View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13706_low_39 (Length: 237)

Name: NF13706_low_39
Description: NF13706
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13706_low_39
NF13706_low_39
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (4-221)||(5503586-5503803)
chr3 (5-221)||(5490774-5490990)
chr3 (4-221)||(5485352-5485569)
chr3 (4-221)||(5455596-5455813)
chr3 (6-221)||(5801763-5801978)
chr3 (4-221)||(5447034-5447251)
chr3 (4-221)||(5853467-5853684)
chr3 (6-221)||(5526428-5526643)
chr3 (6-218)||(5827440-5827652)
chr3 (15-221)||(20344215-20344421)
chr3 (4-221)||(5848166-5848383)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (4-221)||(25808561-25808778)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 5503586 - 5503803
Alignment:
Q  4 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5503586 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaacctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctatcttatatgaa 5503685  T
Q  104 cactcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 203  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5503686 cactcaccctcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 5503785  T
Q  204 tgttaccaggataatcaa 221  Q
    ||||||| ||||| ||||    
T  5503786 tgttaccgggatagtcaa 5503803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 5 - 221
Target Start/End: Original strand, 5490774 - 5490990
Alignment:
Q  5 gtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaac 104  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  5490774 gtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaacgtttgctccctttgcagtaactagttgaggaaaaccatgtgtatctatcttatacgaac 5490873  T
Q  105 actcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaagt 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5490874 actcaccttcagcaggatcttgagggtttctccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaagt 5490973  T
Q  205 gttaccaggataatcaa 221  Q
    |||||||||||||||||    
T  5490974 gttaccaggataatcaa 5490990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 5485352 - 5485569
Alignment:
Q  4 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaa 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  5485352 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatatagaacttttgctccctttgaattaaccagttgaggaaaaccatgtatatctatcttatatgaa 5485451  T
Q  104 cactcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5485452 cactcaccttcagcaggatcttgagggtttttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 5485551  T
Q  204 tgttaccaggataatcaa 221  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5485552 tgttaccaggataatcaa 5485569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 166; E-Value: 6e-89
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 5455596 - 5455813
Alignment:
Q  4 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaa 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5455596 agtgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaattattgccccctttgcagtaagcagttggggaaaaccatgtgtatctatcttatatgaa 5455695  T
Q  104 cactcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 203  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5455696 cactcaccttcagcaggatcatcagggtttctccaagaagtgagatatctatatggacccgtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 5455795  T
Q  204 tgttaccaggataatcaa 221  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5455796 tgttaccaggataatcaa 5455813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5801978 - 5801763
Alignment:
Q  6 tgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaaca 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||||    
T  5801978 tgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaactgttgctccctttgcagtaacaagttgaggaaaaccaggcatatctatcctatatgaaca 5801879  T
Q  106 ctcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaagtg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5801878 ctcaccttcagcaggatcttgagggcttctccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccaggaaggaaagtg 5801779  T
Q  206 ttaccaggataatcaa 221  Q
    ||||||||||| ||||    
T  5801778 ttaccaggatagtcaa 5801763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Original strand, 5447034 - 5447251
Alignment:
Q  4 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaa 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  5447034 agtgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaaatattgccccgtttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctatcttatacgaa 5447133  T
Q  104 cactcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5447134 cactcaccttcagcaggatcttgagggcttctccatgatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccaggaaggaaag 5447233  T
Q  204 tgttaccaggataatcaa 221  Q
    ||| ||||||||| ||||    
T  5447234 tgtcaccaggatagtcaa 5447251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5853684 - 5853467
Alignment:
Q  4 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaa-tctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatga 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||  |||||||    
T  5853684 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacaaaaatcttt-ctcccttttcagtaaccagttgaggaaaaccatgcatatctatcctatatga 5853586  T
Q  103 acactcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5853585 acactcaccttcagcaggatcttgagggcttctccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaaattacttttcagcttcattcccgcaaggaaa 5853486  T
Q  203 gtgttaccaggataatcaa 221  Q
     ||||||||||||||||||    
T  5853485 ttgttaccaggataatcaa 5853467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 7e-76
Query Start/End: Original strand, 6 - 221
Target Start/End: Original strand, 5526428 - 5526643
Alignment:
Q  6 tgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaaca 105  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||   |||| ||  |||||||| |    
T  5526428 tgaaaagaaatccattccatggtcctcctctatacagaattcttgctccctttactgtaaccagttgaggaaaaccatccatatcgatcctatatgaata 5526527  T
Q  106 ctcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaagtg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5526528 ctcaccttcagcaggatcttgagggtttctccaagaagtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaagtg 5526627  T
Q  206 ttaccaggataatcaa 221  Q
    ||||| ||||| ||||    
T  5526628 ttaccgggatagtcaa 5526643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 6 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 5827652 - 5827440
Alignment:
Q  6 tgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaaca 105  Q
    ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||  |||| ||| |    
T  5827652 tgaaatgatatccattccatgacccacctctatacagaattgtttttccctttgcaataacctgttgaggaaaaccatgagtatctatcctatacgaaaa 5827553  T
Q  106 ctcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaagtg 205  Q
    |||||| ||||||||||||| || |  | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5827552 ctcaccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtcagatatctatatggaccagtaactaagttacttctcagcttcattccagcaaggaaagtg 5827453  T
Q  206 ttaccaggataat 218  Q
    | |||||||||||    
T  5827452 tcaccaggataat 5827440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 15 - 221
Target Start/End: Original strand, 20344215 - 20344421
Alignment:
Q  15 atccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaacactcaccttc 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||| |||||||| |    
T  20344215 atccattccatgaccctcctctatacataattgttgttccctttgcaataacttgttgaggaaaaccatgagtatcgatcctatacgaaaactcacctac 20344314  T
Q  115 agcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaagtgttaccagga 214  Q
    ||||||||||| || |  | ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  20344315 agcaggatcttcagaggttctccaagaagtgagatatctatatggaccagtcactaagttacttttcagcttcattccagcaagcaacgtgtcaccagga 20344414  T
Q  215 taatcaa 221  Q
    |||||||    
T  20344415 taatcaa 20344421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 5848383 - 5848166
Alignment:
Q  4 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaa 103  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||| | | | |  | | |||||||||| |     ||||||||||||| || ||||||||  |   ||||    
T  5848383 agtgaaaagatatccattccacgaccctcctctaaatatagttgtcgttccctttgcaatttggtgttgaggaaaaccgtgagtatctatcctcactgaa 5848284  T
Q  104 cactcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 203  Q
     |||| || ||||||||||||| || |  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5848283 aactcgccgtcagcaggatcttcagaggatctccaagaagtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 5848184  T
Q  204 tgttaccaggataatcaa 221  Q
    ||||||||||||||||||    
T  5848183 tgttaccaggataatcaa 5848166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 25808778 - 25808561
Alignment:
Q  4 agtgaaaagaaatccattccatgaccctcctctatacagaatctttgctccctttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctattttatatgaa 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  25808778 agtgaaaagaaatccattccatgaccctgctctatacagaaatattgccccgtttgcagtaaccagttgaggaaaaccatgtgtatctatcttatacgaa 25808679  T
Q  104 cactcaccttcagcaggatcttgagggtctttccaagatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccagcaaggaaag 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25808678 cactcaccttcagcaggatcttgagggcttctccatgatgtgagatatctatatggaccagtaactaagttacttttcagcttcattccaggaaggaaag 25808579  T
Q  204 tgttaccaggataatcaa 221  Q
    ||| ||||||||| ||||    
T  25808578 tgtcaccaggatagtcaa 25808561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University