View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13660_low_18 (Length: 243)

Name: NF13660_low_18
Description: NF13660
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13660_low_18
NF13660_low_18
[»] chr3 (20 HSPs)
chr3 (1-225)||(19858557-19858781)
chr3 (1-218)||(19853992-19854209)
chr3 (1-225)||(24839383-24839607)
chr3 (5-225)||(26647489-26647709)
chr3 (5-225)||(19951609-19951829)
chr3 (5-225)||(26653636-26653853)
chr3 (5-225)||(19956572-19956789)
chr3 (5-172)||(19819098-19819265)
chr3 (5-172)||(19832408-19832575)
chr3 (57-226)||(19944201-19944370)
chr3 (7-225)||(20015616-20015831)
chr3 (5-172)||(19812821-19812988)
chr3 (5-166)||(20036016-20036177)
chr3 (37-225)||(20033779-20033967)
chr3 (48-225)||(20046608-20046782)
chr3 (10-225)||(19838881-19839093)
chr3 (119-225)||(26652203-26652309)
chr3 (10-179)||(19849527-19849696)
chr3 (34-171)||(19990064-19990201)
chr3 (121-225)||(17115201-17115302)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (10-225)||(26354345-26354557)
chr5 (10-225)||(9815522-9815734)
chr5 (48-162)||(38435045-38435159)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (38-225)||(22689119-22689306)
chr8 (5-167)||(11544613-11544775)
chr8 (5-225)||(22655729-22655946)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (12-225)||(1717705-1717918)
chr1 (36-179)||(38483504-38483645)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (5-167)||(39191389-39191551)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (63-225)||(12495462-12495621)
chr7 (70-225)||(12519273-12519425)
chr7 (63-225)||(12579559-12579719)
chr7 (60-130)||(12497726-12497796)
chr7 (60-130)||(12521591-12521661)
chr7 (60-149)||(12581822-12581911)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 20)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 19858781 - 19858557
Alignment:
Q  1 ctggagtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  19858781 ctggagtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaaattcaaattgcatagcaactctatgtg 19858682  T
Q  101 gtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatgg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||     
T  19858681 gtagatattgctctataaactcaaacccaactagctcagaaactctcaaacatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaatctttctaatatga 19858582  T
Q  201 tacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  19858581 tacccaaatttcgtcatttggataa 19858557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 19854209 - 19853992
Alignment:
Q  1 ctggagtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtg 100  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||  ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||    
T  19854209 ctggtgtaatttttccatgcaatgacttgagtctcattgagtctggacacataaccaggaacatcttgatcaaatccaaattgcctagcaactctatgtg 19854110  T
Q  101 gtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatgg 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||    
T  19854109 gtagatattgctctataaactcaaacccaactagctcagaaactctcaagcatgtgacaaataagagcatttgtttatccaccaaatcgttcttaaatgg 19854010  T
Q  201 tacccaaatttcgtcatt 218  Q
    ||||| |||||| |||||    
T  19854009 tacccgaatttcatcatt 19853992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 225
Target Start/End: Original strand, 24839383 - 24839607
Alignment:
Q  1 ctggagtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||    
T  24839383 ctggagtaatttttccaagcaatggctttagtctcattgagtctagacacataaccaggaacatcttgatcaaatccgaattgcatagcaactctatgtg 24839482  T
Q  101 gtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatgg 200  Q
    |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||   | |||||| |||||||| ||||    
T  24839483 gtagatattgttctatagactcaaatccaactagctcagaaactctcaagaatataacaaatgagagcatttgttctactaccaaatctttcttaaatgg 24839582  T
Q  201 tacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
    |||| || |||| || |||||||||    
T  24839583 taccaaagtttcatcctttggataa 24839607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26647709 - 26647489
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| ||||||||||||||| ||| ||  |||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26647709 agtagtttttccaagcaatgtctttagtctcattgaatcgaggcacatcactcggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggcag 26647610  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacc 204  Q
    ||| || || ||| | || || ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  26647609 atactgttctatagagtcgaatccaacaagctcagaaactctcaagcatataacaaatgagagcatttgttcatcaaccaaatctttcttaaatggtacc 26647510  T
Q  205 caaatttcgtcatttggataa 225  Q
     ||||||| ||||||||||||    
T  26647509 gaaatttcatcatttggataa 26647489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 5 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 19951829 - 19951609
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| |||||||||||||| |||| || || |||||| |||| ||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19951829 agtagtttttccaagcaatcactttagttttattgaacctaggcacataactcggaacatcttgatccattgcaaattgcatagcaactctatgtggaag 19951730  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacc 204  Q
    ||||||||| ||| | || |  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||| ||| |||||| |||||||| |||| |||    
T  19951729 atattgctctatagagtcgataccaactagctcagaaactctcaagcatataacaaatgacaacatttgttgatccaccaaatctttcttaaatggcacc 19951630  T
Q  205 caaatttcgtcatttggataa 225  Q
     ||||||| ||||| ||||||    
T  19951629 aaaatttcttcattcggataa 19951609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 5 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26653853 - 26653636
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| |||| ||||||||||  || ||  |||||||| |||| ||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  26653853 agtagttttcccaagcaatgtatttagtctcattgaacctagccacataacttggaacatcttggtcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaag 26653754  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacc 204  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | | |||   ||||| | |||||| ||||||||    
T  26653753 atattgctcaatagactcaaatccaactagctcagcaactctcaagcatataacaaatgagagcatgtttgtat---ccaaatccttcttaaatggtacc 26653657  T
Q  205 caaatttcgtcatttggataa 225  Q
    |||||||| | ||||||||||    
T  26653656 caaatttcattatttggataa 26653636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 19956789 - 19956572
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| |||||||||||||||  || ||  |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19956789 agtagtttttccaagcaatgtatttagtctcattgaacctagctacataacccggaacatcttgatcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaag 19956690  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacc 204  Q
    ||||||||| ||| ||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||| | |||   ||||| | |||||| ||||||||    
T  19956689 atattgctctatagactcaaatccaaccagctcggaaactctcaagcatataacaaatgagataatttttgtat---ccaaatccttcttaaatggtacc 19956593  T
Q  205 caaatttcgtcatttggataa 225  Q
     ||||||| ||||||||||||    
T  19956592 aaaatttcatcatttggataa 19956572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 19819265 - 19819098
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| |||||||||||||||  || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||    
T  19819265 agtagtttttccaagcaatgtatttagtctcattgaacctagccacataaccaggaacatcttgatcaattccaaactgcatagcaactctatgtggaag 19819166  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcattt 172  Q
    ||||||||| ||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  19819165 atattgctctatggactcaaaaccaacaagctcagaaactctcaaacatataacaaatgagagaattt 19819098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 19832575 - 19832408
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| |||||||||||||||  || ||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| ||    
T  19832575 agtagtttttccaagcaatgtatttagtctcattgaacctagccacataaccaggaacatcttgatcaattccaatctgcatagcaactctatgtggaag 19832476  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcattt 172  Q
    ||||||||| ||  ||||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  19832475 atattgctctatggactcaaaaccaacaagctcagaaactctcaaacatataacaaatgagagaattt 19832408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 57 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 19944370 - 19944201
Alignment:
Q  57 aggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatata 156  Q
    ||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  19944370 aggaacatcttgatcaaatccgaattgcatagcaactctatatggtagatattgttctatagactcaaatccaactagctcggaaactctcaagaatata 19944271  T
Q  157 ataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttggataat 226  Q
    | |||||||||||||||||   | |||||| |||| ||| |||||||| || |||| |||||||||||||    
T  19944270 acaaatgagagcatttgttctactaccaaatcttttttaaatggtaccaaagtttcatcatttggataat 19944201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 7 - 225
Target Start/End: Original strand, 20015616 - 20015831
Alignment:
Q  7 taatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagat 106  Q
    |||| |||||||||| ||| || ||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| | ||    
T  20015616 taatatttccaagcagtgattttagtctcattgaatctaggcacatcacctggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctgtgtggcaaat 20015715  T
Q  107 attgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtaccca 206  Q
    | ||||| ||| | ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||  |    
T  20015716 actgctctatagagtcaaatccaacaagctcggaaactcttaagcatataacaaatgagagcatttgtttat---ccaaatctttcttaaatggtacaaa 20015812  T
Q  207 aatttcgtcatttggataa 225  Q
    || | | ||||||||||||    
T  20015813 aaatgcatcatttggataa 20015831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 19812988 - 19812821
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| |||||||| ||||| |||| || || |||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19812988 agtagtttttccatgcaatcactttagttttattgaacctaggcacataacttggaacatcttgatcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaag 19812889  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcattt 172  Q
    ||||||||| ||| | || |  ||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19812888 atattgctctatagagtcgataccaactagctcagaacatctcaagcatataacaaatgagagcattt 19812821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 5 - 166
Target Start/End: Original strand, 20036016 - 20036177
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| ||| |||||||||| |||| || || |||| | |||| ||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20036016 agtagtttctccaagcaatcactttagttttattgcacctagccacgtaactcggaacatcttgatcaattccaaattgcatagcaactctatgtggaag 20036115  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgaga 166  Q
    ||||||||| ||| ||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  20036116 atattgctctatagactcaaatccaaccagctcagaaaccctcaagcatataacaaatgaga 20036177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 37 - 225
Target Start/End: Original strand, 20033779 - 20033967
Alignment:
Q  37 ttgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaact 136  Q
    ||||| |||| ||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || |  ||||||  ||    
T  20033779 ttgaacctaggcacataacttggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggaagatattgctctatagagtcgataccaacttgct 20033878  T
Q  137 cagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| | |||||| |||||||  ||||||| ||||| ||||||    
T  20033879 cagacactctcatgcatataacaaatgacagcatttgttgatccaccaaatcattcttaaatggtactgaaatttcatcattcggataa 20033967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 20046782 - 20046608
Alignment:
Q  48 cacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctc 147  Q
    ||||||||  ||||||||||| |||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| ||||||| ||||| | |||||||||||||    
T  20046782 cacataactcggaacatcttggtcaagtccaaattgcatagaaactctatgtggaagatactgctctatagactcaaatccaacaagctcagaaactctc 20046683  T
Q  148 aagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
    | |||||||  |||||| || |||| |||||   ||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20046682 aggcatatagaaaatgaaagtatttttttat---ccaaatccttcttaaatggtacccaaatttcgttatttggataa 20046608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 19839093 - 19838881
Alignment:
Q  10 tttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatatt 109  Q
    |||||||||||||||  || ||   ||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19839093 tttttccaagcaatgtatttagtcacattgaacctagccacataacctggaacatcttgatccattccgaattgcatagcaactctatgtggaagatatt 19838994  T
Q  110 gctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaat 209  Q
    |||| ||| ||||||| ||||| | ||| |||||||| | |||||||| ||||||||  |||| | |||   | ||| |  ||||| |||||||| ||||    
T  19838993 gctctatagactcaaatccaacaagctcggaaactctaaggcatataacaaatgagataatttttgtat---ctaaatccctcttaaatggtaccaaaat 19838897  T
Q  210 ttcgtcatttggataa 225  Q
    ||| ||||||||||||    
T  19838896 ttcatcatttggataa 19838881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 119 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26652309 - 26652203
Alignment:
Q  119 actcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatt 218  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| |||||||| || || |||||||    
T  26652309 actcaaatccaactagctcagaaactctttagcatttaacaaatgagagcatttgtatatccaccaaatctttcttaaatggtaccaaagttccgtcatt 26652210  T
Q  219 tggataa 225  Q
    |||||||    
T  26652209 tggataa 26652203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 10 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 19849696 - 19849527
Alignment:
Q  10 tttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatatt 109  Q
    |||| |||||||||| ||| ||  ||||| || || | ||||||||  |||||||||||||| ||| | ||||||| ||  ||||||||||| |||||||    
T  19849696 ttttgccaagcaatgtctttagtatcatttaacctcggcacataacttggaacatcttgatccattccgaattgcaaagagactctatgtgggagatatt 19849597  T
Q  110 gctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatc 179  Q
    |||| ||| ||||||| ||||  | ||||||||||||||| ||| ||| |||||| || |||| ||||||    
T  19849596 gctctatagactcaaatccaatgagctcagaaactctcaaacatgtaacaaatgaaagtatttctttatc 19849527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 34 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 19990201 - 19990064
Alignment:
Q  34 tcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaacta 133  Q
    |||||||| |||| ||| ||||  |||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  | | ||| ||||  ||||| |    
T  19990201 tcattgaacctaggcacgtaacttggaatatcttgatccattccaaattgcaaagcaactctatgtgggagatattgaactacaaagtcaattccaacaa 19990102  T
Q  134 actcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatt 171  Q
     ||||||||||||||  ||| ||| |||||| ||||||    
T  19990101 gctcagaaactctcatacatctaacaaatgacagcatt 19990064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 121 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 17115302 - 17115201
Alignment:
Q  121 tcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttg 220  Q
    ||||||||||| | ||| |||||||| || ||||||| |||||| | ||||| |||||   ||||| |||| ||  |||||||| ||||||| |||||||    
T  17115302 tcaaacccaacaagctcggaaactctgaaacatataacaaatgacaacatttttttat---ccaaatcttttttgaatggtaccaaaatttcatcatttg 17115206  T
Q  221 gataa 225  Q
    |||||    
T  17115205 gataa 17115201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Original strand, 26354345 - 26354557
Alignment:
Q  10 tttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatatt 109  Q
    |||||||||||||||| || ||  ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||| |    
T  26354345 tttttccaagcaatgaatttagtctcattaaatctaggcacataacttggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggcaaatact 26354444  T
Q  110 gctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaat 209  Q
    |||| ||| | ||||| ||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  26354445 gctctatagagtcaaatccaacaagctcagaaactctcaggcatataacaaatgagagcatttgtttat---ccaaatctttcttaaatggtaccgaaat 26354541  T
Q  210 ttcgtcatttggataa 225  Q
    | | ||||||||||||    
T  26354542 tgcatcatttggataa 26354557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 10 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 9815734 - 9815522
Alignment:
Q  10 tttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatatt 109  Q
    ||||||||||| |||| || ||  ||||||||||||| |||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |    
T  9815734 tttttccaagccatgagtttagtctcattgaatctaggcacataagttggaacatcttgatccatttcaaattgcatagcaactctatgtggcaaatact 9815635  T
Q  110 gctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaat 209  Q
    |||| ||| | || || ||||| | ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||   ||||| |||||||| |||||||| |||     
T  9815634 gctctatagagtcgaatccaacaagctcggaaactctcaagcatataacaaatgagagcattagcttat---ccaaatctttcttaaatggtaccaaaag 9815538  T
Q  210 ttcgtcatttggataa 225  Q
      | ||||||||||||    
T  9815537 cgcatcatttggataa 9815522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 162
Target Start/End: Original strand, 38435045 - 38435159
Alignment:
Q  48 cacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctc 147  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||| || ||  |||||||||    
T  38435045 cacataacttggaacatcttgatcaattctaaattacatagcatctctatgtggtagatattgttcaatagagtcaaatccaattagctaggaaactctc 38435144  T
Q  148 aagcatataataaat 162  Q
    |||||| ||| ||||    
T  38435145 aagcatgtaacaaat 38435159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 96; Significance: 3e-47; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 38 - 225
Target Start/End: Original strand, 22689119 - 22689306
Alignment:
Q  38 tgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactc 137  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||| |||    
T  22689119 tgaatctagagacataaccaggaacatcttgatccattccaaactgcctagcaactctatgtggtagatattgctctatagactcaaatccaactagctc 22689218  T
Q  138 agaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||  ||||| ||||| |  | || || |||||||| || |||||||||    
T  22689219 agaaactctcaagcatataacaaatgacaacatttgtttatccgccaaatctttcatcgacggcacacaaatttcatcctttggataa 22689306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 5 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 11544775 - 11544613
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    ||||||||||||||||||||  || |   ||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11544775 agtaatttttccaagcaatggtttcattctcattgaatctaggcacacaagctggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggaag 11544676  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagag 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||  | |||| |||||||||    
T  11544675 atattgctcaatagactcaaaaccaactagctcggaaactctcaatgacataacaaatgagag 11544613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 5 - 225
Target Start/End: Original strand, 22655729 - 22655946
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    |||| |||||||||||||||  || ||  |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||    
T  22655729 agtagtttttccaagcaatgtatttagtctcattgaacctagctacataacccggaacatcttgatcaattccaaattgcatagaaactctacgtggaag 22655828  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacc 204  Q
    |||||  || ||| ||||||| ||||| | ||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||| | |||   ||||| | |||||| ||||||||    
T  22655829 atatttttctatagactcaaatccaacaagctcagaaaccctcaaacatacaacaaatgagagaatttttgtat---ccaaatccttcttaaatggtacc 22655925  T
Q  205 caaatttcgtcatttggataa 225  Q
     ||||||| ||||| ||||||    
T  22655926 aaaatttcatcattaggataa 22655946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 12 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 1717918 - 1717705
Alignment:
Q  12 tttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgc 111  Q
    |||||||||||||  || ||  ||||||||||||| ||||| ||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  1717918 tttccaagcaatggatttagcctcattgaatctaggcacatcacttggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggcagatactgc 1717819  T
Q  112 tcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaattt 211  Q
    || ||| | ||||| ||||| |  ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  1717818 tctatagagtcaaatccaacaagttcagatactctcaagcatataacaaatgacagcatttgttcatccaccaaatctttcttaaatggtaccaaaattt 1717719  T
Q  212 cgtcatttggataa 225  Q
    | |||| |||||||    
T  1717718 catcatatggataa 1717705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 38483645 - 38483504
Alignment:
Q  36 attgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaac 135  Q
    |||||||| | |||||||||  | |||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||||||    | ||| ||||| |||  |||||| | ||| | |    
T  38483645 attgaatccacacacataacttgtaacatcttaatccataccaaattgcatagcaactctatgac--aaatactgctctatagtctcaaatctaacaagc 38483548  T
Q  136 tcagaaactctcaagcatataataaatgagagcatttgtttatc 179  Q
    ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38483547 tcaaaaactctcaagcatataacaaatgagagcatttgtttatc 38483504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 83; Significance: 2e-39; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 5 - 167
Target Start/End: Original strand, 39191389 - 39191551
Alignment:
Q  5 agtaatttttccaagcaatgacttgagattcattgaatctagacacataaccaggaacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtag 104  Q
    ||||||||||||||||||||  || ||  ||||||||||||| |||| || | |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39191389 agtaatttttccaagcaatggtttcagtctcattgaatctaggcacacaatctggaacatcttgatccattccaaattgcatagcaactctatgtggaag 39191488  T
Q  105 atattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagag 167  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||  | |||| |||||||||    
T  39191489 atattgctcaatagactcaaaaccaactagctccgaaactctcaatgacataacaaatgagag 39191551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 225
Target Start/End: Original strand, 12495462 - 12495621
Alignment:
Q  63 atcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaat 162  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||| |||  || ||| ||||| | |||| || ||||||||||||||  ||||    
T  12495462 atcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtagaagatattgctctatacgcttaaatccaacaagctcaaaatctctcaagcatatagaaaat 12495561  T
Q  163 gagagcatttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
     | || |||| |||||   ||||| | |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12495562 caaagtatttttttat---ccaaatccttcttaaatggtacccaaatttcattatttggataa 12495621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 225
Target Start/End: Original strand, 12519273 - 12519425
Alignment:
Q  70 tcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaatgagagca 169  Q
    |||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||| | | ||| |||  || ||| ||||| | |||| || ||||||||||||||  |||| | || |    
T  12519273 tcaatttcaaattgaatagacactctatgtggaagaaaatcctctatacgcttaaatccaacaacctcaaaatctctcaagcatatagaaaatcaaagta 12519372  T
Q  170 tttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
    ||| ||||||   |||| | |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12519373 tttttttatc---caaatccttcttaaatggtacccaaatttcattatttggataa 12519425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 225
Target Start/End: Original strand, 12579559 - 12579719
Alignment:
Q  63 atcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaagcatataataaat 162  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||| |||  || ||| ||||| | |||| || ||||||||||||||  ||||    
T  12579559 atcttggtcaattccaaattgtatagacactctatgtcgaagatattgctctataggcttaaatccaacaagctcaaaatctctcaagcatatagaaaat 12579658  T
Q  163 gagagca-tttgtttatcgaccaaacctttcttatatggtacccaaatttcgtcatttggataa 225  Q
     | || | ||| |||||   ||||| | |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  12579659 caaagtattttttttat---ccaaatccttcttaaatggtacccaaatttcattatttggataa 12579719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 12497796 - 12497726
Alignment:
Q  60 aacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaa 130  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||| || ||| || |||||||| ||||||| ||||    
T  12497796 aacatcttaatcaattccaaattgcatacaaactctatgcggaagacatagctcaatatactcaaatccaa 12497726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 60 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 12521661 - 12521591
Alignment:
Q  60 aacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaa 130  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||  ||||||||| || ||| || |||||||| ||||||| ||||    
T  12521661 aacatcttaatcaattccaaattgcatacaaactctatgcggaagacatagctcaatatactcaaatccaa 12521591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 60 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 12581911 - 12581822
Alignment:
Q  60 aacatcttgatcaatttcaaattgcatagcaactctatgtggtagatattgctcaataaactcaaacccaactaactcagaaactctcaa 149  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| | ||| || |||| ||| ||||||| ||||  | || ||||||||||||    
T  12581911 aacatcttgatcaattccaaattgcataaaaactgtatgtcgaagacatagctctatatactcaaatccaataagcttagaaactctcaa 12581822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University