View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13653_low_10 (Length: 407)

Name: NF13653_low_10
Description: NF13653
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13653_low_10
NF13653_low_10
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (5-392)||(30336989-30337375)
chr5 (3-392)||(30750902-30751291)
chr5 (5-392)||(30711891-30712278)
chr5 (5-392)||(30484657-30485043)
chr5 (3-392)||(30061628-30062016)
chr5 (36-392)||(30675782-30676138)
chr5 (19-393)||(29873429-29873801)
chr5 (19-393)||(29854566-29854938)
chr5 (36-393)||(30240887-30241229)
chr5 (52-392)||(30437069-30437394)
chr5 (79-393)||(30401332-30401646)
chr5 (37-392)||(30207778-30208133)
chr5 (52-383)||(17417178-17417509)
chr5 (36-392)||(30476631-30476987)
chr5 (77-392)||(30329376-30329688)
chr5 (36-239)||(30520119-30520322)
chr5 (36-239)||(30560459-30560662)
chr5 (157-196)||(16415393-16415432)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-392)||(20295049-20295432)
chr4 (79-374)||(52353235-52353530)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (36-391)||(25292441-25292796)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (52-392)||(26708588-26708913)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (36-271)||(7580222-7580457)
chr1 (79-269)||(7100785-7100975)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 30336989 - 30337375
Alignment:
Q  5 tttcaactctttaatttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaac 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||    
T  30336989 tttcaactctttaatttgttttcacaaaaa-aatggccgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacggctctccatcaaaatgaattttcaac 30337087  T
Q  105 catttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactc 204  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337088 catttctggaattaagtcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactc 30337187  T
Q  205 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggattta 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337188 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggattta 30337287  T
Q  305 cctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30337288 cctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagataatattgctga 30337375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 30751291 - 30750902
Alignment:
Q  3 actttcaactctttaatttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  30751291 actttcaactctttaatttgttttcacaaaaacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaattttca 30751192  T
Q  103 accatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaac 202  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30751191 accatttctggaattaagtcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcgcatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaac 30751092  T
Q  203 tctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatt 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  30751091 tctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgattaagtcttgtcgactgagaggatg 30750992  T
Q  303 tacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30750991 tacctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttaaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 30750902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 30711891 - 30712278
Alignment:
Q  5 tttcaactctttaatttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaac 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  30711891 tttcaactctttaatttgttttcacaaaaacaatggctgacgctttgcttggatttgtttttgaaaacttgacgtctctccttcaaaatgaattttctac 30711990  T
Q  105 catttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactc 204  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30711991 catttctggaatcaaatcaaaggttcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactc 30712090  T
Q  205 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggattta 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30712091 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttttcgactgagaggattta 30712190  T
Q  305 cctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30712191 cctctttcaaactaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttcaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 30712278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 30485043 - 30484657
Alignment:
Q  5 tttcaactctttaatttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaac 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  30485043 tttcaactctttaatttgttttcacaaaaa-aatggcttgcgctttgcttggagttgtgttcgaaaatttgacatctctccttcaaaatgaattttcaac 30484945  T
Q  105 catttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactc 204  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30484944 catttctggaatcaagtcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaagctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactc 30484845  T
Q  205 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggattta 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  30484844 tctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactcagaggattta 30484745  T
Q  305 cctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30484744 cctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 30484657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 30062016 - 30061628
Alignment:
Q  3 actttcaactctttaatttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttca 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  30062016 actttcaactctttaatttgttttcacaaaaa-aatggccgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacggctctccttcaaaatgaattttca 30061918  T
Q  103 accatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaac 202  Q
    |||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30061917 accatttctggaattaagtcaaaggttcaaaagctatcaaacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaac 30061818  T
Q  203 tctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatt 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30061817 tctctattaagctatggttacaagacctcaaagatggtgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcaagtcttgtcgactgagaggatt 30061718  T
Q  303 tacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30061717 tacctctttcaaaccaaagaacatcatgtttcgccatgagattggtaacaggttcaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 30061628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 36 - 392
Target Start/End: Original strand, 30675782 - 30676138
Alignment:
Q  36 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaag 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  30675782 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaagtcaaaggttcaaaag 30675881  T
Q  136 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 235  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30675882 ctatcaaacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 30675981  T
Q  236 atgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcg 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||| ||| ||| |||||||   ||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  30675982 atgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtattcaatcaagtctggtcaacttagaggatcatcctctctcaaaccaaagaacatcatgtttcg 30676081  T
Q  336 ccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30676082 cagtgagatcggcaacaggttaaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 30676138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 29873801 - 29873429
Alignment:
Q  19 tttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatca 118  Q
    |||||||||||||| |  |||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  29873801 tttgttttcacaaaaa--atggctaacgctttgctcggagttgtgtttgaaaatttgatgtctctccttcaaaatgaattttctaccatttctggtatca 29873704  T
Q  119 aatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatg 218  Q
    | ||||||||| |||| ||||||  || ||||| |   ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | |||||||||| ||||    
T  29873703 agtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagatttgatcaaggctgttcttgaagatgctgaaaagaaacaagtcacagaccgctctattaaggtatg 29873604  T
Q  219 gttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaacca 318  Q
    | ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||| |||||||  | |||||| ||||||    
T  29873603 gctacaacaactcaaagatgttgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgctcgatcaagtctggtcaacttagaggatcaatctcttttaaacca 29873504  T
Q  319 aagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctgat 393  Q
    || ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  29873503 aataacatcatgtttcgccttgagatcggcaacaggttgaaagagattacaaggagattggatgatattgctgat 29873429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 29854938 - 29854566
Alignment:
Q  19 tttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatca 118  Q
    |||||||||||||| |  ||||| |||||||| || |||||||||||| | | ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  29854938 tttgttttcacaaaaa--atggccgacgctttactcggagttgtgtttcagaatttgacgtctctcctacaaagtgaattttcaaccatttctagaatca 29854841  T
Q  119 aatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatg 218  Q
    | ||||||||| |||| ||||||  || ||||| |   ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | |||||||||| ||||    
T  29854840 agtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagatttgatcaatgctgttcttgaagatgctgaaaagaaacaagtcacagaccactctattaaggtatg 29854741  T
Q  219 gttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaacca 318  Q
    | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||| ||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  29854740 gctacaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcaatcaagtctggtcaacttagaggattaacctctttcaaacca 29854641  T
Q  319 aagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctgat 393  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||    
T  29854640 aagaacatcatgtttcgccatgagatcggcaacaggttgaaagagattacaaggaaattggatgatattgctgat 29854566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 36 - 393
Target Start/End: Original strand, 30240887 - 30241229
Alignment:
Q  36 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaag 135  Q
    ||||||||| || ||| | |||||||||||||| |  |||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  30240887 aatggctgatgcgttgatcggagttgtgtttgataacttgaagtctctcctacaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtcaaaggctcaaaag 30240986  T
Q  136 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 235  Q
    || ||||||| ||||| |   ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||| ||| |||   |||||||||| ||||| | ||| | |||||||    
T  30240987 ctgtcagacaccttagatatgatcaaagccgttcttgaagatgctgagaagaaacaagtcacagactgctctattaaggtatggctgcaacaactcaaag 30241086  T
Q  236 atgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcg 335  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||                ||||||||||    
T  30241087 atgttgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgctcgatcaagtctagtcgactgagaggattaacctct---------------ctcaagtttcg 30241171  T
Q  336 ccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctgat 393  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||||||||||||||    
T  30241172 ccatgagatcggtaacaggttggaagagattaacgggaggttggatgatattgctgat 30241229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 52 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 30437394 - 30437069
Alignment:
Q  52 cttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttag 151  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||  || |||||    
T  30437394 cttggagttgtgtttgagaatttgatatctctgcttcaaaatgaattttctactatttctggaatcaagtcaaaggctgaaaacctatcaaccaccttag 30437295  T
Q  152 ttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgct 251  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||   ||  |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30437294 ttgacatcaaggctgttcttgaagatgctgaaaagagacaagtcaaagacaacttcattaaggtatggctacaagacctcaaagatgctgtttatgtgct 30437195  T
Q  252 cgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaac 351  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||| ||||| |||||||||||  ||| || ||||               | |||||||||||| |||||||||||    
T  30437194 cgatgacatccttgatgagtgttcgatcaagtctagtcgactgagaaaattcacatctt---------------taaagtttcgccataagatcggtaac 30437110  T
Q  352 aggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||    
T  30437109 aggttgaaagagattacagggaggttggatcgtattgctga 30437069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 79 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 30401646 - 30401332
Alignment:
Q  79 tctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatg 178  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||  |  ||||  ||||||| ||||| |||||| |||||    
T  30401646 tctctcctacaaagtgaattttctaccatttctggaatcaagtcaaaggccaaaaacctatcaacctccttaaatcacatcgaggctgttcttgtagatg 30401547  T
Q  179 ctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgat 278  Q
    ||||||||| |||| |||||||   || ||||||| ||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  30401546 ctgagaagagacaagtcaaagacagctatattaaggtatggctccaacaactcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgttcgat 30401447  T
Q  279 cgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggtta 378  Q
    |||||||  ||||||  |||| |    ||||||||| ||||||||||||  |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||     
T  30401446 cgagtctgctcgacttggaggctcattctctttcaacccaaagaacatcgtgtttcgccgtcagatcggcaacaggttgaaagagattacaagaagattg 30401347  T
Q  379 gatgatattgctgat 393  Q
    |||||||||||||||    
T  30401346 gatgatattgctgat 30401332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 37 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 30208133 - 30207778
Alignment:
Q  37 atggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagc 136  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||  | | ||||| ||||||  |||||||||||||  | ||||||||||||||||| || |||||||| ||||    
T  30208133 atggctgacgccttacttggagttgtgttacagaatttgaagtctcttgttcaaaatgaattggccaccatttctggaatcaagtccaaggctcagaagc 30208034  T
Q  137 tatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaaga 236  Q
    | |||  || ||||| |    |||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||| |||   | | |||||| ||| ||||| ||||| | ||||||||    
T  30208033 tttcaaccaccttagatttggtcaacgctgttcttgaagatgctgagcagaagcaagtcatcaatcgctctataaaggtatggctacaacaactcaaaga 30207934  T
Q  237 tgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgc 336  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||| |  |  |   | ||||||||||||||||||||||  ||| |     
T  30207933 tgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtgctcgatcgagtctgctcgacttattgcctcatcatctttcaaaccaaagaacatcattttttgt 30207834  T
Q  337 catgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    | |||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30207833 cgtgagattggcaaaagattgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 30207778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 52 - 383
Target Start/End: Original strand, 17417178 - 17417509
Alignment:
Q  52 cttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttag 151  Q
    ||||||||||||||||| | |||| | |||||  ||||||||||| || |||||| || |||||| || |||||||   |||||||||||  || ||| |    
T  17417178 cttggagttgtgtttgagaatttgttatctctggttcaaaatgaaattgcaaccacttttggaattaagtcaaaggtcgaaaagctatcaaccaccttgg 17417277  T
Q  152 ttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgct 251  Q
     ||  ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||| | |||||  ||| ||||| | ||| | |||||||||| ||||||||||||    
T  17417278 atctgatcaaggctgttcttgaagatgctgagcataaacaagtcacagatcgctctaacaaggtatggcttcaacaactcaaagatgttgtttatgtgct 17417377  T
Q  252 cgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaac 351  Q
     |||||||| |||||||||| ||| ||||||||| |||| || ||||| |   ||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||  |     
T  17417378 agatgatattcttgatgagtgctcaatcgagtctggtcggcttagaggctcatcctatttcaaaccaaagaacatcatatttcgccgtgagatcggccaa 17417477  T
Q  352 aggttgaaagagattacaaggaggttagatga 383  Q
    |||||| |||||||||||||||| || |||||    
T  17417478 aggttggaagagattacaaggagatttgatga 17417509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 36 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 30476987 - 30476631
Alignment:
Q  36 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaag 135  Q
    |||||| || || ||||| |||||||| ||||| | |||| | |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  30476987 aatggcagaggccttgctaggagttgtatttgagaatttgttatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcacatcaaaggctgaaaag 30476888  T
Q  136 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 235  Q
     | |||  || ||| | ||  ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||| ||| | |||||||||| ||||| | ||| | |||||||    
T  30476887 ttgtcaaccaccttggatctgatcaaggctgttcttgaagatgctgagcagaaacaggtcacagaccgctctattaaggtatggctccaacaactcaaag 30476788  T
Q  236 atgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcg 335  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |  || || || ||| || |||| | ||  |   ||| |||||| | |||||||||   ||||||    
T  30476787 atgctgtatatgtgcttgatgatattcttgatgaatgttccattgaatctagtagacttaaagcctcgtcctgtttcaacctaaagaacattgtgtttcg 30476688  T
Q  336 ccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    || ||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||||||||    
T  30476687 ccgtgacatcggcaaaaggttgaaagaaattacaaggagattcgatcaaattgctga 30476631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 77 - 392
Target Start/End: Original strand, 30329376 - 30329688
Alignment:
Q  77 tgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaaga 176  Q
    |||||||  |||||| ||||| ||||||||||||  ||||||| |  || |||||||||||||||  || ||||| ||  ||||||| | ||||||||||    
T  30329376 tgtctcttgttcaaagtgaatgttcaaccatttcctgaatcaagtttaatgctcaaaagctatcaaccaccttagatcttatcaaggttgttcttgaaga 30329475  T
Q  177 tgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcg 276  Q
    || |||| | || ||| ||  ||| | |||||||||| ||||| | ||| |  ||||||||| | | |||||||| ||||||||||||||||||| || |    
T  30329476 tgttgagcataagcaagtctcagaccgctctattaagatatggcttcaacaaatcaaagatgatatatatgtgcttgatgatatccttgatgagtgcttg 30329575  T
Q  277 atcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggt 376  Q
    ||||||||| ||||| | ||||| |   ||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||   || ||||||||||| ||||| || || |    
T  30329576 atcgagtctggtcgaattagaggctcatcctctttcaaaccaaagaacattgtatttcgccatgagatc---aataggttgaaagaaattaccagaagat 30329672  T
Q  377 tagatgatattgctga 392  Q
    ||||| | ||||||||    
T  30329673 tagataagattgctga 30329688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 239
Target Start/End: Original strand, 30520119 - 30520322
Alignment:
Q  36 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaag 135  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | |  | |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  30520119 aatggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctactatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtccaaggctctaaag 30520218  T
Q  136 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 235  Q
    ||||||  || ||||| |   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | |||||||    
T  30520219 ctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaag 30520318  T
Q  236 atgc 239  Q
    ||||    
T  30520319 atgc 30520322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 239
Target Start/End: Original strand, 30560459 - 30560662
Alignment:
Q  36 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaag 135  Q
    ||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||| | |  | |||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| ||||    
T  30560459 aatggctgaagctttacttggtgttgtgtttgaaaatctactatctcttgttcaaaatgaatttgcaaccatttctggaatcaagtccaaggctctaaag 30560558  T
Q  136 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 235  Q
    ||||||  || ||||| |   ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| | | ||| | |||||| ||| ||||| | ||| | |||||||    
T  30560559 ctatcaaccaccttagatttgatcaaggccgttcttgaagatgctgagaagaaacaaataacagaccgctctataaaggtatggcttcaacaactcaaag 30560658  T
Q  236 atgc 239  Q
    ||||    
T  30560659 atgc 30560662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 16415432 - 16415393
Alignment:
Q  157 atcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattca 196  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  16415432 atcaaggctactcttgaagatgctgaggagaaacaattca 16415393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 8 - 392
Target Start/End: Original strand, 20295049 - 20295432
Alignment:
Q  8 caactctttaatttgttttcacaaagacaatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20295049 caactctttaatttgttttcacaaaaa-aatggccgacgctttgcttggagttgtgtctgaaaatttgacgtctctccttcaaaatgaatttgcaaccat 20295147  T
Q  108 ttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctct 207  Q
    |||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20295148 ttctggaatcaggtcaaaggctcgaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctgttcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctct 20295247  T
Q  208 attaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacct 307  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  20295248 attaagcaatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcggtgatatccttgatgagtactcgatcgagtctggtcgactgagaggatttaact 20295347  T
Q  308 ctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20295348 ctttcaaaccaatgaacatcgcgtttcgccatgagatcggtagcaggtttaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 20295432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 79 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 52353530 - 52353235
Alignment:
Q  79 tctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatg 178  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||| | |||  |||||| ||||| ||| |||| || ||| |||  |||| || |||||||||  ||||||||||||    
T  52353530 tctctacttcaaaatgaattttccaccgtatcttcaatcaagtcaaaagctgaaaacctgtcaaacacgttagatctcatcaaggcagttcttgaagatg 52353431  T
Q  179 ctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgat 278  Q
    ||||| |||||||| ||| ||| | |||||||||  ||||| | ||  | ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  |||||    
T  52353430 ctgagcagaaacaagtcacagaccgctctattaaagtatggcttcagcaactcaaagatgctgtttacgttctcgatgatatccttgatgaatgttcgat 52353331  T
Q  279 cgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggag 374  Q
    | | ||| ||||||| |  || ||  | || ||||||||||| || ||   |||||| ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||    
T  52353330 caaatctagtcgacttatgggtttatcgtcattcaaaccaaaaaatattgtgtttcgtcatgatattggaaacagattgaaagaaattacaaggag 52353235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 36 - 391
Target Start/End: Original strand, 25292441 - 25292796
Alignment:
Q  36 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaag 135  Q
    |||||| ||||| || ||||||||||| ||||| | | || |||| || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||    
T  25292441 aatggcggacgcattacttggagttgtatttgagaatatgttgtccctgcttcaaaatgaatttgcaaccatttctagaatcaagtcaaaagctgaaaag 25292540  T
Q  136 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 235  Q
    ||||||  || ||| | ||  ||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||| | |||||||||| ||||| ||||| | |||||||    
T  25292541 ctatcaatcaccttggatctgatataggctgttcttgaagatgctgagcagaaacaagtcacagatcgctctattaaggtatggctacaacaactcaaag 25292640  T
Q  236 atgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcg 335  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||| | ||| ||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||| |||||     
T  25292641 atgttgtatatgtgctcgatgatatccttgatgagtgattgatcaaatctagtcgacttagaggctcatcctctttcaaaccaaagaacatcatgtttca 25292740  T
Q  336 ccatgagatcggtaacaggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctg 391  Q
    |||| | || || |||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  25292741 ccattacattggcaacaagttgaaagagattacaaggagattggatgatattgctg 25292796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 52 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 26708913 - 26708588
Alignment:
Q  52 cttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttag 151  Q
    |||||||||||||| || | |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||  || |||||    
T  26708913 cttggagttgtgttcgagaatttgatgtctctgcttcaaattgaattttctaccatttatggaatcaagtcaaaggctgaaaacctatcaaccaccttag 26708814  T
Q  152 ttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgct 251  Q
    || |||| | |||  ||||||||||||||||||||| |||| ||| |||   || ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  26708813 ttgacattagggccgttcttgaagatgctgagaagagacaagtcacagacaactttattaaggtatggctacaagacctcaaagatgttgtatatgtgct 26708714  T
Q  252 cgatgatatccttgatgagtactcgatcgagtcttgtcgactgagaggatttacctctttcaaaccaaagaacatcaagtttcgccatgagatcggtaac 351  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| ||||||||| |  ||| |||||||               | |||||||||||| |||||||||||    
T  26708713 cgatgacatccttgatgaatgctcgatcaagtctagtcgactgaaaaaattcacctctt---------------taaagtttcgccataagatcggtaac 26708629  T
Q  352 aggttgaaagagattacaaggaggttagatgatattgctga 392  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||    
T  26708628 aggttgaaagagattacagggaggttggatcgtattgctga 26708588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 36 - 271
Target Start/End: Original strand, 7580222 - 7580457
Alignment:
Q  36 aatggctgacgctttgcttggagttgtgtttgaaagtttgatgtctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaag 135  Q
    |||||| || ||||| ||||| ||||||||| | |   ||||||||||  ||||||| |||||||||||  | | ||||||||| |||||||||||||||    
T  7580222 aatggccgaggctttacttggtgttgtgtttcacaacctgatgtctctggttcaaaacgaattttcaactctatttggaatcaagtcaaaggctcaaaag 7580321  T
Q  136 ctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatgctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaag 235  Q
    ||||||   | |||||  |  ||||||||| ||||| |||| ||||| ||||| ||||| |  || |  |||||| |  ||||||| ||  | |||||||    
T  7580322 ctatcaagaaccttagaactgatcaaggctgttcttcaagacgctgaaaagaagcaattaactgaccgatctattcaaatatggttgcagcaactcaaag 7580421  T
Q  236 atgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatgagt 271  Q
    |||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  7580422 atgcggtgtatgtgcttgatgatatccttgatgagt 7580457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 79 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 7100975 - 7100785
Alignment:
Q  79 tctctccttcaaaatgaattttcaaccatttctggaatcaaatcaaaggctcaaaagctatcagacaacttagttcacatcaaggctattcttgaagatg 178  Q
    ||||| ||| |||| |||||| ||||  | ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||  || |||||  |  || |||||| |||||||||| |    
T  7100975 tctcttcttaaaaacgaatttgcaactctatctggaatcaagtcaaaggctgaaaaactatcaaccaccttagaacttattaaggctgttcttgaagacg 7100876  T
Q  179 ctgagaagaaacaattcaaagaactctctattaagctatggttacaagacctcaaagatgctgtttatgtgctcgatgatatccttgatga 269  Q
    |||| ||||| ||||| | ||| | ||||||| |  ||||| | ||  | ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  7100875 ctgaaaagaagcaattaacagaccgctctattcaaatatggctgcagcaactcaaagatgcggtgtatgtgcttgatgatatccttgatga 7100785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University