View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1370-INSERTION-9 (Length: 757)

Name: NF1370-INSERTION-9
Description: NF1370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1370-INSERTION-9
NF1370-INSERTION-9
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (8-561)||(38313377-38313930)
chr8 (10-480)||(38308864-38309336)
chr8 (10-480)||(38320962-38321434)
chr8 (10-528)||(38325664-38326184)
chr8 (10-528)||(38306088-38306586)
chr8 (10-537)||(38300160-38300689)
chr8 (10-480)||(38316867-38317339)
chr8 (554-757)||(38313157-38313360)
chr8 (557-756)||(38320662-38320861)
chr8 (557-738)||(38316585-38316766)
chr8 (557-749)||(38299924-38300116)
chr8 (557-756)||(38305836-38306035)
chr8 (557-748)||(38325420-38325611)
chr8 (569-720)||(38308600-38308751)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (10-535)||(38850006-38850533)
chr4 (557-747)||(38850579-38850769)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 534; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 38313930 - 38313377
Alignment:
Q  8 ctagttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacactactcatcccaatatttcttaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313930 ctagttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacactactcatcccaatatttcttaa 38313831  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313830 acttgcccatcatacttttagccattctcgctacaaattcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 38313731  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313730 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 38313631  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38313630 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttca 38313531  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgcct 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313530 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgcct 38313431  T
Q  508 tacaaacaaaatgctctctctgatcttacagacaacactctcaactaggtttaa 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  38313430 tacaaacaaaatgctctctctgatcttacagacaacactctcaactagttttaa 38313377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 10 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 38309336 - 38308864
Alignment:
Q  10 agttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaa 107  Q
    |||||||||||||||  ||||||| | ||||  || |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| ||    
T  38309336 agttttgagtaacaataagccaatgtggaaagctttatccttgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcttcccaatatttctcaa 38309237  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    |||||  || |||||||| | ||||||||  || | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  38309236 acttggtcaacatcctttcaaccattctctttatatcttcatcttcatctcccaaattatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaata 38309137  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38309136 caagttggaagtacgatgtgttgcaccatttatcgtgttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttct 38309037  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38309036 gccgcaggacatgaatcataaccatcgtcatacaagtgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttca 38308937  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaa 480  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  38308936 ctctcatagacatgtctagatgcaaacgaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaa 38308864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 10 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 38321434 - 38320962
Alignment:
Q  10 agttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaa 107  Q
    |||||||||||||||  ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  38321434 agttttgagtaacaatgagccaatgtagaaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaa 38321335  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||  || | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  38321334 acttgctcatcatcctttcagccattctctttatagcttcatcttcatctctcaaactatcagctaaaacacattgaactttccaaacttgcaaaaaata 38321235  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    || ||| ||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  38321234 catgtttgaagtaggatgtgctgtgccattaatcatgttagcagtttcccttaaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttct 38321135  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
     ||| ||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  38321134 accgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttca 38321035  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaa 480  Q
    |  |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38321034 cagtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaa 38320962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 10 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 38326184 - 38325664
Alignment:
Q  10 agttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacact--actcatcccaatatttcttaa 107  Q
    |||||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||| |||| |||| | ||    
T  38326184 agttttgagtaacaataagccaatgttgaaaatttaatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactgtactcattccaaaatttgtcaa 38326085  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||| ||    
T  38326084 acttgctcatcatcctttcagccattctctttataacttcatcttcatctcccaaagtagcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaatta 38325985  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    ||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  38325984 caaattggaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttagcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttct 38325885  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
     ||| ||||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  38325884 accgaaggacataactcataattatcctcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttca 38325785  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgcct 507  Q
      |||||||||   ||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||    | || ||||||||| ||||||||    
T  38325784 gactcatagacgagtcctgatgcaagcgaacggaactatcgacaccaccaaccttttcaatgcattccttaaatttctcccttctactctttgaatgcct 38325685  T
Q  508 tacaaacaaaatgctctctct 528  Q
     |||||||  |||||||||||    
T  38325684 cacaaacatgatgctctctct 38325664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 10 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 38306586 - 38306088
Alignment:
Q  10 agttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaa 107  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||            |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38306586 agttttgagtaacaatcagccaaccttgagaatttcatccgtgggtc------------cattgcaagaacaacactatgctcatcccaatatttcttaa 38306499  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  38306498 acttgcccatcatccttttagccattctcgctataacttcatcttcatctcccaaactatcaacaagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaata 38306399  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||          |    
T  38306398 caagttggaagtgggatgtgttgcaccattgatcatgttggcagtttcacgaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccactcttt----------t 38306309  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
    || | |||||| ||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || | ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| |||||||    
T  38306308 gcagaaggacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttca 38306209  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgcct 507  Q
    |  |||||||||| || | |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||||||| |||| |||    
T  38306208 cagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaaccttttcaacgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccct 38306109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 10 - 537
Target Start/End: Complemental strand, 38300689 - 38300160
Alignment:
Q  10 agttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaa 107  Q
    |||||||||||||||  ||||||| ||||||  || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  38300689 agttttgagtaacaattagccaatgttgaaagcttaatccttgggtcaagaaccgctcccattgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaa 38300590  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    |||||  || |||||||| ||||||||||  || | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  38300589 acttggtcagcatcctttcagccattctctttatatcttcatcttgatctcccaaacaatcaactaaaaggcattggactttccaaacttgcaaaaaata 38300490  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  38300489 caagttggaagtaggatgtgttgtggcattaatcatgttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttct 38300390  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
     ||| ||||||| |  |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||||||    
T  38300389 accgaaggacataacacataactatcatcatacaagtgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgagttca 38300290  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgcct 507  Q
    ||||  ||| | | || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||  |||||||||||   || || || |||||| ||||||||    
T  38300289 ctcttttaggcgtgtccagatgcaagcgaacggaacaatcaacaccaccaacctttgcaatacactccttaaatttttcccttccactctttgaatgcct 38300190  T
Q  508 tacaaacaaaatgctctctctgatcttaca 537  Q
     |||||||  ||||| ||||| || |||||    
T  38300189 cacaaacatgatgctatctctaattttaca 38300160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 10 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 38317339 - 38316867
Alignment:
Q  10 agttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaa 107  Q
    |||||||||||||||  ||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||    
T  38317339 agttttgagtaacaataagccaacgtcgaaaacttcatccgtgggtcaagaactgctcccagtgcaagaacaacactatactcatcccaatatttgtcaa 38317240  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    ||| || ||||||||||| ||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| |    
T  38317239 actcgctcatcatcctttcagccattctctttataactttatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgcaaaaaaca 38317140  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    |||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || | |    
T  38317139 caagtttgaagtaggatgcgttgtgtcattaatcatgttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgt 38317040  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
    ||   ||||||| | |  |||| ||||||||||||||||| |||||||||  || || |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||    
T  38317039 gctaaaggacataactggtaattatcatcatacaagtgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttca 38316940  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaa 480  Q
      ||||||||||| || ||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  38316939 gactcatagacatgtccagatgcaggcaaacagaactatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaa 38316867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 554 - 757
Target Start/End: Complemental strand, 38313360 - 38313157
Alignment:
Q  554 aggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaa 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313360 aggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaa 38313261  T
Q  654 tgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctcc 753  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313260 tgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctcc 38313161  T
Q  754 agta 757  Q
    ||||    
T  38313160 agta 38313157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 557 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 38320861 - 38320662
Alignment:
Q  557 tttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgt 656  Q
    |||||||| || ||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||||||    
T  38320861 tttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttttcaatagttcttgcaaaatgt 38320762  T
Q  657 cattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagt 756  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38320761 cattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagt 38320662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 8e-60
Query Start/End: Original strand, 557 - 738
Target Start/End: Complemental strand, 38316766 - 38316585
Alignment:
Q  557 tttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgt 656  Q
    ||||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||  |    
T  38316766 tttaaaacgcatgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgcaaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacat 38316667  T
Q  657 cattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctc 738  Q
     ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||||||    
T  38316666 tattctcaaatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctctc 38316585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 113; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 557 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 38300116 - 38299924
Alignment:
Q  557 tttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgt 656  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||  |||| |||||||||||| |    
T  38300116 tttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgcaaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattt 38300017  T
Q  657 cattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcag 749  Q
     ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38300016 tattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattcaagaactcaaccattctctcacacatctcag 38299924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 8e-54
Query Start/End: Original strand, 557 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 38306035 - 38305836
Alignment:
Q  557 tttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgt 656  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||  ||| || ||||||||||||||||    
T  38306035 tttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgt 38305936  T
Q  657 cattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagt 756  Q
      | || | |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  38305935 tgtccttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctcggctacagt 38305836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 557 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 38325611 - 38325420
Alignment:
Q  557 tttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgt 656  Q
    |||||||| || |||||||| ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||  ||| ||||||||||| | ||  |    
T  38325611 tttaaaacacgtgcaaaacagtgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaaccaagatgagatttcaattgttcttgtagaacat 38325512  T
Q  657 cattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctca 748  Q
     ||||||   ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||| |||||| ||||||||||||    
T  38325511 tattctcgactgaatcatctaaagtaagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaattcaatcattctttcacacatctca 38325420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 569 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 38308751 - 38308600
Alignment:
Q  569 gcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatg 668  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | || ||||||| ||||| ||  | ||||||| |||    
T  38308751 gcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccattttccaaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatg 38308652  T
Q  669 aatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaa 720  Q
    ||||||||||||| |  || |||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  38308651 aatcatctaaagtaaatgaaaaaatctttttctctactccccaatcattcaa 38308600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 265; Significance: 1e-147; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 10 - 535
Target Start/End: Original strand, 38850006 - 38850533
Alignment:
Q  10 agttttgagtaacaagcagccaatcttgaaaatttcatccgtgggtcaagaactgctcccattgcaagaacaacacta--ctcatcccaatatttcttaa 107  Q
    |||||||| ||||||  ||||||  ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||    
T  38850006 agttttgaataacaataagccaaggttgtaaacttcatccgtgggtcaagaaccgctcccaatgcaagaacaacactatactcatcccaatatttctcaa 38850105  T
Q  108 acttgcccatcatccttttagccattctcgctacaacttcatcttcatctcccaaactatcaactaaaacacattgaagtttccaaacttgcgaaaaata 207  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||| ||  || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||  |||||||    
T  38850106 acttgctcatcatcctttcagccattttctttatatcttcatcttcatctcccaaactatcaactagaacacattggactttccaaacttgtaaaaaata 38850205  T
Q  208 caagttggaagtaggatgtgttgcgccattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttct 307  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  38850206 caagttggaagtaggatgtgttgtgctattaatcatgttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttcc 38850305  T
Q  308 gccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaagtgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagtcgagttca 407  Q
    |||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||  |||    
T  38850306 gccgaaggacataaatcataactatcatcatacaagtgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactca 38850405  T
Q  408 ctctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaactatcaacaccaccaaccttctcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgcct 507  Q
      |||||||| ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||   || ||  |||||||| ||||||||    
T  38850406 aactcatagatatatccaaatgtaagtgaaccgaactatcaacaccaccaaccttttcaaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcct 38850505  T
Q  508 tacaaacaaaatgctctctctgatctta 535  Q
     |||||||  || |||||||||||||||    
T  38850506 cacaaacatgatactctctctgatctta 38850533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 557 - 747
Target Start/End: Original strand, 38850579 - 38850769
Alignment:
Q  557 tttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgcaaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgt 656  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||| ||||||||||||||||| |    
T  38850579 tttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgcaaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatct 38850678  T
Q  657 cattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattctctcacacatctc 747  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  38850679 cattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaactcaaccattctctcacaaatctc 38850769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University