View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1365_low_1 (Length: 1016)

Name: NF1365_low_1
Description: NF1365
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1365_low_1
NF1365_low_1
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (92-947)||(712388-713243)
chr6 (92-876)||(702266-703050)
chr6 (96-899)||(710512-711306)
chr6 (311-876)||(717568-718133)
chr6 (359-878)||(716513-717029)
chr6 (349-741)||(722384-722779)
chr6 (92-171)||(718264-718343)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (413-859)||(35313394-35313843)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (614-750)||(20353897-20354033)
chr5 (626-763)||(20357809-20357946)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (635-763)||(5278442-5278570)
chr4 (635-763)||(5286423-5286551)
chr4 (614-750)||(5282505-5282641)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (614-780)||(6235378-6235544)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 947
Target Start/End: Original strand, 712388 - 713243
Alignment:
Q  92 tgcctttgatcccagccctttacaggacttttgtgtggatatcaatgacaccaggaatggtggtatgtatacttttttaacacttctttatttattttta 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  712388 tgcctttgatcccagccctttacaggacttttgtgtggctatcaatgacaccaagaatggtggtatgtatacttttttaacacttctttatttattttta 712487  T
Q  192 ctcgtttggttgaatctgttgaaccaattaaactatgatacaaaagtttcacgggttcgatctcatgtttgacaacaatgatatatacatatataagtac 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||     
T  712488 ctcgtttggttgaatctgttgaaccaattaaactatgatacaaaagtttcacgggtttgatctcatgtatgacaactttgatatatacatatataagtag 712587  T
Q  292 aacatattatttaattatctaatgattttgttttgcagtttttgtgaatggcaaagtctgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttc 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  712588 aacatattatttaattatctaatgattttgttttgcagtttttgtgaatggcaaattttgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttttttttc 712687  T
Q  392 tcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttg 491  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  712688 tcagtgaaagaaggaaacatatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacagttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttg 712787  T
Q  492 ctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtt 591  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  712788 ctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagattcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtt 712887  T
Q  592 tgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtg 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||     
T  712888 tgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggcctcattcactttcaattgaatgtt 712987  T
Q  692 ggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctctt 791  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  712988 gggtatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatttctt 713087  T
Q  792 cagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaactagaattgcaggctgtgata 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713088 cagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggataatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaactagaattgcaggctgtgata 713187  T
Q  892 tgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatgata 947  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  713188 tgtgcttgaatcactaaatttattgttaaatttgttctttattttaccctatgata 713243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 717; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 92 - 876
Target Start/End: Complemental strand, 703050 - 702266
Alignment:
Q  92 tgcctttgatcccagccctttacaggacttttgtgtggatatcaatgacaccaggaatggtggtatgtatacttttttaacacttctttatttattttta 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  703050 tgcctttgatcccagccctttacaggacttttgtgtggctatcaatgacaccaagaatggtggtatgtatacttttttaacacttctttatttattttta 702951  T
Q  192 ctcgtttggttgaatctgttgaaccaattaaactatgatacaaaagtttcacgggttcgatctcatgtttgacaacaatgatatatacatatataagtac 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |     
T  702950 ctcgtttggttgaatctgttgaaccaattaaactatgatacaaaagtttcacgggttcgatctcatgtttgacaacattgatatatacatatataagcag 702851  T
Q  292 aacatattatttaattatctaatgattttgttttgcagtttttgtgaatggcaaagtctgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttc 391  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702850 aacatattatctaattatctaatgattttgttttgcagtttttgtgaatggcaaattttgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttc 702751  T
Q  392 tcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttg 491  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702750 tcagtaaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacagttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttg 702651  T
Q  492 ctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtt 591  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702650 ctcgcattgacttcgcatcaaggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagatacttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtt 702551  T
Q  592 tgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtg 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702550 tgttacttctaatccagaaaaccgtctcattacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtg 702451  T
Q  692 ggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctctt 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  702450 ggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctctt 702351  T
Q  792 cagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaactagaa 876  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  702350 cagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaactactagaa 702266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 96 - 899
Target Start/End: Complemental strand, 711306 - 710512
Alignment:
Q  96 tttgatcccagccctttacaggacttttgtgtggatatcaatgacaccaggaatggtggtatgtatacttttttaacacttctttatttattttt----a 191  Q
    |||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||  |  ||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| |    |    
T  711306 tttgatcctagccctctacaagacttttgtgtggctatcaatgacaccaaaacgggtggtatgtatacttttt-aatacttttttatttatttattttga 711208  T
Q  192 ctcgtttggttgaatctgttgaaccaattaaactatgatacaaaagtttcacgggttcgatctcatgtttgacaacaatgatatatacatatataagtac 291  Q
    |||| |||||| || ||| | |||| ||| ||||||||||||| |  |||||||||  |||||||||| | |||||| | |||||| ||||||           
T  711207 ctcggttggtttaacctgataaaccgattgaactatgatacaataacttcacgggt--gatctcatgtctaacaacattcatatatccatatagg----- 711115  T
Q  292 aacatattatttaattatctaatgattttgttttgcagtttttgtgaatggcaaagtctgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttc 391  Q
        |||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  711114 ----tattatttaattatatgatgatttt-ttttgcagtgtttgtgaacggcaaattctgtaagaatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttc 711020  T
Q  392 tcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttg 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  711019 tcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttg 710920  T
Q  492 ctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtt 591  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  710919 ctcgcattgacttcgcatcaaggggactaaatcccccacatactcaccctagagccactgagattcttatagtgttggagggtactctctatgtcgggtt 710820  T
Q  592 tgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtg 691  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710819 tgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtg 710720  T
Q  692 ggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctctt 791  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  710719 ggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctctt 710620  T
Q  792 cagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaactagaattgcaggctgtgata 891  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  710619 cagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattttgggtggacaacaactagaattgcaggtcgtgata 710520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 526; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 311 - 876
Target Start/End: Complemental strand, 718133 - 717568
Alignment:
Q  311 taatgattttgttttgcagtttttgtgaatggcaaagtctgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaaca 410  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  718133 taatgaatttgttttgcagtttttgtgaatggcaaagtctgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttctcagtaaaagaaggaaaca 718034  T
Q  411 catcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatc 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  718033 catcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacagttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatc 717934  T
Q  511 taggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaa 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717933 taggggactaaatcctccacatactcaccctagagccactgagatacttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaa 717834  T
Q  611 aaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttg 710  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717833 aaccgtctcataacaaaagtactaaacaaaggagatgtgtttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttg 717734  T
Q  711 ctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagc 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717733 ctattgctggacttagcagccaaaatcctggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagc 717634  T
Q  811 ttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaactagaa 876  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  717633 ttttcaagttgacaataatatagtggacaatcttcaaaaacaattctgggtggacaacaactagaa 717568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 359 - 878
Target Start/End: Original strand, 716513 - 717029
Alignment:
Q  359 ccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgata 458  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||| ||||| ||||| || ||| |||||  |||||||||     || |||| ||| |    
T  716513 ccaaaacttgttacaccagatgatttctttttctcaataaaagaagaaaacatatcaagtcaacttggttcgcaagtgacactacccacagttagtgaga 716612  T
Q  459 tactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattct 558  Q
    || ||||| |||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||| || ||| | | ||| ||||||||||||||| |||| ||||||||  ||||||| ||    
T  716613 tattaggattaaatactcttggtatctcttttgctcgtattgattttgcaccaaagggtctaaatcctccacatgctcaccctagagcagctgagatact 716712  T
Q  559 tatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgttt 658  Q
    ||||||||| |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||    
T  716713 tatagtgttggagggtactctcaatgtcggttttgttacttctaacccagaaaaccgtctcattacaaaagttcttaacaaaggagatgtctttgtgttt 716812  T
Q  659 ccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgcta 758  Q
    ||||||||||| ||||||||||||   ||| ||||  |||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||| ||| || | || ||||| |||  ||    
T  716813 ccaattggtcttattcacttccaacataatatgggggatggaaatgcggttgtcatttctggacttaacagccataattcaagagttatcactattatta 716912  T
Q  759 atgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaagcttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctg 858  Q
    | |  |||||||| |||||||   |||| ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  716913 aggaggtatttgggtctaatc---aaatttcttcagaacttctcaccaaggctcttcaagtggacaataacatagttgacaatcttcagaaacaattctg 717009  T
Q  859 ggtggacaacaactagaatt 878  Q
    | |||||||||| |||||||    
T  717010 gttggacaacaattagaatt 717029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 349 - 741
Target Start/End: Original strand, 722384 - 722779
Alignment:
Q  349 ctgcaaggatccaaagcttgctacaccaaatgatttctttttctcagtgaaagaaggaaacacatcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacg 448  Q
    |||||| |||||||| |||| |||| || ||||||||||||||||||| |||||||||     ||| | |||| | ||| |  ||||||||   || ||     
T  722384 ctgcaaagatccaaaacttgttacagcagatgatttctttttctcagtaaaagaaggagttgtatcgagtccagttggtactcaagtgacattagtcaca 722483  T
Q  449 gttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatctaggggactaaatcctccacatactcatcctagagcca 548  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||  ||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  722484 gttaatgagatattaggattaaacactcttggtgtctctcttgctcgtattgactttgcacctaagggtataaatcctccacacactcaccctagagcca 722583  T
Q  549 ctgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaaccg---tctcatcacaaaagtactgaacaaaggaga 645  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||| ||  |||| || |||  ||||||||||| |||||   |   || ||| |||||||  || |||||||||||    
T  722584 ctgagatacttatggtgttagatggtactctcaatgttggcttttatacttctaatcaagaaagtagtactcccattacaaaagatctcaacaaaggaga 722683  T
Q  646 tgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaaatccagg 741  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||   ||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  722684 tgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttcgagcataatacaggagatggaaatgcggttgcaatttctggatttagcagtcaaaatccagg 722779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 92 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 718343 - 718264
Alignment:
Q  92 tgcctttgatcccagccctttacaggacttttgtgtggatatcaatgacaccaggaatggtggtatgtatacttttttaa 171  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  718343 tgcctttgatcccagccctctacaagacttttgtgtggctatcaatgacaccaagaatggtggtatgtatgctcttttaa 718264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 100; Significance: 6e-49; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 413 - 859
Target Start/End: Original strand, 35313394 - 35313843
Alignment:
Q  413 tcaaatccactgggttcaaaagtgacaccggttacggttaatgatatactaggactaaacactttaggtatctctcttgctcgcattgacttcgcatcta 512  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| ||| ||||||| |||||  | ||||| ||| | |||||| | || || ||| | |    
T  35313394 tcaaatccactcggatcaaaagtgactccagtgacggttaatgaaatattaggactcaacacacttggtatatctttggctcgcgtcgattttgcaccaa 35313493  T
Q  513 ggggactaaatcctccacatactcatcctagagccactgagattcttatagtgttagagggtacactatatgtcgggtttgttacttctaatccagaaaa 612  Q
      || ||||||||||| || || || || |||| ||| ||||||||| |||| || || || ||||| || || || |||||| | || |||| ||| ||    
T  35313494 aaggtctaaatcctcctcacacccacccaagaggcaccgagattcttgtagttttggaaggcacactttacgttggatttgtttcctcaaatcaagacaa 35313593  T
Q  613 ---ccgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagtt 709  Q
       ||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||  | ||  ||    
T  35313594 taaccgtctcttcaccaaagtattgaacaaaggtgatgtatttgtgtttccaatcggtctcattcacttccaattgaacgttggttatggggaggctatt 35313693  T
Q  710 gctattgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatccaaaaatctcttcagaagttctcaccaaag 809  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| || || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||| ||||  ||||||||||||||||    
T  35313694 gccattgctggtcttagtagccaaaaccctggagtgattaccattgcaaatgctgtgtttggatctaaaccaccaatttctttggaagttctcaccaaag 35313793  T
Q  810 cttttcaagttgacaataatatagttgacaatcttcaaaaacaattctgg 859  Q
    | |||||||| || || ||| || | ||| |||||||||| |||||||||    
T  35313794 cctttcaagtggataaaaatgtaatcgactatcttcaaaagcaattctgg 35313843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 2e-30; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 614 - 750
Target Start/End: Original strand, 20353897 - 20354033
Alignment:
Q  614 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 713  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || |||||||    
T  20353897 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 20353996  T
Q  714 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 750  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  20353997 ttgctggacttagcagtcaaaatccaggagtaatcac 20354033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 626 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 20357946 - 20357809
Alignment:
Q  626 aaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggactta 725  Q
    ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  20357946 aaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaatgccgttgctattgctggactta 20357847  T
Q  726 gcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgct 763  Q
    |||| ||||||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  20357846 gcagtcaaaatccaggagttatcaccgttgcaaatgct 20357809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 61; Significance: 1e-25; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 635 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 5278570 - 5278442
Alignment:
Q  635 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 734  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5278570 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgctgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5278471  T
Q  735 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 763  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  5278470 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5278442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 635 - 763
Target Start/End: Complemental strand, 5286551 - 5286423
Alignment:
Q  635 aacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgctattgctggacttagcagccaaa 734  Q
    ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5286551 aacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactgaatgtgggatatggcaacgccgttgctattgctggacttagcagtcaaa 5286452  T
Q  735 atccaggtgtaatcacaattgctaatgct 763  Q
    ||||||| || |||||  |||| ||||||    
T  5286451 atccaggagttatcactgttgcaaatgct 5286423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 614 - 750
Target Start/End: Original strand, 5282505 - 5282641
Alignment:
Q  614 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 713  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||||| || ||  |||||||||||||||| || || |||||||    
T  5282505 cgtctcttcaccaaagtgctcaacaagggtgatgtgtttgtgttcccgattggtcttattcattttcagctgaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 5282604  T
Q  714 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcac 750  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||    
T  5282605 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcac 5282641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 59; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 614 - 780
Target Start/End: Complemental strand, 6235544 - 6235378
Alignment:
Q  614 cgtctcatcacaaaagtactgaacaaaggagatgtttttgtgtttccaattggtctcattcacttccaattgaatgtgggatatggaaatgcagttgcta 713  Q
    |||||| |||| ||||| || ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| || || |||||||    
T  6235544 cgtctcttcaccaaagtgctaaacaagggtgatgtgtttgtgttcccaattggtcttattcattttcaactaaatgtgggatatggcaacgctgttgcta 6235445  T
Q  714 ttgctggacttagcagccaaaatccaggtgtaatcacaattgctaatgctgtatttggatctaatcc 780  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||  |||| |||||| | |||  |||||||||    
T  6235444 ttgctggacttagcagtcaaaacccaggagttatcaccgttgcaaatgctttgtttaaatctaatcc 6235378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University