgggaatgactaagattaagaat 6772873  T
Q  379 tttcagcttctccatcatctg 399  Q
    ||| || ||||| | ||||||    
T  6772872 ttttagattctctagcatctg 6772852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 6651200 - 6651019
Alignment:
Q  14 agagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgtt 113  Q
    |||||||||||||||||| || || | ||||||| | |||| || ||||||||||| ||||| ||||  || ||||   |  | || |||| ||| ||||    
T  6651200 agagaaatatatccaatgtttcttaatcttactattgaaaacggcacttttgttatagcagtcttatccgcaatcaaggttttcaatgattccatctgtt 6651101  T
Q  114 ctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttct 195  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||| | ||||| |||||| || || ||||| ||||||||    
T  6651100 ccaagtcctcctccaatttgtcaatcttggaacatccagaaagaatcaaagtttctagagattttaatttatatatgcttct 6651019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 6753091 - 6752916
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||| ||||  || ||||   |  | || |||| ||| |||||     
T  6753091 agaaatatatccaatgcttttcaatcttactattgaaaagggcacttttgttatagcagtcttatccgcaatcaaggtaatcaatgattccatctgttcc 6752992  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgc 191  Q
    |||||||| ||||| ||||||||| |  |||| || |||||||| | ||||| |||||| || || ||||| ||||    
T  6752991 aagtcctcctccaatttgtcaatcatggaacatccagaaagaatcaaagtttctagagattttaatttatatatgc 6752916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 6796918 - 6796590
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||||||||||||  ||||  | ||||||| | |||| || |||||||| || | ||| |||| ||| |||| | |  | || |||| ||| |||||     
T  6796918 agaaatatatccaatatttttcaatcttactattgaaaatggcacttttgtgatagaagtcttatctgcaatcaaagtaatcaatgattccatctgttcc 6796819  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaa 215  Q
    |||||||| ||||| || |||||| |   ||| || |||||||| | ||||| |||||| || ||  |||||||||||||||| ||  | |  || |  |    
T  6796818 aagtcctcctccaatttttcaatcatggtacatccagaaagaatcaaagtttctagagattttaatgtatagatgcttcttggaagtttccgaagaccta 6796719  T
Q  216 tacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaag 315  Q
    | ||||||  |||||| |||||||||||||| |  |||  |||||||||||| || | |  | |||||||||||||||     ||||||| |||||||||    
T  6796718 tgcagtctgtcaaatttatgagaagaattttatgtagagatccaatgctatgggagaccgtagacaaacttggacaattttttagtactagcttttcaag 6796619  T
Q  316 attaggtaagtaagaaaagtccggggttt 344  Q
    ||| |||||||| | |||||| |||||||    
T  6796618 atttggtaagtatgtaaagtctggggttt 6796590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 321
Target Start/End: Original strand, 6532392 - 6532487
Alignment:
Q  226 caaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattagg 321  Q
    |||||| || ||||||| ||| | ||||  |||||||||||| || | | || ||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||    
T  6532392 caaatttatcagaagaagtttttggagagatccaatgctatgggagaccgcagacaaacttggacagtctttgagtactaacttttcaagattagg 6532487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 307 - 381
Target Start/End: Original strand, 6588437 - 6588511
Alignment:
Q  307 cttttcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaatttt 381  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||  |   |||||||||||||||| ||||||||    
T  6588437 cttttcaagattaggtaagtaggaaaagtctggggtttcagtcaaatctagagaatgactaagattaagaatttt 6588511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 307 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 6728246 - 6728172
Alignment:
Q  307 cttttcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaatttt 381  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||   |||  |   |||||||||||||||| ||||||||    
T  6728246 cttttcaagattaggtaagtaggaaaagtctggggtttcagtcaaatccagagaatgactaagattaagaatttt 6728172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0294 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0294
Description:

Target: scaffold0294; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 11 - 388
Target Start/End: Original strand, 8845 - 9222
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| |||||||||| |||| |||||||||||||||| | ||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||| | |||| |||||||||||| ||| |    
T  8845 cacaaagaaatatatacaatactttttgaccttactattgaaaagggcactcttgttaatgcagtgttatctgcaagcagagtggttaaagattccatct 8944  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||    
T  8945 gttctatgtcctcttccaacttgtcaatcattatacacccagaaagaatgagagttttcagagatttcaacttatagatgcttcttggaaggctacgaag 9044  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||||| ||| ||||||||||  || ||||| ||||    ||||||||||||| ||||||||| |||   |||  ||||||||||   |||||||| ||||    
T  9045 gctaacacaatcttccaaatctattagaagtatttcaccgagatctccaatggtatgagaaacctcggtcaacattggacaatctttgagtactagcttt 9144  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttc 388  Q
    ||||||||||| || || |||||||| ||||| || ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9145 tcaagattaggcaaatatgaaaagtctggggtatgcatcaaataatgagaatgactaagattgagaattttcagcttc 9222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 11 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 8877745 - 8877319
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || ||| || ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| |    
T  8877745 cacaaagaaatatatccaatgctttttgaccttactaatgaaaatggtactctttttattgcagtgttatttgcaagcagagtggttaaagatttcatct 8877646  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||| ||||| |  ||    
T  8877645 gttctaagtcctcctccaacttgtcaatcattgaacacccagaaagaatgagagattttagagatttcaacttgtatatacttcttggaaggctccgaag 8877546  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||||||||| ||||||||||| || | ||||| ||| || |||  ||| ||  |||| ||||||||   ||| || ||||||||   |||||||| ||||    
T  8877545 gctaatacaatcttccaaatttatcaaaagaactttattcagaagtcctatagtatgcgaaatctctatcaacctcggacaatctttgagtactagcttt 8877446  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataa 410  Q
    ||||||||||| ||||   ||||||| || |||||| |||| | |||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||||||||    
T  8877445 tcaagattaggcaagtttaaaaagtctggagtttgtgtcagatgatgagagtggctaagattgagaatttttagcttctccatcctctgcaagaacataa 8877346  T
Q  411 atgttgtagag-aaacttaggggagaa 436  Q
    || |  ||||| |||||||||||||||    
T  8877345 atttgatagagaaaacttaggggagaa 8877319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 20812302 - 20812256
Alignment:
Q  122 tcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttt 168  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  20812302 tcttccaacttctcaatctttgaacaaccagaaagaataagagtttt 20812256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 408
Target Start/End: Original strand, 47986823 - 47987194
Alignment:
Q  37 tgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttccaacttgtca 136  Q
    |||||| |||||| | || || ||| ||||||| |||||||||||||| | || | | |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |    
T  47986823 tgacctcactactgataaaggcactcttgttatcgcagtgttatttgcaaccaaagtagttaaagatttcatttattccatgtcctcttccaacttgtta 47986922  T
Q  137 atctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaaattaatga 236  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  47986923 atctttaaacagccagaaagaatgagagtttttagagattttaatttgtatgtgcttcttgggaggctacataggctaatacagtcttccaaatttatca 47987022  T
Q  237 gaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaagaaaagtc 336  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||  |||| |||||   |||||||| |||||| |||||||| | ||  ||||||||    
T  47987023 gaagaattttgtcgagatgtccaatgctaggagaaatctcagataacattgggcaatctttgagtactagcttttcgagattaggcatgtttgaaaagtc 47987122  T
Q  337 cggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacat 408  Q
      || || || | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  |||||||    
T  47987123 aaggcttcgtgtgagataatgagaatgactaagattgagaatttttagcttttccatcttctgcaagaacat 47987194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 408
Target Start/End: Original strand, 47996110 - 47996481
Alignment:
Q  37 tgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttccaacttgtca 136  Q
    |||||| |||||| | || || ||| ||||||| |||||||||||||| | || | | |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |    
T  47996110 tgacctcactactgataaaggcactcttgttatcgcagtgttatttgcaaccaaagtagttaaagatttcatttattccatgtcctcttccaacttgtta 47996209  T
Q  137 atctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaaattaatga 236  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  47996210 atctttaaacagccagaaagaatgagagtttttagagattttaatttgtatgtgcttcttgggaggctacataggctaatacagtcttccaaatttatca 47996309  T
Q  237 gaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaagaaaagtc 336  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||  |||| |||||   |||||||| |||||| |||||||| | ||  ||||||||    
T  47996310 gaagaattttgtcgagatgtccaatgctaggagaaatctcagataacattgggcaatctttgagtactagcttttcgagattaggcatgtttgaaaagtc 47996409  T
Q  337 cggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacat 408  Q
      || || || | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  |||||||    
T  47996410 aaggcttcgtgtgagataatgagaatgactaagattgagaatttttagcttttccatcttctgcaagaacat 47996481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 408
Target Start/End: Original strand, 48005397 - 48005768
Alignment:
Q  37 tgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttccaacttgtca 136  Q
    |||||| |||||| | || || ||| ||||||| |||||||||||||| | || | | |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |    
T  48005397 tgacctcactactgataaaggcactcttgttatcgcagtgttatttgcaaccaaagtagttaaagatttcatttattccatgtcctcttccaacttgtta 48005496  T
Q  137 atctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaaattaatga 236  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  48005497 atctttaaacagccagaaagaatgagagtttttagagattttaatttgtatgtgcttcttgggaggctacataggctaatacagtcttccaaatttatca 48005596  T
Q  237 gaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaagaaaagtc 336  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||  |||| |||||   |||||||| |||||| |||||||| | ||  ||||||||    
T  48005597 gaagaattttgtcgagatgtccaatgctaggagaaatctcagataacattgggcaatctttgagtactagcttttcgagattaggcatgtttgaaaagtc 48005696  T
Q  337 cggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacat 408  Q
      || || || | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  |||||||    
T  48005697 aaggcttcgtgtgagataatgagaatgactaagattgagaatttttagcttttccatcttctgcaagaacat 48005768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 37 - 408
Target Start/End: Original strand, 48014682 - 48015053
Alignment:
Q  37 tgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttccaacttgtca 136  Q
    |||||| |||||| | || || ||| ||||||| |||||||||||||| | || | | |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |    
T  48014682 tgacctcactactgataaaggcactcttgttatcgcagtgttatttgcaaccaaagtagttaaagatttcatttattccatgtcctcttccaacttgtta 48014781  T
Q  137 atctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaaattaatga 236  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || || ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  48014782 atctttaaacagccagaaagaatgagagtttttagagattttaatttgtatgtgcttcttgggaggctacataggctaatacagtcttccaaatttatca 48014881  T
Q  237 gaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaagaaaagtc 336  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||||||| | ||  |||| |||||   |||||||| |||||| |||||||| | ||  ||||||||    
T  48014882 gaagaattttgtcgagatgtccaatgctaggagaaatctcagataacattgggcaatctttgagtactagcttttcgagattaggcatgtttgaaaagtc 48014981  T
Q  337 cggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacat 408  Q
      || || || | || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||  |||||||    
T  48014982 aaggcttcgtgtgagataatgagaatgactaagattgagaatttttagcttttccatcttctgcaagaacat 48015053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 29 - 424
Target Start/End: Original strand, 36213792 - 36214187
Alignment:
Q  29 atgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttcca 128  Q
    |||||||| || ||||||||| |||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||    
T  36213792 atgcttttagatcttactactgaaaatggcactcttgttattgcagtgttatttgcaatcaaggtggttaaagattccatctgttccatgtcctcttcca 36213891  T
Q  129 acttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaa 228  Q
    | |||||||||||| |||| || ||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||| | | | || |||||    ||||||||||| ||||||||    
T  36213892 atttgtcaatctttgaacatccagaaagaatgagagttttaagtaattttaacttatagatacctttaggaaggctttgaaggctaatacaatcttccaa 36213991  T
Q  229 attaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaagattaggtaagtaa 328  Q
    ||| || ||||||| ||| ||||||| |||||| || || |||| |||| |||| |||||||||||   ||||||||  |||||||| ||||| | ||      
T  36213992 atttattagaagaactttattgagatgtccaatactgtgggaaacctcagacaatcttggacaatctgtgagtactagtttttcaaggttaggcatgttt 36214091  T
Q  329 gaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagcttctccatcatctgttagaacataaatgttgtagagaaa 424  Q
    ||||| || || || | | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||  |||||| ||||||| || |||||    
T  36214092 gaaaaatctggagtctttgtcagataatgagaatgactaagattgagaattttcagcttttccagcctctgcaagaacagaaatgttataaagaaa 36214187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 11 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 18935522 - 18935147
Alignment:
Q  11 cacagagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcattt 110  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||  |||||| ||| ||||||  ||||| ||||  || | |||  |||| |||||| |||| |    
T  18935522 cacagtgaaataaatccaatgctttttgatcttactactgcaaagggcactcttgttacagcagtcttatccgcaaccagggtggtcaaagatgtcatct 18935423  T
Q  111 gttctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacatag 210  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||| || || | |||||||| ||| |  || |  || ||||||||||||||||| ||   ||| ||    
T  18935422 gttctatgtcctcttccaacttgtcaatttttgtacatccagataaaatgagagctttgaccgactctaatttatagatgcttcttggaagttcacaaag 18935323  T
Q  211 gctaatacagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctcacacaaacttggacaatccacgagtactaacttt 310  Q
    ||   ||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||  ||| || |||||||||| |    |||||||||| |||||   ||||| |||||||    
T  18935322 gcctgtacagtctttcaaatttattaaaagaattttcttgagaagtcctatactatgagaaaccgaggacaaacttgggcaatctttgagtattaacttt 18935223  T
Q  311 tcaagattaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagct 386  Q
    |||||||| || ||||  ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||    
T  18935222 tcaagattcggcaagtttgaaaagttcggggtttgtctcaggttatgagaatgactaagattaagaaacttcagct 18935147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 386
Target Start/End: Original strand, 34724537 - 34724906
Alignment:
Q  17 gaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttcta 116  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||  ||| |||||  ||||||  | ||| ||||  || |  |||||||| |||||  ||||||||||||    
T  34724537 gaaataaatccaatgctttttgatcttactactgcaaatggaacccttgttacagaagtcttatccgcaactagaatggtcaaagaagtcatttgttcta 34724636  T
Q  117 agtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaat 216  Q
     ||||||||||||||||||||| |||  ||| || || | ||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||   ||| ||||   |    
T  34724637 tgtcctcttccaacttgtcaatttttgtacatccagacacaatgagagtttttactgacttcaatttatagatgcttcttggaagctcacaaaggcctgt 34724736  T
Q  217 acagtcttccaaattaatgagaagaattttcttgagatctccaatgctatgagaaatctca-cacaaacttggacaatccacgagtactaacttttcaag 315  Q
    |||||||| |||||| || |  |||||||||||||||| ||| ||  || |||||| || |  ||||| ||||||||||   ||||| ||||||||||||    
T  34724737 acagtctttcaaatttatcaatagaattttcttgagatttcctatattaggagaaa-ctgaggacaaatttggacaatctttgagtattaacttttcaag 34724835  T
Q  316 attaggtaagtaagaaaagtccggggtttgtatcaggtaatgagaatgactaagattgagaattttcagct 386  Q
    ||| || ||||| |||||||| || |||||| ||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  34724836 atttggcaagtatgaaaagtctggtgtttgtttcaagttatgagaatgactaagattaagaaatttcagct 34724906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 33 - 242
Target Start/End: Original strand, 22584181 - 22584390
Alignment:
Q  33 tttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcctcttccaactt 132  Q
    |||||||||| | || | |||| || |||||| |||||||||| | |||||| | |||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  22584181 tttttgacctaaatattgaaaatggcactttttttattgcagtttcatttgcaagcagagtggttaaagattccatttgttccaagtcctcttccaactt 22584280  T
Q  133 gtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttcttggcaggctacataggctaatacagtcttccaaatta 232  Q
     | ||  ||| |||| || ||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||| | |||||||| ||||||     
T  22584281 ataaagtttttaacagccagaaagaatgagagttttcaaagatttcaacttgtagatgtttcttgggaggctacaaaggcttaaacagtcttgcaaattt 22584380  T
Q  233 atgagaagaa 242  Q
    || |||||||    
T  22584381 attagaagaa 22584390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 44; Significance: 7e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 16 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 6790 - 6611
Alignment:
Q  16 agaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttct 115  Q
    |||||||||||||||| |||| || | ||||| | ||||||||||||||||||| ||||| ||||  || ||||   |  | || |||| ||| |||||     
T  6790 agaaatatatccaatgtttttagatcgtactattgaaaagggaacttttgttatagcagtcttatccgcaatcaaggttttcaatgattccatctgttcc 6691  T
Q  116 aagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttct 195  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||| | ||||| |||||| || || ||||| ||||||||    
T  6690 aagtcctcctccaatttgtcaatcttggaacatccagaaagaatcaaagtttctagagattttaatttatatatgcttct 6611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0813 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0813
Description:

Target: scaffold0813; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 14 - 195
Target Start/End: Original strand, 4774 - 4955
Alignment:
Q  14 agagaaatatatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgtt 113  Q
    |||||||||||||||||| || || | ||||||| | |||| || ||||||||||| ||||| ||||  || ||||   |  | || |||| ||| ||||    
T  4774 agagaaatatatccaatgtttcttaatcttactattgaaaacggcacttttgttatagcagtcttatccgcaatcaaggttttcaatgattccatctgtt 4873  T
Q  114 ctaagtcctcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttttagagaattcaacttatagatgcttct 195  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||| | ||||| |||||| || || ||||| ||||||||    
T  4874 ccaagtcctcctccaatttgtcaatcttggaacatccagaaagaatcaaagtttctagagattttaatttatatatgcttct 4955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 23 - 168
Target Start/End: Original strand, 7164729 - 7164874
Alignment:
Q  23 tatccaatgctttttgaccttactactaaaaagggaacttttgttattgcagtgttatttgcgatcagaatggttaaagatttcatttgttctaagtcct 122  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||| | |||  || || | ||||||||||||  | || || |||||||| ||   || ||| |    
T  7164729 tatccaatgctttttgatcttactaataaacagggcacttcttttacagctgtatcatttgcgatcagtgttgtcaaggatttcatctgcattatgtctt 7164828  T
Q  123 cttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttt 168  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||| ||||| |||||||||||    
T  7164829 cttccaactaggcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagtttt 7164874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 122 - 165
Target Start/End: Original strand, 3286691 - 3286734
Alignment:
Q  122 tcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagt 165  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  3286691 tcttccaacttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagt 3286734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 168
Target Start/End: Original strand, 3398696 - 3398742
Alignment:
Q  122 tcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagtttt 168  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||    
T  3398696 tcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaataatgagagtttt 3398742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 3364194 - 3364149
Alignment:
Q  122 tcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagttt 167  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  3364194 tcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttt 3364149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 122 - 167
Target Start/End: Original strand, 3391712 - 3391757
Alignment:
Q  122 tcttccaacttgtcaatctttaaacaacccgaaagaatgagagttt 167  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||    
T  3391712 tcttccaatttgtcaatctttgaacaaccagaaaggatgagagttt 3391757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University