View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13698_high_7 (Length: 475)

Name: NF13698_high_7
Description: NF13698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13698_high_7
NF13698_high_7
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-459)||(37030290-37030749)
chr1 (236-459)||(32593227-32593450)
chr1 (253-459)||(51823841-51824047)
chr1 (247-459)||(31526951-31527163)
chr1 (4-120)||(32592578-32592694)
chr1 (4-120)||(31527272-31527388)
chr1 (57-138)||(51824272-51824353)
chr1 (4-52)||(51824717-51824765)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (219-459)||(49187144-49187384)
chr3 (219-460)||(49190834-49191075)
chr3 (219-459)||(49202124-49202364)
chr3 (4-178)||(49188058-49188235)
chr3 (4-143)||(49191832-49191971)
chr3 (238-459)||(49211653-49211874)
chr3 (238-459)||(49207079-49207300)
chr3 (4-139)||(49202944-49203077)
chr3 (4-120)||(49208132-49208248)
chr3 (4-120)||(49212972-49213088)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (220-459)||(26756122-26756361)
chr8 (7-120)||(26756496-26756611)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37030749 - 37030290
Alignment:
Q  1 aaactaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030749 aaactaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttc 37030650  T
Q  101 aatatgaaaccaaggttagtttagtccatgcaaatatatataacttgattcattttttatttgc--tgaaattaaataattaatagctgttgataggaaa 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  | | |||||   ||||||||||||||||||||||    
T  37030649 aatatgaaaccaaggttagtttagtccatgcaaatatatataacttgattcattttttata-gcaataagattaatatattaatagctgttgataggaaa 37030551  T
Q  199 ataaattacaataatttaagtttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaag 298  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030550 ataaattaatataatttaagtttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaag 37030451  T
Q  299 caattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgc 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030450 caattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgc 37030351  T
Q  399 aaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagt 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37030350 aaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagt 37030290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 236 - 459
Target Start/End: Original strand, 32593227 - 32593450
Alignment:
Q  236 tttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 335  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||  | ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32593227 tttggatggtttaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaatcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcaca 32593326  T
Q  336 gaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttgga 435  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||| ||||     
T  32593327 gaaagcattggcagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaagggattgtgacacttggg 32593426  T
Q  436 caagctcaaggggtgtatgtaagt 459  Q
     | |||||||| ||||||||||||    
T  32593427 aatgctcaaggagtgtatgtaagt 32593450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 253 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 51824047 - 51823841
Alignment:
Q  253 caagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatg 352  Q
    ||||| || ||||||||  | ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51824047 caagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaagcagaagcaattctgtacgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcattggcagatg 51823948  T
Q  353 caacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgta 452  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| | |||||||| | |||    
T  51823947 caacattttatgcgtgcaagcaagcagctgaagcagatctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttggaaatgctcaaggagcgta 51823848  T
Q  453 tgtaagt 459  Q
    |||||||    
T  51823847 tgtaagt 51823841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 247 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 31527163 - 31526951
Alignment:
Q  247 taggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcatcgg 346  Q
    ||||| ||||| || ||||||||  | ||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  31527163 taggtacaagaggctaactgggaattatacaggaaacaaaaagaagcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacagaaagcattgt 31527064  T
Q  347 cagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttggacaagctcaagg 446  Q
    |||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||    
T  31527063 cagatgcaacattttatgcgcgcaagcaagcagccgaagcggagctatatgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaatgctcaagg 31526964  T
Q  447 ggtgtatgtaagt 459  Q
     ||||||||||||    
T  31526963 agtgtatgtaagt 31526951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 120
Target Start/End: Original strand, 32592578 - 32592694
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||| |    
T  32592578 ctaagggaagctgagttgcagggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcagt 32592677  T
Q  104 atgaaaccaaggttagt 120  Q
    |||||||||||||||||    
T  32592678 atgaaaccaaggttagt 32592694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 31527388 - 31527272
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||| | |    
T  31527388 ctaagggaagctgagttgcagggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttgagt 31527289  T
Q  104 atgaaaccaaggttagt 120  Q
    |||||||||||||||||    
T  31527288 atgaaaccaaggttagt 31527272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 57 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 51824353 - 51824272
Alignment:
Q  57 tactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtttagtccatgcaaatata 138  Q
    |||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51824353 tactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcaatatgaaaccaaggttagtttagtccatgcaaatata 51824272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 4 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 51824765 - 51824717
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattga 52  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  51824765 ctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaagatgaatgctttga 51824717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 219 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 49187384 - 49187144
Alignment:
Q  219 tttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  49187384 tttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaaacagaaagagactgaagcaattctgtatgagaagaag 49187285  T
Q  319 gcagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49187284 gcagaggcagaagcacagaaagcgtcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagg 49187185  T
Q  419 gaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagt 459  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  49187184 gaattgtgacacttggacaagctcaaggagcgtatgtaagt 49187144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 219 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 49191075 - 49190834
Alignment:
Q  219 tttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaag 318  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49191075 tttttggtgattgaaattctggatggtataggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaaacaaaaggaggcagaagcaattctgtatgagaagaag 49190976  T
Q  319 gcagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49190975 gcagaggcagaagcacagaaagcattagcagacgcaacattttatgctcgcacgcaagcagctgaagcagagctatatgcaaagaaaaaggaggcagagg 49190876  T
Q  419 gaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagtg 460  Q
    ||||||||||| ||||  | ||||||||||||||| ||||||    
T  49190875 gaattgtgacacttgggaatgctcaaggggtgtatctaagtg 49190834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 219 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 49202364 - 49202124
Alignment:
Q  219 tttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaag 318  Q
    |||| ||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49202364 ttttcggtgattcaaactctggatggtgtaggtacaagaagcaaactgggagctgtacaagaagcagaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaag 49202265  T
Q  319 gcagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||    
T  49202264 gcagaggcagaagcacagaaagcgtcagcagatgcaacattttatgcttgcaagcaagaagccgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagagg 49202165  T
Q  419 gaattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagt 459  Q
    | ||||||||| ||||  | |||||||| | ||||||||||    
T  49202164 ggattgtgacacttgggaatgctcaaggagcgtatgtaagt 49202124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 49188235 - 49188058
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  49188235 ctaagggaagctgagttgcaaggtgaagtcgagaggatgaatgcattgactacaactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcaat 49188136  T
Q  104 atgaaaccaaggttagtttagtcc-atgcaa--atatatataacttgattcattttttatttgctgaaattaaataat 178  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49188135 atgaaaccaaggttagtttagtccaatgcaaatatatatataacttcattcattttttatttgctgaaattaaataat 49188058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 8e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 49191971 - 49191832
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49191971 ctaagggatgctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgagttccttagcaaagctagtgttcaat 49191872  T
Q  104 atgaaaccaaggttagtttagtccatgcaaatatatataa 143  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49191871 atgaaaccaaggttagtttagtacatgcaaatatatataa 49191832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 238 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 49211874 - 49211653
Alignment:
Q  238 tggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacaga 337  Q
    |||||| ||||||| ||||| || ||||||||  | ||||| ||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49211874 tggatgctgtaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaggaggcagaagcaattctgtttgagaagaaggcagaggcagaagcacaaa 49211775  T
Q  338 aagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttggaca 437  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  |    
T  49211774 aagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctgtacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattgtgacacttgggaa 49211675  T
Q  438 agctcaaggggtgtatgtaagt 459  Q
     |||||||| | ||||||||||    
T  49211674 tgctcaaggagcgtatgtaagt 49211653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 238 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 49207300 - 49207079
Alignment:
Q  238 tggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcacaga 337  Q
    |||||| | ||||| ||||| || ||||||||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  49207300 tggatgctctaggtacaagaggctaactgggaattatacaagaaacaaaaagaggctgaagcaattctgtatgagaagaaggcagaggcagaagcgcaaa 49207201  T
Q  338 aagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagagggaattgtgacagttggaca 437  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||  |    
T  49207200 aagcattggcagattccacattttatgctcgcaagcaagaagctgaagcagagctatacgcaaagaaaaaagaggcagaggggattatgacacttgggaa 49207101  T
Q  438 agctcaaggggtgtatgtaagt 459  Q
     |||||||| | ||||||||||    
T  49207100 tgctcaaggagcgtatgtaagt 49207079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 49203077 - 49202944
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49203077 ctaagggatgctgagttacaaggtgaagttgaaaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagccgagttccttagcaaagctagtgttcaat 49202978  T
Q  104 atgaaaccaaggttagtttagtccatgcaaatatat 139  Q
    ||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||    
T  49202977 atgaaactaaggttagtttaat--atgcaaatatat 49202944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 49208248 - 49208132
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||    
T  49208248 ctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactactactgagaagcttaaagctgatttccttagcaaagctagtgttgaat 49208149  T
Q  104 atgaaaccaaggttagt 120  Q
    |||| || |||||||||    
T  49208148 atgacactaaggttagt 49208132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 49213088 - 49212972
Alignment:
Q  4 ctaagggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttccttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||    
T  49213088 ctaagggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaagatgaatgctttgactacaactgagaagcttaaagctgatttacttagcaaagctagtgttcaat 49212989  T
Q  104 atgaaaccaaggttagt 120  Q
    ||||||| |||||||||    
T  49212988 atgaaactaaggttagt 49212972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 128; Significance: 6e-66; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 220 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 26756361 - 26756122
Alignment:
Q  220 ttttggtgattaaaactttggatggtgtaggtgcaagaagcaaactgggagctgtacaaaaaacagaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaagg 319  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| ||| |||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26756361 ttttggtgattcaaattctggatagtgcaggcacaagaggcaaactgggagctgtacaagaaacaaaaagaggcagaagcaattctgtatgagaagaaga 26756262  T
Q  320 cagaggcagaagcacagaaagcatcggcagatgcaacattttatgctagcaaacaagcagctgaagcagagctttatgcaaagaaaaaggaggcagaggg 419  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  26756261 cagaggcagaagcacagatagcattggcaaatgcaacattttatgctcgtaaacaagcagccgaagcagagctatatgcaaagaagaaggaggcggaggg 26756162  T
Q  420 aattgtgacagttggacaagctcaaggggtgtatgtaagt 459  Q
     || |||||| ||||  | | ||||||||||| |||||||    
T  26756161 gatcgtgacacttgggaatggtcaaggggtgtgtgtaagt 26756122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 26756611 - 26756496
Alignment:
Q  7 agggaagctgagttacaaggtgaagttgagaggatgaatgcattgactactactgaaaagcttaaagcagagttcc---ttagcaaagctagtgttcaat 103  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |||||||   |||| ||||||||||| | ||    
T  26756611 agggaagctgagttgcaaggtgaggttgagaggatgaatgctttgactaccactgagaagcttaaacctgagttcctaattagtaaagctagtgtac-at 26756513  T
Q  104 atgaaaccaaggttagt 120  Q
    |||||||||||||||||    
T  26756512 atgaaaccaaggttagt 26756496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University