View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13701_low_1 (Length: 963)

Name: NF13701_low_1
Description: NF13701
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13701_low_1
NF13701_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (20-955)||(10598818-10599747)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 955
Target Start/End: Complemental strand, 10599747 - 10598818
Alignment:
20 ccggataggtttacgttaactgggttgatatctgtgtgtgctgagattcagtttttgtcgcttgggaaggagttgcattcgtgggttattaggtcgggtt 119  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10599747 ccggatagatttacgttgactgggttgatatcggtttgtgctgagattcagtttttgtcgcttgggaaggagttgcattcgtgggttattaggtcgggtt 10599648  T
120 tggttttggatttgtgtgttaggtgtagtttggttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcgagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagagagca 219  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
10599647 tggttttggatttgtgtgttgggtgtagtttggttgatatgtatgcgaaatgtggattggtgcaagaggctaggaaagtgtttgatggtatgagggagca 10599548  T
220 taatgtgatgtcgtggacggcacttattaatggatatgtaagaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagattgtttagcgatatgttgcttcag 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||    
10599547 taatgtgatgtcgtggacggctcttgttaatggatatgtacgaggcggtggtggatatgaacgggaagctatgagaatgtttagtaatatgttgcttcag 10599448  T
320 ggttgtgttgcgccaaattgctttacgttttctggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctaattttgattttggtgaacaagttcacgggcaaacga 419  Q
    ||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
10599447 ggtggtgttgcgccgaactgctttacgttctccggtgttcttaaggcttgtgcgagtcttcctgattttgattttggtgaacaggttcatgggcaaacga 10599348  T
420 ttaaattaggtctttctgcgattgattgtgtagggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaggtctgggagaatggaaggtgctcgcaagtgttttgatgt 519  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||    
10599347 ttaaattaggtctttctgcaattgattgtgtagggaatggtcttgttagtgtgtatgcaaagtctggaagaatggaatctgctcgcaagtgttttgatgt 10599248  T
520 tttgtttgagaagaatttggtttcgggtagtgggatcgttggtgatgcaagtgtgaaagattcgaatttaaattctgaacaagacataaaccctgaaatt 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |  |   | |||| |||| ||| |||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |  ||| |||| ||    
10599247 tttgtttgagaagaatttggtttcggagacag---ttgttgatgatacaaatgtgaaagattttaatttgaattctgaacaagacttggaccgtgaagtt 10599151  T
620 gaatacactggtagtagcaaagttagttcgtttttatatgctagcctgttgagtggtgctgcttgtattggtacaataggtaagggtgaacaaattcatg 719  Q
    |||||   ||||||| |   |||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
10599150 gaatatgttggtagtgg---agttagttcgtttacatatgctagcctcttgagtggtgctgcttgtattggtacaattggtaagggtgaacaaattcatg 10599054  T
720 ccatggtggtgaagatgggatttcggactgacctaagtgttaataatgctttgatctctatgtattctaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggt 819  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
10599053 ccatggtggttaagattggatttcggactgacttaagtgttaataatgctttgatctctatgtattccaagtgtggaaacaaagaagctgctttacaggt 10598954  T
820 ctttaatgacatggaagatcgcaatgtcataacttggacctctatcataaatggttttgcaaaacatgggtttgctacaaaagcactagaattgttctat 919  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
10598953 ctttaatgacatggaagattgcaatgtcataacttggacctctatcataaatggttttgcaaaacatggatttgcttcaaaagcactagaattgttctat 10598854  T
920 gatatgctcaaaacaggtgtgaaacctgatgatgtc 955  Q
     |||||||  ||||||||||||| ||| ||||||||    
10598853 aatatgcttgaaacaggtgtgaagcctaatgatgtc 10598818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University