View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1364_low_2 (Length: 860)

Name: NF1364_low_2
Description: NF1364
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1364_low_2
NF1364_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (30-856)||(43479877-43480703)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (340-842)||(5342620-5343112)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 815; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 815; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 856
Target Start/End: Complemental strand, 43480703 - 43479877
Alignment:
Q  30 atatcaatacccacgatctcatcaggtggagatacttttaacggagactctatagaaaactatcaacgaacaagccaaaaatatgaacagaccttcactt 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43480703 atatcaatacccacgatctcatcaggtggagatacttttaacggagactctatggaaaactatcaacgaacaagccaaaaatatgaacagaccttcactt 43480604  T
Q  130 ccaatttaagaaatcaagtgggatcgctgggtttaacacaacacccacgccaaagaaaaacagagagataaggaatacacaggattaaatacaaagaata 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43480603 ccaatttaagaaatcaagtgggatcgctgggtttaacacaacacccacgccaaagaaaaacagagagataaggaatacacaggattaaatacaaagaata 43480504  T
Q  230 cattacaaataagaggtgccacacagaaagatgcacaactcactccaccagaggcaaatatcggaagaggcctgaagacagaaataacgcatgaatgtgt 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43480503 cattacaaataagaggtgccacacagaaagatgcacaactcactccaccagaggcaaatatcggaagaggcctgaagacagaaataacgcatgaatgtgt 43480404  T
Q  330 ggtagaattgcaaaactaaaaagcactccaattatcagatccttttctaggagtttgactttctgatgaagtcctaaaaggcccagagccaaagggatcc 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43480403 ggtagaattgcaaaactaaaaagcactccaattatcagatccttttctaggagtttgactttctgatgaagtcctaaaaggcccagagccaaagggatcc 43480304  T
Q  430 gagtcatcaaaagcaggaaaaccatgatcaaaatccgcactgctgcggacagaatcaaatcgtactggtggtagtgcttcccgagcaggtaaagatacac 529  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  43480303 gagtcatcaaaagcaggaaaaccatgatcaaaatccgcactgctgcggacagaatcaaatcgtactggtggttgtgcttcccgagcaggtaaagatacac 43480204  T
Q  530 tatcgtgtgtgctaaatgaatcaaatcttgaaaagtcaaaagcgttttccaaccagtctttaggcctttgtggggaactgcttgagctgaaaagtggggt 629  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43480203 tatcgtgtgtgctaaatgaatcaaatcttgaaaagtcaaaagcgttttccaaccagtctttaggcctttgtggggaactgcttgagctgaaaagtggggt 43480104  T
Q  630 gcttggaacagaatcatcaaaactgaatccactggtcttctggaagagatcagcagcctgtggtgaggatgttttaatggggttgaggcccaggtctcca 729  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43480103 gcttggaacagaatcatcaaaactgaatccactggtcttctggaagagatcagcagcctgtggtgaggatgttttaatggggttgaggcccaggtctcca 43480004  T
Q  730 gaactaaagaaatagttgtctccagctccatcaagctctctctcctgtaaaagtataaacaaatgcccaaaagcaatcagtagactgctaagagtacaaa 829  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43480003 gaactaaagaaatagttgtctccagctccatcaagctctctctcctgtaaaagtataaacaaatgcccaaaagcaatcagtagactgctaagagtacaaa 43479904  T
Q  830 agaatgacatctaaccctatgatacta 856  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  43479903 agaatgacatctaaccctttgatacta 43479877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 340 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 5343112 - 5342620
Alignment:
Q  340 caaaactaaaaagcactccaattatcagatccttttctaggagtttgactttctgatgaagtcctaaaaggcccagagccaaagggatccgagtcatcaa 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5343112 caaaactaaaaagcactccaattatcatatccttttctaggagtttgactttctgatgaagtcctaaaaggcccagagccaaagggatccaagtcatcaa 5343013  T
Q  440 aagcaggaaaaccatgatcaaaatccgcactgctgcggacagaatcaaatcgtactggtggtagtgcttcccgagcaggtaaagatacactatcgtgtgt 539  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5343012 aagcaggaaaaccatgatcaaaacccgcactgctgcggacataatcaaatcttactggtggttgtgcttcccgagcaggtaaagatacgctatcgtgtgt 5342913  T
Q  540 gctaaatgaatcaaatcttgaaaagtcaaaagcgttttccaaccagtctttaggcctttgtggggaactgcttgagctgaaaagtggggtgcttggaaca 639  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5342912 gctaaatgaatcaaatcttgaaaagtcaaaagtgttttccaaccagtctttaggcctttgcggggagctgcttgagctgaaaagtggggttcttggaaca 5342813  T
Q  640 gaatcatcaaaactgaatccactggtcttctggaagagatcagcagcctgtggtgaggatgttttaatggggttgaggcccaggtctccagaactaaaga 739  Q
    |||||           |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5342812 gaatc-----------atccactggtcttcaggaagagatcaccagcctgtggtgaagatgttttaatgcggttgaggcccaggtctccagaactaaaga 5342724  T
Q  740 aatagttgtctccagctccatcaagctctctctcctgt-aaaagtataaacaaatgcccaaaagcaatcagtagactgctaagagtacaaaagaatgaca 838  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||    
T  5342723 aatagttgtctccagctccatccagctctctctcctataaaaagtataaacaaatttccaaaagcaatcagtatactgctaagagtataagagaatgaca 5342624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University