View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1371-INSERTION-8 (Length: 759)

Name: NF1371-INSERTION-8
Description: NF1371
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1371-INSERTION-8
NF1371-INSERTION-8
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (8-759)||(49682750-49683498)
chr1 (8-756)||(49710359-49711108)
chr1 (8-755)||(49687656-49688397)
chr1 (8-720)||(49714037-49714748)
chr1 (8-434)||(49215347-49215763)
chr1 (466-748)||(49215062-49215347)
chr1 (124-446)||(49728511-49728823)
chr1 (56-429)||(49725106-49725479)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (272-429)||(31224434-31224591)
chr6 (152-429)||(31145380-31145657)
chr6 (152-429)||(31171693-31171970)
chr6 (280-419)||(31189566-31189705)
chr6 (308-429)||(31214165-31214286)
chr6 (280-429)||(31201373-31201522)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (269-336)||(31608405-31608472)
chr7 (299-342)||(31618445-31618488)
chr7 (265-342)||(33305159-33305236)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 684; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 684; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 759
Target Start/End: Complemental strand, 49683498 - 49682750
Alignment:
Q  8 tttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatata 107  Q
    ||||||||||| ||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683498 tttcttaccatctcttcatcaatt---tcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatata 49683402  T
Q  108 actcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49683401 actcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttgtgtgacac 49683302  T
Q  208 cccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatatttta 307  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49683301 cccaccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccccttgcaccaaatattgatacaatgctttcttttcttggacatatttta 49683202  T
Q  308 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683201 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgt 49683102  T
Q  408 gcatgtactctaacccacgagcaacgccaacagcaatatcatacaacattttgcatttcaattggccatcatccttcaatggatttttctcgtatatgaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49683101 gcatgtactctaacccacgagcaacgccaacagcaatatcatacaacattttgcattccaattggccatcatccttcaatggatttttctcgtatatgaa 49683002  T
Q  508 cttctcaagagatccattaagcatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgctgacatgcgaagtt 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  49683001 cttctcaagagatccattaagcatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaagaacgttgacatgcgaagtt 49682902  T
Q  608 ctactgatactcgcaacttcgttaatgaaatcatccccgtcgccttttgattcacttaaaaccttcacagcaacaacacgctcatcatgtaatctccctt 707  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  49682901 ctattgatactcgcaacttcattaatgaaatcatccccgtcgccttttgattcacttaaaaccttcacagcaacaacacgctcatcacgtaacctccctt 49682802  T
Q  708 tgtatacacttccgaaccctccttggcctagtttgtttctacaagagtttgt 759  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  49682801 tgtatacacttccgaaccctccttggcctaatttgtttctaaaagagtttgt 49682750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 756
Target Start/End: Complemental strand, 49711108 - 49710359
Alignment:
Q  8 tttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatata 107  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||   ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  49711108 tttctgaccatttcttcatcattt---tcatttttaatactcttgagtccaagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtggaaaatata 49711012  T
Q  108 actcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacac 207  Q
    |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49711011 actcgctagaacaatcaacttcaaccttaatgttctttcttcgaccaaccatctctaaaaccatcattccgtaactgtagacatctgacttatgtgacac 49710912  T
Q  208 cccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatatttta 307  Q
    ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  49710911 cccaccaaaatttctagagaacaactctggagcaatatatcctggtgttccccttgcaccaaatattgatacaatgctttcttttcttagacatatttta 49710812  T
Q  308 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaa-tcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  49710811 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacaaaaattaatcatctagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgcaagattctagtgttgcagcctctg 49710712  T
Q  407 tgcatgtactctaacccacgagcaacgccaacagcaatatcatacaacattttgcatttcaattggccatcatccttcaatggatttttc---tcgtata 503  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  49710711 tgcaagtactctagtccacgagcaaccccaactgcaatatcatacaatgttttgcaatccaactggcgatcatccttcaatggatttttctcttcgtata 49710612  T
Q  504 tgaacttctcaagagatccattaagcatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgctgacatgcga 603  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49710611 tgaacttctcaagagatccattaggcatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgttgacatgcga 49710512  T
Q  604 agttctactgatactcgcaacttcgttaatgaaatcatccccgtcgccttttgattcacttaaaaccttcacagcaacaacacgctcatcatgtaatctc 703  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||| |||  ||    
T  49710511 agttctactaatactcgcaacttcattaataaaatcttcgccgtcgccttttggttcacttaaaactttcactgcaacaatacgctcatcatttaacttc 49710412  T
Q  704 cctttgtatacacttccgaaccctccttggcctagtttgtttctacaagagtt 756  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||| |||||||    
T  49710411 cctttgtatacacttccgtaccctccttgtcctaatttgtttctaaaagagtt 49710359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 435; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 755
Target Start/End: Complemental strand, 49688397 - 49687656
Alignment:
Q  8 tttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatata 107  Q
    ||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  49688397 tttcttaccatttcttcatcattt---tcatttttaatagacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtaaatccaatgtggaaaatata 49688301  T
Q  108 actcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacac 207  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49688300 aatcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttctttgaccaaccattt-----accatcattccataactgtagacatctgatttatgggacac 49688206  T
Q  208 cccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatatttta 307  Q
    ||| ||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||  ||||| || |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  49688205 cccaccaaaatttcgggagaacaactctggagcaatat--cctggcgttccccttgcaccaaatatggatacaatgctttcttttctcagacatatttta 49688108  T
Q  308 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgt 407  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||| || ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  49688107 gcaagtccaaaatcagaattttttgggcagaaattctcatcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctac 49688008  T
Q  408 gcatgtactctaacccacgagcaacgcc-aacagcaatatcatacaacattttgcatttcaattggccatcatccttcaatggatttttctc---gtata 503  Q
    | |  |||||||  |||||||||||||| ||| ||||||| ||||||  ||||||| | |||||| | ||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  49688007 gaaaatactctagtccacgagcaacgcccaactgcaatattatacaatgttttgcaatccaattgccgatcatccttcaatggatttttctcttcgtata 49687908  T
Q  504 tgaacttctcaagagatccattaagcatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgctgacatgcga 603  Q
    |||||||||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| ||    
T  49687907 tgaacttctcaagatatccattagacatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagcctaacaacattgatatgaga 49687808  T
Q  604 agttctactgatactcgcaacttcgttaatgaaatcatccccgtcgccttttgattcacttaaaaccttcacagcaacaacacgctcatcatgtaatctc 703  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||  ||||  ||    
T  49687807 agttctactgatactcgcaacttcattaatgaaatcttcaccgtcaccttttgattcacttaaaaccttcactgcaataacacactcatctggtaacttc 49687708  T
Q  704 cctttgtatacacttccgaaccctccttggcctagtttgtttctacaagagt 755  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  49687707 ccttggtatacacttccgaagcctccttggcctaatatgtttctaaaagagt 49687656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 49714748 - 49714037
Alignment:
Q  8 tttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  49714748 tttcttaccatttcttcatcaatt---tcatttttaatacacctcagttcaagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtggaaaatata 49714652  T
Q  108 actcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacac 207  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  49714651 actcgctggaacaatcaacttcaaccttaatgttctttcttcggccaaccatttctaaaaccatcattccataactataaacatctgatttatgtgacac 49714552  T
Q  208 cccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatatttta 307  Q
    |||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  49714551 cccgtcaaaatttctggagaacaactctggagcaatatatcctggtgttcccc-cgcaacaaatatggatacaatgctttcttttcttggacatacttta 49714453  T
Q  308 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgt 407  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  49714452 gcaagtccgaaatctgaaattttaggacagaaatcttcatcaagtaatatattatgaggtttaatgtcaaaatgtaagattctagtgttacagcctctgt 49714353  T
Q  408 gcatgtactctaacccacgagcaacgccaacagcaatatcatacaacattttgcatttcaattggccatcatccttcaatggat--ttttc-tcgtatat 504  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||| | |||||||  ||| ||  | |||||||  ||||| || |||||    
T  49714352 gcaagtactctaacccacgagcaacaccaactgcaatatcatacaatgttttgcaatccaattggtgatcgtctgttaatggattcttttcttcatatat 49714253  T
Q  505 gaacttctcaagagatccattaagcatgaattcgtatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgctgacatgcgaa 604  Q
     ||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  49714252 taacttttcaagggatccattaggcatgaattcatatattagtgcctttttagaaccatccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgttgacatgcgaa 49714153  T
Q  605 gttctactgatactcgcaacttcgttaatgaaatcatccccgtcgccttttgattcacttaaaaccttcacagcaacaacacgctcatcatgtaatctcc 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||   |  ||||||||||||  | |    
T  49714152 gttctactgatactcgcaacttcgttgatgaaatcttcactgtcacctttggattcatttaaaaccttcaccgcaacggtattctcatcatgtaacttac 49714053  T
Q  705 ctttgtatacacttcc 720  Q
    ||||||||||||||||    
T  49714052 ctttgtatacacttcc 49714037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 8 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 49215763 - 49215347
Alignment:
Q  8 tttcttaccatttcttcatcaattatttcatttttaatacacttgagtccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||     
T  49215763 tttcttaccatttcttcatcaatt---tcatttttaatacacctgagtccaagatcctgattcaattcaagacgcttgtaaatccagtgtggaaaatatt 49215667  T
Q  108 actcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacac 207  Q
    ||||       ||||| |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  49215666 actc-------caatcaacttcaaccttaatgttctttcttcgacaaaccatttctaaaaccatcattccataactataaacatctgatttatgtgacac 49215574  T
Q  208 cccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatatttta 307  Q
    ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || || | ||| |||||||  ||| |||| ||||||||||| || |||||||||    
T  49215573 cccaccaaaatgtctggagaacaactctggagcaatatatcctggcgttcctcttgcgccaaatacggatgcaatactttcttttcttgggcatatttta 49215474  T
Q  308 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  49215473 gcaagtccaaaatctgaaattttcggacaaaaatcatcagctagtaatatattatgaggtcttatgtcaaaatgcaagattctagtgttacagcctctgt 49215374  T
Q  408 gcatgtactctaacccacgagcaacgc 434  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  49215373 gcaagtactctaatccacgagcaacgc 49215347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 466 - 748
Target Start/End: Complemental strand, 49215347 - 49215062
Alignment:
Q  466 caattggccatcatccttcaatggatttttctcgt---atatgaacttctcaagagatccattaagcatgaattcgtatattagtgcctttttagaacca 562  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||  |    
T  49215347 caattggcgatcatccctcaatggatttttctcttcatatatgaacttctcaagagatccattaggcatgaattcatatattaatgcctttttagaatta 49215248  T
Q  563 tccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgctgacatgcgaagttctactgatactcgcaacttcgttaatgaaatcatccccgtcgccttttgattcac 662  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||    
T  49215247 tccaaacagaaccccaaaagtctaacaacgttgacatgtgaagttctactaatactcgcaacttcattaataaaatcttcgccatcgccttttgattcac 49215148  T
Q  663 ttaaaaccttcacagcaacaacacgctcatcatgtaatctccctttgtatacacttccgaaccctccttggcctagtttgtttcta 748  Q
    ||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||||| || |||| ||||||||||    
T  49215147 ttaaaactttcactgcaactatacgctcatcatgtaacttccctttgtatacacctccgtaccctccctgacctaatttgtttcta 49215062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 124 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 49728823 - 49728511
Alignment:
Q  124 cacttcaactttgatgttctttcttcgaccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacaccccgccaaaatgtcta 223  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || || || ||||||| ||||    
T  49728823 cacttcaactttgatgttctttcttcgac----------taaaaccatcattccataactatatacatcagatttgtgagagacgccaccaaaatttcta 49728734  T
Q  224 gagaacagctctggagcaatatatcctggtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctg 323  Q
    |||||||  ||||||||||| |||||||  || || |  ||||| ||||  ||||  || ||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |    
T  49728733 gagaacacttctggagcaatgtatcctgcagtacctctagcacctaataaggatatgatactttcttttcttggacatacttttgcaagtccaaaatccg 49728634  T
Q  324 aaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactctaaccc 423  Q
    |||  || ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||| ||||||  |||||||| ||    
T  49728633 aaaccttaggacaaaaatcatcgtctagcaatatattatgaggttttatatcaaaatgtaaaattttagtattgcaacctttgtgcagatactctaatcc 49728534  T
Q  424 acgagcaacgccaacagcaatat 446  Q
     |||||||||||||  |||||||    
T  49728533 ccgagcaacgccaattgcaatat 49728511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 56 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 49725479 - 49725106
Alignment:
Q  56 ccaagatcttgattcaattcaagacgcttgtagatccaatgtggaaaatataactcgctagaacaatccacttcaactttgatgttctttcttcgaccaa 155  Q
    |||||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||  || || || |  |||||||||   |||||||| ||||| |  ||||    
T  49725479 ccaagatcctgatttgaatcaagacggttgtaaatccaatgaggaaaatatatttcactcgagcggtccacttcagtgttgatgttttttctcctcccaa 49725380  T
Q  156 ccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacaccccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctggtgt 255  Q
    ||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | |||||||  ||||| || | ||| || |||||||| ||||  ||    
T  49725379 ccatttccatgaccatcattccataactgtaaacatctgacttatgtgacactgcaccaaaattcctagaaaatacctcgggggcaatatagcctgccgt 49725280  T
Q  256 cccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaat 355  Q
     || |  ||||||||||||||||| || ||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||| |||||| | ||    ||||  || || |  |      
T  49725279 tcctctcgcaccaaatattgataccatactttcttttcttgtgcaaatttttgcaagtccaaaatccgaaattctggggttgaaattctcatccaaaaga 49725180  T
Q  356 atattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactctaacccacgagc 429  Q
    || ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| |||||| ||| |||| ||| |||||    
T  49725179 atgttatgaggttttatgtcaaaatgcaaaattctagtattgcagcctttgtgcaggtattctagccctcgagc 49725106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 272 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 31224591 - 31224434
Alignment:
Q  272 attgatacaatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggtttta 371  Q
    ||||| |||||||||||||| ||  |||||| ||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| || |  |  || || || |||||||    
T  31224591 attgaaacaatgctttctttcctgagacatagttttgcaagtccaaaatctgaaatcttcggacataaattatcatctaaaaggatgttgtgtggtttta 31224492  T
Q  372 tgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactctaacccacgagc 429  Q
    ||||||||||||| ||||||||| | || ||||  |||| ||||||||  ||||||||    
T  31224491 tgtcaaaatgtaaaattctagtggtacatcctccatgcaagtactctagtccacgagc 31224434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 429
Target Start/End: Original strand, 31145380 - 31145657
Alignment:
Q  152 ccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacaccccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctg 251  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||    |||  |||||||| | ||||||      
T  31145380 ccaaccatttctagcaacatcattccataactataaacatcagatttgtgtgaaactcctccaaaatgtctattccacacttctggagctacatatccca 31145479  T
Q  252 gtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaag 351  Q
     |||||| | |  | |  | ||||| | |||||| |||| | | ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |  || || |     
T  31145480 ttgtccctctttgatctgacattgaaataatgctctcttgttttggacagagttttgcaagtccaaaatctgaaatctttggacataagttttcatctaa 31145579  T
Q  352 taatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactctaacccacgagc 429  Q
     |  || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| | || ||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  31145580 aagaatgttatgtggttttatgtcaaaatgtaaaattcgagtggtacatcctctatgcaagtactctagcccacgagc 31145657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 429
Target Start/End: Original strand, 31171693 - 31171970
Alignment:
Q  152 ccaaccatttctaaaaccatcattccataactgtagacatctgatttatgtgacaccccgccaaaatgtctagagaacagctctggagcaatatatcctg 251  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||    |||  |||||||| | ||||||      
T  31171693 ccaaccatttctagcaacatcattccataactataaacatcagatttgtgtgaaactcctccaaaatgtctattccacacttctggagctacatatccca 31171792  T
Q  252 gtgtcccccatgcaccaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaag 351  Q
     |||||| | |  | |  | ||||| | |||||| |||| | | ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| || |  || || |     
T  31171793 ttgtccctctttgatctgacattgaaataatgctctcttgttttggacagagttttgcaagtccaaaatctgaaatctttggacataagttttcatctaa 31171892  T
Q  352 taatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactctaacccacgagc 429  Q
     |  || ||||| |||||||||||||||||||| |||| |||| | || ||||| |||| |||||||| |||||||||    
T  31171893 aagaatgttatgtggttttatgtcaaaatgtaaaattcgagtggtacatcctctatgcaagtactctagcccacgagc 31171970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 280 - 419
Target Start/End: Original strand, 31189566 - 31189705
Alignment:
Q  280 aatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaa 379  Q
    |||||| |||||| | ||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  || || |  |  || ||||| ||||||||||| |||    
T  31189566 aatgctctctttttttggacagagttttgcaagtccaaaatctgaaatttttggacataaattctcatctaaaagaatgttatgtggttttatgtcgaaa 31189665  T
Q  380 tgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactcta 419  Q
    ||||| ||||| ||| | || ||||| |||| ||||||||    
T  31189666 tgtaaaattcttgtggtacatcctctatgcaagtactcta 31189705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 308 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 31214286 - 31214165
Alignment:
Q  308 gcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaatgtaagattctagtgttgcagcctctgt 407  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||  || || | ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||  |||| ||||| |    
T  31214286 gcaagtccaaaatctgatatctttggacaaaaattttcatctaataaaatattatgtggttttatatcaaaatgtaaaattcgagtactgcatcctctat 31214187  T
Q  408 gcatgtactctaacccacgagc 429  Q
    ||| |||||| ||||| |||||    
T  31214186 gcaggtactccaaccctcgagc 31214165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 280 - 429
Target Start/End: Original strand, 31201373 - 31201522
Alignment:
Q  280 aatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatcatcgtcaagtaatatattatgaggttttatgtcaaaa 379  Q
    |||||| || || || ||||| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  || || |  |  |||||||| ||||||||||| |||    
T  31201373 aatgctctcgttccttggacaaagttttgcaagtccaaaatctgaaatctttggacaaaaattctcatctaaaagaatattatgtggttttatgtcgaaa 31201472  T
Q  380 tgtaagattctagtgttgcagcctctgtgcatgtactctaacccacgagc 429  Q
    ||||| |||| |||| | || ||||| |||| ||||||||  ||||||||    
T  31201473 tgtaaaattcgagtggtacatcctctatgcaagtactctagtccacgagc 31201522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 269 - 336
Target Start/End: Original strand, 31608405 - 31608472
Alignment:
Q  269 aatattgatacaatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggaca 336  Q
    |||||||| ||||| || || || ||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  31608405 aatattgacacaatactgtccttcctttgacatattttagcaagtccaaaatcagatatttttggaca 31608472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 342
Target Start/End: Original strand, 31618445 - 31618488
Alignment:
Q  299 catattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatc 342  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  31618445 catattttagctagtccaaaatctgagatttttggacaaaaatc 31618488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 33305236 - 33305159
Alignment:
Q  265 accaaatattgatacaatgctttcttttctyggacatattttagcaagtccaaaatctgaaatttttggacacaaatc 342  Q
    ||||| ||| ||||||||||| || || ||  ||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  33305236 accaagtatggatacaatgctatccttcctttgacatatttgagctagtccaaaatctgagatttttgggcaaaaatc 33305159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 15603 times since January 2019
Visitors: 1281