View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13698_low_1 (Length: 779)

Name: NF13698_low_1
Description: NF13698
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13698_low_1
NF13698_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (18-771)||(31973763-31974507)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 598; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 598; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 771
Target Start/End: Complemental strand, 31974507 - 31973763
Alignment:
Q  18 ataatatggtagttgatataaatatattacatgaccaaattattgtgcgtttatgtgacaagggtcttggctagtcttgctcagtcagagnnnnnnnnnn 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
T  31974507 ataatatggtagttgatataaatatattacatgaccaaattattgtgcgtttatgtgacaagggtcttggctagtcttgctcagtcaga--------tat 31974416  T
Q  118 nnnnnngtagctttgttctactgaatcatatattatattattagttcaaaatcgacagttctatctggttgagaagaattattaatttctcatgtgatcg 217  Q
          ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31974415 atatatgtagctttgctctactgaatcatatattatattact---tcaaaatcgacagttctatctggttgagaagaattattaatttctcatgtgatcg 31974319  T
Q  218 tgatcagtttaagcatcaacaactcgacacccagcatgcatattcgtacttgcttgttctctggctcaatcttctctctagctttaatttatgagcacat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31974318 tgatcagtttaagcatcaacaactcgacacccagcatgcatattcgtacttgcttgttctctggctcgatcttctctctagctttaatttatgagcacat 31974219  T
Q  318 ataatattaatattttcaataatattcatttcaattaccactgggattcggaaaattatactatcaagatatacaggaagatctcaacatgattgatgct 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31974218 ataatattaatattttcaataatattcatttcaattaccactgggattcggaaaattatactatcaagatatacaggaagatctcaacatgattgatgct 31974119  T
Q  418 gaatataattatatatagattgcacttacatggtgtcttttcaaact-aattaactttgttcaacttgattttctccaactgtcgtagaatttgagttgg 516  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31974118 gaatatagttatatatagattacacttacatggtgtcttttcaaactaaattaactttgttcaacttggttttctccaactgtcatagaatttgagttgg 31974019  T
Q  517 aagtatgtc-cttatacaattgatttgtaaaatgagggatgtctttctttataatctttagtcaaactttatcttagaatttggattaaacttaaatatt 615  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  31974018 aagtatgtcagttataaaattgatttgtaaaatgagggatgtctttctttataatatctaatcaaactttatcttaaaatttggattaaacttaaatatt 31973919  T
Q  616 caacataagaaaatcaatttgtaagatgaaaaatgcttctatttataaaccctggttatgtcttatctttaaactttgtgagacttgatttttccaatac 715  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31973918 catcataagaaaatcgatttgtaagatgaaaaatgcttctatttataaaccttggttatgtcttatctttaaactttgtgagacttgatttttccaatac 31973819  T
Q  716 aacgtaaatttgtaactaagacttctgttggaaatcaagtgtgcgtgatgatgtcc 771  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31973818 aacgtaaatttgtaactaagatttctgttggaaatcaagtgtgcgtgattatgtcc 31973763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University