View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13675_high_1 (Length: 601)

Name: NF13675_high_1
Description: NF13675
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13675_high_1
NF13675_high_1
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (1-588)||(26397210-26397797)
chr2 (2-417)||(26459911-26460329)
chr2 (5-573)||(25829782-25830350)
chr2 (287-578)||(19219724-19220015)
chr2 (491-576)||(19217538-19217623)
[»] scaffold0182 (1 HSPs)
scaffold0182 (1-588)||(29495-30082)
[»] scaffold0006 (1 HSPs)
scaffold0006 (1-588)||(276605-277192)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (17-573)||(20645960-20646524)
chr4 (2-567)||(56108249-56108814)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-567)||(26014016-26014581)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (2-567)||(6965521-6966089)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (5-413)||(33002239-33002646)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (2-174)||(845527-845699)
chr1 (15-369)||(30400105-30400453)
chr1 (15-369)||(30406662-30407010)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 556; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 26397797 - 26397210
Alignment:
Q  1 ctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaattta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26397797 ctttgccacaatggccaaacaacacggaagatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaattta 26397698  T
Q  101 gaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtg 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397697 gaatcaggagatgcaaaggcaatgctgtagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtg 26397598  T
Q  201 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397597 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtgatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataa 26397498  T
Q  301 aatgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatgg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26397497 aatgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcaaatgg 26397398  T
Q  401 ttgatgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397397 ttgatgaaaacatggcttaaggcaatgggtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttc 26397298  T
Q  501 caaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaataatgaagattt 588  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26397297 caaatacccaacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaataatgaagattt 26397210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 2 - 417
Target Start/End: Original strand, 26459911 - 26460329
Alignment:
Q  2 tttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttag 101  Q
    ||||||||| | || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||   ||||||||||| |||||||||| ||| |    
T  26459911 tttgccacacttgcgaaacaacacggagggtatgagaaagttggttgcttggagaaagatattaaaaatcttttagataaggatcgtcgtttgactttgg 26460010  T
Q  102 aatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatg---atgatggtcg 198  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | || || || ||||||| || ||||| ||||||||||||||||  | ||||||||||   ||||||||||    
T  26460011 aatcaggagatgcaaatgcaatgttggaatgttgtacgcttatgcaaaaacaaaatccaagattcttttatgcgatggatttggatgatgatgatggtcg 26460110  T
Q  199 tgtaaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatat 298  Q
    | | ||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26460111 tctgaaaaatgtattttggatggatgcaaatggtatagatgattacaaagagtttggagatgtgatatcttttgatacaacatatatcacaaacaaatat 26460210  T
Q  299 aaaatgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaat 398  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||    
T  26460211 aaaatgtcatttgctcccttcattggtgtgaataatcactttcaatcaagattgcttggttgtgcattactagcaaatgagacctcggagactttcacat 26460310  T
Q  399 ggttgatgaaaacatggct 417  Q
    || |||||||||| |||||    
T  26460311 gggtgatgaaaacttggct 26460329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 5 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 25830350 - 25829782
Alignment:
Q  5 gccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttagaat 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  || | ||||||||||||||  |||||||| | ||||||||    |||||||||   ||||| |    
T  25830350 gccacaatggccaaacaacatggagggtatgaaaacattagctgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcgtttggcattagagt 25830251  T
Q  105 caggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaa 204  Q
    | ||||| ||||   ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||     
T  25830250 cgggagaagcaacaacaatgttggagtgttttatgcttatgcaagaagaaaatcctagatttttttatgcaattgatttggatgatgaagatcgtgtaag 25830151  T
Q  205 aaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataaaatg 304  Q
    |||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||| || | ||| |||||||||||||| || || |||| |    
T  25830150 aaatgtgttttggatggatgcaaaaggtagagatgattataaagaatttggagatgtgatttcattcggtacaacatatatcacaaataagtacaaaacg 25830051  T
Q  305 ccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatggttga 404  Q
     |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||   | ||||||| ||  | | ||||   |||||||    
T  25830050 tcatttgctccttttattggtgtgaataatcactttcagtcaaggttacttggttgcgctttacttatagatgagacgtcaaataatttcacttggttga 25829951  T
Q  405 tgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttccaaa 504  Q
    |||||||| |||| |  |||||| | ||||||||||||| |||||| |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||    |||| ||||||||    
T  25829950 tgaaaacaaggctcagagcaatgggcgggaaacctccaactgcaataataacttatcaagatagagcaatgaaagtggcgattagttaggtgtttccaaa 25829851  T
Q  505 tacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataag 573  Q
     || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  25829850 cactcgacaccgattttgtctttggcatatactaagaaaggttcatgagaagcttggtcatgtaataag 25829782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 287 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 19220015 - 19219724
Alignment:
Q  287 acaaacaaatataaaatgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctg 386  Q
    ||||| || ||||||||| ||| | |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||   ||||||||| | || |||||||      
T  19220015 acaaataagtataaaatgtcatgttctccttttattggtgtgaataataactttcagtcaaggttacttggttacacattactagtagattagacctcaa 19219916  T
Q  387 agagtttcgaatggttgatgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctat 486  Q
    | | | ||  |||| |||||||||||||||| ||  |   | | |  |||||||||| |||||| |||  ||| ||||| |||||||| |||||| ||||    
T  19219915 atactctcatatggatgatgaaaacatggctcaaaacgtcgggcgtaaaacctccaattgcaataatatgtgatcaagatagagcaataaaagtgactat 19219816  T
Q  487 tgaagaggtatttccaaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaata 578  Q
       |||| |||||||||| || | |||  | |||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| || |||||||| |||||||||    
T  19219815 cagagagatatttccaaacactcaacactgattttgtctttggcatatacttagaaatgttcttgagaagttttgtcatgtattaagaaata 19219724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 491 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 19217623 - 19217538
Alignment:
Q  491 gaggtatttccaaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaa 576  Q
    |||||||||||||| || |||||| | |||| ||||||| ||||||||||||| || | ||||||| || |||||||| |||||||    
T  19217623 gaggtatttccaaacactcgacattgattttatctttggtatatacttagaaatgttcttgagaagtttagtcatgtattaagaaa 19217538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0182 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0182
Description:

Target: scaffold0182; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 30082 - 29495
Alignment:
Q  1 ctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaattta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  30082 ctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgttgtttgaattta 29983  T
Q  101 gaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  29982 gaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcatg 29883  T
Q  201 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29882 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtgatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataa 29783  T
Q  301 aatgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatgg 400  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29782 aataccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattaatcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatgg 29683  T
Q  401 ttgatgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29682 ttgatgaaaacatggcttaaggcaatatgtgggaaacctccaaatccaatgataacttaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttc 29583  T
Q  501 caaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaataatgaagattt 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29582 caaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaataatgaagattt 29495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 548; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 548; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 277192 - 276605
Alignment:
Q  1 ctttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaattta 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  277192 ctttgccacaatggccaaacaacacggaagatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattatttagataaggaccgtcgtttgaattta 277093  T
Q  101 gaatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtg 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  277092 gaatcaggagatgcaaaggcaatgctgaagtattttatacgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtg 276993  T
Q  201 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataa 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  276992 taaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtgatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataa 276893  T
Q  301 aatgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatgg 400  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  276892 aatgccatttgctacattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcaaatgg 276793  T
Q  401 ttgatgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  276792 ttgatgaaaacatggcttaaggcaatgggtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttc 276693  T
Q  501 caaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaataatgaagattt 588  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  276692 caaatacccaacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataagaaataatgaagattt 276605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 302; Significance: 1e-169; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 17 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 20646524 - 20645960
Alignment:
Q  17 aaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttagaatcaggagatgcaa 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||   ||||||||||| | |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  20646524 aaacaacacggaggatatgagaaagttggttgctcggagaaagatattagaaatcttttagataaggatcatcgtttgactttggaatcaggagatgcaa 20646425  T
Q  117 atgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtattttg 216  Q
    |||||||| |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  20646424 atgcaatgttggagtgttttacgcttatgcaagaaaaaaattcaagattcttttatgcgatggatttggatgatgatggtcgtctgaaaaatgtattttg 20646325  T
Q  217 ggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataaaatgccatttgctcca 316  Q
    |||||||| ||| |||| ||||||||| |||| |||||||||||| || || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20646324 ggtggatgcaaatggtatagatgattacaaagagtttggagatgtgatatcttttgatacaacatatatcacagacaaatataaaatgccatttgctcca 20646225  T
Q  317 ---------ttcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatggttgatga 407  Q
             |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||||| |||    
T  20646224 tttgctcccttcattggtgtgaataatcactttcaatcaagattgcttggtggtgcattactagcaaatgagacctcagagactttcacatggttggtga 20646125  T
Q  408 aaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttccaaatac 507  Q
    |||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| | | ||| |||||||| |    
T  20646124 aaacttggcttaggacaatgggtgggaagcctccaaatgcaataataactgaccaagacagagcaatgaaagtagttattgcaaatgta-ttccaaatgc 20646026  T
Q  508 ccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgtaataag 573  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||| |||||    
T  20646025 tcgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaagtgcctgaaaaactcggtcatgttataag 20645960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 2 - 567
Target Start/End: Original strand, 56108249 - 56108814
Alignment:
Q  2 tttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttag 101  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |  || ||||||  |||||    
T  56108249 tttgccacaatggccaaagaatatggaggatatgaaaacattggttgcttggagaaagatgtaagaaaccatttagataaaggtcggcgtttggctttag 56108348  T
Q  102 aatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgt 201  Q
    |||| |||||||||||||||||| | || | ||||||||  ||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  |    
T  56108349 aatctggagatgcaaatgcaatgttagattgttttatgctcatgcaagaagaaagtccaggattcttttatgcaattgatatggatgatgagggtcgcat 56108448  T
Q  202 aaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataaa 301  Q
     |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  56108449 gaaaaatgtattttgggtggatgcaaaaggtagagaagactatcaagagtttggagatgtgatttcatttgatactacatatatcacaaataagtacaaa 56108548  T
Q  302 atgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatggt 401  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||  || ||||||||    | | ||||  |||||    
T  56108549 atgccatttgctccttttattggtgtaaacaatcactttcaatcaaggttacttggctgtgcattactctcagatgagaccaagaacactttcatatggt 56108648  T
Q  402 tgatgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttcc 501  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  56108649 tgatgaaaatatggcttagagcaatgggtggaaaacctccaaatgcaatcataactgatcaagatagagcaatgaaagaggctattaaagaggtatttcc 56108748  T
Q  502 aaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgt 567  Q
    |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  56108749 aaattctcgacatcgattttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttagtcatgt 56108814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 2 - 567
Target Start/End: Original strand, 26014016 - 26014581
Alignment:
Q  2 tttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttag 101  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |  || ||||||  |||||    
T  26014016 tttgccacaatggccaaagaatatggaggatatgaaaacattggttgcttggagaaagatgtaagaaaccatttagataaaggtcggcgtttggctttag 26014115  T
Q  102 aatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgt 201  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||||||||||| | || |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  |    
T  26014116 aatctggagatgcaaatgcaatgttggattgttttatgctcatgcaagaagaaagtccaggattcttttatgcaattgatatggatgatgagggtcgcat 26014215  T
Q  202 aaaaaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataaa 301  Q
     |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||| ||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  26014216 gaaaaatgtattttgggtggatgcaaaaggtagagaagactatcaagagtttggagatgtgatttcatttgatactacatatatcacaaataagtacaaa 26014315  T
Q  302 atgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatggt 401  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||  || |||||||     | | ||||  |||||    
T  26014316 atgccatttgctccttttattggtgtaaacaatcactttcaatcaaggttacttggctgtgcattactctcagatgagactaagaacactttcatatggt 26014415  T
Q  402 tgatgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagaggtatttcc 501  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  26014416 tgatgaaaatatggcttagagcaatgggtggaaaacctccaaatgcaatcataactgatcaagatagagcaatgaaataggctattaaagaggtatttcc 26014515  T
Q  502 aaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgt 567  Q
    |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26014516 aaattctcgacatcgattttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttagtcatgt 26014581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 228; Significance: 1e-125; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 2 - 567
Target Start/End: Original strand, 6965521 - 6966089
Alignment:
Q  2 tttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttag 101  Q
    |||||||||||||||||| || | ||||||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||||  | |||||||| |  || ||||||  |||||    
T  6965521 tttgccacaatggccaaagaatatggaggatatgaaaca-ttggttgcttggagaaagatgtaagaaaccatttagataaaggtcggcgtttggctttag 6965619  T
Q  102 aatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgt 201  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||  ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||  |    
T  6965620 aatcaggagatgcaaatgcaatgttggattgttttatgctcatgcaagaagaaaatccaggattcttttatgcaattgatatggatgatgagggtcgcat 6965719  T
Q  202 aaaaaatgtattttgggt-ggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataa 300  Q
     ||||||||||||||||| | ||| ||| ||||||||  | ||| ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| || || ||    
T  6965720 gaaaaatgtattttgggtcgcatgcaaaaggtagagaacactatcaagagtttggagatgtgatttcatttgatactacatataccacaaataagtacaa 6965819  T
Q  301 aatgccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatgg 400  Q
    |||| |||||||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||  || ||||||||    | | ||||  ||||    
T  6965820 aatgtcatttgctccttttattggtgtaaacaatcactttcaatcaaggttacttggctgtgcattactctcagatgagaccaagaacattttcatatgg 6965919  T
Q  401 ttgatgaaaacatggcttaaggcaatgagtgggaaacctccaaatgcaatgataactgaccaagacagagcaatgaaagtggctattgaagag---gtat 497  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| |||||   ||||    
T  6965920 ttgatgaaaatatggcttagagcaatgggtggaaaacctccaaatgcaatcataactgatcaagatagagcaatgaaagaggctattaaagaggtagtat 6966019  T
Q  498 ttccaaatacccgacatcgtttttgtctttggcatatacttagaaaggtgcctgagaagcttggtcatgt 567  Q
    |||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  6966020 ttccaaattcttgacatcgattttgtctttggcatatacttagagaggtgcctgagaagcttagtcatgt 6966089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 165; Significance: 6e-88; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 5 - 413
Target Start/End: Original strand, 33002239 - 33002646
Alignment:
Q  5 gccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttagaat 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||  |||||||| | ||||||||    |||||||||   ||||| |    
T  33002239 gccacaatggccaaacaacatggagggtatgaaaacattggatgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcgtttggcattagagt 33002338  T
Q  105 caggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaa 204  Q
    | ||||||||||   ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||     
T  33002339 cgggagatgcaacaacaatgttggagtgttttatgcttatgcaagaagaaaatcctagatt-ttttatgcaattgatttggatgatgaagatcgtgtaag 33002437  T
Q  205 aaatgtattttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataaaatg 304  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||  ||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || || ||||||    
T  33002438 aaacgtattttgggtggatgcaaaaggtagagatgattatcaagaatttggagatgtgatttcattcgatacaacatatatcacaaataagtacaaaatg 33002537  T
Q  305 ccatttgctccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattactagcaaatgagacctctgagagtttcgaatggttga 404  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||| | |||||||||| || | ||||   |||||||    
T  33002538 ccatttgctccttttattggtgtgaataatcactttcagtcaaggttatttggttgcgctttactagtagatgagacctcggatactttcacttggttga 33002637  T
Q  405 tgaaaacat 413  Q
    |||||||||    
T  33002638 tgaaaacat 33002646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 93; Significance: 5e-45; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 845699 - 845527
Alignment:
Q  2 tttgccacaatggccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaatttag 101  Q
    ||||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||   ||||||||||| |||||||||| |||      
T  845699 tttgccacacttgcgaaacaacacggagggtatgagaaagttggttgctcggaaaaagatattataaatcttttagataaggatcgtcgtttgactttga 845600  T
Q  102 aatcaggagatgcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgc 174  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  845599 aatcaggagatgcaaatgcaatgttggagtgttttacgcttatgcaagaacaaaattcaagattcttttatgc 845527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 369
Target Start/End: Original strand, 30400105 - 30400453
Alignment:
Q  15 ccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaattt--agaatcaggagat 112  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||    |||| ||||  |||  ||| || |||||     
T  30400105 ccaaacaacatggatgatatgaaaacattggttgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcatttggctttttagagtcgggagac 30400204  T
Q  113 gcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtat 212  Q
    |||| ||||||| |||||| ||| |||| |||||||||| |||||   ||||| |||| ||   ||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||    
T  30400205 gcaactgcaatgttggagtgttt-atgcttatgcaagaataaaatcttagatttttttgtgtgattgatttagatgatgaggatcgtgtaagaaatgtat 30400303  T
Q  213 tttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataaaatgccatttgc 312  Q
    |||| || |||| ||| ||||||||||| ||| ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||       | |||||| ||||| | | || ||||  |    
T  30400304 tttgagtagatgtaaaaggtagagatgaatatcaagagtttgggaatgtgatttcgtttgatac-------aacacaaataaatacatagtgtcattccc 30400396  T
Q  313 tccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattact 369  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  30400397 tccttttattggtgagaataatcactttcggtcaaggttacttggttgcgcattact 30400453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 15 - 369
Target Start/End: Original strand, 30406662 - 30407010
Alignment:
Q  15 ccaaacaacacggaggatatgagaaagttggttgcttggagaaagatgttagaaattacttagataaggaccgtcgtttgaattt--agaatcaggagat 112  Q
    |||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||||||||||||||  |||||||| | ||||||||    |||| ||||  |||  ||| || |||||     
T  30406662 ccaaacaacatggatgatatgaaaacattggttgcttggagaaagacattagaaatcatttagataaaagtcgtcatttggctttttagagtcgggagac 30406761  T
Q  113 gcaaatgcaatgctggagtattttatgcgtatgcaagaagaaaattcaagattcttttatgcatttgatttggatgatgatggtcgtgtaaaaaatgtat 212  Q
    |||| ||||||| |||||| ||| |||| |||||||||| |||||   ||||| |||| ||   ||||||| |||||||| | |||||||| ||||||||    
T  30406762 gcaactgcaatgttggagtgttt-atgcttatgcaagaataaaatcttagatttttttgtgtgattgatttagatgatgaggatcgtgtaagaaatgtat 30406860  T
Q  213 tttgggtggatggaaagggtagagatgattataaagtgtttggagatgtaatttcctttgatactacatatatcacaaacaaatataaaatgccatttgc 312  Q
    |||| || |||| ||| ||||||||||| ||| ||| ||||||  |||| ||||| ||||||||       | |||||| ||||| | | || ||||  |    
T  30406861 tttgagtagatgtaaaaggtagagatgaatatcaagagtttgggaatgtgatttcgtttgatac-------aacacaaataaatacatagtgtcattccc 30406953  T
Q  313 tccattcattggtgtgaataatcactttcagtcaagattactcggttgtgcattact 369  Q
    ||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  30406954 tccttttattggtgagaataatcactttcggtcaaggttacttggttgcgcattact 30407010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University