View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1370_high_1 (Length: 1028)

Name: NF1370_high_1
Description: NF1370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1370_high_1
NF1370_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (136-1018)||(46302864-46303746)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 136 - 1018
Target Start/End: Original strand, 46302864 - 46303746
Alignment:
Q  136 gtcattaacagcaatgtctatatagtttactgcaattagaattttatagtgtaattttgtttattgatataaatagtgtaatttaaaggaaaattttcct 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46302864 gtcattaacagcaatgtctatatagtttactgcaattagaattttatagtgtaattttgattattgatataaatagtgtaatttaaaggaaaattttcct 46302963  T
Q  236 ttaatccaatattttgtcaatgtgaggtgctgcttttgacttccaatttgcacaagcatagtgattaattaaactgcctattttttccaaggatgtgtat 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46302964 ttaatccaatattttgtcaatgtgaggtgctgcttttgacttccaatttgcacaagcatagtgattaattaaactgcctattttttccaaggatgtgtat 46303063  T
Q  336 gcattgagtcaaaaaatatgcatgtattagtaattttcctttttacttgttcttttatatctgtcaatcattttttccctgatggtgcagtttgcaacta 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46303064 gcattgagtcaaaaaatatgcatgtattagtaattttcctttttacttgttcttttatatctgtcaatcattttttccctgatggtgcagtttgcaacta 46303163  T
Q  436 tacacaatatgtgctataataatgatattaaaagatcctatgtttgagattaatactacctgattaaggtgatgaatgtttggtaaatgcattaggacaa 535  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46303164 tacacaatatgtgctataataatgatattaaaagatcctatgtttgagattaatactacctgattaaggtgatgaatgtttggtaaatgcattaggacaa 46303263  T
Q  536 gcattaatggcaatgaagtcttccttcaacaacatagctgacgttctccttgactgggatgatgtacacaatgatgacttttgctcatggcgtggagttt 635  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46303264 gcattaatggcaatgaagtcttccttcaacaacatagctgacgttctccttgactgggatgatgtacacaatgatgacttttgctcatggcgtggagttt 46303363  T
Q  636 tctgtgataacgccagtcatgctcttactgttgtatctctgtgagtcctttatccctcggtctatatccatcacttgtcttactctctcattaccaacaa 735  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46303364 tctgtgataacgccagtcatgctcttactgttgtatctctgtgagtcctttatccctcggtctatatccatcacttgtcttactctctcattaccaacaa 46303463  T
Q  736 ttttttgtatttgttaatctctaatgnnnnnnncatattaatgaaggaatttgtcaagcttgaaccttggtggtgagatatcaccagcaattggtgattt 835  Q
    ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46303464 ttttttgtatttgttaatctctaatgtttttttcatattaatgaaggaatttgtcaagcttgaaccttggtggtgagatatcaccagcaattggtgattt 46303563  T
Q  836 aagaaacttgcaatccatgtatgtcacctcttacttaacattctatgcatctctcataatttagattgaagtcgtgttcactgctcgaaataacactgac 935  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  46303564 aagaaacttgcaatccatgtatgtcacctcttacttaacattctatgcatctctcatactttagattgaagtcgtgttcactgcttgaaataacactgac 46303663  T
Q  936 ccatgtcgttacatttaattgaatactttcatattctaaaaatttacttgtgtcgatgtgttagtgtctcgtttgtgcctttg 1018  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46303664 ccatgtcgttacatttaattgaatactttcatattctaaaaatttacttgtgtcgatgtgttagtgtctcgtttgtgtctttg 46303746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University