View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1370_low_79 (Length: 251)

Name: NF1370_low_79
Description: NF1370
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1370_low_79
NF1370_low_79
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-241)||(1505232-1505472)
chr5 (1-240)||(1478255-1478494)
chr5 (1-241)||(1492423-1492663)
chr5 (1-240)||(1482449-1482688)
chr5 (3-231)||(1509389-1509617)
chr5 (3-241)||(1499495-1499733)
chr5 (3-160)||(1487006-1487163)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-241)||(44141456-44141696)
chr1 (1-241)||(44128829-44129069)
chr1 (1-241)||(44133034-44133274)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-241)||(46706615-46706855)
chr7 (1-241)||(5302751-5302991)
chr7 (1-241)||(5310652-5310892)
chr7 (1-241)||(5315366-5315606)
chr7 (1-241)||(5284563-5284803)
chr7 (1-241)||(5289324-5289564)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (26-241)||(24163442-24163657)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (2-241)||(37863018-37863257)
chr3 (3-241)||(37858993-37859231)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1505472 - 1505232
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  1505472 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgcgattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataggtttctcaatttctggtatt 1505373  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505372 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 1505273  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505272 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 1505232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 1478494 - 1478255
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| || || || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  1478494 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccctcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtatt 1478395  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  1478394 gggtcagaaccaacaatgagtgcagcagcaccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactg 1478295  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcaccttt 240  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1478294 cagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcaccttt 1478255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1492663 - 1492423
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||| ||||||||||||||     
T  1492663 agcttcacgaagatgaccatcaatggcaccttcactatcaggagcaattgtttgtgctgtccaaatcatctcaaatataggtttttcaatttctggtacc 1492564  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||    
T  1492563 ggatcagacccaacaataagtgcagctgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactg 1492464  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  1492463 cagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttg 1492423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 1482688 - 1482449
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| || || || || || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  1482688 agcttcacgaagatgaccgtcaatggccccctcactgtctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtatt 1482589  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    || || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||    
T  1482588 gggtcagaaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaagagtgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactg 1482489  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcaccttt 240  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  1482488 cagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcaccttt 1482449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1509617 - 1509389
Alignment:
Q  3 cttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtactgg 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  || || ||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  1509617 cttcacgaaggtgaccgtcaatggcaccttcactatttggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatatagatttctcaatttctggtacagg 1509518  T
Q  103 atctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgca 202  Q
     || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||    
T  1509517 gtcagtaccaacaatgagtgcagcagctccatctccaaataatgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccacaaaatgtgactgca 1509418  T
Q  203 gtgacttcggaacagacaaccaacacacg 231  Q
     ||||||  ||||| ||||||||||||||    
T  1509417 atgactttagaacaaacaaccaacacacg 1509389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 3 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 1499733 - 1499495
Alignment:
Q  3 cttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtactgg 102  Q
    |||||||||| |||||   ||| |||||||| |||||||  || |||||||||||||||||||| |  ||||||| | ||||||||||||| |||||| |    
T  1499733 cttcacgaagttgaccacaaatagctccttcactatcagaagcaattgtttgtgcagtccaaactaactcaaataaaggtttctcaatttcaggtactag 1499634  T
Q  103 atctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgca 202  Q
     || || |||||||| | ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||  | |||||||| |||||| || | ||||| || ||||    
T  1499633 gtcagagccaacaatgactgccgcagctccatctccaaatattgcttgtccaacaagtttgtgtaggtgagtattactaggtccacaaaatgagattgca 1499534  T
Q  203 gtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||| ||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  1499533 gtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttg 1499495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 3 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 1487163 - 1487006
Alignment:
Q  3 cttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtactgg 102  Q
    |||||||||| || |||  ||| ||| |||| |||||  | ||||||||||||||||||||||| |  ||||| | | |||||||||||| || ||  ||    
T  1487163 cttcacgaagttggccgctaattgcttcttcactatctagagctattgtttgtgcagtccaaacaagctcaaagagaggtttctcaatttttgatatcgg 1487064  T
Q  103 atctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaagg 160  Q
    ||| || |||||||| | | || |||||||||| |||||||  |||||||||||||||    
T  1487063 atcggagccaacaatgactacaacagctccatcaccaaataatgcttgtccaacaagg 1487006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 44141696 - 44141456
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44141696 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggccccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtact 44141597  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141596 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 44141497  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44141496 cagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttg 44141456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 44129069 - 44128829
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44129069 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtact 44128970  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128969 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 44128870  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44128869 cagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttg 44128829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 44133274 - 44133034
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  44133274 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatattggtttctcaatttctggtact 44133175  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44133174 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagggcctgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 44133075  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44133074 cagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttg 44133034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 46706615 - 46706855
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46706615 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatctggagcaattgtttgtgaagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtact 46706714  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||   ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  46706715 ggatcagaaccaacaataagtgcagcagctctgactccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactg 46706814  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  46706815 cagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttg 46706855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 5302991 - 5302751
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||     
T  5302991 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtacg 5302892  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    || || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  5302891 gggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacag 5302792  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    | ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5302791 cggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttg 5302751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 5310892 - 5310652
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5310892 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtact 5310793  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |    
T  5310792 gggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacaatgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacag 5310693  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5310692 cggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttg 5310652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 5315606 - 5315366
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  5315606 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctctatttctggtact 5315507  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    || || || |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |    
T  5315506 gggtcagagccaacaataagagcagccgctccatctccaaatagtgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacag 5315407  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5315406 cggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttg 5315366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 5284803 - 5284563
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |    
T  5284803 agcttcacgaaggtgaccatcaatggctccttcactatcaggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtctctcaatttctggtatt 5284704  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    || || || |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  5284703 gggtcagagccaacaataagagcagcagctccatctccaaatagtgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacag 5284604  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5284603 cggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttg 5284563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 5289324 - 5289564
Alignment:
Q  1 agcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtact 100  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5289324 agcttcacgaaggtggccatcaatggctccttcactatccggagcaattgtttgtgcagtccaaaccatctcaaatataggtttctcaatttctggtact 5289423  T
Q  101 ggatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactg 200  Q
    || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  5289424 gggtcagaaccaacaataagagcagcagctccatctccaaacagtgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacag 5289523  T
Q  201 cagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5289524 cggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttg 5289564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 26 - 241
Target Start/End: Original strand, 24163442 - 24163657
Alignment:
Q  26 gctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtactggatctgaaccaacaattagtgcag 125  Q
    |||||||| ||||  || || ||||||||||| |||||||| |  ||||||| | |||||||||||||  ||| ||| || || |||||||| | |||||    
T  24163442 gctccttcactatttggagcgattgtttgtgctgtccaaactaactcaaatagaggtttctcaatttcctgtattgggtcagagccaacaatgactgcag 24163541  T
Q  126 cagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaa 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| || || || | |||||||| ||| || ||||| ||||| ||||||||    
T  24163542 cagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaa 24163641  T
Q  226 cacacgggcacctttg 241  Q
    |||||| | |||||||    
T  24163642 cacacgagaacctttg 24163657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 241
Target Start/End: Original strand, 37863018 - 37863257
Alignment:
Q  2 gcttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtactg 101  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||  | |||||||||||||||||||||| |||||| | | | ||||||| |||||| |  |    
T  37863018 gcttctcgaaggtgaccatcaatagctccttcactatctggaacgattgtttgtgcagtccaaaccaattcaaacaaaggcttctcaacttctggcaacg 37863117  T
Q  102 gatctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgc 201  Q
    |||||||||||||||| |  || || || ||||||||||| |  || || || ||||| || || |  |||||||||||||| || || || || |||||    
T  37863118 gatctgaaccaacaatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcctgccccacaagactatcaagatgagtatcactaggtccacggaaagtaactgc 37863217  T
Q  202 agtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    |||||  || ||||| || ||||| ||||| || ||||||    
T  37863218 agtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttg 37863257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 241
Target Start/End: Original strand, 37858993 - 37859231
Alignment:
Q  3 cttcacgaaggtgaccgtcaatggctccttcgctatcaggcgctattgtttgtgcagtccaaaccatttcaaatataagtttctcaatttctggtactgg 102  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    || |||||||||||||| |||| |||||| |   ||||||||| || ||||| |||    
T  37858993 cttcacgaaggtgaccgtcaattgctccttcactatctggaaggatcgtttgtgcagtccataccaattcaaacaagggtttctcaacttgtggtaatgg 37859092  T
Q  103 atctgaaccaacaattagtgcagcagctccatctccaaatagagcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgca 202  Q
     |||||||| || || |  || || || ||||||||||| |  ||||| || |||||||| || |  ||||| ||||| || || || || || ||||||    
T  37859093 gtctgaacctacgatcacagctgctgcaccatctccaaacaatgcttgccccacaaggctatcaagatgagtgtcactgggtccacggaaagtaactgca 37859192  T
Q  203 gtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttg 241  Q
    || |  || ||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  37859193 gttatctctgaacaaactaccaacacacgagcacctttg 37859231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University