View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1371_low_29 (Length: 440)

Name: NF1371_low_29
Description: NF1371
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1371_low_29
NF1371_low_29
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (3-428)||(38220515-38220940)
chr4 (6-427)||(38238428-38238849)
chr4 (3-427)||(38226896-38227320)
chr4 (3-427)||(38243363-38243787)
chr4 (3-427)||(38214473-38214897)
chr4 (3-427)||(38248511-38248935)
chr4 (3-406)||(38253626-38254029)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (3-427)||(17455126-17455550)
chr6 (3-427)||(17434026-17434450)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (308-405)||(21546676-21546773)
chr1 (21-73)||(21547011-21547063)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (19-85)||(11479291-11479357)
chr2 (45-125)||(11485520-11485600)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 428
Target Start/End: Original strand, 38220515 - 38220940
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220515 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtaacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 38220614  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220615 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggacgctcaaaaccttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 38220714  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220715 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatcaactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 38220814  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38220815 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 38220914  T
Q  403 tatcagttgccgtccctcgtgtttca 428  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||    
T  38220915 tatcagtcgccgtccctcgtgtttca 38220940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 6 - 427
Target Start/End: Original strand, 38238428 - 38238849
Alignment:
Q  6 tcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaat 105  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38238428 tcatgatctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtaacatcaagtatatatatcttaacaggcactataaaatcatcccaat 38238527  T
Q  106 caacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaaacc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  38238528 caacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaaccttccttcaacttgcactgtttagaatcataacaacataacaaacc 38238627  T
Q  206 tcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacgccg 305  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    |||     
T  38238628 tcctttataatctggcctaatagaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttacactcagtgcaccctaatttatcctttgtgcct 38238727  T
Q  306 cgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatat 405  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||| |||| | || | | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38238728 cgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttttcgtgaaacccttctggaatctcttcaggattgcctatctctataccgaaaggatccggaatat 38238827  T
Q  406 cagttgccgtccctcgtgtttc 427  Q
    | || ||||| || ||||||||    
T  38238828 cggtcgccgttccacgtgtttc 38238849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 3 - 427
Target Start/End: Original strand, 38226896 - 38227320
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||| | |||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38226896 caatcatggtttgagttcaatccttttgaatcatctgatggtttcaaagtatcagtaacatcaagtatatatatcttaacaggcactataaaatcatccc 38226995  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||||| ||    
T  38226996 aatcaacccattttacagtgtatcttaggtagagacttctctttggaccctcaaaaccttccttcaacttgcattgtgtatggtcataacaacataacaa 38227095  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    ||||||||||||||||| ||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||    
T  38227096 acctcctttataatctggcccaatagaccttccatattcatccactgtaacattataaaggtcgcacttgcactcagtgcaccctaatttatcctctgcg 38227195  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    || |||||||||||||||||||| || |||| |||| | |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  38227196 cctcgcgtatcaatggcatgaacattaagcaaccatttatcctcaaacccttgtggaatctcttcaggattacctatctctataccgaaaggatctggaa 38227295  T
Q  403 tatcagttgccgtccctcgtgtttc 427  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||    
T  38227296 tatctgttgtcgttcctcgtgtttc 38227320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 3 - 427
Target Start/End: Original strand, 38243363 - 38243787
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||| ||  ||||| |||||||||| ||||||||| |||||| | |||| || ||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  38243363 caatcatgatcaaagttcgttccttttgagttatctgattgtttcatactatcggtaacatcaattacatatatcttaagaggcactataaaatcatccc 38243462  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||  |    
T  38243463 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaaccttccttcaacttgcactgtgtacaatcataacaacataacca 38243562  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  38243563 acctcctttataatctggccttatagaccttccatattcatccaccgtaacattataaagctcgcacttacactcagtgcaccctaacttatcctctacg 38243662  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    || || ||||||||||||||||| || |||| |||| | |||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38243663 ccacgtgtatcaatggcatgaacattaagcacccatttatcctcggacccttctgaaacctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 38243762  T
Q  403 tatcagttgccgtccctcgtgtttc 427  Q
    |||| ||||| || |||||||||||    
T  38243763 tatctgttgctgttcctcgtgtttc 38243787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 3 - 427
Target Start/End: Original strand, 38214473 - 38214897
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  38214473 caatcatgatccgagttcaatccttttgaatcatctgatggtttcaaactatcagtaacatcaattatatatatcttcacaggcacaataaaatcatccc 38214572  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||| || | |||||||||||||| ||    
T  38214573 aatcgacccattttacagtgtatcttagatagagacttctctttggcccctcaaaaccttccttcaatttacactgtgtataatcataacaacataacaa 38214672  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    |||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||  ||    
T  38214673 acctccttcataatctgacctaatagaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttacactcggtgcaccctaacttatcctctgcg 38214772  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || | || |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214773 ccgcgcgtatcgatggcatgaacattaaccaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 38214872  T
Q  403 tatcagttgccgtccctcgtgtttc 427  Q
    |||| ||||| || |||||||||||    
T  38214873 tatctgttgctgttcctcgtgtttc 38214897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 3 - 427
Target Start/End: Original strand, 38248511 - 38248935
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  38248511 caatcatgatctgatttcattccttttgaatcatctgatagtttcaaactaccagtgacatcaattatatatatcttaacgggcactataaaatcatccc 38248610  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    |||||||||| || || ||| |||||||||| ||||||||||| || || || ||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||| ||    
T  38248611 aatcaacccactttactgtgcatcttaagtaaaggcttctcttaggtccttcgaaaccttccttcaacttgcaccgtgtagaatcataacaacataacaa 38248710  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||   |    
T  38248711 acctcctttataatctggcctaatagattttccatactcatccactgtaacattataaaggtcacacttacattcagtgcaccctaatttatcctctgtg 38248810  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    || |||||||| ||||||||||| || |||| |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  38248811 ccacgcgtatcgatggcatgaacattaagcaaccatttctcctcaaacccttctggaatctcttcaggactacctgtctctataccaaaaggatctggaa 38248910  T
Q  403 tatcagttgccgtccctcgtgtttc 427  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||    
T  38248911 tatctgttgtcgttcctcgtgtttc 38248935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 3 - 406
Target Start/End: Original strand, 38253626 - 38254029
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38253626 caatcatggtctgagttcaattcttttgaatcatctgatggtttcaaagtatcagtaacatcaattatatatatcttaacaggcactataaaatcatccc 38253725  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||   |||||||||||||| |     
T  38253726 aatcaacccatttcactgtgtatcttaagtagaggtttctctttggaccctcaaaaccttccttcaacttgcaccgtgtatgatcataacaacataacat 38253825  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    ||||||||||||||| | |||||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||  |     
T  38253826 acctcctttataatcaggccttacagaccttccgtactcatccaccgtaacattataaagctcgcacttacactcggtgcaccctaacttatcctctgca 38253925  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    || || ||||| ||||||||||| || | ||||||| |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  38253926 cctcgtgtatcgatggcatgaacattaaccatccatttctcatcaaacccttctggaacctctgcaggattacctacctctataccaaaagggtccggaa 38254025  T
Q  403 tatc 406  Q
    ||||    
T  38254026 tatc 38254029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 3 - 427
Target Start/End: Original strand, 17455126 - 17455550
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||| ||| |||||  ||| |||||||| |||||||    
T  17455126 caatcatgatctgagttcattccttttgaatcatctgatagtttcaaactatcagtaacatcaattatgtatgtcttaagaggaactataaattcatccc 17455225  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    ||||||||||||| |   ||||| | |  || || ||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| ||| ||   |||||||||||| | ||    
T  17455226 aatcaacccatttgattttgtatttcagataaagacttctctttggtcccttaaaaccttccttcaacttgcattgtgtattatcataacaacatgacaa 17455325  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    ||||||||||||||| ||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||    
T  17455326 acctcctttataatcagacattaaaggccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtgcaccctagcttatcctctacg 17455425  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    || || ||||| ||||||||||  || | || |||| |||||||| ||||||||||||| ||||  |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  17455426 ccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccatttctcctcaaacccttctggaatttctgttggattacccatctccataccaaaaggatccggaa 17455525  T
Q  403 tatcagttgccgtccctcgtgtttc 427  Q
    |||| || |  || |||||||||||    
T  17455526 tatcggtcggtgttcctcgtgtttc 17455550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 3 - 427
Target Start/End: Original strand, 17434026 - 17434450
Alignment:
Q  3 caatcatgttctgagttcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatccc 102  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||| ||||||| ||| |||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  17434026 caatcatgatctgagttcgttccttttgaatcatttgatagttttaaactatcagtaacatcaattatgtatgccttaacaggcactataaaatcatccc 17434125  T
Q  103 aatcaacccatttaacagtgtatcttaagtagaggcttctctttggaccctcaaaatcttccttcaacttgcactgtttagagtcataacaacataagaa 202  Q
    |||||| |||||| |   ||||| | |  ||||| ||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||| ||| ||   |||| |||||||   |     
T  17434126 aatcaatccatttgattttgtatttcagatagagacttctctttggtccctcaaaacctaccttcaacttgcattgtgtattatcatgacaacatttcat 17434225  T
Q  203 acctcctttataatctgaccttattgaccttccatattcatccactgtaacattataaagctcacacttgcactcagtacaccctaacttatcctccacg 302  Q
    ||| |||||||||||| | ||||  |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||    
T  17434226 accccctttataatctaaacttaaaggtcttccatattcatccactgttacattataaagctcacacttgcattcagtgcaccctaacttatcctctacg 17434325  T
Q  303 ccgcgcgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaa 402  Q
    || || ||||| ||||||||||  || | || |||  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17434326 ccacgtgtatcgatggcatgaatattaaacaaccacttctcctcaaacccttctggaatatctgcaggattacctatctctataccaaaaggatctggaa 17434425  T
Q  403 tatcagttgccgtccctcgtgtttc 427  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||    
T  17434426 tgtcagtcggcgttcctcgtgtttc 17434450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 308 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 21546773 - 21546676
Alignment:
Q  308 cgtatcaatggcatgaacgtttagcatccatatctcctcatacccttctggaatctctgcaggattacctatctctataccaaaaggatccggaatat 405  Q
    ||||||||| |||||||| || | || |||| ||||| ||||||||| |||||| || ||||||||||| |  ||||||||| |||| || |||||||    
T  21546773 cgtatcaattgcatgaacattgatcaaccatttctccacatacccttttggaatttcagcaggattaccaacttctataccataagggtctggaatat 21546676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 21547063 - 21547011
Alignment:
Q  21 attccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatata 73  Q
    |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  21547063 attcctttagacttatctgatagcttcaaagtatcagtcacatcaaatatata 21547011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 19 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 11479357 - 11479291
Alignment:
Q  19 tcattccttttgaattatctgatagtttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcagg 85  Q
    |||||||||| || |||||||| |  |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||    
T  11479357 tcattcctttggacttatctgaaatcttcaaagtatcagtcacatcaaatatataaatcttaacagg 11479291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 45 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 11485600 - 11485520
Alignment:
Q  45 ttcaaagtatcagtgacatcaagtatatatatcttagcaggcactataaaatcatcccaatcaacccatttaacagtgtat 125  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| |||||   |||||| ||||| |  ||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  11485600 ttcaaagtatcagtcacatcaaatatataaatcttgagaggcaccataaacttttcccaattaacccacttaacggtgtat 11485520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University