View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13717_low_17 (Length: 286)

Name: NF13717_low_17
Description: NF13717
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13717_low_17
NF13717_low_17
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (19-270)||(27646106-27646358)
chr6 (19-221)||(16561491-16561693)
chr6 (19-206)||(26995069-26995259)
chr6 (19-206)||(27029391-27029581)
chr6 (151-270)||(16561693-16561814)
chr6 (24-156)||(15402373-15402504)
chr6 (24-156)||(15414160-15414291)
chr6 (24-156)||(15429753-15429884)
chr6 (45-156)||(27035257-27035369)
chr6 (24-156)||(26984175-26984306)
chr6 (21-156)||(30721118-30721252)
chr6 (78-140)||(31541198-31541260)
chr6 (78-123)||(3043191-3043236)
chr6 (51-135)||(17087132-17087216)
chr6 (90-123)||(18815362-18815395)
chr6 (90-123)||(19900935-19900968)
chr6 (90-123)||(20134167-20134200)
chr6 (90-123)||(22198669-22198702)
chr6 (90-123)||(24851813-24851846)
chr6 (90-123)||(24873840-24873873)
chr6 (44-140)||(22254492-22254588)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (19-270)||(30307954-30308200)
chr7 (19-270)||(11414667-11414914)
chr7 (19-270)||(11429651-11429898)
chr7 (19-270)||(5123281-5123528)
chr7 (19-270)||(5158234-5158481)
chr7 (19-121)||(26750155-26750257)
chr7 (19-123)||(20592305-20592410)
chr7 (20-156)||(4054910-4055047)
chr7 (19-206)||(5245848-5246036)
chr7 (24-156)||(15353713-15353846)
chr7 (20-106)||(15479131-15479219)
chr7 (78-140)||(14930280-14930342)
chr7 (50-156)||(16439999-16440104)
chr7 (50-156)||(16454900-16455005)
chr7 (90-123)||(2968571-2968604)
chr7 (90-123)||(10921859-10921892)
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (19-270)||(9530008-9530261)
chr3 (19-270)||(10413683-10413932)
chr3 (19-221)||(8346002-8346205)
chr3 (19-179)||(1776627-1776787)
chr3 (19-206)||(4449233-4449421)
chr3 (19-206)||(28012635-28012827)
chr3 (19-191)||(4888478-4888651)
chr3 (19-157)||(28359426-28359565)
chr3 (151-270)||(8346205-8346321)
chr3 (19-123)||(10600275-10600380)
chr3 (20-156)||(14452062-14452197)
chr3 (24-156)||(34801540-34801672)
chr3 (24-156)||(18046274-18046407)
chr3 (24-156)||(18062338-18062471)
chr3 (24-123)||(8227168-8227269)
chr3 (24-123)||(4694104-4694203)
chr3 (24-123)||(4684020-4684119)
chr3 (24-123)||(18002629-18002728)
chr3 (21-156)||(19704444-19704578)
chr3 (78-123)||(11261495-11261540)
chr3 (20-135)||(16064011-16064126)
chr3 (90-123)||(4445142-4445175)
chr3 (90-123)||(8291053-8291086)
chr3 (90-123)||(22641934-22641967)
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (19-270)||(14359777-14360022)
chr8 (19-270)||(28262525-28262773)
chr8 (19-191)||(31339896-31340069)
chr8 (23-140)||(23078880-23078999)
chr8 (20-135)||(12480400-12480515)
chr8 (90-123)||(2127151-2127184)
chr8 (90-123)||(2142321-2142354)
chr8 (90-123)||(18786877-18786910)
chr8 (90-123)||(19698236-19698269)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (19-270)||(20321670-20321925)
chr1 (53-156)||(16405338-16405442)
chr1 (78-140)||(24654493-24654555)
chr1 (83-156)||(5137408-5137480)
chr1 (83-156)||(20343728-20343800)
chr1 (21-156)||(16198037-16198171)
chr1 (19-123)||(26797683-26797789)
chr1 (23-156)||(16213060-16213192)
chr1 (90-123)||(21481214-21481247)
chr1 (91-123)||(18288841-18288873)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (19-270)||(29882210-29882467)
chr5 (19-270)||(35396799-35397046)
chr5 (19-206)||(23430982-23431172)
chr5 (19-206)||(33787548-33787739)
chr5 (19-206)||(33772594-33772787)
chr5 (19-123)||(32449870-32449975)
chr5 (90-187)||(11545505-11545602)
chr5 (90-187)||(11559564-11559661)
chr5 (24-156)||(20194016-20194149)
chr5 (20-156)||(23887281-23887418)
chr5 (20-156)||(23901924-23902061)
chr5 (20-156)||(22269247-22269382)
chr5 (44-140)||(571189-571287)
chr5 (50-156)||(22898563-22898668)
chr5 (78-156)||(25504591-25504668)
chr5 (21-135)||(27289575-27289689)
chr5 (90-123)||(24693164-24693197)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (19-206)||(24582249-24582437)
chr4 (19-206)||(24597077-24597265)
chr4 (19-156)||(20308449-20308586)
chr4 (19-123)||(17009068-17009173)
chr4 (19-123)||(17023033-17023138)
chr4 (19-156)||(40562601-40562739)
chr4 (24-156)||(5200286-5200419)
chr4 (20-156)||(22727870-22728007)
chr4 (24-123)||(13440697-13440796)
chr4 (24-123)||(30277926-30278025)
chr4 (20-156)||(1642731-1642866)
chr4 (50-156)||(17086624-17086729)
chr4 (90-123)||(34855435-34855468)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (19-206)||(5392135-5392324)
chr2 (19-206)||(23121059-23121249)
chr2 (19-156)||(24044882-24045020)
chr2 (24-206)||(12650598-12650778)
chr2 (24-206)||(12665519-12665699)
chr2 (20-156)||(26266099-26266234)
chr2 (90-123)||(34263921-34263954)
chr2 (90-123)||(34306720-34306753)
chr2 (90-123)||(39885242-39885275)
chr2 (90-123)||(39900818-39900851)
[»] scaffold0089 (2 HSPs)
scaffold0089 (19-123)||(52096-52201)
scaffold0089 (90-123)||(11877-11910)
[»] scaffold0355 (1 HSPs)
scaffold0355 (19-149)||(17866-17997)
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (24-156)||(11435-11566)
[»] scaffold0260 (1 HSPs)
scaffold0260 (83-156)||(6051-6123)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (50-135)||(18127-18212)
[»] scaffold0231 (1 HSPs)
scaffold0231 (84-140)||(26727-26783)
[»] scaffold0206 (1 HSPs)
scaffold0206 (21-149)||(12102-12229)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (84-140)||(225010-225066)
[»] scaffold1704 (1 HSPs)
scaffold1704 (84-135)||(972-1023)
[»] scaffold1376 (1 HSPs)
scaffold1376 (44-135)||(1835-1926)
[»] scaffold0161 (1 HSPs)
scaffold0161 (44-121)||(27738-27816)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (90-140)||(154318-154368)
[»] scaffold0547 (1 HSPs)
scaffold0547 (90-123)||(5588-5621)
[»] scaffold0021 (2 HSPs)
scaffold0021 (50-123)||(98798-98870)
scaffold0021 (50-123)||(179721-179793)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 27646106 - 27646358
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27646106 atataatgcttggcttgagtgtactcttatgatcctcacattgtagtttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 27646205  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27646206 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 27646305  T
Q  219 a-ttttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27646306 atttttttttttattatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 27646358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 16561491 - 16561693
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16561491 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 16561590  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  16561591 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattcaacattgcttgc 16561690  T
Q  219 att 221  Q
    |||    
T  16561691 att 16561693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 26995069 - 26995259
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa-atggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26995069 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 26995168  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcatta--ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  26995169 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattactttttttttctctcttgctattctattc 26995259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 27029391 - 27029581
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa-atggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27029391 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 27029490  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcatta--ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  27029491 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattactttttttttctctcttgctattctattc 27029581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 151 - 270
Target Start/End: Original strand, 16561693 - 16561814
Alignment:
Q  151 tatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgca--ttttttctttattatcattttgtacttgt 248  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||    
T  16561693 tatttttactactttgtttcgttgcattattttctttctcttgtgctattcaattcaacattgcttgcatctttttttattattatcattttgtacttgt 16561792  T
Q  249 gttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  16561793 gttactaactcttatgcttcat 16561814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 15402504 - 15402373
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||    
T  15402504 atgctttgtttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagagaattataagccatatgcat 15402407  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  15402406 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 15402373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 15414291 - 15414160
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||    
T  15414291 atgctttgtttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagagaattataagccatatgcat 15414194  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  15414193 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 15414160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 15429884 - 15429753
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||    
T  15429884 atgctttgtttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagagaattataagccatatgcat 15429787  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  15429786 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 15429753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 45 - 156
Target Start/End: Original strand, 27035257 - 27035369
Alignment:
Q  45 ttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaat 142  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||| | |||||||||||| |||    
T  27035257 ttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagagaattataagccatatgcatgtctaagtgttatacct-aat 27035355  T
Q  143 tctaggtgtatttt 156  Q
    ||||||| ||||||    
T  27035356 tctaggtatatttt 27035369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Original strand, 26984175 - 26984306
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||  ||||||| | |||||||||    
T  26984175 atgctttgtttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagataattataagccatatgcat 26984272  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  26984273 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 26984306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 30721252 - 30721118
Alignment:
Q  21 ataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgca 120  Q
    ||||||||| ||||||||||   | ||| ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  30721252 ataatgcttggcttgtgtgtgtccatattatcctcatattatagctcaaaatcaaacctttttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgca 30721153  T
Q  121 tgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    ||| | ||||||||| |  |||||||||| ||||||    
T  30721152 tgtctaagtgttataac-caattctaggtatatttt 30721118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 78 - 140
Target Start/End: Original strand, 31541198 - 31541260
Alignment:
Q  78 ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  31541198 cttttaaaaatggctatgatgagggaattatagaccatgtgcatgtctaagtgttatacctaa 31541260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 123
Target Start/End: Original strand, 3043191 - 3043236
Alignment:
Q  78 ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  3043191 cttttaaaaatggctatgatgagggaattataagtcatatgcatgt 3043236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 51 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 17087216 - 17087132
Alignment:
Q  51 tcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttata 135  Q
    |||||| ||| | ||||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  17087216 tcctcacattatggcttaaaatcaaacctctttaaaattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttata 17087132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 18815395 - 18815362
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18815395 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 18815362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 19900968 - 19900935
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19900968 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 19900935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 20134167 - 20134200
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20134167 gctataatgaggaaattataggtcatatgcatgt 20134200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 22198702 - 22198669
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22198702 gctataatgaggaaattataggtcatatgcatgt 22198669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 24851813 - 24851846
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24851813 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 24851846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 24873840 - 24873873
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24873840 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 24873873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 44 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 22254588 - 22254492
Alignment:
Q  44 cttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||  |  || || ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  22254588 cttattatcctcacattatagctcaaaatcaaacccctttaacattgctatgatgagagaattatgggtcatgtgcatgtctaagtgttatacctaa 22254492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 30307954 - 30308200
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30307954 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 30308053  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30308054 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 30308153  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |||||||     |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30308154 atttttt-----ttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 30308200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11414914 - 11414667
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11414914 atataatgcttggcttgtgtgtactcctatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 11414815  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11414814 catatatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 11414715  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11414714 a----ttcttttttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 11414667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 11429898 - 11429651
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11429898 atataatgcttggcttgtgtgtactcctatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 11429799  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11429798 catatatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 11429699  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11429698 a----ttcttttttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 11429651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 5123281 - 5123528
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5123281 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaatctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 5123380  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5123381 catatatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctcttcaattctatattgcttgc 5123480  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5123481 a----ttcttttttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 5123528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 5158234 - 5158481
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5158234 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaatctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 5158333  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5158334 catatatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctcttcaattctatattgcttgc 5158433  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5158434 a----ttcttttttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 5158481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 26750257 - 26750155
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26750257 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 26750158  T
Q  119 cat 121  Q
    |||    
T  26750157 cat 26750155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Original strand, 20592305 - 20592410
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttc-aaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20592305 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 20592404  T
Q  118 gcatgt 123  Q
    ||||||    
T  20592405 gcatgt 20592410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Original strand, 4054910 - 4055047
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaac--ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  4054910 tataatgctttgcttgtgtgtgttcttgtgatcctcacattgtagcttaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataggtcatgt 4055009  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    ||||||   ||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  4055010 gcatgtccaagtgttatacc-aaattctaagtatatttt 4055047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 5245848 - 5246036
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcata 116  Q
    |||| |||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  5245848 atatgatgctttgcttgtgtgtgtccttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccata 5245947  T
Q  117 tgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcatta-ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||||||||| || |||| | ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  5245948 tgcatgtctaagtgttatacct-aattctaggtata-ttttgccactttatttcatttcattacttttttttctctcttgctattctattc 5246036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 15353846 - 15353713
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  15353846 atgctttgcttgtgtgtgttcttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcat 15353747  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  15353746 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 15353713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 20 - 106
Target Start/End: Original strand, 15479131 - 15479219
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaac--ctttcaaaaatggctataatgagggaatt 106  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||    
T  15479131 tataatgctttgcttgtgtgtgttcttgtgatcctcacattgtagcttaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaatt 15479219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 14930342 - 14930280
Alignment:
Q  78 ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||||||||    
T  14930342 cttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcatgtctaagtgttatacctaa 14930280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 16440104 - 16439999
Alignment:
Q  50 atcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggt 149  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | ||||| |||||    
T  16440104 atcctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaaattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttataac-aaattttaggt 16440006  T
Q  150 gtatttt 156  Q
     ||||||    
T  16440005 atatttt 16439999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 16455005 - 16454900
Alignment:
Q  50 atcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggt 149  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | ||||| |||||    
T  16455005 atcctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaaattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttataac-aaattttaggt 16454907  T
Q  150 gtatttt 156  Q
     ||||||    
T  16454906 atatttt 16454900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 2968571 - 2968604
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2968571 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 2968604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 10921892 - 10921859
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10921892 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 10921859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 9530008 - 9530261
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9530008 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 9530107  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9530108 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcgttgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 9530207  T
Q  219 a--ttttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |  ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  9530208 atctttttttattattatcattttgtacctgtgttactaactcttatgcttcat 9530261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 10413683 - 10413932
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10413683 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatgtg 10413782  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10413783 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgaatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgctttc 10413882  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10413883 attttt--tttattatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 10413932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 19 - 221
Target Start/End: Original strand, 8346002 - 8346205
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa-atggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8346002 atataatgctttgcttgtttgtactcttatgatcctcacatgctagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 8346101  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  8346102 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattcaacattgcttg 8346201  T
Q  218 catt 221  Q
    ||||    
T  8346202 catt 8346205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 19 - 179
Target Start/End: Original strand, 1776627 - 1776787
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1776627 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattatagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgaggaaattataggtcatatg 1776726  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcatta 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  1776727 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcatta 1776787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 4449233 - 4449421
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa-atggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  4449233 atataatgttttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctatagtgagggaattgtaggtcatat 4449332  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||  |||||||| ||||    
T  4449333 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattactttttttctctcttgctattctattc 4449421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 28012635 - 28012827
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa--atggctataatgagggaattataggtcata 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28012635 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaaatggctataatgaggaaattataggtcata 28012734  T
Q  117 tgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgta--tttttactactttgtttcattgcatta-ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  28012735 tgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttttaccactttatttcatttcattacttttttttctctcttgctattctattc 28012827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 191
Target Start/End: Original strand, 4888478 - 4888651
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa-atggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  4888478 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgaccctcactttgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgaggaaactataggtcatat 4888577  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctct 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||    
T  4888578 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattactttttttctct 4888651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 157
Target Start/End: Original strand, 28359426 - 28359565
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa-atggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  28359426 atataatgctttgcttgtgtatgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgaggaaattatgggtcatat 28359525  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtattttt 157  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28359526 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtattttt 28359565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 151 - 270
Target Start/End: Original strand, 8346205 - 8346321
Alignment:
Q  151 tatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgcattttttctttattatcattttgtacttgtgt 250  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  8346205 tatttttactactttgtttcgttgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgcatttt---tttattatcattttgtacttgtgt 8346301  T
Q  251 tactaacttttatgcttcat 270  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  8346302 tactaactcttatgcttcat 8346321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Original strand, 10600275 - 10600380
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttc-aaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10600275 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 10600374  T
Q  118 gcatgt 123  Q
    ||||||    
T  10600375 gcatgt 10600380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 14452197 - 14452062
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgc 119  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||    
T  14452197 tataatgctttgcttgtgtgtgttcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgc 14452098  T
Q  120 atgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  14452097 atgtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 14452062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 34801672 - 34801540
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct-ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatg 122  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||  ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||    
T  34801672 atgctttgcttgtgtgtgttcttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcatg 34801573  T
Q  123 tatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    | | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  34801572 tctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 34801540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Original strand, 18046274 - 18046407
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  18046274 atgctttgcttgtgtgtgttcttatgattctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcat 18046373  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  18046374 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 18046407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Original strand, 18062338 - 18062471
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  18062338 atgctttgcttgtgtgtgttcttatgattctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcat 18062437  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  18062438 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 18062471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 24 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 8227269 - 8227168
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaa--cctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||   |||| |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  8227269 atgctttgcttgtgtgtgttcttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcat 8227170  T
Q  122 gt 123  Q
    ||    
T  8227169 gt 8227168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 123
Target Start/End: Original strand, 4694104 - 4694203
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  4694104 atgctttgcttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggttatgatgagggaattataagtcatatgcat 4694201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 123
Target Start/End: Original strand, 4684020 - 4684119
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||| ||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  4684020 atgctttgcttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggttatgatgagggaattataagccatatgcat 4684117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 123
Target Start/End: Original strand, 18002629 - 18002728
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||| ||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||    
T  18002629 atgctttgctcgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctctttcaaaaatggctatgatgagggaattataagccatgtgcat 18002726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Original strand, 19704444 - 19704578
Alignment:
Q  21 ataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgca 120  Q
    ||||||||| |||||| |||   ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  19704444 ataatgcttggcttgtatgtgtccttattatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgca 19704543  T
Q  121 tgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    ||| | ||||||||| |  |||||||||| ||||||    
T  19704544 tgtctaagtgttataac-caattctaggtatatttt 19704578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 11261540 - 11261495
Alignment:
Q  78 ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  11261540 cttttaaaaatggctatgatgagggaattataagtcatatgcatgt 11261495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 16064126 - 16064011
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgc 119  Q
    |||||||||| |||||| |||   ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||  |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  16064126 tataatgcttggcttgtatgtgtccttattatcctcacattatagctcaaaatcaaacccctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgc 16064027  T
Q  120 atgtatgagtgttata 135  Q
    |||| | |||||||||    
T  16064026 atgtctaagtgttata 16064011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 4445142 - 4445175
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4445142 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 4445175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 8291053 - 8291086
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  8291053 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 8291086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 22641967 - 22641934
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22641967 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 22641934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 14360022 - 14359777
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14360022 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 14359923  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14359922 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 14359823  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    ||||||      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14359822 attttt------ttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 14359777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Original strand, 28262525 - 28262773
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28262525 atataatgcttggcttgtgtgtactcctatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattatagatcatatg 28262624  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgta-tttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttg 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28262625 catatatgagtgttatacctaaattctaggtgtattttttaccactttgtttcattgcattatcttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttg 28262724  T
Q  218 cattttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    ||    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28262725 ca----ttcttttttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 28262773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 31340069 - 31339896
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaa-tggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31340069 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 31339970  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctct 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||| ||| |||||||    
T  31339969 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatctcatttcattactttttttctct 31339896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 23 - 140
Target Start/End: Original strand, 23078880 - 23078999
Alignment:
Q  23 aatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgca 120  Q
    ||||||| |||||| |||   ||||| ||| ||| ||| ||||| ||| ||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  23078880 aatgcttggcttgtatgtgtccttatcatcatcacattatagctcaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataggtcatgtgca 23078979  T
Q  121 tgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    ||| | ||||||||||||||    
T  23078980 tgtctaagtgttatacctaa 23078999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 12480515 - 12480400
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgc 119  Q
    |||||||||| |||||| |||   ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  12480515 tataatgcttggcttgtatgtgtccttattatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgc 12480416  T
Q  120 atgtatgagtgttata 135  Q
    |||| | |||||||||    
T  12480415 atgtctaagtgttata 12480400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 2127184 - 2127151
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2127184 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 2127151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 2142354 - 2142321
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2142354 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 2142321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 18786910 - 18786877
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18786910 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 18786877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 19698236 - 19698269
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  19698236 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 19698269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 20321925 - 20321670
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20321925 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 20321826  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20321825 catgtgtgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgt 20321726  T
Q  219 a----ttttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20321725 atctttttttttattattatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 20321670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 53 - 156
Target Start/End: Original strand, 16405338 - 16405442
Alignment:
Q  53 ctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtg 150  Q
    |||| ||| ||||||||| ||||||||  || |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||     
T  16405338 ctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaaaaattgctatgatgagggaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttatacc-aaattctaggta 16405436  T
Q  151 tatttt 156  Q
    ||||||    
T  16405437 tatttt 16405442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 140
Target Start/End: Original strand, 24654493 - 24654555
Alignment:
Q  78 ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  24654493 cttttaaaaatggctatgatgagggaattataagtcatatgcatgtctaagtgttatacctaa 24654555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 83 - 156
Target Start/End: Original strand, 5137408 - 5137480
Alignment:
Q  83 aaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||   ||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  5137408 aaaaatggctatgatgagggaattataggtcatgtgcatgtccaagtgttatacc-aaattctaagtgtatttt 5137480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 20343800 - 20343728
Alignment:
Q  83 aaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  20343800 aaaaattgctatgatgagggaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttatatc-aaattctaggtatatttt 20343728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 16198171 - 16198037
Alignment:
Q  21 ataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgca 120  Q
    ||||||||| |||||| ||||  ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  16198171 ataatgcttggcttgtatgtatccttataatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgca 16198072  T
Q  121 tgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    ||| | ||| ||||| |  |||||||||| ||||||    
T  16198071 tgtctaagtattataac-caattctaggtatatttt 16198037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Original strand, 26797683 - 26797789
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcata 116  Q
    ||||||||||| |||||| | |   ||||| ||| ||||||  ||||| ||| ||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  26797683 atataatgcttggcttgtatatgtccttatcatcatcatatcatagctcaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccata 26797782  T
Q  117 tgcatgt 123  Q
    |||||||    
T  26797783 tgcatgt 26797789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 23 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 16213192 - 16213060
Alignment:
Q  23 aatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatg 122  Q
    ||||||| |||||| |||   ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||    
T  16213192 aatgcttggcttgtatgtgtccttataatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatg 16213093  T
Q  123 tatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    | | ||| ||||| |  |||||||||| ||||||    
T  16213092 tctaagtattataac-caattctaggtatatttt 16213060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 21481214 - 21481247
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21481214 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 21481247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 91 - 123
Target Start/End: Original strand, 18288841 - 18288873
Alignment:
Q  91 ctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18288841 ctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 18288873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 29882467 - 29882210
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29882467 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 29882368  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtat-ttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29882367 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtattttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttg 29882268  T
Q  218 ca-----ttttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    ||     ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  29882267 catcttttttttttattattatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 29882210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 19 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 35397046 - 35396799
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35397046 atataatgcttggcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 35396947  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattctatattgcttgc 218  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35396946 catatatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttgtttcattgcattattttctttttcttgtgctcttcaattctatattgcttgc 35396847  T
Q  219 attttttctttattatcattttgtacttgtgttactaacttttatgcttcat 270  Q
    |    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35396846 a----ttcttttttatcattttgtacttgtgttactaactcttatgcttcat 35396799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 23431172 - 23430982
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23431172 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 23431073  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtat-ttttactactttgtttcattgcatta--ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| | ||||| |||||  |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  23431072 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtattttttaccactttatctcatttcattactttttttttctctcttgctattctattc 23430982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 33787548 - 33787739
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa--atggctataatgagggaattataggtcata 116  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33787548 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaaatggctataatgaggaaattataggtcata 33787647  T
Q  117 tgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgta--tttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||  |||||||| ||||    
T  33787648 tgcatgtatgagtgctatacctaaattctaggtgtatttttttaccactttatttcatttcattactttttttctctcttgctattctattc 33787739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 33772594 - 33772787
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaa---atggctataatgagggaattataggtcat 115  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33772594 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaaaatggctataatgaggaaattataggtcat 33772693  T
Q  116 atgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgta--tttttactactttgtttcattgcatta-ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  33772694 atgcatgtatgagtgctatacctaaattctaggtgtatttttttaccactttatttcatttcattacttttttttctctcttgctattctattc 33772787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 32449975 - 32449870
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttc-aaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32449975 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaatctttcaaaaaatggatataatgagggaattataggtcatat 32449876  T
Q  118 gcatgt 123  Q
    ||||||    
T  32449875 gcatgt 32449870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 90 - 187
Target Start/End: Original strand, 11545505 - 11545602
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttcttt 187  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  11545505 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattactttcttt 11545602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 90 - 187
Target Start/End: Original strand, 11559564 - 11559661
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttcttt 187  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  11559564 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattactttcttt 11559661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 20194149 - 20194016
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  20194149 atgctttgcttgtgtgtgttcttatgatcctcacattgtaacttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcat 20194050  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  20194049 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 20194016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Original strand, 23887281 - 23887418
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaac--ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  23887281 tataatgctttgcttgtgtgtgttcttgtgatcctcacattgtagcttaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaattatagatcatgt 23887380  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    ||||||   ||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  23887381 gcatgtccaagtgttatacc-aaattctaagtatatttt 23887418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Original strand, 23901924 - 23902061
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaac--ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| |    
T  23901924 tataatgctttgcttgtgtgtgttcttgtgatcctcacattgtagcttaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaattatagatcatgt 23902023  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    ||||||   ||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  23902024 gcatgtccaagtgttatacc-aaattctaagtatatttt 23902061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 22269382 - 22269247
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgc 119  Q
    |||||||||| |||||| |||   ||| | ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |  ||| | ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  22269382 tataatgcttggcttgtatgtgtccttgttatcctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaagttgctatgatgagagaattataggtcatgtgc 22269283  T
Q  120 atgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||| | ||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  22269282 atgtctaagtgttataac-aaattctaggtatatttt 22269247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 571287 - 571189
Alignment:
Q  44 cttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    ||||| ||| ||| ||| ||||| ||| ||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  571287 cttatcatcatcacattatagctcaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataggccatgtgcatgtctaagtgttatacctaa 571189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 156
Target Start/End: Original strand, 22898563 - 22898668
Alignment:
Q  50 atcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggt 149  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | ||||| |||||    
T  22898563 atcctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaaattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttataac-aaattttaggt 22898661  T
Q  150 gtatttt 156  Q
     ||||||    
T  22898662 atatttt 22898668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 78 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 25504668 - 25504591
Alignment:
Q  78 ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |  |||||||||| ||||||    
T  25504668 cttttaaaaatggctatgatgagggaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttataac-caattctaggtatatttt 25504591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 27289689 - 27289575
Alignment:
Q  21 ataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgca 120  Q
    ||||||||| |||||| |||   || || ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  27289689 ataatgcttggcttgtatgtgtcctcattatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgca 27289590  T
Q  121 tgtatgagtgttata 135  Q
    ||| | |||||||||    
T  27289589 tgtctaagtgttata 27289575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 24693197 - 24693164
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  24693197 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 24693164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24582437 - 24582249
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24582437 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 24582338  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcatta-ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  24582337 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattacttttttttctctcttgctattctattc 24582249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 24597265 - 24597077
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24597265 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttataatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 24597166  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcatta-ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  24597165 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattacttttttttctctcttgctattctattc 24597077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 19 - 156
Target Start/End: Original strand, 20308449 - 20308586
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttc-aaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  20308449 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataagccatat 20308548  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||||| | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  20308549 gcatgtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 20308586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Original strand, 17009068 - 17009173
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaa-aaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17009068 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaacaaatggctataatgagggaattataggtcatat 17009167  T
Q  118 gcatgt 123  Q
    ||||||    
T  17009168 gcatgt 17009173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Original strand, 17023033 - 17023138
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaa-aaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17023033 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaacaaatggctataatgagggaattataggtcatat 17023132  T
Q  118 gcatgt 123  Q
    ||||||    
T  17023133 gcatgt 17023138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 19 - 156
Target Start/End: Original strand, 40562601 - 40562739
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcata 116  Q
    ||||||||||| ||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  40562601 atataatgcttcgcttgggtgtgttcttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataggtcatg 40562700  T
Q  117 tgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  40562701 tgcatgtatgagtgttatacct-aattctaggtgtatttt 40562739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 5200419 - 5200286
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  5200419 atgctttgcttgtgtgtgttcttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcat 5200320  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  5200319 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 5200286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 22728007 - 22727870
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaac--ctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  22728007 tataatgctttgcttgtgtgtgttcttgtgatcctcacattgtagcttaaaatcaaacctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataggtcatgt 22727908  T
Q  118 gcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    ||||||   ||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  22727907 gcatgtccaagtgttatacc-aaattctaagtatatttt 22727870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 123
Target Start/End: Original strand, 13440697 - 13440796
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||    
T  13440697 atgctttgcttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatgtgcat 13440794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 24 - 123
Target Start/End: Original strand, 30277926 - 30278025
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||    
T  30277926 atgctttgcttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatgtgcat 30278023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Original strand, 1642731 - 1642866
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgc 119  Q
    |||||||||| |||||| |||   ||| | ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |  ||| | ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  1642731 tataatgcttggcttgtatgtgtccttgttatcctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaagttgctatgatgagagaattataggtcatgtgc 1642830  T
Q  120 atgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||| | ||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  1642831 atgtctaagtgttataac-aaattctaggtatatttt 1642866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 50 - 156
Target Start/End: Original strand, 17086624 - 17086729
Alignment:
Q  50 atcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggt 149  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | ||||| |||||    
T  17086624 atcctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaaattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttataac-aaattttaggt 17086722  T
Q  150 gtatttt 156  Q
     ||||||    
T  17086723 atatttt 17086729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 34855435 - 34855468
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34855435 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 34855468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 143; Significance: 4e-75; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 5392324 - 5392135
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5392324 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 5392225  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcatta--ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||  |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  5392224 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttaccactttatttcatttcattactttttttttctctcttgctattctattc 5392135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Original strand, 23121059 - 23121249
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23121059 atataatgctttgcttgtgtgtgctcttatgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatg 23121158  T
Q  119 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgta-tttttactactttgtttcattgcatta--ttttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| | ||||| |||||  |||| |||||||  |||||||| ||||    
T  23121159 catgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtattttttaccactttatctcatttcattactttttttttctctcttgctattctattc 23121249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 19 - 156
Target Start/End: Original strand, 24044882 - 24045020
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcata 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  24044882 atataatgcttagcttgtgtgtgttcttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataggtcatg 24044981  T
Q  117 tgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24044982 tgcatgtatgagtgttatacct-aattctaggtgtatttt 24045020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 206
Target Start/End: Original strand, 12650598 - 12650778
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||    
T  12650598 atgctttgcttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatgtgcat 12650695  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    || | ||||| ||| |  |||| ||||| || |||| | ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||  |||||||| ||||    
T  12650696 gtctaagtgtcataac-caattttaggtata-ttttgccactttatttcatttcattactttttttctctcttgctattctattc 12650778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 24 - 206
Target Start/End: Original strand, 12665519 - 12665699
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacct--ttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||||||||||||  | |||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||  || |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||    
T  12665519 atgctttgcttgtgtgt--ttttatgatcctcacattgtagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccatgtgcat 12665616  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttttactactttgtttcattgcattattttctttctcttgtgctattcaattc 206  Q
    || | ||||| ||| |  |||| ||||| || |||| | ||||| ||||||| ||||| ||| |||||||  |||||||| ||||    
T  12665617 gtctaagtgtcataac-caattttaggtata-ttttgccactttatttcatttcattactttttttctctcttgctattctattc 12665699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 26266234 - 26266099
Alignment:
Q  20 tataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgc 119  Q
    |||||||||| |||||| |||   ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  26266234 tataatgcttggcttgtatgtgtccttattatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagggaattataggtcatgtgc 26266135  T
Q  120 atgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||| | ||||||||| |  |||||||||| ||||||    
T  26266134 atgtctaagtgttataac-caattctaggtatatttt 26266099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 34263954 - 34263921
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34263954 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 34263921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 34306753 - 34306720
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34306753 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 34306720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 39885242 - 39885275
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39885242 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 39885275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Original strand, 39900818 - 39900851
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39900818 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 39900851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0089 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 2)
Name: scaffold0089
Description:

Target: scaffold0089; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 19 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 52201 - 52096
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttca-aaaatggctataatgagggaattataggtcatat 117  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52201 atataatgctttgcttgtgtgtaatcttacgatcctcacattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaaatggctataatgagggaattataggtcatat 52102  T
Q  118 gcatgt 123  Q
    ||||||    
T  52101 gcatgt 52096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0089; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 11910 - 11877
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11910 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 11877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0355 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0355
Description:

Target: scaffold0355; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 19 - 149
Target Start/End: Original strand, 17866 - 17997
Alignment:
Q  19 atataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaa--cctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcata 116  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||||   |||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||    
T  17866 atataatgctttgcttgtgtgtattcttatgatcctcacattctagcttaaaatcaaatctcttttaaaaatggctatgatgagggaattataagccata 17965  T
Q  117 tgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggt 149  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||||    
T  17966 tgcatgtctaagtgttatacct-aattctaggt 17997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0112 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 24 - 156
Target Start/End: Original strand, 11435 - 11566
Alignment:
Q  24 atgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacc--tttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    |||||||| ||||||||  | |||||||| ||| ||||||||||||| ||||| |  ||| |||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||    
T  11435 atgctttgtttgtgtgt--ttttatgatcatcacattgtagcttaaaatcaaatcacttttaaaaatggctatgatgagagaattataagccatatgcat 11532  T
Q  122 gtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    || | |||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  11533 gtctaagtgttatacct-aattctaggtatatttt 11566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0260 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0260
Description:

Target: scaffold0260; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 83 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 6123 - 6051
Alignment:
Q  83 aaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaaattctaggtgtatttt 156  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  6123 aaaaattgctatgatgagggaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttatatc-aaattctaggtatatttt 6051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 50 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 18212 - 18127
Alignment:
Q  50 atcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttata 135  Q
    ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  18212 atcctcacattatagcttaaaatcaaacctctttaaaattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttata 18127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0231 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0231
Description:

Target: scaffold0231; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 84 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 26783 - 26727
Alignment:
Q  84 aaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||    
T  26783 aaaaaggctatgatgagggaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttatacctaa 26727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0206 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0206
Description:

Target: scaffold0206; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 21 - 149
Target Start/End: Original strand, 12102 - 12229
Alignment:
Q  21 ataatgctttgcttgtgtgtactcttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgca 120  Q
    ||||||||| |||||| |||   ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  12102 ataatgcttggcttgtatgtgtccttattatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgca 12201  T
Q  121 tgtatgagtgttatacctaaattctaggt 149  Q
    ||| | ||||||||| | |||||||||||    
T  12202 tgtctaagtgttataac-aaattctaggt 12229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 225066 - 225010
Alignment:
Q  84 aaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  225066 aaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcatgtctaagtgttataactaa 225010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1704 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold1704
Description:

Target: scaffold1704; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 84 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 1023 - 972
Alignment:
Q  84 aaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttata 135  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||    
T  1023 aaaatggctatgatgagggaattataagccatatgcatgtctaagtgttata 972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1376 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold1376
Description:

Target: scaffold1376; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 135
Target Start/End: Original strand, 1835 - 1926
Alignment:
Q  44 cttatgatcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttata 135  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||| ||| |||||||| |  || || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  1835 cttattatcctcacattatagctcaaaatcaaacctctttaacattgctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgtctaagtgttata 1926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0161 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0161
Description:

Target: scaffold0161; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 44 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 27816 - 27738
Alignment:
Q  44 cttatgatcctcatattgtagctt-aaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcat 121  Q
    ||||| ||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||  || || ||||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  27816 cttattatcctcacattatagcttcaaaatcaaacctttttaacattgctataatgaggggattataggtcatgtgcat 27738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 90 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 154368 - 154318
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgtatgagtgttatacctaa 140  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| ||| ||||    
T  154368 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgtctaagtgtcataactaa 154318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0547 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0547
Description:

Target: scaffold0547; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 5621 - 5588
Alignment:
Q  90 gctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5621 gctataatgaggggattataggtcatatgcatgt 5588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 123
Target Start/End: Original strand, 98798 - 98870
Alignment:
Q  50 atcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||| || |||| || |||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  98798 atcctcacattatagcttaaaatcaaaccctttaaaattg-ctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgt 98870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 50 - 123
Target Start/End: Original strand, 179721 - 179793
Alignment:
Q  50 atcctcatattgtagcttaaattcaaacctttcaaaaatggctataatgagggaattataggtcatatgcatgt 123  Q
    ||||||| ||| ||||||||| ||||||| || |||| || |||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  179721 atcctcacattatagcttaaaatcaaaccctttaaaattg-ctatgatgagagaattataggtcatgtgcatgt 179793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University