View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13653_low_1 (Length: 850)

Name: NF13653_low_1
Description: NF13653
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13653_low_1
NF13653_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (19-840)||(55370140-55370959)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 631; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 631; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 840
Target Start/End: Original strand, 55370140 - 55370959
Alignment:
Q  19 agaaaagttcaaagacatgaggaagatgcatgtgattagcctagataatttgaaataagcgggagtgttgaagtgtaattcaaattagatatatttgtat 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370140 agaaaagttcaaagacatgaggaagatgcatgtgattagcctagagaatttgaaataagcgggagtgttgaagtgtaattcaaattagatatatttgtat 55370239  T
Q  119 aggctaagaatggggtatgtgtgttaaattagttgtaattcaacaagttagttacagctagttgagttacttgcagtgcaagtaaccaactaactaatat 218  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370240 aggctaagaatcgggtatgtgtgttaaattagttgtaattcaacaagttagttacagttagttgagttacttgcagtgcaagtaaccaactaactaatat 55370339  T
Q  219 gatcaggcttagnnnnnnnnnnnnngctaataacatggttaggcttagttggtcaaaatagtgactcctgagacgctgtataaacacatacctgttgaaa 318  Q
    | | ||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55370340 ggttaggcttagtttttctttttttgctaataacatggttaggcttagttggtcaaaatagtgactcctgagacgttgtataaacacatacctgttgaaa 55370439  T
Q  319 gaatacgattttgaatttcgcattaaactatcattgatcgatgcgtttgtaataatgagtgcaaaattaaattgtgtgaacaatttacttcaatgattcc 418  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  55370440 gaatacgattttgaatttcacattaaactagcattaatcgatacgtttgtaat---gagtgcaaaattaaattgtgtgtgcaatttacttcaatgattcc 55370536  T
Q  419 aaacatcgtgtagtagaatttaaccataatttgtt-aaagcttaacaattcagaaagcaaaaaagaaatcaatagtttacgattaaagaaaccatagtga 517  Q
    ||||||| ||||||||| | |  |||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55370537 aaacatcttgtagtagattctctccataatttgtgcaaagcttaacaattgagaaagaaaaaaagagatcaatagtttacgattaaagaaactatagtga 55370636  T
Q  518 gggaataataaaagcaaaaggaggtcctcaaaaaagcaacaacacttgcagatataattattattctctcatacttcaagctttaaaattcttagaccaa 617  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  55370637 gggaataataaaagcaaaaggaggtcctcaaaaaagcaacaacacttgcagatataattattattctctcatacttcaagctttaaaattcttagaccac 55370736  T
Q  618 ttttgactcaaaaaccatcaacctagtatctgttcatgcattcatctctaaattctaatgatgagtttccatctaattatcacnnnnnnnnnnnnnccaa 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||    
T  55370737 ttttgactcaaaaaccatcaacctagtatctgttcatgcattcatctctaaattctaatgatgagtttccatctaattatcacaaaaaaacaaaaaccaa 55370836  T
Q  718 tcttattactatcaataattcaactcatttacttattctccattctcacaaaatctcaatccaccctttgtagaacttcatgtggttccattccaatcca 817  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370837 tcttattactatcaataattcaactcatttacttattctccattctcacaaaatctcaatccaccctttgtagaacttcatgtggttccattccaatcca 55370936  T
Q  818 atatcctttttccattgatgatg 840  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  55370937 atatcctttttccattgatgatg 55370959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University