View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13711_low_13 (Length: 390)

Name: NF13711_low_13
Description: NF13711
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13711_low_13
NF13711_low_13
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-374)||(40821024-40821398)
chr4 (9-257)||(40825809-40826060)
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (7-374)||(20292450-20292818)
chr7 (2-372)||(20262069-20262440)
chr7 (2-374)||(20169927-20170297)
chr7 (2-374)||(20271638-20272011)
chr7 (2-374)||(20241436-20241809)
chr7 (2-374)||(20229486-20229859)
chr7 (2-374)||(20301647-20302020)
chr7 (4-350)||(20064410-20064757)
chr7 (4-345)||(20281954-20282302)
chr7 (2-241)||(20172057-20172290)
chr7 (2-179)||(20296871-20297048)
chr7 (2-247)||(20092080-20092325)
chr7 (278-372)||(20090888-20090982)
chr7 (208-343)||(20277588-20277724)
chr7 (2-257)||(20287074-20287329)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 40821398 - 40821024
Alignment:
Q  1 ctgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttc 100  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40821398 ctgtcacaatatctgaagatggaaatcttgtggtattgaatggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttc 40821299  T
Q  101 tcagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  40821298 tcagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtattcagcaaccttcagatacgttactacctagc 40821199  T
Q  201 atgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacag 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40821198 atgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacag 40821099  T
Q  300 ttgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40821098 ttgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 40821024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 9 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 40826060 - 40825809
Alignment:
Q  9 atatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagt---tctcagt 105  Q
    |||||||| ||||| | ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| | || |||| | | || ||||| | |    | ||||    
T  40826060 atatctgaggatggcaatcttgcggtattgaatggacaaaaacaagtcatttggtcatcaaatttgtctaacacaacctcaaatactattgaagcccagt 40825961  T
Q  106 tttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagcatgaa 205  Q
    ||||| | | ||||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||| || ||| ||||| ||||| ||||||| ||||   | || ||  |||||||    
T  40825960 tttcagattatggtaaccttgtccttttggaaagcacaacaggaagcatcttgtggcagagttttcagaaaccttcggatacacttctgccaggcatgaa 40825861  T
Q  206 aatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaa 257  Q
    | |  ||| |||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||    
T  40825860 acttacaagcaacaaaagaacaggtgagaaagtacaactcacatcatggaaa 40825809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 7 - 374
Target Start/End: Original strand, 20292450 - 20292818
Alignment:
Q  7 caatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttctcagtt 106  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  20292450 caatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaacggacagaagcaagtcatttggacatcaaatgtctccaacatagcaaccaatacaagttctcagtt 20292549  T
Q  107 ttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagcatgaaa 206  Q
    |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  20292550 ttccgactttggtaaccttgtccttttggagagcacaactggaaccattttatggcagagtattcagcaaccttcagatacgttacttcctagcatgaaa 20292649  T
Q  207 atatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagttgaac 305  Q
     ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  20292650 ctatcaatcaaccaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaaagcccttcggacccatatgttggcaacttttcttgtaggacagttgaac 20292749  T
Q  306 gcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 374  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  20292750 gcctaaatattatcgaagtgtttatttggaatggaactcaaccatattggcgcagtggtccctggaatg 20292818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 2 - 372
Target Start/End: Original strand, 20262069 - 20262440
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    |||||||||||||||| |||| | |||||||||||| | |||||| ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  20262069 tgtcacaatatctgaacatggaaatcttgtggtattaaatggacagaaacaagttgtttggtcatcaaatgtttccaacataacaacaaatacaagttct 20262168  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagca 201  Q
    || |||||    || ||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||  || || || | ||    
T  20262169 cacttttcgggtttcggtaaccttgtgcttctggagaacacaaccggaaacattttatggcagagtattcagcagccttcagatacattccttccaaaca 20262268  T
Q  202 tgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagt 300  Q
    ||||| | ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| ||  |  ||    
T  20262269 tgaaagtttcaatcaacaaaagaacgggtaagagtttaaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgt 20262368  T
Q  301 tgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaa 372  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||    
T  20262369 tgaacgccaaaatatatttgaagtgtttatttggaatgaaactcgaccatgttggcgcagtggtccttggaa 20262440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 20170297 - 20169927
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  20170297 tgtcacaatatttgaagatggaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttct 20170198  T
Q  102 cag-ttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagc 200  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||  ||||| |||||     
T  20170197 cagcttttcagactttggtaaccttgtccttt-------tacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagt 20170105  T
Q  201 atgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacag 299  Q
    |||||  | |||||||||||||||||| |||||| |||||| |||  | ||||| |||||||||| ||||||| ||| |||||||||| |  ||| |       
T  20170104 atgaagctttcaatcaacaaaagaacaagtaagagtgtaaatctcgaagcatggaaaagcccttctgacccatctgttggcaacttctatagtagtattt 20170005  T
Q  300 ttgaacg---cctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 374  Q
    |||||||   || |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||| ||||| || |||||||    
T  20170004 ttgaacgccccccaaatataattgaagtgttcatttggaatggaagtcgaccatattggcgaagtggaccgtggaatg 20169927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Original strand, 20271638 - 20272011
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||| ||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  20271638 tgtcacaatatctgaagatggaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtctattggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaataccacttcg 20271737  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagca 201  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||| ||| | |    
T  20271738 cagttttcagactatggcaaccttgtccttttggagagcacaaccggaaacaccttatggcagagtattcagcaacctacagatacattactgcctggta 20271837  T
Q  202 tgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagt 300  Q
    ||||| | ||  |||||||||||||||||| || ||||||| | | ||||||| |||  ||||| |||||||   |||| |||||||||| ||| ||  |    
T  20271838 tgaaactttctgtcaacaaaagaacaggtatgagtgtaaaaatgaaatcatggaaaaatccttctgacccatccatcggaaacttctcttctagtactat 20271937  T
Q  301 tgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 374  Q
    |||||||| | |||||   ||||||||||||||||||| ||||| | |||  | ||||||||||||||||||||    
T  20271938 tgaacgccaacatatacacgaagtgttcatttggaatgaaactcgaacatcctggcgcagtggtccctggaatg 20272011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Original strand, 20241436 - 20241809
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    |||||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  20241436 tgtcacgatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttct 20241535  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagca 201  Q
       |||||    || ||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||| |  |||||| ||||| ||| ||| ||||||||||  || || ||  | |    
T  20241536 tgcttttcgggtttcggtaaccttgtgcttctggagaacacaaccggaaaaaacttatggcagagtattctgcagccttcagatacattccttccaggaa 20241635  T
Q  202 tgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaa-gcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagt 300  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||| ||||| | ||| ||||||||||||  ||| || ||    
T  20241636 tgaaaatttcaaacaacaaaagaaccggtaagaatgaaaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctctgctagtactgt 20241735  T
Q  301 tgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 374  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||| || |||||||||||| |||||||    
T  20241736 tgaacgcctaagtatacttgaagtgtttatttggaatggaactcggccattttggcgcagtggtccttggaatg 20241809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Original strand, 20229486 - 20229859
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    |||||||||||||||| |||| | ||| |||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| ||||||||| |  ||     
T  20229486 tgtcacaatatctgaacatggaaatctcgtggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcgtatgtttccaacatagtatccaataccacctcc 20229585  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagca 201  Q
    ||  | ||  ||| |||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||  |||||| ||||| ||||||| ||||||||||  || || ||  |||    
T  20229586 caaatgtctgactctggtaaccttgtgcttctggagagcacaactggaaacaacttatggcagagttttcagcagccttcagatacattccttccaggca 20229685  T
Q  202 tgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaa-gcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagt 300  Q
    ||||| | ||| ||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| | ||| ||||||||||||| ||  |  ||    
T  20229686 tgaaactttcagtcaacaaaagaactggtaagagtataaaactcacatcatggaaaagcccttctgacccctctgttggcaacttctcttgtaatagcgt 20229785  T
Q  301 tgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 374  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  20229786 tcaacgccaaaatatatttgaagtgtttatttggaatgaaactcggccatgttggcgcagtggtccttggaatg 20229859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 374
Target Start/End: Original strand, 20301647 - 20302020
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    |||||||||||| |||||||| | | ||| |||||| | |||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  20301647 tgtcacaatatccgaagatggaaatattgaggtattaaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttct 20301746  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagca 201  Q
    ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||   ||||||||||| | |||||| ||||| |||| |||||| ||||||  |||||  || | |    
T  20301747 cagttttcagactatggcaaccttgtccttttggagaacgcaactggaaacgtattatggcagagtattcaacaacctacagatacattactgtctggta 20301846  T
Q  202 tgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagt 300  Q
    ||||| | || |||||||||||||||||| | ||   |||||| | ||||||| |||||||||| || |||| |||||| |  || |||| ||| |  ||    
T  20301847 tgaaactttctatcaacaaaagaacaggtgaaaaatcaaaactaacatcatggaaaagcccttctgatccatctgtcgggattttttcttctagtagtgt 20301946  T
Q  301 tgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaatg 374  Q
    |||||||  ||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| |||||  | |||||| |||||||||||||    
T  20301947 tgaacgcggaaatatacttgaagtgtttatttggaatgaaactcgaccatactggcgcagcggtccctggaatg 20302020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 4 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 20064757 - 20064410
Alignment:
Q  4 tcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttctca 103  Q
    |||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| ||    
T  20064757 tcaccatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaatggacagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagaatccaataccacttccca 20064658  T
Q  104 gttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagcatg 203  Q
    ||||||  ||  ||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||| ||||| ||||||| |||   ||||| ||| | |||    
T  20064657 gttttcggaccatggaaaccttgtccttttggatagcacaacaggaaacatcttatggcagagtattcaggaaccttctgattcattactgcctggtatg 20064558  T
Q  204 aaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagttg 302  Q
    ||| | || |||||||||||||||||| ||||   |||||| | ||||||| |||| ||||| || |||| ||| || |  ||||| | ||| |  ||||    
T  20064557 aaactttctatcaacaaaagaacaggtgagaaatcaaaactaagatcatggaaaagtccttccgatccatctgttgggagtttctcctctagtagtgttg 20064458  T
Q  303 aacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccat 350  Q
    |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  20064457 aacgccaaaatatacttgaagtgtttatttggaatgaaactcaaccat 20064410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 4 - 345
Target Start/End: Original strand, 20281954 - 20282302
Alignment:
Q  4 tcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttctca 103  Q
    |||||||||| |||||||| | ||||| | |||| | |||||| |||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  20281954 tcacaatatccgaagatggaaatcttgcgatattaaatggacagaaacgagtcatatggtcatcgaatgtttccaacatagcaacaaatacaagttctca 20282053  T
Q  104 gttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttc-----agata-tgttactacct 197  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | | | |||||||||||||     | | | | ||||  |||    
T  20282054 gttttcagactttggtaaccttgtccttttggatattacaactggaaacattttatggcaaattattcagcaaccttcgatcaacaaattattacagcct 20282153  T
Q  198 agcatgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttagga 296  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||  || | ||     |  ||||| |||| ||| |    
T  20282154 agcatgaaactatcgatcaacaaaagaacaggcaagagtgtaaaactcaaatcatggaaaagtccttttgatcgatccactgataacttttcttgtagta 20282253  T
Q  297 cagttgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactca 345  Q
    | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20282254 ctgttgaacgcctacgtataattgaagtgttcatttggaatgaaactca 20282302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 111; E-Value: 6e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 20172290 - 20172057
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  20172290 tgtcacaatatttgaagatggaaatcttgtggtattgaatggacagaaacgagtcatttggtcatcaagtgtttccaacatagcaacaaatacaagttct 20172191  T
Q  102 cag-ttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagc 200  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||  ||||| |||||     
T  20172190 cagcttttcagactttggtaaccttgtccttt-------tacaactggaaacattttatggcaaagtattcagcaacctacagatacattactgcctagt 20172098  T
Q  201 atgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaa 241  Q
    |||||  | |||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  20172097 atgaagctttcaatcaacaaaagaacaagtaagagtgtaaa 20172057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 179
Target Start/End: Original strand, 20296871 - 20297048
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | | |||||||| |    
T  20296871 tgtcacaatatctgaagatggaaatcttgtggtattaaatggatagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcaacaattacaagtttt 20296970  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaacct 179  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| ||||| |||||||||||    
T  20296971 caattttcagactttggtaaccttgtccttttggagagcacaactagaaatatgttatgggagagtattcagcaacct 20297048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 20092325 - 20092080
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    ||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||| | |||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||     
T  20092325 tgtcataatatttgaagatggaaatcttgtggtattaaatggaaagaaacaagtcatttggtcatcaaatgtttccaacatagcatccaataccacttcc 20092226  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagca 201  Q
    |   ||||  |||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||   ||||| ||||| ||||||| ||||||||||  || || ||  |||    
T  20092225 cgaatttctgactttggtaaccttgtgcttcaggagagcacaactggaaacaacatatggcagagtattcagcagccttcagatacattccttccaggca 20092126  T
Q  202 tgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcat 247  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||    
T  20092125 tgaaactttcaatcaacaaaagaacaggtaaaagtataaaactcat 20092080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 278 - 372
Target Start/End: Complemental strand, 20090982 - 20090888
Alignment:
Q  278 ggcaacttctcttttaggacagttgaacgcctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaactcaaccatgttagcgcagtggtccctggaa 372  Q
    ||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||    
T  20090982 ggcaacttctcttctagtactgttgaacgcctaaatatacttgaactgttcatttggaatgaaactcagccatgttggcgcagtggtccttggaa 20090888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 208 - 343
Target Start/End: Original strand, 20277588 - 20277724
Alignment:
Q  208 tatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatgg-aaagcccttcggacccatatgtcggcaacttctcttttaggacagttgaacg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||||   | |||||||| |||| ||| || ||||||||    
T  20277588 tatcaatcaacaaaagaacaggtaagagtgtaaaactcaaatcatggaaaagcccttttgatccatccattggcaacttttcttgtagtactgttgaacg 20277687  T
Q  307 cctaaatataattgaagtgttcatttggaatggaact 343  Q
    | ||  |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  20277688 cttacgtataatagaagtgttcatttggaatgaaact 20277724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 257
Target Start/End: Original strand, 20287074 - 20287329
Alignment:
Q  2 tgtcacaatatctgaagatggtactcttgtggtattgattggacataaacaagtcatttggacatcaaatgtttccaacatagcatccaatacaagttct 101  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| |||||||| | || |||| | ||||  |||| | | |     
T  20287074 tgtcacaatatctgaggatggaaatcttgtggtattgaatggacaaaaacaagtaatttggtcatcaaatttgtctaacacaacatcacatactactgcc 20287173  T
Q  102 cagttttcaaactttggtaaccttgtccttttggagagtacaactggaaacattttatggtagagtcttcagcaaccttcagatatgttactacctagca 201  Q
    ||| ||||| | | ||||||||||||||| ||||| || |||   || | ||| || ||| ||||| ||||  ||||||  ||||  || |||||  | |    
T  20287174 cagctttcagattatggtaaccttgtcctcttggaaagcacagtaggtagcatgttgtggcagagttttcaaaaaccttttgatacatttctaccaggta 20287273  T
Q  202 tgaaaatatcaatcaacaaaagaacaggtaagaatgtaaaactcatatcatggaaa 257  Q
    ||||| |  |||  ||||||||||||||| |||| ||| |||||| ||||||||||    
T  20287274 tgaaacttacaagaaacaaaagaacaggtgagaaagtacaactcacatcatggaaa 20287329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University