View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13697_low_3 (Length: 589)

Name: NF13697_low_3
Description: NF13697
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13697_low_3
NF13697_low_3
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (11-574)||(454097-454660)
chr8 (145-570)||(10685571-10685997)
chr8 (145-570)||(35743743-35744169)
chr8 (145-570)||(18866977-18867403)
chr8 (184-431)||(26299843-26300091)
chr8 (145-414)||(18856582-18856852)
chr8 (26-95)||(7094156-7094225)
chr8 (26-95)||(7097889-7097958)
chr8 (456-573)||(26299724-26299841)
chr8 (26-80)||(29822683-29822737)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (145-573)||(49090039-49090468)
chr7 (145-570)||(16883281-16883707)
chr7 (145-570)||(24262630-24263056)
chr7 (145-563)||(18412019-18412438)
chr7 (145-563)||(21644398-21644817)
chr7 (145-573)||(9186452-9186881)
chr7 (145-562)||(21987282-21987700)
chr7 (246-362)||(5818593-5818710)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (145-570)||(19347632-19348058)
chr2 (236-563)||(25394247-25394575)
chr2 (11-84)||(19215546-19215619)
[»] chr5 (11 HSPs)
chr5 (145-570)||(31398299-31398725)
chr5 (145-573)||(24556891-24557320)
chr5 (145-573)||(24597923-24598352)
chr5 (145-431)||(37557931-37558218)
chr5 (145-570)||(27448177-27448602)
chr5 (145-482)||(28836734-28837072)
chr5 (145-570)||(43595475-43595901)
chr5 (145-570)||(43628269-43628695)
chr5 (346-570)||(33789710-33789934)
chr5 (184-276)||(33789964-33790056)
chr5 (26-80)||(37806536-37806590)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (145-570)||(8515448-8515874)
chr3 (145-570)||(32478694-32479120)
chr3 (145-573)||(1309222-1309651)
chr3 (145-573)||(16262713-16263142)
chr3 (145-563)||(2673527-2673946)
chr3 (145-573)||(3324843-3325274)
chr3 (145-569)||(28490480-28490905)
chr3 (26-95)||(8377576-8377645)
chr3 (13-84)||(5187503-5187574)
chr3 (236-320)||(9603245-9603330)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (145-570)||(15616-16042)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (145-573)||(16625300-16625729)
chr4 (145-570)||(9225711-9226137)
chr4 (346-563)||(18860133-18860350)
chr4 (227-573)||(5146259-5146602)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (158-570)||(33332396-33332809)
chr6 (145-563)||(14738879-14739298)
chr6 (151-431)||(24432634-24432915)
chr6 (155-570)||(24077279-24077700)
chr6 (184-321)||(29485190-29485328)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (145-573)||(47100125-47100554)
chr1 (184-570)||(41396593-41396980)
chr1 (145-431)||(9025105-9025392)
chr1 (11-49)||(41313954-41313992)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (185-563)||(869-1247)
scaffold0006 (236-563)||(9025-9352)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (150-520)||(35414-35785)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 423; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 574
Target Start/End: Original strand, 454097 - 454660
Alignment:
Q  11 catcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttaccttaacaacagtagctcttctaaaagaatgcgga 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||| | |||    
T  454097 catcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccgtaccttaacaacagtagcttttctgaaagaaggtgga 454196  T
Q  111 gttgtccggctcgnnnnnnnnggcttgtgaggttaaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgat 210  Q
    |||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||    
T  454197 gttgtccggctcgaaaaaaaaggcttgtgaggttaaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatgtttgatcactgtgagttccttttaaggcatgtgacat 454296  T
Q  211 atgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaatttcgaatggt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  454297 atgatcctgaacctatgcaaaatgcaattcccattaacatgtttgataatctaagttattgcactaaaattgtatatgagatgtgtaaatttcgaatggt 454396  T
Q  311 gcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcata 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  454397 gcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttattgtaattgatcatgtatcgttagctagtgcagcatctcata 454496  T
Q  411 ataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataa 510  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  454497 ataaatttgaattgtggcatttaaggtgacaacatgttagtgaaagaggtttagtagaactagccaaacaaggttttttaggaagagaaaatttggataa 454596  T
Q  511 gctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtata 574  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  454597 gctagaatttcgcaatcattgcatactagacaaacaacatagagtgaagtttgaaagtggtata 454660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Original strand, 10685571 - 10685997
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  10685571 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 10685670  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  10685671 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 10685770  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  10685771 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 10685870  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  10685871 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 10685970  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  10685971 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 10685997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 35744169 - 35743743
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  35744169 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 35744070  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  35744069 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaat 35743970  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||| ||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  35743969 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagcaagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 35743870  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  35743869 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 35743770  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  35743769 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 35743743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Original strand, 18866977 - 18867403
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  18866977 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 18867076  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  18867077 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaat 18867176  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | |||||| |||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||     |    
T  18867177 ggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggc 18867276  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||    
T  18867277 atgttagtgaaaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaa 18867376  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  18867377 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 18867403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 184 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 26300091 - 26299843
Alignment:
Q  184 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 283  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  26300091 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccataaccatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 26299992  T
Q  284 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 382  Q
     |||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  26299991 acatggggtttgtaaaatttcgtatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 26299892  T
Q  383 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 431  Q
    | |||| ||||||| |  | | |||||||||| | ||||||||||||||    
T  26299891 gcatcgatagctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatt 26299843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 145 - 414
Target Start/End: Original strand, 18856582 - 18856852
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  18856582 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 18856681  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
      | |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||| | |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  18856682 atgtatgtttgataatctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaat 18856781  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataa 414  Q
    | |||||| |||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  18856782 ggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataa 18856852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 95
Target Start/End: Original strand, 7094156 - 7094225
Alignment:
Q  26 aacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttaccttaacaacagtagctctt 95  Q
    ||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  7094156 aacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttaccttaacaatagcagctctt 7094225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 95
Target Start/End: Original strand, 7097889 - 7097958
Alignment:
Q  26 aacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttaccttaacaacagtagctctt 95  Q
    ||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  7097889 aacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttaccttaacaatagcagctctt 7097958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 456 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 26299841 - 26299724
Alignment:
Q  456 gaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagt 555  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||  |||||| |||    
T  26299841 gaggtttagttgaattagcaaaacaaggtttgataggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacataaagt 26299742  T
Q  556 gaagtttgaaagtggtat 573  Q
     |||||||  ||||||||    
T  26299741 aaagtttggtagtggtat 26299724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 29822737 - 29822683
Alignment:
Q  26 aacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttacctta 80  Q
    ||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
T  29822737 aacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttacctta 29822683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 49090468 - 49090039
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  ||||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  49090468 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggctgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcctt 49090369  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||  ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  49090368 aagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattaagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaat 49090269  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |   | |    
T  49090268 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagc 49090169  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| | || |||| |||||||| |||    
T  49090168 atgttagtgaaagaggtttagttgaactaactaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaa 49090069  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  49090068 gcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 49090039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 16883707 - 16883281
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  16883707 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 16883608  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  16883607 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 16883508  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  16883507 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 16883408  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  16883407 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 16883308  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  16883307 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 16883281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Original strand, 24262630 - 24263056
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  24262630 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 24262729  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  24262730 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 24262829  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  24262830 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 24262929  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  24262930 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 24263029  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  24263030 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 24263056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 145 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 18412438 - 18412019
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  18412438 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 18412339  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  |    
T  18412338 aagcatgtttgatggtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaat 18412239  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  ||||     |    
T  18412238 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggc 18412139  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  18412138 atgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaa 18412039  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttg 563  Q
      |||||||||| |||||||    
T  18412038 gcaacatagagtaaagtttg 18412019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 145 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 21644817 - 21644398
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  21644817 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 21644718  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  || |  | | ||| |||  |    
T  21644717 aagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttgaggggtctaaaatgaat 21644618  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||| ||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||     |    
T  21644617 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctaatgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggc 21644518  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | || | |||||||| |||    
T  21644517 atgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaagatttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcaatgcatactaggcaa 21644418  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttg 563  Q
      |||||| |||||||||||    
T  21644417 gcaacatatagtgaagtttg 21644398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Original strand, 9186452 - 9186881
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||| | |||||   | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  9186452 aaggcatgggcatcgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaaggatgtgaagtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 9186551  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| | | |||||| ||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  9186552 aagcatgtttgatagtataggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaat 9186651  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||||| |||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  9186652 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcgtttgctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagtttggggc 9186751  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| || ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  9186752 atgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggttttctagtaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaa 9186851  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  9186852 gcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 9186881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 21987700 - 21987282
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| ||  | ||||  ||||||| |    
T  21987700 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaaacgaaatttaatttccct 21987601  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  21987600 aagaatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaaggatctaaaatgaat 21987501  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| | |||||||    | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  21987500 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagtgttatacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 21987401  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||  |||||| ||| |  || || |||||||||||| | || |||| |||||||| |||    
T  21987400 atgttagtgaaagaggtttagttaaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagatacattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaa 21987301  T
Q  544 ataacatagagtgaagttt 562  Q
    | ||| |||||| ||||||    
T  21987300 acaacgtagagtaaagttt 21987282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 246 - 362
Target Start/End: Original strand, 5818593 - 5818710
Alignment:
Q  246 agcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttg 344  Q
    |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||   | ||| |||||| | ||| |||||| |||||  ||||| | | |||||||  ||    
T  5818593 agcatgttagatagtataggttattgcactaaaattgagcatggagtttgtcaaattttgcatgatgcattcattacagttaaagggtctaagatgaatg 5818692  T
Q  345 atttatacattttagatg 362  Q
     |||||||||||||||||    
T  5818693 gtttatacattttagatg 5818710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 19348058 - 19347632
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  19348058 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 19347959  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  19347958 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaat 19347859  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  19347858 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 19347759  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  19347758 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 19347659  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  19347658 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 19347632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 236 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 25394575 - 25394247
Alignment:
Q  236 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 334  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | | | |||||| ||| | |||||||||| |||||  ||||  | | |    
T  25394575 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcacggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtct 25394476  T
Q  335 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 434  Q
     | |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| || ||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  25394475 taaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaactagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttga 25394376  T
Q  435 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 534  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| || | |||| |||    
T  25394375 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgcgagcattgcat 25394276  T
Q  535 actagacaaataacatagagtgaagtttg 563  Q
     |||| |||  |||||||||| |||||||    
T  25394275 gctaggcaagcaacatagagtaaagtttg 25394247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 11 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 19215619 - 19215546
Alignment:
Q  11 catcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttaccttaacaa 84  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  19215619 catcatcattttaacaacaagtaaatacatatataaaatagaaaaatggagcgccctttcccttaccttaacaa 19215546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 11)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Original strand, 31398299 - 31398725
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  31398299 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 31398398  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  31398399 aagcatgtttgataatctaggttattgcagtagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 31398498  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  31398499 ggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 31398598  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  31398599 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 31398698  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  31398699 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 31398725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Original strand, 24556891 - 24557320
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  24556891 aaggcatgggcaccgttcgtctaaagatgtttgatagccgtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 24556990  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  24556991 tagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaat 24557090  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||| ||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  24557091 ggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggc 24557190  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || ||||| |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||    
T  24557191 atgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaa 24557290  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      ||||||| || |||||||| ||||||||    
T  24557291 gcaacatagggtcaagtttgatagtggtat 24557320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Original strand, 24597923 - 24598352
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  24597923 aaggcatgggcaccgttcgtctaaagatgtttgatagccgtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 24598022  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
    |||||||||||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  24598023 tagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaat 24598122  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||| ||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  24598123 ggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggc 24598222  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || ||||| |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||    
T  24598223 atgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaa 24598322  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      ||||||| || |||||||| ||||||||    
T  24598323 gcaacatagggtcaagtttgatagtggtat 24598352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 431
Target Start/End: Original strand, 37557931 - 37558218
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  37557931 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 37558030  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||  | | ||  |||  |    
T  37558031 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattactattaaggggtctagaatgaat 37558130  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 431  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  37558131 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatt 37558218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 27448602 - 27448177
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  27448602 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 27448503  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  27448502 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtatagaatgaat 27448403  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  27448402 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagat-tgggc 27448304  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  27448303 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaa 27448204  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  27448203 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 27448177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 145 - 482
Target Start/End: Complemental strand, 28837072 - 28836734
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| |||||| ||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||| | ||||| ||| || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  28837072 aaggcatgggcaccgtttgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaaggatgtgagatttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 28836973  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  28836972 aagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgaggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaat 28836873  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| | || |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |   | |    
T  28836872 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcaccggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagc 28836773  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 482  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  28836772 atgttagtgaaagaggtttagttgaactagttaaacaag 28836734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 43595901 - 43595475
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| |||||| ||||||  | ||||||||||||||||| ||||  | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  43595901 aaggcatgggcaacgttcgtctaaatatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtaaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 43595802  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | |||||| ||||| |||||||| | |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  43595801 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtctagaatgaat 43595702  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  43595701 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 43595602  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    ||||  |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||  |||    
T  43595601 atgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaa 43595502  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  43595501 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 43595475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 43628695 - 43628269
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| |||||| ||||||  | ||||||||||||||||| ||||  | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  43628695 aaggcatgggcaacgttcgtctaaatatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtaaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 43628596  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | |||||| ||||| |||||||| | |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  43628595 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtctagaatgaat 43628496  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  43628495 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 43628396  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    ||||  |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||  |||    
T  43628395 atgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaa 43628296  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  43628295 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 43628269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 346 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 33789934 - 33789710
Alignment:
Q  346 tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat 445  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |||    
T  33789934 tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat 33789835  T
Q  446 gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat 545  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| | || |||| |||||||| ||||     
T  33789834 gttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtaaacattgcatactaggcaaac 33789735  T
Q  546 aacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    ||||||| |||||||||| ||||||    
T  33789734 aacatagggtgaagtttggaagtgg 33789710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 184 - 276
Target Start/End: Complemental strand, 33790056 - 33789964
Alignment:
Q  184 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcacta 276  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790056 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcacta 33789964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 80
Target Start/End: Original strand, 37806536 - 37806590
Alignment:
Q  26 aacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttacctta 80  Q
    ||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||    
T  37806536 aacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttacctta 37806590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 8515874 - 8515448
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  8515874 aaggcatgggaaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 8515775  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  8515774 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 8515675  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  8515674 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 8515575  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  8515574 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 8515475  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  8515474 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 8515448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 32479120 - 32478694
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  32479120 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 32479021  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  32479020 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 32478921  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  32478920 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 32478821  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  32478820 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 32478721  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  32478720 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 32478694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 1309651 - 1309222
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  1309651 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 1309552  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     |||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| ||||| ||| ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  |    
T  1309551 aagcatgtttgatagcctaggttattgcactagaattgagcatgggatttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaagggatctaaaatgaat 1309452  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  ||||     |    
T  1309451 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttgaggc 1309352  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||    
T  1309351 atgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaa 1309252  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  1309251 gcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 1309222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 16263142 - 16262713
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  16263142 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 16263043  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| || ||  ||||| | | ||| |||  |    
T  16263042 aagcatgtttgatagtctaggttattgcactaaaatttggcatggggtttgtaaaatttcgaatggtgcattgataacgattaaagggtctaaaatgaat 16262943  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||  |||||||||  | | |||||||||  | ||||||||||||||  || |     |    
T  16262942 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcagtagctagtgttgtacctcataatagttctgaattgtggcatttgagattggggc 16262843  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||| | | || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| ||     
T  16262842 atgttagtgaaagaggtttagttgaactagccaaacaaggttttctaggaaaaaataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcag 16262743  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  16262742 gcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 16262713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 145 - 563
Target Start/End: Original strand, 2673527 - 2673946
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | |  ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  2673527 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggttttttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 2673626  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  2673627 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 2673726  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  2673727 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 2673826  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  2673827 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 2673926  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttg 563  Q
    | ||||||| ||||||||||    
T  2673927 acaacatagggtgaagtttg 2673946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Original strand, 3324843 - 3325274
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  3324843 aaggcatgggcaccgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 3324942  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| | |||||||||| |||| ||||| ||||| | | ||| |||| ||  |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  3324943 aagcatgtttgatagtataggttattgtactagaattgagcatggggtttgtaaaatctcacatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaat 3325042  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | | ||||||||||||  || |     |    
T  3325043 ggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggc 3325142  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtt--tagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagac 541  Q
    |||| |||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |    
T  3325143 atgttagtgaaagaggtttatagttgaactagctaaacaagatttgttaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggc 3325242  T
Q  542 aaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
    ||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  3325243 aagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 3325274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 145 - 569
Target Start/End: Original strand, 28490480 - 28490905
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||||||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | |  ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  28490480 aaggtatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggttttttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 28490579  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  28490580 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaat 28490679  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||     ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |          
T  28490680 ggtttatacattttagatggttccttagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggt 28490779  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || ||  | |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  28490780 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattgtacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaa 28490879  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtg 569  Q
    | ||||||| |||||||||| |||||    
T  28490880 acaacatagggtgaagtttggaagtg 28490905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 8377645 - 8377576
Alignment:
Q  26 aacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttaccttaacaacagtagctctt 95  Q
    ||||||||| ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8377645 aacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgccctttcccttaccttaacaacagcagctctt 8377576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 13 - 84
Target Start/End: Original strand, 5187503 - 5187574
Alignment:
Q  13 tcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaatnnnnnnntggagcgccctttcccttaccttaacaa 84  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  5187503 tcatcattttaacaacaagtaaatacatatataaaataaaaaaatggagcgacctttcccttaccttgacaa 5187574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 236 - 320
Target Start/End: Original strand, 9603245 - 9603330
Alignment:
Q  236 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaatta 320  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||  |||||||||| ||||    
T  9603245 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcacatggtgcattgatta 9603330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Original strand, 15616 - 16042
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  |||||||||    
T  15616 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccat 15715  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  15716 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 15815  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  15816 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 15915  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  15916 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaa 16015  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  16016 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 16042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Original strand, 16625300 - 16625729
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || |||||| || |||||||  |||||||| || || | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  16625300 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatgaccgtgaatttattttaagggatttgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 16625399  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||| |||||  |||||   | ||| |||  |    
T  16625400 aagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgaggtttgtaaagtttcgcatggtgcattgattacgattaaagagtctaaaatgaat 16625499  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | | ||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| | || |||||||||  | | |||||||||| |||||||||||||||| ||| |     |    
T  16625500 ggtctatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcaacggtagctagtgttgtacctcataataattttgaattgtggcatttaagattggggc 16625599  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  16625600 atgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaa 16625699  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  16625700 gcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 16625729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 145 - 570
Target Start/End: Original strand, 9225711 - 9226137
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  9225711 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 9225810  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  |    
T  9225811 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaat 9225910  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  9225911 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 9226010  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || ||  | |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  9226011 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattgaacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaa 9226110  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    | ||||||| |||||||||| ||||||    
T  9226111 acaacatagggtgaagtttggaagtgg 9226137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 346 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 18860350 - 18860133
Alignment:
Q  346 tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat 445  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |||    
T  18860350 tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat 18860251  T
Q  446 gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat 545  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||| ||||||||| |  | |||| |||||||| ||||     
T  18860250 gttagtgagaggggtttagttgaactagccaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataaactagaattttgtgagcattgcatactaggcaaac 18860151  T
Q  546 aacatagagtgaagtttg 563  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  18860150 aacatagggtgaagtttg 18860133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 227 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 5146602 - 5146259
Alignment:
Q  227 gcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactctt 325  Q
    |||||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||  | ||| |||||| |||||  ||    
T  5146602 gcaaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaattgagcatgatgcattgattacggtt 5146503  T
Q  326 aaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgt 425  Q
      | | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| | |||||||  | |||||  ||||| | ||||||||    
T  5146502 --agggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagtgttgtatctc--aataattctgaattgt 5146407  T
Q  426 ggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaa 525  Q
    ||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||  || ||| || || || ||| |||||||| |  |    
T  5146406 ggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaagatttgctaaaaaaagataaattggacaagttagaattttgtga 5146307  T
Q  526 tcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
     |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  5146306 gcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 5146259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 158 - 570
Target Start/End: Original strand, 33332396 - 33332809
Alignment:
Q  158 cgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgat 257  Q
    |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||    
T  33332396 cgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgat 33332495  T
Q  258 aatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattt 356  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || |||||||||||    
T  33332496 aatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattt 33332595  T
Q  357 tagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaag 456  Q
    |||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||| ||||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| ||||| ||    
T  33332596 tagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagccagtgttgcatatcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgagag 33332695  T
Q  457 aggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtg 556  Q
     |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || ||||| |||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||    
T  33332696 gggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagcttgaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtg 33332795  T
Q  557 aagtttgaaagtgg 570  Q
    ||||||| ||||||    
T  33332796 aagtttggaagtgg 33332809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 145 - 563
Target Start/End: Original strand, 14738879 - 14739298
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| | |||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |    
T  14738879 aaggcatgggcaacgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccct 14738978  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  |    
T  14738979 aagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaat 14739078  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |    
T  14739079 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggc 14739178  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||    
T  14739179 atgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaa 14739278  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttg 563  Q
    | ||||||| ||||||||||    
T  14739279 acaacatagggtgaagtttg 14739298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 151 - 431
Target Start/End: Original strand, 24432634 - 24432915
Alignment:
Q  151 tgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcat 250  Q
    |||| |||||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| |||||    
T  24432634 tgggcaccgttcgtctaaagatgtttgatggccgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcat 24432733  T
Q  251 gtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgattta 349  Q
     ||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| ||| ||| ||||    
T  24432734 atttgatagtctaggttattgtactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgattggttta 24432833  T
Q  350 tacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 431  Q
    ||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||  ||||||||| || | |||||||||| |   ||||||||||||    
T  24432834 tacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcagtagctagtgtagtacctcataataattccaaattgtggcatt 24432915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 24077700 - 24077279
Alignment:
Q  155 taccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgttt 254  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||  |  ||||||| || ||||| ||||| |||| | || ||||| || || || |  ||||||||| |||||||||    
T  24077700 taccgttcgtttaaatatgtttgatatccatgaattcattctaagggatgtgagataggttcttgaacataagcgaactttaatttccataagcatgttt 24077601  T
Q  255 gataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaatttc--gaatggtgcattaattactct----taaatgttttaagatgtttgattt 348  Q
    |||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||| | |||||||||   | ||||| |||||||||   |    |||| | | |||||||  || |||    
T  24077600 gatagtctaggttattgtactaggattgagcatgaggtttgtaaattttttgcatggtacattaattaggttattgtaaaaggtctaagatgaatggttt 24077501  T
Q  349 atacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtc 448  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||| ||| ||| || |||||| ||||  || | | |||||||||||| ||||| |    |||||    
T  24077500 atacattttagatggttccattgtaattggtcatgcatcattaactactgtagcatcacatacaaattctaaattgtggcatttaaggttagggaatgtc 24077401  T
Q  449 agtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataac 548  Q
     ||||| |||||||| || ||  ||| ||||||| |||   ||||| ||| || || |||||| |||||||| |  |||||| ||||||||  ||| |||    
T  24077400 ggtgaacgaggtttaatataatgagctaaacaaggtttgcaaggaaaagataaattggataagttagaattttgtgatcattgcatactaggtaaacaac 24077301  T
Q  549 atagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
    ||| ||||||||||| ||||||    
T  24077300 ataaagtgaagtttggaagtgg 24077279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 184 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 29485328 - 29485190
Alignment:
Q  184 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 283  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||     
T  29485328 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttaatagtctaggttattgcactagaattga 29485229  T
Q  284 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattac 321  Q
    ||||||| | ||| |||||||| | |||||||| |||||    
T  29485228 gcatgaggtttgtaaaatttcgcagggtgcattgattac 29485190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 145 - 573
Target Start/End: Original strand, 47100125 - 47100554
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| || ||||||| ||| || |||||| || |||||||||| |||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| |    
T  47100125 aaggcatgggcactgttcgtctaaagatgtttgatgaccgtgaattcctattaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccct 47100224  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||| ||| |||||  ||||| | | ||| |||  |    
T  47100225 aagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgtattgattacgattaaagggtctaaaatgaat 47100324  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaac 443  Q
    | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | | ||||||||||||  || |     |    
T  47100325 ggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggc 47100424  T
Q  444 atgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaa 543  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||| ||| |||    
T  47100425 atgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatattaggcaa 47100524  T
Q  544 ataacatagagtgaagtttgaaagtggtat 573  Q
      |||||||||| |||||||  ||||||||    
T  47100525 gcaacatagagtaaagtttggtagtggtat 47100554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 184 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 41396980 - 41396593
Alignment:
Q  184 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 283  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |     
T  41396980 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgacaatctaggttattgcactagaataga 41396881  T
Q  284 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 382  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||   | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  41396880 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaacggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 41396781  T
Q  383 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 482  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  41396780 gcatcgatagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 41396681  T
Q  483 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaagtgg 570  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||    
T  41396680 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttggaagtgg 41396593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 145 - 431
Target Start/End: Original strand, 9025105 - 9025392
Alignment:
Q  145 aaggtatgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccat 244  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||| || ||||||   |||||||||||| ||||| ||||| | | || ||| |||| ||||| ||||  ||||||| |    
T  9025105 aaggcatgggcaccgttcgtctaaagatgtttgattgttgtgaattccttctaaggtatgtgaggtttgttcccgaacttatgcgaaatttaatttccct 9025204  T
Q  245 tagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgttt 343  Q
     | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||   ||| | | | | |||||||| ||||||| ||||||||||||||| | | ||| |||  |    
T  9025205 aaacatgtttgatagtctagattattgcattagaattgaatatggggtttatgaaatttcgcatggtgctttaattactcttaaagggtctaaaatgaat 9025304  T
Q  344 gatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 431  Q
    | |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||||||||  |||||||| || | |||||||||| | |||||| |||||||    
T  9025305 ggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaatgtatcggcagctagtgtagtacctcataataattctgaattatggcatt 9025392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 49
Target Start/End: Original strand, 41313954 - 41313992
Alignment:
Q  11 catcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaat 49  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41313954 catcatcattttaacaacaagtaactacatatataaaat 41313992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 64; Significance: 1e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 185 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 1247 - 869
Alignment:
Q  185 tgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtg 284  Q
    |||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  1247 tgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgag 1148  T
Q  285 catgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatg 383  Q
    |||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | |||    
T  1147 catgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatg 1049  T
Q  384 tatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaaga 483  Q
     |||| | ||||| |  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |     
T  1048 catcggtggctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaggg 949  T
Q  484 ttttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 563  Q
    |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||  |||  |||||||||| |||||||    
T  948 tttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaagaaacatagagtaaagtttg 869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 236 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 9352 - 9025
Alignment:
Q  236 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 334  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | |    
T  9352 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtct 9254  T
Q  335 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 434  Q
    || |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| ||||||| |    | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  9253 aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagagttaaaactcataataattctgaattgtggcatttga 9154  T
Q  435 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 534  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  9153 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacagggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 9054  T
Q  535 actagacaaataacatagagtgaagtttg 563  Q
    ||||  |||  |||||||||| |||||||    
T  9053 actaagcaagaaacatagagtaaagtttg 9025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 150 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 35785 - 35414
Alignment:
Q  150 atgggtaccgttcgtcgaaatatatttgatcactgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagca 249  Q
    ||||| |||||||||| ||| || ||||||  | ||||||||||| ||||  ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||  ||||    
T  35785 atgggcaccgttcgtctaaagatctttgatggccgtgaattccttctaagagatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccagaagca 35686  T
Q  250 tgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgattt 348  Q
    ||||| |||  |||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||| | ||||||||||||||||  ||| | | | ||| ||   || |||    
T  35685 tgttttataggctaggttattgcactataattgagcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattaattacagttataaggtctaaaattaatggttt 35586  T
Q  349 atacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtc 448  Q
    ||| |||||| ||||||  |  ||||||| | ||| |||| ||| ||||| |||| || ||||||| | ||||||||||||||  || |    | ||||     
T  35585 atatattttaaatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaggtagtgtagcaccttataataattatgaattgtggcatttgagattgggaaatgtt 35486  T
Q  449 agtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt 520  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||  |||||| ||| || || || ||||||||||||    
T  35485 agtgaaagaggtttagttgaacaagctaaacacggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattt 35414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University