View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13679_low_1 (Length: 800)

Name: NF13679_low_1
Description: NF13679
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13679_low_1
NF13679_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-791)||(3923503-3924275)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 745; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 745; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 791
Target Start/End: Complemental strand, 3924275 - 3923503
Alignment:
Q  19 atggagttcttatttgtaagggttgtaaaggtcatagactttcccaatatccataatctctatgtagaggtagtacttggaaacgtaaaagcaacaacat 118  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3924275 atggaattcttatttgtaagggttgtaaaggtcatagactttcccaatatccataatctctatgtagaggtggtacttggaaacgcaaaagcaacaacat 3924176  T
Q  119 ttttcttagaaaccagcaactcatcattgaaccaagtgtttgcttttgataatggaaaaaatagctctagcaacgtagatgttttcttgaaagacaggac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3924175 ttttcttagaaaccagcaactcatcattgaaccaagtgtttgcttttgataatggaaaaaatagctctagcaacgtagatgttttcttgaaagacaggac 3924076  T
Q  219 gtcaggtatgttcattggtcatgtaaagttcgctgttggtgatattccaaaaagggtgccaccagaatcttcattggcacctcaacggtatatgttagag 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3924075 gtcaggtatgttcattggtcatgtaaagttcgctgttggtgatattccaaaaagggtgccaccagaatcttcattggcacctcaacggtatacgttagag 3923976  T
Q  319 gatcaagctggtacgaaccttgctagaggggctatcatgttgtctatgtggtttggaacacaagcagatgaatattttcctcaagcatggtgttcagata 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3923975 gatcaagctggtacgaaccttgctagaggggctatcatgttgtctatgtggtttggaacacaagcagatgaatattttcctcaagcatggtgttcagata 3923876  T
Q  419 caacagagataactgatgattctgtttgctatactcgttctaaggtatatatgtcaccttcccttaggtatgtaaaggtcactgtgattcaagcagacga 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  3923875 caacagagataactgatgattctgtttgctatactcgttctaaggtatatatgtcaccttcccttaggtatgtaaaggtcactgtgattcaagcacacca 3923776  T
Q  519 tttgttactacaatttcctcctgagagttcggaattgtttgtccaagttggtttagggaagagtttttgtttgagaactagtttttctaaggaaaagagc 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3923775 tttgttactacaatttcctcctgagagttcggaattgtttgtccaagttggtttagggaagagtttttgtttgagaactagtttttctaaggaaaagagc 3923676  T
Q  619 gcgaaaccgttttggaatgaggatttgatgtttgttacacaagagcctttcgatgaagaacttgtcttgagcgttgagcaagtaagattagctgatcatg 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3923675 gcgaaaccgttttggaatgaggatttgatgtttgttacacaagagcctttcgatgaagaacttgtcttgagcgttgagcaagtaagattagctgatcatg 3923576  T
Q  719 tgaatgtgagtttgggtacatatacaactaatttgaataattcgaacgatgtggatttaagatttgatgatgt 791  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3923575 tgaatgtgagtttgggtacatatacaactaatttgaataattcgaacgatgtggatataagatttgatgatgt 3923503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University