View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13698_high_12 (Length: 392)

Name: NF13698_high_12
Description: NF13698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13698_high_12
NF13698_high_12
[»] chr6 (49 HSPs)
chr6 (19-385)||(27592207-27592574)
chr6 (31-385)||(27676806-27677161)
chr6 (19-385)||(28792988-28793355)
chr6 (19-385)||(28786867-28787234)
chr6 (19-385)||(27717685-27718052)
chr6 (19-385)||(27603890-27604257)
chr6 (19-385)||(27610306-27610673)
chr6 (19-385)||(28781730-28782097)
chr6 (31-382)||(27426801-27427153)
chr6 (21-265)||(26803077-26803322)
chr6 (31-265)||(27705710-27705945)
chr6 (31-385)||(26623912-26624267)
chr6 (31-385)||(26729889-26730244)
chr6 (19-281)||(27697876-27698139)
chr6 (19-280)||(27679579-27679841)
chr6 (32-385)||(27337281-27337635)
chr6 (32-385)||(27398021-27398375)
chr6 (16-385)||(27530487-27530857)
chr6 (30-385)||(26647119-26647475)
chr6 (30-385)||(26656605-26656961)
chr6 (30-385)||(26753087-26753443)
chr6 (30-385)||(26762576-26762932)
chr6 (30-385)||(26884710-26885066)
chr6 (31-385)||(31285200-31285555)
chr6 (40-385)||(26862230-26862576)
chr6 (30-242)||(26824459-26824672)
chr6 (31-266)||(25492624-25492860)
chr6 (30-257)||(27215092-27215320)
chr6 (40-265)||(25580372-25580598)
chr6 (40-385)||(26076542-26076888)
chr6 (140-385)||(26143619-26143864)
chr6 (40-279)||(26056572-26056812)
chr6 (129-242)||(28140275-28140388)
chr6 (142-385)||(25511645-25511888)
chr6 (120-203)||(25539274-25539357)
chr6 (40-203)||(25483709-25483873)
chr6 (114-218)||(29843340-29843444)
chr6 (114-218)||(29826711-29826815)
chr6 (148-205)||(26849471-26849528)
chr6 (119-203)||(26937759-26937843)
chr6 (148-228)||(26950502-26950582)
chr6 (336-385)||(25484006-25484055)
chr6 (336-385)||(25539490-25539539)
chr6 (336-385)||(26056869-26056918)
chr6 (356-385)||(27215419-27215448)
chr6 (336-385)||(27705590-27705639)
chr6 (169-205)||(25074647-25074683)
chr6 (157-205)||(26975719-26975767)
chr6 (157-205)||(28097809-28097857)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (19-385)||(8116-8483)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (19-385)||(12861-13228)
scaffold0277 (19-385)||(3898-4265)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (19-385)||(2725-3092)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (19-385)||(18678742-18679109)
chr4 (19-385)||(18698582-18698949)
chr4 (19-385)||(18730686-18731053)
chr4 (19-385)||(18654659-18655026)
chr4 (19-385)||(18723267-18723634)
chr4 (31-382)||(18074402-18074754)
chr4 (132-205)||(5090319-5090392)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (31-382)||(60210-60562)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (19-385)||(267526-267893)
chr1 (30-386)||(28163561-28163917)
chr1 (31-386)||(28126860-28127216)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (31-265)||(29273144-29273379)
chr8 (28-89)||(16440691-16440753)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (109-218)||(16691587-16691696)
chr5 (300-385)||(16691778-16691863)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (157-241)||(3280427-3280511)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 49)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27592574 - 27592207
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27592574 agtcgacagcccttaaatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 27592475  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27592474 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataactttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 27592375  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||| |||||||||||    
T  27592374 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctccttttaaaaacacttcaacttgaaattaagttaggaagtgtt 27592275  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27592274 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 27592207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27677161 - 27676806
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27677161 ttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaaatgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 27677062  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27677061 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 27676962  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27676961 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctccttttaaaaacacttcaacttgaaattaagttaggaagtgttagcgaaggaatt 27676862  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27676861 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 27676806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Original strand, 28792988 - 28793355
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  28792988 agtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtcc 28793087  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28793088 gcatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttct 28793187  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| ||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  28793188 tgaaaatgtgagagagagttcagcttcaaatagattgaaacatctccaggaggtgctccttttaaaaacacttcaactgaaaattaagttaggaggtgtt 28793287  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28793288 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctacatacaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 28793355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Original strand, 28786867 - 28787234
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  28786867 agtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtcc 28786966  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28786967 gcatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttct 28787066  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| ||| |||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  28787067 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggtgctccttttaaaaacacttcaactgaaaattaagttaggaggtgtt 28787166  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  28787167 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctgcatacaaagaagactcttttgattctcgatgatgt 28787234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27718052 - 27717685
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  27718052 agtcgtcaacccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtcc 27717953  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    | ||||| ||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27717952 acatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 27717853  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||| | ||| |||||    
T  27717852 tgaaaatgtgagagagaattcaacttcaaataaattgaaacatcttcagaaggagctccttttaaaaacacttcaacttgaaattaagtttggaggtgtt 27717753  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27717752 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctacatagaaagaaggttcttttgattcttgatgatgt 27717685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27604257 - 27603890
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  27604257 agtcgtcagcccttacatgttgccaattatcctattggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatctcttcttgatgaaagatctgatgatggagtcc 27604158  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    | ||||| ||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27604157 acatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 27604058  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||| ||||| |||||    
T  27604057 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctccttttaaaaacacttcaacttgaaattaagttaggaggtgtt 27603958  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || |||||| || | |||||||||||||| |||  || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  27603957 agtgagggaatttctcatataaaggaaaggctgcattcaatgaagattcttttgattctcgatgatgt 27603890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27610673 - 27610306
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  27610673 agtcgtcaacccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcaagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtcc 27610574  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    | ||||| ||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27610573 acatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 27610474  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| |||| |||||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||| | ||| |||||    
T  27610473 tgaaaatgtgagagagaattcaacttcaaataaattgaaacatcttcaggaggagctccttttaaaaacacttcaacttgaaattaagtttggaggtgtt 27610374  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  27610373 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctacatagaaagaaggttcttttgattcttgatgatgt 27610306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Original strand, 28781730 - 28782097
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||| |||| |||     
T  28781730 agtcgtcagcacttacatgttgccaattaccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatcgcttcttggtgaaggatatgataatggagtca 28781829  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  |||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28781830 ggatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgtaaaagcagtttataacttaattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 28781929  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  28781930 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctccttttaaaagcacttcaactgaaaattaagttaggaggtgtt 28782029  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  28782030 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctgcatacaaagaagactcttttgattctcgatgatgt 28782097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 27427153 - 27426801
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27427153 ttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaa 27427054  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||| | || |     
T  27427053 tttatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcag 27426954  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| ||  ||||||||   | | ||||||||||||||||||| ||| |  ||| || || |||||     
T  27426953 agagaattcagcttcaaatagcttgaaacgtttccaggagatgctcctttcaaagacacttcaactgaaaattaagttagcagatgtcagtgagggaatc 27426854  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatga 382  Q
     | |  |||||||||||| |   | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  27426853 tcaatcataaaggaaaggttgtgtagaaagaagattcttttgattctcgatga 27426801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 21 - 265
Target Start/End: Original strand, 26803077 - 26803322
Alignment:
Q  21 tcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccat 119  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  26803077 tcgtcagcccttacatgttgctaattaccctgttggattgcactctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccat 26803176  T
Q  120 atggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||     
T  26803177 atggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcagcacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttc 26803276  T
Q  220 aaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctcca 265  Q
    |  |||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  26803277 atgatgtgagagagaattcagctcaaaataacttgaaacatctcca 26803322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 31 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 27705945 - 27705710
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27705945 ttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcacttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaa 27705846  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||| |  ||||||     
T  27705845 tttttggcattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgag 27705746  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctcca 265  Q
    ||||| |||||||  |||| |||||||| |||||||    
T  27705745 agagaattcagctcaaaatgacttgaaacatctcca 27705710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Original strand, 26623912 - 26624267
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| || |||| | |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26623912 ttacatgttgctaaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaa 26624011  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| | | |||||||||| |  ||||||     
T  26624012 tgtatgggattggaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgag 26624111  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |  |  | || |||||||| | |    |||||| || ||||||    
T  26624112 agagaattcagctcaaaataacttgaaacatctccaagagaagctcctttttaaaacaactggattggaaattaagttggaccatgttagtgagggaatt 26624211  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
     | |  || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26624212 tcaatcattaaggaaaggctatgtagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 26624267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Original strand, 26729889 - 26730244
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| || |||| | |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26729889 ttacatgttgctaaataccctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaa 26729988  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| | | |||||||||| |  ||||||     
T  26729989 tgtatgggattggaggcttgggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgag 26730088  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||| ||| |  |  | || |||||||| | |    |||||| || ||||||    
T  26730089 agagaattcagctcaaaataacttgaaacatctccaagagaagctcctttttaaaacaactggattggaaattaagttggaccatgttagtgagggaatt 26730188  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
     | |  || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26730189 tcaatcattaaggaaaggctatgtagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 26730244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 27698139 - 27697876
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||  ||| |||||| |||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  27698139 agtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcaagtacaaagagtgaaatcaattcttgataatggatctgatgatggggtcc 27698040  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||  ||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  27698039 atatggttggaatttttgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcaagagcaatctataatttggttgctgatcaatttgaaggtttatgttttct 27697940  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctccttttt 281  Q
    | | ||||||| |  || |||||||  |||||||||| || |||||||  || |||||||||||    
T  27697939 tcataatgtgagaatgaattcagctaaaaataacttggaacatctccaagagaagctccttttt 27697876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 280
Target Start/End: Original strand, 27679579 - 27679841
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  27679579 agtcgacagcccttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggatccgatgatggggtcc 27679678  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| | |  ||| ||||||||| |||| |||||||| ||| | |||||||||||    
T  27679679 atatggttggaatttatggcattggaggtttggggaaatcaacacttgcaagacaaatctataattttgttgcagatcaattcgaaggttcatgttttct 27679778  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttt 280  Q
    | |  |||||| ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||    
T  27679779 tcatgatgtgagagagaattcagctcaaaataacttgaaatatctccaagagaagctcctttt 27679841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27337635 - 27337281
Alignment:
Q  32 tacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaat 130  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||  ||||||||||| | ||||||| | |||||| | ||||| ||| |    
T  27337635 tacacgttgccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggact 27337536  T
Q  131 ttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaa 230  Q
    |||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| | |    
T  27337535 ttatggtactagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttaga 27337436  T
Q  231 gagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaattc 330  Q
    |||| |||||||   || ||||||||| |||||||| ||||||||||||   ||| | |||||||||| |||||| || ||  ||||   || |||||||    
T  27337435 gagaattcagctcgtaaaaacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttcaactgaacattaagttaagagatgtttctgagggaattc 27337336  T
Q  331 ctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    | |  || ||||||||||||  | | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27337335 caatcattaaggaaaggctatgtaggaagaagattcttttgattctcgatgatgt 27337281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27398375 - 27398021
Alignment:
Q  32 tacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaat 130  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||  ||||||||||| | ||||||| | |||||| | ||||| ||| |    
T  27398375 tacacgttgccaaataccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggact 27398276  T
Q  131 ttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaa 230  Q
    |||||| | | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| | |    
T  27398275 ttatggtactagaggcttgggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttaga 27398176  T
Q  231 gagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaattc 330  Q
    |||| |||||||   || ||||||||| |||||||| ||||||||||||   ||| | |||||||||| |||||| || ||  ||||   || |||||||    
T  27398175 gagaattcagctcgtaaaaacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttcaactgaacattaagttaagagatgtttctgagggaattc 27398076  T
Q  331 ctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    | |  || ||||||||||||  | | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27398075 caatcattaaggaaaggctatgtaggaagaagattcttttgattctcgatgatgt 27398021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27530857 - 27530487
Alignment:
Q  16 attagtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatgggg 114  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||| || |||   | ||||||||||  ||||||| ||| ||    
T  27530857 attagtcgtgagcccttagatgttgccaaatatcctgttggattacagtcccgagtacaacatgtgaaagggcatcttgatgaaaaatctgatgatgagg 27530758  T
Q  115 tccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | ||||||| | || |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | ||||||    
T  27530757 tccacatggtaggactttatggtactggaggcataggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagttttatgttt 27530658  T
Q  215 tcttgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagt 314  Q
    ||| |||||||||| || || |||  ||||| ||||||||||| |||||||  || | ||||||||  ||| | ||  | || | |||||| ||||| ||    
T  27530657 tctagaaaatgtgagagtgaattcgacttcagataacttgaaacatctccaagagaaactccttttaaaaacagttagattggacattaagttaggaggt 27530558  T
Q  315 gttagcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    |||||  | |||||||| |  || ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27530557 gttagtcagggaattccaatcattaagcaaaggctatgtagaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 27530487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 385
Target Start/End: Original strand, 26647119 - 26647475
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||  | || ||| || ||||||| ||||  ||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||| |||    
T  26647119 tttacatgtagccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtagga 26647218  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
     ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| |    
T  26647219 ctttatggtactggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtca 26647318  T
Q  229 aagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaat 328  Q
     ||||| |||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||||||   ||| | || || |||| |||||| | |||  | || | || |||||    
T  26647319 gagagaattcagctcataataacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttaaagtgaacattaagtttggacatatttgtgagggaat 26647418  T
Q  329 tcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||| |  || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26647419 tccaatcattaaggaaaggctatgtagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 26647475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 385
Target Start/End: Original strand, 26656605 - 26656961
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||  ||||||||| | |||||| |  ||| ||| |  ||||| |||    
T  26656605 tttacatgttgccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtagga 26656704  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
     ||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| |    
T  26656705 ctttatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtca 26656804  T
Q  229 aagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaat 328  Q
     ||||| |||||||   ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||   |||   ||  | |||| |||||| |||||  |||||| || |||||    
T  26656805 gagagaattcagctcataataatttgaaacatctccaggaggagctcctttcaaaaactgttagagtgaatattaagttaggagatgttagtgagggaat 26656904  T
Q  329 tcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||| |  ||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26656905 tccaatcataaaggaaagactatctagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 26656961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 385
Target Start/End: Original strand, 26753087 - 26753443
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||  | || ||| || ||||||| ||||  ||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||| |||    
T  26753087 tttacatgtagccaaataccctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtagga 26753186  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
     ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| |    
T  26753187 ctttatggtactggaggtttgggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtca 26753286  T
Q  229 aagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaat 328  Q
     ||||| |||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||||||   ||| | || || |||| |||||| | |||  | || | || |||||    
T  26753287 gagagaattcagctcataataacttgaaacatctccagaaggagctcctttcaaaaacagttaaagtgaacattaagtttggacatatttgtgagggaat 26753386  T
Q  329 tcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||| |  || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26753387 tccaatcattaaggaaaggctatgtagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 26753443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 385
Target Start/End: Original strand, 26762576 - 26762932
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||  ||||||||| | |||||| |  ||| ||| |  ||||| |||    
T  26762576 tttacatgttgccaaataccctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtagga 26762675  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
     ||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| |    
T  26762676 ctttatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtca 26762775  T
Q  229 aagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaat 328  Q
     ||||| |||||||   ||||| |||||| |||||||| ||||||||||||   |||   ||  | |||| |||||| |||||  |||||| || |||||    
T  26762776 gagagaattcagctcataataatttgaaacatctccaggaggagctcctttcaaaaactgttagagtgaatattaagttaggagatgttagtgagggaat 26762875  T
Q  329 tcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||| |  ||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26762876 tccaatcataaaggaaagactatctagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 26762932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 30 - 385
Target Start/End: Original strand, 26884710 - 26885066
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| || |  |||||||||||| | ||||  ||||||||| | | |||| |  | ||||| || ||||| |||    
T  26884710 tttacatgtagccaaataccctgttggattacagtaccgagtacaacaattaaaattgcttcttgataaggaatctaacgaaggggtacacatggtagga 26884809  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
    |||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||   |||||||||  | || || |    
T  26884810 atttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattatgttgctgatcaatttgaatgtgtatgttttctgcataaagtca 26884909  T
Q  229 aagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaat 328  Q
      |||| |||| ||   |||||||||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| | || || | || |||||| |||||  |||||| || |||||    
T  26884910 gggagaattcaactcataataacttgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacaattaaattaaacattaagttaggagatgttagtgagggaat 26885009  T
Q  329 tcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    |||    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26885010 tccactcataaaggaaagactacatagaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 26885066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Original strand, 31285200 - 31285555
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | | |||| |||||||||| ||||  ||||||||| | | | || || | ||||| || ||||| |||     
T  31285200 ttacatgttgccaattaccctgttggatttaagtttcgaatacaacaagtgaaattgcttcttgataaggaaactaataaaggggtacacatggtaggac 31285299  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | | |||||||||| |  ||||||     
T  31285300 tttatgggataggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttattggtgatcaatttgacggattatgttttcttcatgatgtgag 31285399  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||  || ||||||||||  ||| | ||  | || |||||||| |||    |||||| || ||||||    
T  31285400 agagaattcagctaaaaataacttgaaacatctccaagagaagctccttttgaaaacaattggattggaaattaagttagaccatgttagtgagggaatt 31285499  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || |  || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31285500 ccaatcattaaggaaaggctatgtagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 31285555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 40 - 385
Target Start/End: Original strand, 26862230 - 26862576
Alignment:
Q  40 gccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatggga 138  Q
    ||||| ||||||||||||||  | || |||||| ||||||| ||||  |||||||||   | ||||||| | ||||| || ||||| ||| ||||||| |    
T  26862230 gccaaataccctgttggattaaagtcccgagtagaacaagtgaaattgcttcttgatatggaatctgatgaaggggtacacatggtaggactttatggta 26862329  T
Q  139 ttggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttc 238  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |   |||||||||| | || || | ||||| |||    
T  26862330 ctggaggcatggggaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttgttgccgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataaagttagagagaattc 26862429  T
Q  239 agcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaattcctaaaata 338  Q
    | ||   |||| ||||||| |||||||| ||||||| |||||  ||| | || || |||| |||||| |||||  || ||| || ||||||||    |||    
T  26862430 aactcataatagcttgaaacatctccagaaggagcttcttttaaaaacagttaaattgaacattaagttaggagatgctagtgagggaattccacttata 26862529  T
Q  339 aaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    |||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  26862530 aaggaaagactaaatagaatgaagattcttttgattctcgatgatgt 26862576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 30 - 242
Target Start/End: Original strand, 26824459 - 26824672
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||||||| | | ||||||| ||| |||||||||||| |||    
T  26824459 tttacatgttgccaaatacccggttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatctcttcttgataacgaatctgatgatgtggtccatatggtagga 26824558  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
     |||| || |||||||| || || |||||||||||||| ||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||   |  ||||||||||| || ||||    
T  26824559 ctttacggtattggaggtttaggtaaatcaacacttgcaaaagcaacttttaattctattgctgataaatttgaagttttttgttttcttgagaacgtga 26824658  T
Q  229 aagagagttcagct 242  Q
     ||||| |||||||    
T  26824659 gagagaattcagct 26824672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 25492860 - 25492624
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| || ||||  ||||| ||||| | ||||||  ||| | |||| ||||| |||     
T  25492860 ttacatgttgccaaataccctgttggattacaatcccgagtacaacacgtgaaattgcttctagatgaggtatctgaggatgagttccacatggtaggac 25492761  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||||||| | ||||||||| || |||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||||||||||||| | | ||||||||| | | ||||||     
T  25492760 tttatggtactggaggcttaggtaaatcaacacttgcaaaatcaatctataacttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctaggagatgtgag 25492661  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccag 266  Q
    ||||| |||| || |||  ||||||||| ||||||||    
T  25492660 agagaattcaactccaagaaacttgaaagatctccag 25492624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 30 - 257
Target Start/End: Original strand, 27215092 - 27215320
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgcat-ctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||| ||| | | | |||||||||| ||||  ||||||||  | |||||| |  | | |||||| ||||| |||    
T  27215092 tttacatgttgccaaacaccctgttggattacatacccaaatacaacaagtaaaattgcttcttgacaagggatctaaggaagaggtccacatggtagga 27215191  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
     || ||||   ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| | |||| |||||| ||| ||||||    
T  27215192 cttcatggagctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttttaatttcattgctgatcagtttgaaggttcatattttctagaagatgtga 27215291  T
Q  229 aagagagttcagcttcaaataacttgaaa 257  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  27215292 aagagaattcaactttaaataacttgaaa 27215320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 40 - 265
Target Start/End: Original strand, 25580372 - 25580598
Alignment:
Q  40 gccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatggga 138  Q
    ||||| |||||||||||||| || || ||| || ||||||| ||||  ||||||||    || |||||  ||| |||||| ||||| ||| ||||||| |    
T  25580372 gccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgtggtccacatggtaggactttatggta 25580471  T
Q  139 ttggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttc 238  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| | ||||| |||    
T  25580472 ctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagatttc 25580571  T
Q  239 agcttcaaataacttgaaaaatctcca 265  Q
    |  |   |||||||||||| |||||||    
T  25580572 aattcttaataacttgaaacatctcca 25580598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 40 - 385
Target Start/End: Original strand, 26076542 - 26076888
Alignment:
Q  40 gccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatggga 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||| || ||||||| ||||  ||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||||||| ||| |    
T  26076542 gccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggta 26076641  T
Q  139 ttggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttc 238  Q
      |||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| | ||||| |||    
T  26076642 ccggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattc 26076741  T
Q  239 agcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaattcctaaaata 338  Q
    | ||   || ||||||||| |||||||| || |||||||||   ||||| || || |  |   | |||||| |  |||||| || ||||| || |  |||    
T  26076742 aactcttaagaacttgaaacatctccagaagaagctcctttcaaaaatagttaaatttgacggtcagatagaagatgttagtgagggaataccaattata 26076841  T
Q  339 aaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    |||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26076842 aaggaaagactatctagaaagaagattcttttgattcttgacgatgt 26076888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 140 - 385
Target Start/End: Original strand, 26143619 - 26143864
Alignment:
Q  140 tggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttca 239  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| | ||||| ||||    
T  26143619 tggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26143718  T
Q  240 gcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaattcctaaaataa 339  Q
      |   |||||| ||||| |||||||| | || ||||||||   || | || || ||||   |||| |||||  |||||| || |||||| | |  || |    
T  26143719 agtcataataacctgaaacatctccaggaagatctccttttaagaacagttaaattgaaccataagttaggagatgttagtgagggaatttcaatcatta 26143818  T
Q  340 aggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143819 aggaaagactatctagaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 26143864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 40 - 279
Target Start/End: Original strand, 26056572 - 26056812
Alignment:
Q  40 gccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatggga 138  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||| || ||||||| ||||  ||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||||||| ||| |    
T  26056572 gccaaataccctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggta 26056671  T
Q  139 ttggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttc 238  Q
      |||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| | ||||| |||    
T  26056672 ccggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattc 26056771  T
Q  239 agcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctccttt 279  Q
    | ||   || ||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  26056772 aactcttaagaacttgaaacatctccagaagaagctccttt 26056812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 129 - 242
Target Start/End: Original strand, 28140275 - 28140388
Alignment:
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
    ||||||||||| ||||| | ||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||| | |||||||    
T  28140275 atttatgggatgggagggtcgggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcataatgtga 28140374  T
Q  229 aagagagttcagct 242  Q
     ||| | |||||||    
T  28140375 gagaaatttcagct 28140388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 142 - 385
Target Start/End: Original strand, 25511645 - 25511888
Alignment:
Q  142 gaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttcagc 241  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| | ||||| |||| |    
T  25511645 gaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattcaac 25511744  T
Q  242 ttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaattcctaaaataaag 341  Q
    |   || ||||||||| |||||||| || |||||||||   ||||| || || |  |   | |||||| |  |||||| || ||||| || |  ||||||    
T  25511745 tcttaagaacttgaaacatctccagaagaagctcctttcaaaaatagttaaatttgacggtcagatagaagatgttagtgagggaataccaattataaag 25511844  T
Q  342 gaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25511845 gaaagactatctagaaagaagattcttttgattcttgacgatgt 25511888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 120 - 203
Target Start/End: Original strand, 25539274 - 25539357
Alignment:
Q  120 atggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 203  Q
    ||||| ||| ||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  25539274 atggtaggactttatggtactggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttgttgctgatcaatttgaa 25539357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 203
Target Start/End: Original strand, 25483709 - 25483873
Alignment:
Q  40 gccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaatttatggga 138  Q
    ||||| |||||||||||||| || || ||| || ||||||| ||||  ||||||||    || |||||  ||| |||||  ||||| ||| ||| ||| |    
T  25483709 gccaaataccctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggta 25483808  T
Q  139 ttggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 203  Q
     ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  25483809 ctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttcttgctgatcaatttgaa 25483873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 114 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 29843444 - 29843340
Alignment:
Q  114 gtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgtt 213  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |  ||||    
T  29843444 gtccagatggtggggatttatggaattggtggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgataaatttgaatgtttgtgtt 29843345  T
Q  214 ttctt 218  Q
    |||||    
T  29843344 ttctt 29843340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 114 - 218
Target Start/End: Original strand, 29826711 - 29826815
Alignment:
Q  114 gtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgtt 213  Q
    ||||| ||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  ||||    
T  29826711 gtccagatggtggggatttatggaattggcggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgtt 29826810  T
Q  214 ttctt 218  Q
    |||||    
T  29826811 ttctt 29826815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 148 - 205
Target Start/End: Original strand, 26849471 - 26849528
Alignment:
Q  148 tgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26849471 tgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaatg 26849528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 119 - 203
Target Start/End: Original strand, 26937759 - 26937843
Alignment:
Q  119 tatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 203  Q
    |||||| || || ||||||||||| ||  | || ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  26937759 tatggtagggatctatgggattggcggaattggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaa 26937843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 148 - 228
Target Start/End: Original strand, 26950502 - 26950582
Alignment:
Q  148 tgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||  |||||||||| | |||||||    
T  26950502 tgggaaagacaacacttgctcaagcagtttataacttgattgctaatcaatttgaatgcaaatgttttcttcacaatgtga 26950582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 385
Target Start/End: Original strand, 25484006 - 25484055
Alignment:
Q  336 ataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25484006 ataaaggaaagactatctagaaagaagattcttttgattgttgatgatgt 25484055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 385
Target Start/End: Original strand, 25539490 - 25539539
Alignment:
Q  336 ataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||||||| |||  |  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539490 ataaaggaaagactatctaaaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 25539539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 385
Target Start/End: Original strand, 26056869 - 26056918
Alignment:
Q  336 ataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26056869 ataaaggaaagactatctagaaagaagattcttttgattcttgacgatgt 26056918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 356 - 385
Target Start/End: Original strand, 27215419 - 27215448
Alignment:
Q  356 aaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215419 aaagaagattcttttgattcttgatgatgt 27215448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 336 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 27705639 - 27705590
Alignment:
Q  336 ataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    ||||||||||||||   | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27705639 ataaaggaaaggctgtgtagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 27705590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 169 - 205
Target Start/End: Original strand, 25074647 - 25074683
Alignment:
Q  169 aagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  25074647 aagcaatttataatttgattgctaatcaatttgaatg 25074683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 205
Target Start/End: Original strand, 26975719 - 26975767
Alignment:
Q  157 caacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  26975719 caacacttgctcaagcagtttataatttgattgctaatcaatttgaatg 26975767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 28097857 - 28097809
Alignment:
Q  157 caacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    |||||||||| |||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  28097857 caacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaatg 28097809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Original strand, 8116 - 8483
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  8116 agtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtcc 8215  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    | ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8216 acatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttct 8315  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  8316 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacacttcaacagaaaactaagttaggaagtgtt 8415  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  8416 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctgcatacaaagaagactcttttgattctcgatgatgt 8483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 13228 - 12861
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  13228 agtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggagtcc 13129  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    | ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13128 acatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttttct 13029  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| |||||||| ||||| |||| |||||||||||    
T  13028 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacacttcaacagaaaactaagttaggaagtgtt 12929  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||| |||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  12928 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctgcatacaaagaagactcttttgattctcgatgatgt 12861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 4265 - 3898
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  4265 agtcatcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggagccc 4166  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    | ||||| ||| ||||||| | |||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4165 acatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttattgctgatgaatttgaatgctcatgttttct 4066  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||| ||||| |||||    
T  4065 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaattgaaacatctccaggaggagctccttttaaaaacacttcaacttgaaattaagttaggaggtgtt 3966  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || |||||| || | |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3965 agtgagggaatttctcatataaaggaaaggctgcattcaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 3898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 3092 - 2725
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||||    
T  3092 agtcgtcaacccttacatgttgccaattaccctgttggaatgaagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtcc 2993  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    | ||||| ||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2992 acatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 2893  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| |||| |||  ||||||||||||  ||| |||||||||  |||||||| | ||| |||||    
T  2892 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataaattgaaacatcttcagttggagctccttttaaaaacacttcaacttgaaattaagtttggaggtgtt 2793  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2792 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctacatagaaagaaggttcttttgattcttgatgatgt 2725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18679109 - 18678742
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| || |||| ||||    
T  18679109 agtcggcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaatgatcttatgatggagtcc 18679010  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||||| ||| ||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18679009 gcatggtaggactttatggcattggaggcatgggtaaattaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 18678910  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| ||||  ||||||||||||| ||||| |||||    
T  18678909 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacactttcactgaaaattaagttaggaggtgtt 18678810  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18678809 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctacatacaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 18678742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18698949 - 18698582
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||| |||| ||||    
T  18698949 agtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaagcgcttcttgataaaggatctgatgatggagtcc 18698850  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||| | ||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18698849 gcatgttaggactttatggcattggaggcatgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 18698750  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| |||   ||||||||||||| ||||| |||||    
T  18698749 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacactagcactgaaaattaagttaggaggtgtt 18698650  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18698649 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctgcatacaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 18698582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18731053 - 18730686
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||  ||| ||||    
T  18731053 agtcgtcagcccttacatgttgccatttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatcttatggtggagtcc 18730954  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18730953 gcatgataggactttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgctaaagtaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 18730854  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| |||   ||||||||||||| ||||| |||||    
T  18730853 tgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacactagcactgaaaattaagttaggaggtgtt 18730754  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||  | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18730753 agtgagggaattccctatataaaggaaaggctacatacaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 18730686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18655026 - 18654659
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||  ||| ||||    
T  18655026 agtcgtcagcccttacatgctgccagttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctgatggtggagtcc 18654927  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18654926 gcatgataggactttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgcaaaatcaattaataattgtattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 18654827  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    ||||||||||| ||| | |||| |||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| ||||  ||||||||||||| ||||| |||||    
T  18654826 tgaaaatgtgagagaaaattcatcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacactttcactgaaaattaagttaggaggtgtt 18654727  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || ||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18654726 agtgagggaattccttatataaaggaaaggctacatacaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 18654659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 18723634 - 18723267
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| ||  ||| ||||    
T  18723634 agtcgtcagcccttacatgttgccacttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctaatggtggagtcc 18723535  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
      ||| | ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723534 gcatgataggactttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgcaaaaggaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 18723435  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||||| | |||||| |||||||| |||| ||||||||  ||| ||||  ||||||||||||  ||||| |||||    
T  18723434 tgaaaacgtgagagagaattcagcttcaaatcaattgaaacatctccaggaggaactccttttaaaaacactttcactgaaaattaacttaggaggtgtt 18723335  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || ||  |||||||| | |||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18723334 agtgagagaattccttatataaagaaaaggctacatacaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 18723267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 382
Target Start/End: Original strand, 18074402 - 18074754
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18074402 ttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaa 18074501  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||| | || |     
T  18074502 tttatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcag 18074601  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| ||  ||||||||   | | ||||||||||||||||||| ||| |  ||| || || |||||     
T  18074602 agagaattcagcttcaaatagcttgaaacgtttccaggagatgctcctttcaaagacacttcaactgaaaattaagttagcagatgtcagtgagggaatc 18074701  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatga 382  Q
     | |  |||||||||||| |   | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  18074702 tcaatcataaaggaaaggttgtgtagaaagaagattcttttgattctcgatga 18074754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 132 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 5090392 - 5090319
Alignment:
Q  132 tatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    ||||||| ||||||  |||| ||| | |||||||  ||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    
T  5090392 tatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatg 5090319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 31 - 382
Target Start/End: Original strand, 60210 - 60562
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  60210 ttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttggaa 60309  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| | |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||| | || |     
T  60310 tttatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttgaacaagtcag 60409  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||  | ||||| ||  ||||||||   | | ||||||||||||||||||| ||| |  ||| || || |||||     
T  60410 agagaattcagcttcaaatagcttgaaacgtttccaggagatgctcctttcaaagacacttcaactgaaaattaagttagcagatgtcagtgagggaatc 60509  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatga 382  Q
     | |  |||||||||||| |   | |||||||||||||||||||||| |||||    
T  60510 tcaatcataaaggaaaggttgtgtagaaagaagattcttttgattctcgatga 60562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 128; Significance: 5e-66; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 19 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 267893 - 267526
Alignment:
Q  19 agtcgtcagcctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtcc 117  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||| |||||||||    
T  267893 agtcgtgagcccttacatgttgccaattaccctgttggattatggtctcaagtacaacaagtgaaattgcttcttgataatggatctgatgatggggtcc 267794  T
Q  118 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||    
T  267793 atatggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataattttattgctgatcaatttgaaggattatgttttct 267694  T
Q  218 tgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgtt 317  Q
    | |  |||||| ||| | |||||||  || |||||||||| |||||||  || ||||||||||  ||| |  |  | || |||||||| |||    ||||    
T  267693 tcatgatgtgagagaaaattcagctataagtaacttgaaacatctccaagagaagctccttttaaaaacaactggattggaaattaagttagaccatgtt 267594  T
Q  318 agcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    || || || ||||| |  || ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  267593 agtgagggcattccaatcattaaggaaaggctatgtagaaagaagattcttttgattctcgatgatgt 267526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 6e-53
Query Start/End: Original strand, 30 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 28163917 - 28163561
Alignment:
Q  30 tttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttgga 128  Q
    |||||||||||| || || ||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||  ||||| ||| | |||| |||| ||| |||||| ||||| |||    
T  28163917 tttacatgttgcaaaatatcctgttggattacaatctcaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtagga 28163818  T
Q  129 atttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
     ||||||  | |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||||    
T  28163817 ctttatgatactggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtga 28163718  T
Q  229 aagagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaat 328  Q
     ||||| |||| || ||   ||||||||| |||||||| | ||||| |||||||||| | ||  |  | | |||||| ||||| ||||||| || |||||    
T  28163717 gagagaattcaactccatccaacttgaaacatctccaggaagagct-ctttttgaaacagttagatcggacattaagttaggaggtgttagtgagggaat 28163619  T
Q  329 tcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgtc 386  Q
    | | |  |||||  ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  28163618 tacaatcataaaacaaaggctacatagaaataaaattcttttgattcttgatgatgtc 28163561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 28127216 - 28126860
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgcatctcga-gtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||   | | ||||||||||| || |  ||||| ||| | |||| |||| ||| |||||| ||||| |||     
T  28127216 ttacatgttgccaaatatcctgttggattacaggaccaagtacaacaagtgaatttgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggac 28127117  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||||     
T  28127116 tttatggtattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgag 28127017  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctccagcaggagctcctttttgaaatacttcaactgaaaattaagataggaagtgttagcgaaggaatt 329  Q
    ||||| |||| || || |||| |||||| |||||||  |  ||||||||||  ||| | ||  | || | |||||| ||||| ||||||| || ||||||    
T  28127016 agagatttcaactccatataatttgaaacatctccaagaaaagctccttttgaaaacagttggattggacattaagttaggaggtgttagtgagggaatt 28126917  T
Q  330 cctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgtc 386  Q
     | |  |||||  ||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28126916 gcaatcataaaacaaaggctatgcagaaagaagattcttttgattcttgatgatgtc 28126860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 31 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 29273379 - 29273144
Alignment:
Q  31 ttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcacttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttggaa 129  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  29273379 ttacatgttgccaaataccctgttggattacagtctcaagtacaacaagtcaaatcgcttcttgataatggatctgatgatgggatccatatggttggaa 29273280  T
Q  130 tttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaa 229  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||||| |  ||||||     
T  29273279 tttatgggattggtggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttttcttcatgatgtgag 29273180  T
Q  230 agagagttcagcttcaaataacttgaaaaatctcca 265  Q
    ||||| |||||||  ||||||||||||| |||||||    
T  29273179 agagaattcagctaaaaataacttgaaacatctcca 29273144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 89
Target Start/End: Original strand, 16440691 - 16440753
Alignment:
Q  28 cctttacatgttgccaattaccctgttggattgca-tctcgagtacaacaagttaaatcactt 89  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| || ||||| || ||||||    
T  16440691 cctttacatgttgctaattaccctgttggattggagtctcgagtgcaccaagtaaactcactt 16440753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 109 - 218
Target Start/End: Original strand, 16691587 - 16691696
Alignment:
Q  109 atggggtccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctc 208  Q
    |||||||  |||||||||| ||  |||| ||||||||  | || ||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |     
T  16691587 atggggtatatatggttgggatccatggaattggaggaatcggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgttt 16691686  T
Q  209 atgttttctt 218  Q
     |||||||||    
T  16691687 gtgttttctt 16691696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 300 - 385
Target Start/End: Original strand, 16691778 - 16691863
Alignment:
Q  300 attaagataggaagtgttagcgaaggaattcctaaaataaaggaaaggctacatggaaagaagattcttttgattcttgatgatgt 385  Q
    |||||| |||||  |||||| ||||||||||| | ||||||  ||||||||||   ||| ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  16691778 attaagttaggacatgttagtgaaggaattccaataataaaacaaaggctacaacaaaaaaaggttcttttgattctcgatgatgt 16691863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 157 - 241
Target Start/End: Original strand, 3280427 - 3280511
Alignment:
Q  157 caacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgaaagagagttcagc 241  Q
    |||| ||||| | |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||   |||||||||| | ||||||| ||| | ||||||    
T  3280427 caactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagagaaaattcagc 3280511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University