View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13672_low_3 (Length: 613)
Name: NF13672_low_3
Description: NF13672
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13672_low_3 |
 | |
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| [»] scaffold0657 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 1203605 - 1203037
Alignment:
| Q |
19 |
tgttttagtatacaaggcattcaaagagtttggacctcctccaatgttattttctttggcttgacatttttctgttattaaattgatgatctaaatttac |
118 |
Q |
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| T |
1203605 |
tgttttagtatacaaggcattcaaagagtttggacctcctccaatgttattttctttgtcttgacatttttctgttattaaattgatgatctaaatttac |
1203506 |
T |
|
| Q |
119 |
ttgtatatatgacttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcaacaattgaatagtttggtgtcatatagtctctttaattctcttatggtgtggatatat |
218 |
Q |
| |
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| T |
1203505 |
ttgtatatatgacttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcagcaattgaatagtttggtgtcatatagtctctttaattctctcatggtgtggatatat |
1203406 |
T |
|
| Q |
219 |
agtttgctaatatatagtttaatgaattgcaatcttggattattggttatttgaatggatgatgggatatttgttttctttattggttaagaaaaataaa |
318 |
Q |
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| T |
1203405 |
aggttgctaatatatagtttaatgaattgcaatcttggattattggttatttgaatggatgatgggatatttgttttctttattggttaagaaaaataaa |
1203306 |
T |
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| Q |
319 |
agcattctcttttggtgtcaatgatatatgagtattagaagtcaactgtacataaatatttagttatgtttaggatctatttgactaatttttatacatg |
418 |
Q |
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| T |
1203305 |
agcattctcttttggtgtcattgatatatgagtattagaagtcaactgtacataaatatttagttatgtttaggatctatttgactaatttttatacatg |
1203206 |
T |
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| Q |
419 |
aaattgtagaggtaggaaccattactggaattaaatttgtggtatcttgcattgtggtgtgaatagttttgaggtgtggactgctttatattaagatata |
518 |
Q |
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| T |
1203205 |
aaattgtagaggtaggaaccattactgaaattaaatttgtggtatcttgcattgtggtgtgaatagttttgaagtgtggactgctttatattaagatata |
1203106 |
T |
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| Q |
519 |
aagtcttatttatgtttgtttgatacatttgtctatcccttttgtgattgcacattgtccttcatataa |
587 |
Q |
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| T |
1203105 |
aagtcctatttatgtttgtttgatacatttgtctatcccttttgtgattgcacattgtcctttatataa |
1203037 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 19814640 - 19814115
Alignment:
| Q |
63 |
tgttattttctttggcttgacatttttctgttattaaattgatgatctaaatttacttgtatatatgacttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcaac |
162 |
Q |
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| T |
19814640 |
tgttattttctttgtcttgacatttttctgttattaaattgatgatctaaatgtacttgtatatatgacttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcagc |
19814541 |
T |
|
| Q |
163 |
aattgaatagtttggtgtcatatagtctctttaattctcttatggtgtggatatatagtttgctaatatatagtttaatgaattgcaatcttggattatt |
262 |
Q |
| |
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| T |
19814540 |
aattgaatagtttggtgtcatatagtctctttaattctctcatggtgtggatatataggttgctaatatatagtttaatgaattgcaatcttggattatt |
19814441 |
T |
|
| Q |
263 |
ggttatttgaatggatgatgggatatttgttttctttattggttaagaaaaataaaagcattctcttttggtgtcaatgatatatgagtattagaagtca |
362 |
Q |
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| T |
19814440 |
ggttatttgaatggatgatgggatatttgttttctttattggttaaggaaaataaaagcattctcttttggtgtcaatgatatatgagtattagaagtca |
19814341 |
T |
|
| Q |
363 |
actgtacataaata-tttagttatgtttaggatctatttgactaatttttatacatgaaattgtagaggtaggaaccattactggaattaaatttgtggt |
461 |
Q |
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| T |
19814340 |
actgtacataaatattttagttatgtttaggatctatttgactaatttttatacatgaaattgtagaggtaggaaccattactggaattaaatttgtggt |
19814241 |
T |
|
| Q |
462 |
atcttgcattgtggtgtgaatagttttgaggtgtggactgctttatattaagatataaagtcttatttatgtttgtttgatacatttgtctatccctttt |
561 |
Q |
| |
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| T |
19814240 |
atcttgcattgtggtgtgaatagttttgaggtgtggactgctttatattaagatataaagtcctatttatgtttgtttgatacatttgtctatccctttt |
19814141 |
T |
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| Q |
562 |
gtgattgcacattgtccttcatataa |
587 |
Q |
| |
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| T |
19814140 |
gtgattgcacattgtccttcatataa |
19814115 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0657 (Bit Score: 486; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0657
Description:
Target: scaffold0657; HSP #1
Raw Score: 486; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 63 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 8475 - 7950
Alignment:
| Q |
63 |
tgttattttctttggcttgacatttttctgttattaaattgatgatctaaatttacttgtatatatgacttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcaac |
162 |
Q |
| |
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| T |
8475 |
tgttattttctttgtcttgacatttttctgttattaaattgatgatctaaatgtacttgtatatatgatttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcagc |
8376 |
T |
|
| Q |
163 |
aattgaatagtttggtgtcatatagtctctttaattctcttatggtgtggatatatagtttgctaatatatagtttaatgaattgcaatcttggattatt |
262 |
Q |
| |
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| T |
8375 |
aattgaatagtttggtgtcatatagtctctttaattctctcatggtgtggatatataggttgctaatatatagtttaatgaattgcaatcttggattatt |
8276 |
T |
|
| Q |
263 |
ggttatttgaatggatgatgggatatttgttttctttattggttaagaaaaataaaagcattctcttttggtgtcaatgatatatgagtattagaagtca |
362 |
Q |
| |
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| T |
8275 |
ggttatttgaatggatgatgggatatttgttttctttattggttaaggaaaataaaagcattctcttttggtgtcaatgatatatgagtattagaagtca |
8176 |
T |
|
| Q |
363 |
actgtacataaata-tttagttatgtttaggatctatttgactaatttttatacatgaaattgtagaggtaggaaccattactggaattaaatttgtggt |
461 |
Q |
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| T |
8175 |
actgtacataaatattttagttatgtttaggatctatttgactaatttttatacatgaaattgtagaggtaggaaccattactggaattaaatttgtggt |
8076 |
T |
|
| Q |
462 |
atcttgcattgtggtgtgaatagttttgaggtgtggactgctttatattaagatataaagtcttatttatgtttgtttgatacatttgtctatccctttt |
561 |
Q |
| |
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|
|
| T |
8075 |
atcttgcattgtggtgtgaatagttttgaggtgtggactgctttatattaagatataaagtcctatttatgtttgtttgatacatttgtctatccctttt |
7976 |
T |
|
| Q |
562 |
gtgattgcacattgtccttcatataa |
587 |
Q |
| |
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|
| T |
7975 |
gtgattgcacattgtccttcatataa |
7950 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 68 - 576
Target Start/End: Original strand, 42862544 - 42863089
Alignment:
| Q |
68 |
ttttctttggcttgacattttt-ctgttattaaattgatgatctaaatttacttgtatatat--gacttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcaacaa |
164 |
Q |
| |
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|||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
42862544 |
ttttttttgtcttgacattttttctgttattaaattgatgatctaaatgtacttgtatatatatggcttcttgaagatgttaagcgtgaatctgcagcaa |
42862643 |
T |
|
| Q |
165 |
ttgaatagtttggtgtcatatagtctctttaattctcttatggtgtggatatatagtttgctaatatatag------------------tttaatgaatt |
246 |
Q |
| |
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|||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |
|
|
| T |
42862644 |
ttgagtagtttgttgtcatatagtctctttaattctttcatggtgtggatatataggttgctaatatatagattattttgtttatgatgtttattgaatt |
42862743 |
T |
|
| Q |
247 |
gcaatcttggattattggttatttgaatggatgatgggatatttgtttt-ctttattggttaagaaaaataaaagcatt-ctcttttggtgtcaatgata |
344 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42862744 |
gcaatcttggattattggttatttgaatggatgatgggatatttgtttttctttattggttaagaaaaataaaatcatttctcttttggtgtcaatgata |
42862843 |
T |
|
| Q |
345 |
tatga-gtattagaagtcaactgtacataaatatttagttatgtt-------------taggatctatttgactaatttttatacatgaaattgtagagg |
430 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42862844 |
tatgaagtattagaagtcaactgtacatgaatatctagttatgtttatgatttttgtttaggatctatttgattaatttttatacatgaaattgtagagg |
42862943 |
T |
|
| Q |
431 |
taggaaccattactggaattaaatttgtggtatcttgcattgtggtgtgaatagttttgaggtgtggactgctttatattaagatataaagtcttattta |
530 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
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|
| T |
42862944 |
taggaaccattactggagttaaatttgtggtatgttgcattgtggtgtgaatagttttgatgtgtggactgctttatattaagatataaagtcctattta |
42863043 |
T |
|
| Q |
531 |
tgtttgtttgatacatttgtctatcccttttgtgattgcacattgt |
576 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
42863044 |
tgtttgtttgatacattggtctatcccttttgtgattgcacattgt |
42863089 |
T |
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Back To:
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