View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13714_high_1 (Length: 974)
Name: NF13714_high_1
Description: NF13714
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13714_high_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 829; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 829; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 962
Target Start/End: Original strand, 12814358 - 12815280
Alignment:
| Q |
41 |
cctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactaaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatcctt |
140 |
Q |
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| T |
12814358 |
cctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactgaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatcctt |
12814457 |
T |
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| Q |
141 |
ttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacaaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattg--atgtcttaaatgttgcattaaat |
238 |
Q |
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| T |
12814458 |
ttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacgaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattgggatgtcttaaatgttgcattaaat |
12814557 |
T |
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| Q |
239 |
aaagaaagattatttagttattcttgccctcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaac |
338 |
Q |
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| T |
12814558 |
aaagaaagattatttagttattcttgccctcggatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaac |
12814657 |
T |
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| Q |
339 |
taaactcaagcaccaaaatccactgaagggaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaaatattgg |
438 |
Q |
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| T |
12814658 |
taaactcaagcaccaaaatccaccgaagggaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctcctcatgtattaaacaaacaacaaatattgg |
12814757 |
T |
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| Q |
439 |
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538 |
Q |
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| T |
12814758 |
gaagatggggatatgccttaaatcactagtaatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcc-aaaaaaaatgctattatttaaaata |
12814856 |
T |
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| Q |
539 |
ttatagtacaacatctttgaccacgatttctatttgtatctgttcttctcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatttggctgg |
638 |
Q |
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| T |
12814857 |
ttatagtacaacatccttgaccacgatttctatttgtatctgttctactcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatttggctgg |
12814956 |
T |
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| Q |
639 |
aggtattggttttaacaagaagaccagagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgtctaaagtcaaagacgattcactgtga |
738 |
Q |
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| T |
12814957 |
aggtattggttttaacaaaaagaccacagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgcctaaagtcaaagactattcactgtga |
12815056 |
T |
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| Q |
739 |
aactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtctttttt |
838 |
Q |
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| T |
12815057 |
aactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtctttttt |
12815156 |
T |
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| Q |
839 |
ctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgaggat |
938 |
Q |
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| T |
12815157 |
ctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgaggat |
12815256 |
T |
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| Q |
939 |
tatccgaagactcgcatgatgatg |
962 |
Q |
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| T |
12815257 |
tatccgaagacttgcctgatgatg |
12815280 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 820; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 962
Target Start/End: Original strand, 12751396 - 12752320
Alignment:
| Q |
41 |
cctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactaaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatcctt |
140 |
Q |
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| T |
12751396 |
cctcggcattgatttttaagattctagtacaaatgctaacaatagtaacaactgaagaaggaactgggaaaggcatttgtttaagtcatattatatcctt |
12751495 |
T |
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| Q |
141 |
ttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacaaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattg--atgtcttaaatgttgcattaaat |
238 |
Q |
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| T |
12751496 |
ttatagatcattttcattgctcagaaagaaatgcatacgaagtgctcgacatgatcaagagttgcttagtaattgggatgtcttaaatgttgcattaaat |
12751595 |
T |
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| Q |
239 |
aaagaaagattatttagttattcttgccctcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaac |
338 |
Q |
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| T |
12751596 |
aaagaaagattatttagttattcttgccctcagatataatcaatgttcaataatcaatcttgacaaatatcgtaatgacaggccaattagttacattaac |
12751695 |
T |
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| Q |
339 |
taaactcaagcaccaaaatccactgaagggaatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaaatattgg |
438 |
Q |
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| T |
12751696 |
taaactcaagcaccaaaatcaaccgaaggggatctactcatcggtgcaaacagtttgacatcgtaatctactcatgtattaaacaaacaacaaatattgg |
12751795 |
T |
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| Q |
439 |
gaagatggggatatgccttaaatcactagtaatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcctnnnnnnnntgctattatttaaaata |
538 |
Q |
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| T |
12751796 |
gaagatggggatatgccttaaatcactagtaatatttatcatcaccaatgctatcatttaaaatattattgtcc-aaaaaaaatgctattatttaaaata |
12751894 |
T |
|
| Q |
539 |
ttatagtacaacatctttgaccacgatttctatttgtatctgttcttctcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatttggctgg |
638 |
Q |
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| T |
12751895 |
ttatagtacaacatccttgaccacgatttctatttgtatctgttcttctcatgcataatggaacagggtgtgccatgtcatgactatacaatttggctgg |
12751994 |
T |
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| Q |
639 |
aggtattggttttaacaagaagaccagagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgtctaaagtcaaagac--gattcactgt |
736 |
Q |
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| T |
12751995 |
aggtattggttttaacaaaaagaccacagataaaggtattttcaccccaaaaaaccaagtacacagccaaatgcctaaagtcaaagactatattcactgt |
12752094 |
T |
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| Q |
737 |
gaaactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtctttt |
836 |
Q |
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| T |
12752095 |
gaaactccggctgccacagggtagcttccgacagaagcatggcctgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtctttt |
12752194 |
T |
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| Q |
837 |
ttctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgagg |
936 |
Q |
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| T |
12752195 |
ttctcttgttttctggagaatcgccaagtaagtccaaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgagg |
12752294 |
T |
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| Q |
937 |
attatccgaagactcgcatgatgatg |
962 |
Q |
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| T |
12752295 |
attatccgaagacttgcctgatgatg |
12752320 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 7e-21; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 781 - 932
Target Start/End: Complemental strand, 7779469 - 7779318
Alignment:
| Q |
781 |
tgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtcttttttctcttgtttt-ctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgc |
879 |
Q |
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| T |
7779469 |
tgatttcttgggagcactgttgcggcctttgtcagactgcgatgaatcgatcttttttctcttatttttctgg-gaatcaccaattatgttcaaaaatgc |
7779371 |
T |
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| Q |
880 |
acctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttatttt |
932 |
Q |
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| T |
7779370 |
atctctccttgaactatgcatattcttaatacacgcaatggcagctttatttt |
7779318 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 781 - 939
Target Start/End: Complemental strand, 7774658 - 7774503
Alignment:
| Q |
781 |
tgatttcttgcgagcactgctgctgtctttgtcagaatgcgatgaaccagtcttttttctcttgttttctggagaatcaccaagtaagtccaaaaatgca |
880 |
Q |
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| T |
7774658 |
tgatttcttgggagcactgtcgctgcctttgtcagactgcgacgaatccatcttt---ctcttgttttctggggatgcaccgattaagtccaaaaatcga |
7774562 |
T |
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| Q |
881 |
cctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgaggatt |
939 |
Q |
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| T |
7774561 |
cctcttcttgaaccattcatattcttaagatatgcaatgtcagctttattttgaggatt |
7774503 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 871 - 939
Target Start/End: Complemental strand, 7768370 - 7768302
Alignment:
| Q |
871 |
caaaaatgcacctctccttgaaccaggcatattcctaacatatgccctggcagctttattttgaggatt |
939 |
Q |
| |
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| T |
7768370 |
caaaaatgcatctctccttgaaccatgcatattcttcacataagaaatggcagctttattttcaggatt |
7768302 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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