View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1371_low_1 (Length: 768)

Name: NF1371_low_1
Description: NF1371
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1371_low_1
NF1371_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (33-749)||(36596251-36596972)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 36596972 - 36596251
Alignment:
Q  33 gtagccacctacttacttctattgcatgaatggacaaagtcaagcttctagttctagattcacattcaaaccaaattcgtactccattaattaatta--- 129  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||       
T  36596972 gtagccacctacttacttctattgcatgaatggacaaagtcaagcttctagttctagattcacattcaaaccaaattcgtactacattaattaattaatt 36596873  T
Q  130 -ggagctggat----atatcatctacaaatatctagtatactacttagagtgtattgagagattttgagtgctnnnnnnnnnnttaatgtagtt-accca 223  Q
     ||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||          ||||||||||| |||||    
T  36596872 aggagctggatggatatatcatctacaaatatctagtatactacttagagtgtattgaga--ttttgagtgctaaataaaaaattaatgtagtttaccca 36596775  T
Q  224 cattgagaggttggaaactaagaaatttgaaagnnnnnnnnnggttaactagttaattaatgttgtgtaatttggacgtgctgttagatgatcgttctga 323  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36596774 cattgagaggttggaaactaagaaatttgaaagaaaaaaaa-ggttaactaattaattaatgttgtgtaatttggacgtgcggttagatgatcgttctga 36596676  T
Q  324 aaatggaagcaaacctaacataaaccgagtcatactgtaattaagagtggtgttaagcctagttttaggtgcagatatgtcatgaaatatagactgagtt 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  36596675 aaatggaagcaaacctaacataaaccgagtcatactgtaattaagagtggtgttaagcctagttttaggtgcagatatgtcatgaaatataggctgagtt 36596576  T
Q  424 tt-catatgctagcttaaatatcttattgatgcttgctgaaaaataatactccaattacattataaaactactttatattctcaacaaaattaatagcgg 522  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36596575 tttcatatgctagcttaaatatct-attgatgcttgctgaaaaataatattcctattacattataaaactactttatattctcaacaaaattaatagcgg 36596477  T
Q  523 tcctcgtgtgagcaaattcatttgaaaatgagatgtaatgttatatgtaagggttgagattcgaaccctatacacctcaatgtactcaaaatcctgtaaa 622  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36596476 tcctcgtgtgagcaaattcatttgacagtgagatgtaatgttatatgtaagggttgagatttgaatactaaacacctcaatgtactcaaaatcctgtaaa 36596377  T
Q  623 atgaaaaattgcgctttcaacttaacatataaaaacctttcatcatctaaataaaagttttttataatcaagtttattctaaggttttttcgagatcact 722  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  36596376 atgaaaaattgcgctttcaacttagcatataaaaacctttcatcatctaaataaaagttttttataatcaagtttattctaaggt-ttttctagatcact 36596278  T
Q  723 ttaaaagaattgtgataacatacctaa 749  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  36596277 ttaaaagaattgtgataacaaacctaa 36596251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University