View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13716_low_4 (Length: 690)

Name: NF13716_low_4
Description: NF13716
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13716_low_4
NF13716_low_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (4-672)||(45706730-45707412)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 45707412 - 45706730
Alignment:
Q  4 agtgagatgaaaaagtacacaacggtttactgataactggagacaattcgtaacaaatagtcacaaatgcattaattagaaactcacagcgaaatcataa 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45707412 agtgacatgaaaaagtacacaacggtttactgataactggagacaattcgtaacaaatagtcacaaatgcattaattagaaactcacagcgaaatcataa 45707313  T
Q  104 ctaacaacaaaacatttgatttgcctcacttagcaaggacttcagtcttcaggtaattcacatatccatgtattcgagaataaaatttaattgcacagtg 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45707312 ctaacaacaaaacatttgatttgcctcacttagcaaggacttcag-------gtaattcacatatccatgtattcgagaataaaatttaattgcatagtg 45707220  T
Q  204 agggaaaaagtaaagcacacatcaccttaatatcatttctaattttattttaagctcacttagttgtttaatcatttagttcattaattactttcaatgg 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45707219 agggaaaaagtaaagcacacatcaccttaatatcatttctaattttattttaagctcacttagttgtttaatcatttagttcattaattactttcaatgg 45707120  T
Q  304 gatttgataattagctttgccccggacaaaataggcaattaaactgtccccgctcgtcctgcaaacacgatgtctatgatttcagatcgatatcgctcac 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45707119 gatttgataattagctttgccccggacaaaataggcaattaaactgtccctgctcgtcctgcaaacactatgtctatgatttcagatcgatatcgctcac 45707020  T
Q  404 ccccttaccttggcatgcttgactggcaaaatccttggttcctttgactcgctcctcccaccacggctttgtttcttcataactactaacatgtctataa 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45707019 ccccttaccttggcatgcttgactggcaaaatccttggttcctttgactggctcctcccaccacggctttgtttcttcataactactaacatgtctataa 45706920  T
Q  504 atcataaacaattgtcactttaagtcttaaacataatttataattatatgctagaacaatacatttgatttttacctgagaaaggtagatcaatga---- 599  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||        
T  45706919 atcataaacatttgtcactttaagtctaaaacataatttataattatatgctagaacaatacatttgatttttacctaagaaaggtagatcaatgacaca 45706820  T
Q  600 ---------ttggcaaggattaagcctc--------attttgacaacatagaaaacagaactttcaaacaagtatctagtcaacgaagtt 672  Q
             |||||||||||| ||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45706819 agatggcttttggcaaggattgagcctcctagttatattttgacaacatagaaaacagaactttcaaacaagtatctagtcaacgaagtt 45706730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University