View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1369-INSERTION-2 (Length: 820)

Name: NF1369-INSERTION-2
Description: NF1369
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1369-INSERTION-2
NF1369-INSERTION-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-738)||(49101533-49102262)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 738
Target Start/End: Original strand, 49101533 - 49102262
Alignment:
Q  7 agaactttccctaaatatctcttccacattaaatacactatctaccttttttatnnnnnnnnngttatttagagatagagtaatattgagttttttctaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49101533 agaactttccctaaatatctcttccacattaaatacactatctaccttttttataaaaaaaa-gttatttagagatagagtaatattgagttttttctaa 49101631  T
Q  107 taggctttactattgagctgttaa-----gtgtaaatgtgataagttaaagtaaattattgttgatattgaaaactcatcagggtccatgaaattcttgg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  49101632 taggctttactattgagctgttaatttaagtgtaaatgtgataagttaaagtaaattattgttgatattgaaaactcatcagggtccatgaaatttttgg 49101731  T
Q  202 tgagtatgttgtgaaagtctgaaagtgatgttggtttgaacttagatgcataagtgtgagaggaaaaatatgaaaagaagcgtgcatgagaggcagagtg 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49101732 tgagtatgttgtgaaagtctgaaagtgatgttggtttgaacttagatgcataagtgtgagaggaaaaatatgaaaggaagcgtgcatgagaggcagagtg 49101831  T
Q  302 aggtatgatttggagaaaagaggagttgcaaaaatgaaccttaaaagcccctttgtgatacaaatgggaccttatattaatcataagaatatccactcaa 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  49101832 aggtatgatttggagaaaagaggagttgcaaaaatgaaccttaaaagcccctttgtgatacaaatgggaccttatattaatcatcagaatatccactcaa 49101931  T
Q  402 tcttattcagtgtccattctttatctctttaaagcaacaatggccaacaaagc-aaaaaagatatcctttttccccccaaaacttttatcctacatgcta 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  49101932 tcttattcagtgtccattctttatctctttaaagcaacaatggccaacaaagcaaaaaaagatatcctttttcccccaaaaacttttatcctacatgcta 49102031  T
Q  501 accataatcatatcttttgtgcagcaagtcaatactatgttgttcacgcccattctattggaaaataattgacaatcctatactatactatgatctttag 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49102032 accataatcatatcttttgtgcagcaagtcaatactatgttgttcacgcccattctattggaaaataattgacaatcctatactatactatgatctttag 49102131  T
Q  601 agggtctcaaatctcaatatagtctccctatgctgaaaaacttcttgtcaaatggcaaaagtctttcannnnnnnnnnnatacaatacaatacaatacta 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |   ||||||||||||||||    
T  49102132 agggtctcaaatctcaatatagtctccctatgctgaaaaacttcttgtcaaatggcaaaagtctttcattttt-------ttttatacaatacaatacta 49102224  T
Q  701 ctaattaacaaattttgaagggtaattggttcaaattc 738  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49102225 ctaattaacaaattttgaagggtaattggttcaaattc 49102262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University