View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13715_low_6 (Length: 552)

Name: NF13715_low_6
Description: NF13715
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13715_low_6
NF13715_low_6
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (19-552)||(1044083-1044616)
chr5 (22-552)||(1033696-1034226)
chr5 (53-540)||(1065710-1066197)
chr5 (56-552)||(1071425-1071921)
chr5 (42-552)||(1058606-1059116)
chr5 (63-552)||(1640371-1640860)
chr5 (60-552)||(1053341-1053833)
chr5 (57-302)||(1046919-1047164)
chr5 (380-518)||(1046700-1046838)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (148-230)||(65855-65937)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (148-213)||(12121338-12121403)
chr3 (463-518)||(44171262-44171317)
chr3 (463-518)||(44191558-44191613)
chr3 (453-537)||(54102841-54102925)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 1044616 - 1044083
Alignment:
Q  19 aggtccacccttggatgctgcaatacaacattgttttcttcattcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctcc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044616 aggtccacccttggatgctgcaatacaacattgttttcttcattcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctcc 1044517  T
Q  119 ctattatacttgttgagaggagcattaagtgcaaatctctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgtttt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044516 ctattatacttgttgagaggagcattaagtgcaaatctctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgtttt 1044417  T
Q  219 cagctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcatagcctcctgcagccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttc 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044416 cagctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcatagcctcctgcagccatgaaagagccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttc 1044317  T
Q  319 aatcgtttcagaagctgattttattcttggttccaccatgtgacagtaaagaatattgtacttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044316 aatcgtttcagaagctgattttattcttggttccaccatgtgacagtaaagaatattgtacttattgagggcattaaccatatgaagtcccaattcattg 1044217  T
Q  419 ggattggggtctccgctttctgcatattctgcaaaaggtgatagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttcca 518  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044216 ggattggagtctccgctttctgcatattctgcaaaaggtgatagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttcca 1044117  T
Q  519 gaggaaatcgacaacgattctcgagggatccacc 552  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1044116 aaggaaatcgacaacgattctcgagggatccacc 1044083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 1034226 - 1033696
Alignment:
Q  22 tccacccttggatgctgcaatacaacattgttttcttcattcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctcccta 121  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  1034226 tccaaccttggatgctacaatacaacattgttttcttcattcaagaaagggatagtccgtataacctacaaccggatcagaagtgtagaatgtctccctg 1034127  T
Q  122 ttatacttgttgagaggagcattaagtgcaaatctctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcag 221  Q
    ||||| || ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || || |    
T  1034126 ttatatttattgagaggagcgtttagtgcaaatctcttcggcaaatctggattcgctaagaacaaacgaccataaacaacaagatctgccctattatctg 1034027  T
Q  222 ctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcatagcctcctgcagccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttcaat 321  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1034026 ctatagcattgatcccatcttgtctgtcataacctcccgcaaccatgaaagtaccattgaaagcctttctcatgggcaccagactgtaagggctttcaat 1033927  T
Q  322 cgtttcagaagctgattttattcttggttccaccatgtgacagtaaagaatattgtacttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattggga 421  Q
    |||||||  |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||    
T  1033926 cgtttcatcatttgattttattcttggttccaccatgtgacagtaaagaatattgtacttattgagggcattaaccatataaagtcccaattctgtggga 1033827  T
Q  422 ttggggtctccgctttctgcatattctgcaaaaggtgatagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttccagag 521  Q
    |||| |||||    ||||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||  |    
T  1033826 ttggagtctctagattctgaatgttccgcaaaaggtgataatctaattccaactctttctgctcctatctcattcacaacagcgtcaacaacttccaatg 1033727  T
Q  522 gaaatcgacaacgattctcgagggatccacc 552  Q
     |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1033726 caaatcgacaacgattctcaagggatccacc 1033696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 53 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 1066197 - 1065710
Alignment:
Q  53 tttcttcattcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctccctattatacttgttgagaggagcattaagtgcaa 152  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  1066197 tttcttcattcaagaaaggggtagtcagtataacctagaactggatcagaaatgtagaacgtctccctgttatatttgttcagaggagcatcaagtgcaa 1066098  T
Q  153 atctctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcagctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcata 252  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||| ||| ||    
T  1066097 atctctttggtaaatctggattagctaagaacaaacgaccatatacaacaaggtctgccctgttttcagctatggcattgatcccatcatgtcggtcgta 1065998  T
Q  253 gcctcctgcagccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttcaatcgtttcagaagctgattttattcttggttcc 352  Q
     ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||| |||| |  |||||  | | | ||| ||||||||||||    
T  1065997 acctcctgcaaccatgaaagtgcctttgaaggcctttctcattggcacaaggctgtcggggcattcagttttttcaccaacagttttcattcttggttcc 1065898  T
Q  353 accatgtgacagtaaagaatattgtacttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattgggattggggtctccgctttctgcatattctgcaa 452  Q
    ||||| |||||||||||||||   || |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||| || ||||    
T  1065897 accatatgacagtaaagaataccatatttattgagggcattgaccatataaagtcccaattcattggggttggagtctccacattctgcatactccgcaa 1065798  T
Q  453 aaggtgatagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttccagaggaaatcgacaacgattctc 540  Q
    ||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||| || ||||||||| || |||||    
T  1065797 aaggtgataatcttattccaactctttctgctcctatctcatttgcaacagcttcaacaacttccaaagcaaatcgacagcggttctc 1065710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 56 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 1071921 - 1071425
Alignment:
Q  56 cttcattcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctccctattatacttgttgagaggagcattaagtgcaaatc 155  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| | ||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  1071921 cttcattcaagaaaagggtagtcagtataacctagaactggatcagaaacgtaaaatgtctccctgttatacttgtttagaggagcatcaagtgcaaatc 1071822  T
Q  156 tctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcagctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcatagcc 255  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || || |||||| ||||||||||||| |||| |||||| || |||| ||| || ||    
T  1071821 tctttggcaaatctggattagctaagaacaaacgaccatatacaactaggtctgccctgttttcagctatggcattgatcccatcatgtcggtcgtaacc 1071722  T
Q  256 tcctgcagccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttcaatcgtttcagaagctgattttattcttggttccacc 355  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||| |||| |  |||||  | | | | | |||||||||||||||    
T  1071721 tcctgcaaccatgaaagtgcctttgaaggcctttctcattggcacaaggctgtcggggcattcagttttttcaccaacagttatcattcttggttccacc 1071622  T
Q  356 atgtgacagtaaagaatattgtacttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattgggattggggtctccgctttctgcatattctgcaaaag 455  Q
    |||||||| |||||||||  ||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || || |||| |||||| | ||||| ||| ||||||||||    
T  1071621 atgtgacaataaagaataccgtatttattgagggcattaaccatataaagtcccaattctttagggttggagtctccacattctgaatactctgcaaaag 1071522  T
Q  456 gtgatagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttccagaggaaatcgacaacgattctcgagggatccacc 552  Q
    |||||| ||| ||||||||| | |||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||| || ||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  1071521 gtgataatcttattccaactctttctgttcctatctcatttgcaacagcttcaacaacttccaaagcaaaccgacaacggttctcaagggatccacc 1071425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 42 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 1059116 - 1058606
Alignment:
Q  42 tacaacattgttttcttcattcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctccctattatacttgttgagaggagc 141  Q
    ||||||| || ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| | ||| ||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||    
T  1059116 tacaacactggtttcttcattcaagaaaagggtagtcagtataacctataactggatctgaagtgtagaatgtcgccctgttatacttgtttagaggagc 1059017  T
Q  142 attaagtgcaaatctctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcagctatagcatcgatcccgtct 241  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||| | | ||||||||||| |||| |||||| ||     
T  1059016 attaagtgcaaatctcttcggcaaatctggattagctaagaacaaacgaccatatacaacaaggtctgtcctattttcagctatggcattgatcccatca 1058917  T
Q  242 tgtctgtcatagcctcctgcagccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttcaatcgtttcagaagctgatttta 341  Q
    | || ||| || ||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| || |||| || || ||||||  |||||  | | | ||| |    
T  1058916 tttcggtcgtaacctcctgcagccaggaaagtgcctttgaaggcctttctcatcggcacaaggctgtgagagcattcaattctttcattaacagttttca 1058817  T
Q  342 ttcttggttccaccatgtgacagtaaagaatattgtacttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattgggattggggtctccgctttctgc 441  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||   || |||||||| |||||| |||||| ||||||||||||  ||||||| | |||| | | ||||||    
T  1058816 ttcttggttccaccacatgacagtaaagaataccatatttattgagggcattagccatataaagtcccaattctctgggattagagtctacacattctgc 1058717  T
Q  442 atattctgcaaaaggtgatagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttccagaggaaatcgacaacgattctcg 541  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||||  | ||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||| |  ||  |||||||| |||||     
T  1058716 atattctgaaaaaggtgataatctaattccagttctatctgcacctatctcatttgcaacagcttcaacaacttccaaaacaatccgacaacggttctca 1058617  T
Q  542 agggatccacc 552  Q
    |||||||||||    
T  1058616 agggatccacc 1058606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 63 - 552
Target Start/End: Original strand, 1640371 - 1640860
Alignment:
Q  63 caagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctccctattatacttgttgagaggagcattaagtgcaaatctctttgg 162  Q
    ||||||| || ||||| || ||||| | ||||||||||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||  || || |||||||||||    
T  1640371 caagaaaagggtagtctgtataaccgagaaccggatcagatgtgtagaatgtttcccggttatacttgttgagaggagcatcgagcgcgaatctctttgg 1640470  T
Q  163 caaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcagctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcatagcctcctgca 262  Q
     ||||||||||| | ||  ||||| ||||||||| | |||||||||| ||| |||||| |||| ||||| ||||| |||||||    ||||||||| |||    
T  1640471 taaatctggattagatataaacaagcgaccataagcaacaagatctgtcttattttcaactatggcatcaatcccatcttgtcgcgaatagcctccggca 1640570  T
Q  263 gccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttcaatcgtttcagaagctgattttattcttggttccaccatgtgac 362  Q
     | || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||  |||| | | | |||||   |||||| |   | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  1640571 actataaaagttccattgaaggcttttctcattggcaccaagctgtgaagacattcaactttttcagtaatagttttcattcttggttccaccatgtgac 1640670  T
Q  363 agtaaagaatattgtacttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattgggattggggtctccgctttctgcatattctgcaaaaggtgatag 462  Q
    |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  ||||||| |||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||     
T  1640671 agtaaagaatattgtatttactgagggcattaaccatataaagccccaattcttcaggattggagtctccacattctccatattctgcgaaaggcgataa 1640770  T
Q  463 tctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttccagaggaaatcgacaacgattctcgagggatccacc 552  Q
    ||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| || || |||| ||||||    
T  1640771 tctaattccaactctttctgcacctatctcattcacaactgcttcaacaatttccaaagcgaatcgacaacggttttcaagggttccacc 1640860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 60 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 1053833 - 1053341
Alignment:
Q  60 attcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctccctattatacttgttgagaggagcattaagtgcaaatctctt 159  Q
    |||||||| | || |||||||| ||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1053833 attcaagagaagggtagtcagtataacctataactggatcagaagtgtagaatgtctccctattatacttgttaagaggagcattaagtgcaaatctctt 1053734  T
Q  160 tggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcagctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcatagcctcct 259  Q
    ||| ||||||||||| | || |||||||||||||||| | | |||||||||| | |||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||     
T  1053733 tggtaaatctggattagatatgaacaaacgaccataagcaataagatctgccctattttcagctatagcattgattccatcttgtctttcatagcctcca 1053634  T
Q  260 gcagccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcaccagactgtaagggctttcaatcgtttcagaagctgattttattcttggttccaccatgt 359  Q
    | | |||| ||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||  || ||| | | |||| |  | |||  |     ||  ||||||||||||||||| |    
T  1053633 gtaaccataaaagttccattgaaaacctttcttattgacaccaagctataatgacattcagttttctcatcaagaatttccattcttggttccaccatat 1053534  T
Q  360 gacagtaaagaatattgtacttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattgggattggggtctccgctttctgcatattctgcaaaaggtga 459  Q
    |||| |||||||||   || |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||| |  ||| || ||| | ||||||||||    
T  1053533 gacaataaagaataccatatttattgagggcattcaccatataaagtcccaattcttggggatttgagtctccacaatctccaaatttttcaaaaggtga 1053434  T
Q  460 tagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttccagaggaaatcgacaacgattctcgagggatccacc 552  Q
    || | | ||||||||| | ||||| |||||||||||  |||| |||||||||| ||||| |  ||||| ||||||||| || |||| ||||||    
T  1053433 taattttattccaactctttctgcacctatctcatttgcaacagcttcaacaatttccaaaacaaatctacaacgattttcaagggttccacc 1053341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 57 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 1047164 - 1046919
Alignment:
Q  57 ttcattcaagaaagggatagtcagtgtaaccaacaaccggatcagaaatgtagaatgtctccctattatacttgttgagaggagcattaagtgcaaatct 156  Q
    ||||||||||||| || ||||| || ||||||| ||| ||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1047164 ttcattcaagaaaagggtagtcggtataaccaagaactggatcagaagtgcagaatgtctccatattatacttgtttaggggagcattaagtgcaaatct 1047065  T
Q  157 ctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcagctatagcatcgatcccgtcttgtctgtcatagcct 256  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||| |||||  | ||| | ||||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||| |    
T  1047064 ctttggcaaatctggattagctatgaataaacggtcgtaagcaacaagatctaccctattttcagctatagcattgatcccgtctagtctttcatagctt 1046965  T
Q  257 cctgcagccatgaaagtgccattgaaagcctttctcattggcacca 302  Q
    || | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1046964 ccggtaaccatgaaagtgccattgaaagcctttctcactggcacca 1046919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 380 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 1046838 - 1046700
Alignment:
Q  380 ttattgagagcattaaccatatgaagtcccaattcattgggattggggtctccgctttctgcatattctgcaaaaggtgatagtctaattccaactttat 479  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||| |||||| | || ||||| | |||||| | |||| |  | |||| ||||||||||||| | ||||||||| | |    
T  1046838 ttattgagggcattaaccatgtaaagccccaatgccttcggatttgagtctccacattcttcgaaatctgaaaaaggtgatagttttattccaactcttt 1046739  T
Q  480 ctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttcca 518  Q
    | || || |||||||| ||||| |||||||||| |||||    
T  1046738 cggcaccaatctcatttacaacagcttcaacaatttcca 1046700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 59; Significance: 1e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 148 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 65937 - 65855
Alignment:
Q  148 tgcaaatctctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgccttgttttcagctatagcat 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  65937 tgcaaatctctttggcaaatttggattagctaagaacgaacgaccataaacaacaagatctgccttattttctgctatagcat 65855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 54; Significance: 9e-22; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 148 - 213
Target Start/End: Original strand, 12121338 - 12121403
Alignment:
Q  148 tgcaaatctctttggcaaatctggatttgctaagaacaaacgaccataaactacaagatctgcctt 213  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12121338 tgcaaatctcattggcaaatctggattagctaagaacaaacgaccataaacaacaagatctgcctt 12121403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 463 - 518
Target Start/End: Original strand, 44171262 - 44171317
Alignment:
Q  463 tctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttcca 518  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44171262 tctaattccaactttttctgctcctatctcattcacaacagcttcaacaacttcca 44171317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 463 - 518
Target Start/End: Original strand, 44191558 - 44191613
Alignment:
Q  463 tctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttcca 518  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44191558 tctaattccaactttttctgctcctatctcattcacaacagcttcaacaacttcca 44191613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 453 - 537
Target Start/End: Original strand, 54102841 - 54102925
Alignment:
Q  453 aaggtgatagtctaattccaactttatctgctcctatctcattcacaactgcttcaacaacttccagaggaaatcgacaacgatt 537  Q
    ||||||| |||||||  |||||||| || ||||| |||||||  ||||||||||  ||||| || ||||| || |||||||||||    
T  54102841 aaggtgaaagtctaacaccaactttgtcagctccaatctcatcaacaactgctttcacaacctctagagggaagcgacaacgatt 54102925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University