View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13665_low_3 (Length: 508)

Name: NF13665_low_3
Description: NF13665
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13665_low_3
NF13665_low_3
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (10-508)||(2807380-2807878)
chr3 (31-508)||(2759327-2759804)
chr3 (24-504)||(2855351-2855831)
chr3 (24-508)||(2838141-2838625)
chr3 (33-508)||(2818670-2819145)
chr3 (37-508)||(5412999-5413470)
chr3 (37-508)||(2769182-2769653)
chr3 (20-508)||(2797474-2797962)
chr3 (24-508)||(2749108-2749592)
chr3 (37-450)||(2790491-2790904)
chr3 (70-184)||(3201381-3201495)
chr3 (70-156)||(3722009-3722095)
chr3 (70-118)||(3197940-3197988)
[»] scaffold0691 (1 HSPs)
scaffold0691 (31-508)||(5700-6177)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 479; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2807878 - 2807380
Alignment:
Q  10 tcgaagaatatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgttt 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807878 tcgaacaatatctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcgaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgttt 2807779  T
Q  110 ggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807778 ggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctt 2807679  T
Q  210 tattgttgttaggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcct 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2807678 tattgttgttaggcatagcaaattcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcct 2807579  T
Q  310 cacttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaac 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807578 cacttctacaatcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaac 2807479  T
Q  410 cctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2807478 cctctcacagtgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 2807380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2759804 - 2759327
Alignment:
Q  31 agcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttg 130  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2759804 agcctcaagctccggtggacaacgccctccaagatcatatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttg 2759705  T
Q  131 tgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaa 230  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||    
T  2759704 tgaacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcataattctagtggtgattatgatcctactacctttgttgttattaggcatggcaa 2759605  T
Q  231 attcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatcagtgattt 330  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||| || |||  |||||||||  |    
T  2759604 attcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctgtaatcagtgacct 2759505  T
Q  331 gtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattga 430  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||    
T  2759504 gtcatccattttgtgtaacttctttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgcgccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattga 2759405  T
Q  431 gaaactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    |||||| ||||||||||  | |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2759404 gaaactacgatgcaagcttgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtt 2759327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 24 - 504
Target Start/End: Original strand, 2855351 - 2855831
Alignment:
Q  24 ttgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttg 123  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2855351 ttgacacagcctcaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttg 2855450  T
Q  124 caagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggc 223  Q
    || ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2855451 caggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggc 2855550  T
Q  224 atagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatca 323  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||    
T  2855551 atggcaaattcaacctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaataccaaatacctcttatgttgcaggtattgccttacttgtataatca 2855650  T
Q  324 gtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgta 423  Q
    |||| | |||||||| |||| | ||| |   ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2855651 gtgactggtcatccattttgtgcaacatcagtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgta 2855750  T
Q  424 tgattgagaaactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagt 504  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  2855751 tgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgttgttaccttttggctgtcaaaaattagcttggcaagagt 2855831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 24 - 508
Target Start/End: Original strand, 2838141 - 2838625
Alignment:
Q  24 ttgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttg 123  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2838141 ttgacacagccttaagctctggtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatactttcttacagaagagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttg 2838240  T
Q  124 caagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggc 223  Q
    || ||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2838241 caggttatgaatatgagttagaaaggatttcttgaaaaattctgcaacatgcatcattctagtagtgattatgatcctactacctttattgttattaggc 2838340  T
Q  224 atagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatca 323  Q
    || ||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  2838341 atggcaaattcaatctggtcggaaaaatcttcttgccaaacatcatcaaagaatatcaagtacctcttatgttggaggtattgcctcacttcttcaatca 2838440  T
Q  324 gtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgta 423  Q
    |||| | |||||||  |||| | ||| | | ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2838441 gtgactggtcatcctttttgtgcaacatctgtggaagagggtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgta 2838540  T
Q  424 tgattgagaaactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    |||||||||||||| || |||||||   |||||||||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2838541 tgattgagaaactgtgacgcaagcataacaatcaaagtttgctgttaccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtt 2838625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 33 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2819145 - 2818670
Alignment:
Q  33 cctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtg 132  Q
    ||||||| |||||||||||  | ||| |||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2819145 cctcaagttccggtggacaacgaccaccaagctcagacctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtg 2819046  T
Q  133 aacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaat 232  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  2819045 aacatgaactagaaatgatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattcttgtggtgattatgatcctactacctttgttgttattgggcatggcaaat 2818946  T
Q  233 tcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatcagtgatttgt 332  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||||| ||| || |||| ||||||| |  |||    
T  2818945 tcaacctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatattaaatacctcttatgttctaggtatttccttacctctataatcagtaacctgt 2818846  T
Q  333 catccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgaga 432  Q
    |||||| |||||||||  | | | ||  ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||||||    
T  2818845 catccattttgcgtaaaatctctagatcagggtcttcagcttcctgataaaattgctccatcatttttatcagtaatcctctcacagtgtatgattgaga 2818746  T
Q  433 aactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    |||| |||||||||| || |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2818745 aactacgatgcaagctcgacaatcaaactgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtt 2818670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 37 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 5413470 - 5412999
Alignment:
Q  37 aagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaaca 136  Q
    |||||||| |||||| | |||| |||| ||||||| ||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  5413470 aagctccgatggacaattcccaccaagttcaaatccaaacaccttcttgcagtaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttgcaggttgtgaaca 5413371  T
Q  137 tgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaattcaa 236  Q
    |  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  5413370 tatactagaaaggattttttgaaaaaatccgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctactacctttattgtttttaggcatcgcaaattcaa 5413271  T
Q  237 cttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatc 336  Q
    | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||   ||||||    
T  5413270 cctggtcagagaaatcttgttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataatcagtgaccggtcatc 5413171  T
Q  337 caatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaact 436  Q
    || |||| ||||| | |  ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5413170 cattttgtgtaacatctgcggaagagagtcttcagttccccgacaaaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgtatgattgagaaact 5413071  T
Q  437 gcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    |  | ||||||||  ||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5413070 gttacgcaagcacaacaatcaaagtgtgctgataccttttggctttcaaaaactagcttggcaagagtggtt 5412999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 37 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2769653 - 2769182
Alignment:
Q  37 aagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaaca 136  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||  |||||    
T  2769653 aagctctggtggacattgcccatcaagttcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgttaggaggcaaaagttgcatgttaagaaca 2769554  T
Q  137 tgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaattcaa 236  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| | ||||||||    
T  2769553 tgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacatgcatcattcttgtggttattatgatcctactacgtttattgttatttggcatggaaaattcaa 2769454  T
Q  237 cttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatc 336  Q
    | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| || ||||  | ||||||  |||||||    
T  2769453 cctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgtaggtatttccttacctctattaccagtgacatgtcatc 2769354  T
Q  337 caatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaact 436  Q
    || |||| ||||| | ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2769353 cattttgtgtaacatctttagcagaggttcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatttttatcagtaaccctctcacagtgtatgattgagaaact 2769254  T
Q  437 gcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    | |||||||||||| |||||||||| ||  |||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||    
T  2769253 gtgatgcaagcacgacaatcaaagtttgcagttaccttttggctgtcataaactagtttggcaagagtggtt 2769182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 20 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2797962 - 2797474
Alignment:
Q  20 tctattgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaa 119  Q
    ||||||||||| |  | |||||| |||||||| |||||| |||  |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  2797962 tctattgacatggagttaagctctggtggacaatgcccaccaacctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgatttgtttggtgtcaaaa 2797863  T
Q  120 gttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgtt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| |  |||| ||||| ||    
T  2797862 gttgcaagttgtgaacatgaacttgaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctcgtggtgatgatgatcctatttgctttgttgttatt 2797763  T
Q  220 aggcatagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctaca 319  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||| || |    
T  2797762 aggcatggcaaattcaacctggtcagaaaagtcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatactttttatgttgcaggtattgcctcacttgtata 2797663  T
Q  320 atcagtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacag 419  Q
    |||| ||| |||||||||| |||| ||||| | |    |||||||  |||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||  | ||| ||||| |    
T  2797662 atcaatgacttgtcatccattttgtgtaacatctgcaaaagagggctttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacgg 2797563  T
Q  420 tgtatgattgagaaactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||    
T  2797562 tgtatgattgagaaactgtgatgcaagcacgacaatcaaattttgttgttaccttttgactgtcgaaaactagcttggcaagagtggtt 2797474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 24 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 2749592 - 2749108
Alignment:
Q  24 ttgacatagcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttg 123  Q
    |||||| ||||||||| || | |||||| || ||| |||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2749592 ttgacacagcctcaagttctgatggacaatgtccaccaagctcatatctaaatactctcttgcagaaaagttcccatgctttgtttggaggcaaaagttg 2749493  T
Q  124 caagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggc 223  Q
    || |||||||| ||||  |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| || |||    
T  2749492 caggttgtgaatatgagttagaaaggattttttgaaaaaatctgcaacatacatcattctagtggtgatgataatcctactacctttattgttatttggc 2749393  T
Q  224 atagcaaattcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatca 323  Q
    || ||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |    
T  2749392 atggcaaattgaacctggtccgcaaaatcttcttgccatacgtcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataatta 2749293  T
Q  324 gtgatttgtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgta 423  Q
    |||| | |||||||| |||| ||||| | |   |||||| ||||| |||   | |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  2749292 gtgactggtcatccattttgtgtaacatctgcagaagagagtctttagtactccgacagaattgctccatcatgtttatcaacaaacctctcacagtgta 2749193  T
Q  424 tgattgagaaactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
     ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  2749192 agattgagaaactgtgacgcaagcacgacaatcaaagtgtgctgatacctttttgctttcaaaaactagcttggcaagagtggtt 2749108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 37 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 2790904 - 2790491
Alignment:
Q  37 aagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaaca 136  Q
    |||||| |||||||| |||||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  2790904 aagctctggtggacaatgcccaccaagctcaaatctgaatgctttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggtgtcaaaagttgcaagttgtgaaca 2790805  T
Q  137 tgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaaattcaa 236  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || || || ||||||||||    
T  2790804 tgaactagaaaagatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagtggtgattatgatcctacaacctttattgttatttggaatggcaaattcaa 2790705  T
Q  237 cttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatcagtgatttgtcatc 336  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| || |||||||||||||| || ||| ||||| ||||||||    
T  2790704 tctggtcggaaaaatcttcttgccatacatcatcgaagaatatcaaatactttttatgtttcaggtattgcctcacttgtagaatgagtgacttgtcatc 2790605  T
Q  337 caatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattgagaaact 436  Q
    || |||| ||||| | |    ||||||| ||||||||||   |||||||| |||||||||||| ||||  | ||| ||||| ||| |||||||||||||     
T  2790604 cattttgtgtaacatctgcaaaagagggccttcagtttcgctacaaaattcctccatcatgttgatcaatatccccctcacggtgaatgattgagaaacg 2790505  T
Q  437 gcgatgcaagcacg 450  Q
    | ||||||||||||    
T  2790504 gtgatgcaagcacg 2790491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 3201495 - 3201381
Alignment:
Q  70 tctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgca 169  Q
    ||||||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| |||| | || ||||| |||||| ||||| |||||||| ||| | || ||     
T  3201495 tctaaatgccttgttgcaaaacagttcccacgctttgtttggaggcaaaggttgtaggtggtgaatatgaacaagaaaagatttcttaaaatattcagct 3201396  T
Q  170 acttgcatcattcta 184  Q
    || ||||||||||||    
T  3201395 acatgcatcattcta 3201381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 70 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 3722095 - 3722009
Alignment:
Q  70 tctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttgtgaacatgaactagaaaggatttctt 156  Q
    ||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |  | ||||| ||||||  |||| ||||||||    
T  3722095 tctaaataccttgttgcaaaacagttcccatgctttgtttggaatcaaaggttgtagttcgtgaatatgaacaggaaaagatttctt 3722009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 70 - 118
Target Start/End: Original strand, 3197940 - 3197988
Alignment:
Q  70 tctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaa 118  Q
    ||||||| | || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  3197940 tctaaatgccttgttgcaaaacagttcccatgctttgtttggagtcaaa 3197988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0691 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: scaffold0691
Description:

Target: scaffold0691; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 31 - 508
Target Start/End: Original strand, 5700 - 6177
Alignment:
Q  31 agcctcaagctccggtggacagtgcccatcaagatcaaatctaaatactttcttgcagaagagttcccatgctttgtttggagtcaaaagttgcaagttg 130  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||  |||    
T  5700 agcctcaagctcaagtggacaatgcccaccaggttcaaatctaaatacttttttgcagaagagttcccatactttgtttggaggcaagagttgcagtttg 5799  T
Q  131 tgaacatgaactagaaaggatttcttgaaaaaatctgcaacttgcatcattctagttgtgattatgatcctactacctttattgttgttaggcatagcaa 230  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||  |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5800 tgaacatgaactataaaggatttcttgaaaaattcggcaacaagcatcattcttgtggtgattataatcctactacctttattgttattaggcatggcaa 5899  T
Q  231 attcaacttggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaagtattgcctcacttctacaatcagtgattt 330  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||| ||    
T  5900 attcaacctggtcagaaaaatcttcttgccatacatcatcaaagaatatcaaatacctcttatgttgcaggtattgcctcacttctataattaatgactt 5999  T
Q  331 gtcatccaatttgcgtaacttatttggaagagggtcttcagtttcctgacaaaattgctccatcatgtttatcatcaaccctctcacagtgtatgattga 430  Q
    |||||||| |||| ||||| | |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||| ||||    
T  6000 gtcatccattttgtgtaacatttgcggaagagggtcttcagtttcccgacaaaattgctccatcatgtttatgagtaaccctctcacggtgtatgtttga 6099  T
Q  431 gaaactgcgatgcaagcacggcaatcaaagtgtgttgttaccgtttggctatcaaaaactagcttggcaagagtggtt 508  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6100 gaaactgcgatgcaagcacgacaatcaaattgtgttgttaccttttggctgtcaaaaactagcttggcaagagtggtt 6177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University