View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13708_low_2 (Length: 737)

Name: NF13708_low_2
Description: NF13708
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13708_low_2
NF13708_low_2
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (19-423)||(17537891-17538292)
chr6 (22-686)||(13222674-13223337)
chr6 (325-686)||(11326690-11327050)
chr6 (419-532)||(17537529-17537641)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (296-686)||(5739087-5739476)
chr3 (296-686)||(5776199-5776588)
chr3 (22-686)||(15271502-15272165)
chr3 (22-686)||(40874860-40875524)
chr3 (136-209)||(14403853-14403926)
chr3 (553-679)||(7775387-7775513)
chr3 (262-309)||(14404157-14404204)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (570-686)||(23899180-23899296)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (508-679)||(52410202-52410373)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (622-683)||(46186355-46186416)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 19 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 17538292 - 17537891
Alignment:
Q  19 gaacatgcatccttcttaaaatttttgaagtgccagtttgatcatcaaaattactttcagtataagaaagattaatgcctttgttagcatccttagtcca 118  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  17538292 gaacatgcatccttcttaaaatctttgaagtgccagtttgatcatcaaaattactttcagtattagaaagattaatgcctttgttagcatccttggtcca 17538193  T
Q  119 acgctgcaaaatgaaatgactaggaatttgagtgacaccttttgcttgcaatattaccaatatatgtctgcacaatatccccaaatattcaaacagttga 218  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  17538192 atgctgcaaaatgaaattactaggaatttgactgacaccttttgcttgc---attaccagtaaatgtctgcaaaatatcgccaaatattcaaacagttga 17538096  T
Q  219 catccacatttagcaatctttgtgtctaaatttatatcaacaacatacatgtctcgagcatcatattcactatacacttg-ataaacatagctagctcct 317  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  17538095 catccacatttacaaatctttgtgtctaaatttata-caacaacatgcatatctcgagcatcatattcactagacacttgaataaacatagctagctcct 17537997  T
Q  318 tctcttttaatcttctttcttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcttgaaatttacaaaatatatttcttgtatagatagatccaacatgcacct 417  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17537996 tctcttttaatcttctttcttctaagcttattgatcttcgcaagctcgtcttgaaatttacaaaataaatttcttgtatagatagatccaacacgcacct 17537897  T
Q  418 caagtt 423  Q
    ||||||    
T  17537896 caagtt 17537891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 686
Target Start/End: Original strand, 13222674 - 13223337
Alignment:
Q  22 catgcatccttcttaaaatttttgaagtgccagtttgatcatcaaaattactttcagtataagaaagattaatgcctttgttagcatccttagtccaacg 121  Q
    |||||||||||||||| || ||||  |||| | ||||| |||||||||||||    |||| | |||  | ||||| | |||||||||  |||||||||||    
T  13222674 catgcatccttcttaatatctttggtgtgctattttgaccatcaaaattactcgtcgtatcacaaacttcaatgcttctgttagcatttttagtccaacg 13222773  T
Q  122 ctgcaaaatgaaatgactaggaatttgagtgacaccttttgcttgcaatattaccaatatatgtctgcacaatatccccaaatattcaaacagttgacat 221  Q
    ||||||||| |||||   |||||||||||||| ||||||| |||| || ||||| | |||||| |||||||||||||||||| | ||| | | |||||||    
T  13222774 ctgcaaaataaaatggtcaggaatttgagtgatacctttttcttgaaaaattactagtatatgcctgcacaatatccccaaaaactcatataattgacat 13222873  T
Q  222 ccacatttagcaatctttgtgtctaaatttatatcaacaacatacatgtctcgagcatcatattcactatacacttgataaacatagctagctccttctc 321  Q
    |||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||| | | |||| ||||||||||  || | |||  | |||||||| |||||| ||  ||| |||     
T  13222874 ccacattttgcaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagttactggaaacttgatagacatagttatgtccatctt 13222973  T
Q  322 ttttaatcttctttcttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcttgaaatttacaaaatatatttcttgtatagatagatccaacatgcacctcaag 421  Q
    |  ||||||||||| || ||||||| | |||||||   | ||||||||||||||||| ||| || ||||| | ||| |||||  || ||||| |||||||    
T  13222974 tgctaatcttcttttttttaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtttctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaag 13223073  T
Q  422 ttctgaccatgttgtatacctccgagttttatgcttactttcataatcctctcttttttctaccgctaagcggctatcaagcgcctttttcaaattttaa 521  Q
    || ||||| ||| |   |  | ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  13223074 ttttgaccctgtagccaaaatgcgttttttatgcctactttcataatcctctcttttttctacttctaagcggctatcaaccgcctttt-caaatttcaa 13223172  T
Q  522 cacaaattcttgcaattttgttgaagcatttacaaaagaatcaaaaaatgaattaatgctttcacttctttgagttgtattcatcccaacaaaaaattca 621  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||        
T  13223173 cacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtattcatcccagcaaaaaaacag 13223272  T
Q  622 cttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 686  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13223273 cttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgtt 13223337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 325 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 11327050 - 11326690
Alignment:
Q  325 taatcttctttcttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcttgaaatttacaaaatatatttcttgtatagatagatccaacatgcacctcaagttc 424  Q
    ||||||||||| || ||||||| | |||||||   | ||||||||||||||||| ||| || ||||| | ||| |||||  || ||||| |||||||||     
T  11327050 taatcttcttttttttaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtttctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaagttt 11326951  T
Q  425 tgaccatgttgtatacctccgagttttatgcttactttcataatcctctcttttttctaccgctaagcggctatcaagcgcctttttcaaattttaacac 524  Q
    ||||| ||| |   |  | ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  11326950 tgaccctgtagccaaaatgcgttttttatgcctactttcataatcctctcttttttctacttctaagcggctatcaaccgcctttt-caaatttcaacac 11326852  T
Q  525 aaattcttgcaattttgttgaagcatttacaaaagaatcaaaaaatgaattaatgctttcacttctttgagttgtattcatcccaacaaaaaattcactt 624  Q
    ||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||    |||    
T  11326851 aaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtattcatcccagcaaaaaaacagctt 11326752  T
Q  625 ctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 686  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  11326751 ctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgtt 11326690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 419 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 17537641 - 17537529
Alignment:
Q  419 aagttctgaccatgttgtatacctccgagttttatgcttactttcataatcctctcttttttctaccgctaagcggctatcaagcgcctttttcaaattt 518  Q
    ||||| ||||||||||||| || |  ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  17537641 aagttttgaccatgttgtaaacgtgtgagatttatggttactttcacaatcctctcttttttctgcctctaagcggctatcaagcg-ctttttcaaattg 17537543  T
Q  519 taacacaaattctt 532  Q
    ||||||||||||||    
T  17537542 taacacaaattctt 17537529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 296 - 686
Target Start/End: Original strand, 5739087 - 5739476
Alignment:
Q  296 ttgataaacatagctagctccttctcttttaatcttctttcttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcttgaaatttacaaaatatatttcttgta 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5739087 ttgataaacatagctagctccttctcttttaatcttcttttttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcgtgaaatttacaaaatatatttcttgta 5739186  T
Q  396 tagatagatccaacatgcacctcaagttctgaccatgttgtatacctccgagttttatgcttactttcataatcctctcttttttctaccgctaagcggc 495  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  5739187 tagatagatccatcatgcacctcaagttttga-catgttgtaaacctgcgagatgtatgcttattttcataatcctctcttttttctgcctgtaagcggc 5739285  T
Q  496 tatcaagcgcctttttcaaattttaacacaaattcttgcaattttgttgaagcatttacaaaagaatc-aaaaaatgaattaatgctttcacttctttga 594  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5739286 tatcaagagcc-ttttcaaattttaatacaaattcttgcaatgttgttgaagcatttacaaaagaatcaaaaaaatgaattaaagctttcacttctttga 5739384  T
Q  595 gttgtattcatcccaacaaaaaattcacttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 686  Q
     ||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5739385 attgcattcattccagcaaaaaaatcacttctattataaaccggtatcaatgattctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 5739476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 296 - 686
Target Start/End: Original strand, 5776199 - 5776588
Alignment:
Q  296 ttgataaacatagctagctccttctcttttaatcttctttcttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcttgaaatttacaaaatatatttcttgta 395  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5776199 ttgataaacatagctagctccttctcttttaatcttcttttttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcgtgaaatttacaaaatatatttcttgta 5776298  T
Q  396 tagatagatccaacatgcacctcaagttctgaccatgttgtatacctccgagttttatgcttactttcataatcctctcttttttctaccgctaagcggc 495  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  5776299 tagatagatccatcatgcacctcaagttttga-catgttgtaaacctgcgagatgtatgcttattttcataatcctctcttttttctgcctgtaagcggc 5776397  T
Q  496 tatcaagcgcctttttcaaattttaacacaaattcttgcaattttgttgaagcatttacaaaagaatc-aaaaaatgaattaatgctttcacttctttga 594  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5776398 tatcaagagcc-ttttcaaattttaatacaaattcttgcaatgttgttgaagcatttacaaaagaatcaaaaaaatgaattaaagctttcacttctttga 5776496  T
Q  595 gttgtattcatcccaacaaaaaattcacttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 686  Q
     ||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5776497 attgcattcattccagcaaaaaaatcacttctattataaaccggtatcaatgattctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 5776588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 22 - 686
Target Start/End: Original strand, 15271502 - 15272165
Alignment:
Q  22 catgcatccttcttaaaatttttgaagtgccagtttgatcatcaaaattactttcagtataagaaagattaatgcctttgttagcatccttagtccaacg 121  Q
    |||||||||||||||| || ||||  |||| | ||||| |||||||||||||    |||| | |||  | ||||| | |||||||||  |||||||||||    
T  15271502 catgcatccttcttaatatctttggtgtgctattttgaccatcaaaattactcgtcgtatcacaaacttcaatgcttctgttagcatttttagtccaacg 15271601  T
Q  122 ctgcaaaatgaaatgactaggaatttgagtgacaccttttgcttgcaatattaccaatatatgtctgcacaatatccccaaatattcaaacagttgacat 221  Q
    ||||||||| |||||   |||||||||||||| ||||||| |||| || ||||| | |||||| |||||||||||||||||| | ||| | | |||||||    
T  15271602 ctgcaaaataaaatggtcaggaatttgagtgatacctttttcttgaaaaattactagtatatgcctgcacaatatccccaaaaactcatataattgacat 15271701  T
Q  222 ccacatttagcaatctttgtgtctaaatttatatcaacaacatacatgtctcgagcatcatattcactatacacttgataaacatagctagctccttctc 321  Q
    |||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||| | | |||| ||||||||||  || | |||  | |||||||| |||||| ||  ||| |||     
T  15271702 ccacattttgcaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagttactggaaacttgatagacatagttatgtccatctt 15271801  T
Q  322 ttttaatcttctttcttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcttgaaatttacaaaatatatttcttgtatagatagatccaacatgcacctcaag 421  Q
    |  ||||||||||| || ||||||| | |||||||   | ||||||||||||||||| ||| || ||||| | ||| |||||  || ||||| |||||||    
T  15271802 tgctaatcttcttttttttaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtttctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaag 15271901  T
Q  422 ttctgaccatgttgtatacctccgagttttatgcttactttcataatcctctcttttttctaccgctaagcggctatcaagcgcctttttcaaattttaa 521  Q
    || ||||| ||| |   |  | ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  15271902 ttttgaccctgtagccaaaatgcgttttttatgcctactttcataatcctctcttttttctacttctaagcggctatcaaccgcctttt-caaatttcaa 15272000  T
Q  522 cacaaattcttgcaattttgttgaagcatttacaaaagaatcaaaaaatgaattaatgctttcacttctttgagttgtattcatcccaacaaaaaattca 621  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||        
T  15272001 cacaaattcttgcaatgttgtagatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtattcatcccagcaaaaaaacag 15272100  T
Q  622 cttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 686  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15272101 cttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgtt 15272165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 40875524 - 40874860
Alignment:
Q  22 catgcatccttcttaaaatttttgaagtgccagtttgatcatcaaaattactttcagtataagaaagattaatgcctttgttagcatccttagtccaacg 121  Q
    |||||||||||||||| || ||||  |||| | ||||| |||||||||||||    |||| | |||  | ||||| | |||||||||  |||||||||||    
T  40875524 catgcatccttcttaatatctttggtgtgctattttgaccatcaaaattactcgtcgtatcacaaacttcaatgcttctgttagcatttttagtccaacg 40875425  T
Q  122 ctgcaaaatgaaatgactaggaatttgagtgacaccttttgcttgcaatattaccaatatatgtctgcacaatatccccaaatat-tcaaacagttgaca 220  Q
    ||||||||| |||||   |||||||||||||| ||||||| |||| || ||||| | |||||| || ||||||||||||||| |  ||| | | ||||||    
T  40875424 ctgcaaaataaaatggtcaggaatttgagtgatacctttttcttgaaaaattactagtatatgcctacacaatatccccaaaaaactcatataattgaca 40875325  T
Q  221 tccacatttagcaatctttgtgtctaaatttatatcaacaacatacatgtctcgagcatcatattcactatacacttgataaacatagctagctccttct 320  Q
    ||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||| | | |||| ||||||||||  || | |||  | |||||||  |||||| ||  ||| |||    
T  40875324 tccacattttgcaatctgtgcgtccaaatttatatcaacgaaaaacatatctcgagcattgtagttactggaaacttgatcgacatagttatgtccatct 40875225  T
Q  321 cttttaatcttctttcttctaaatttattgatcttcgcaagctcatcttgaaatttacaaaatatatttcttgtatagatagatccaacatgcacctcaa 420  Q
     |  ||||||||||| ||  |||||| | |||||||   | ||||||||||||||||| ||| || ||||| | ||| |||||  || ||||| ||||||    
T  40875224 ttgctaatcttctttttttaaaatttgtagatcttcctgatctcatcttgaaatttaccaaaaatgtttctcgaataaatagacgcagcatgctcctcaa 40875125  T
Q  421 gttctgaccatgttgtatacctccgagttttatgcttactttcataatcctctcttttttctaccgctaagcggctatcaagcgcctttttcaaatttta 520  Q
    ||| ||||| ||| |   |  | ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |    
T  40875124 gttttgaccctgtagccaaaatgcgttttttatgcctactttcataatcctctcttttttctacttctaagcggctatcaaccgcctttt-caaatttca 40875026  T
Q  521 acacaaattcttgcaattttgttgaagcatttacaaaagaatcaaaaaatgaattaatgctttcacttctttgagttgtattcatcccaacaaaaaattc 620  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||       
T  40875025 acacaaattcttgcaatgttgttgatgcattcacaaaagaatcaaaaaacgcattgatgctctcacttctttgacttgtattcatcccagcaaaaaaaca 40874926  T
Q  621 acttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccattcattgtt 686  Q
     |||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  40874925 gcttctattataaactggtatccaagattctctaattttatataacccttgaagccattcattgtt 40874860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 136 - 209
Target Start/End: Original strand, 14403853 - 14403926
Alignment:
Q  136 gactaggaatttgagtgacaccttttgcttgcaatattaccaatatatgtctgcacaatatccccaaatattca 209  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14403853 gactaggagtttgagtgacaccttttgcttgtaatattaccaatatatttctgcacaatatccccaaatattca 14403926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 553 - 679
Target Start/End: Original strand, 7775387 - 7775513
Alignment:
Q  553 acaaaagaatcaaaaaatgaattaatgctttcacttctttgagttgtattcatcccaacaaaaaattcacttctattataaaccggtatccatgatgctc 652  Q
    ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| || || ||||||||| |||||||   |||||| |||||||  |||| ||||||  |||    
T  7775387 acaaacgaatcaaaaaaagcattaatgctctcacttctttgtgtagtgttcatcccagcaaaaaaagtacttctgttataaataggtacccatgactctc 7775486  T
Q  653 tgatactatataacccttgaagccatt 679  Q
    | ||  |||| || |||||||||||||    
T  7775487 ttattttatacaaaccttgaagccatt 7775513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 262 - 309
Target Start/End: Original strand, 14404157 - 14404204
Alignment:
Q  262 catacatgtctcgagcatcatattcactatacacttgataaacatagc 309  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  14404157 catacatatctcgagaatcatattcactaggcacttgataaacatagc 14404204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 2e-42; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 570 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 23899296 - 23899180
Alignment:
Q  570 tgaattaatgctttcacttctttgagttgtattcatcccaacaaaaaattcacttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataaccct 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |    
T  23899296 tgaattaatgctttcacttctttgaattgcattcatcccagcaaaaaaatcacttctattataaaccggtatcaatgattctctgatactatataacctt 23899197  T
Q  670 tgaagccattcattgtt 686  Q
    |||||||||||||||||    
T  23899196 tgaagccattcattgtt 23899180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 508 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 52410373 - 52410202
Alignment:
Q  508 ttttcaaattttaacacaaattcttgcaattttgttgaagcatttacaaaagaatcaaaaaatgaattaatgctttcacttctttgagttgtattcatcc 607  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||||| | | | ||||| | ||| ||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| || || |||||||    
T  52410373 ttttcaaatttcactacaaaatcttgtagtatagttgacgaattaacaaatgaatcaaaaaaagcattaatgctctcacttctttgtgtagtgttcatcc 52410274  T
Q  608 caacaaaaaattcacttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccatt 679  Q
    || |||||||   |||||| |||||||  |||| ||||||  |||| ||  |||| || |||||||||||||    
T  52410273 cagcaaaaaaagtacttctgttataaataggtacccatgactctcttattttatacaaaccttgaagccatt 52410202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 622 - 683
Target Start/End: Original strand, 46186355 - 46186416
Alignment:
Q  622 cttctattataaaccggtatccatgatgctctgatactatataacccttgaagccattcatt 683  Q
    |||||||||||||  |||||||||||| |||| ||  | |||||||||||||||||| ||||    
T  46186355 cttctattataaattggtatccatgattctctaatcttgtataacccttgaagccatacatt 46186416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University