View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1372-INSERTION-4 (Length: 815)

Name: NF1372-INSERTION-4
Description: NF1372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1372-INSERTION-4
NF1372-INSERTION-4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-815)||(38053652-38054460)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 805; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 805; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 815
Target Start/End: Original strand, 38053652 - 38054460
Alignment:
Q  7 atctctgactgtcatgacaaagaatattaccctcattgcttacccattactatattgttaatttgagtgtgggataaaaatagaaaggaaataaaggcga 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38053652 atctctgactgtcatgacaaagaatattaccctcattgcttacccattactatattgttaatttgagtgtgggataaaaatagaaaggaaataaaggcga 38053751  T
Q  107 ggtgacaaatcatttcttctatatagacactaagggaaaaatatacaagtttgatttttgaggtttgaattaataatcgtagaaactatgcctttgaggt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38053752 ggtgacaaatcatttcttctatatagacactaagggaaaaatatacaagtttgatttttgaggtttgaattaataatcgtagaaactatgcctttgaggt 38053851  T
Q  207 atgaaatcttcatattcaactctcggacttgtgtaggaatatccttttctgaacctattgtttctgcttcttacttcgacacccacagaaaagacagcac 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38053852 atgaaatcttcatattcaactctcggacttgtgtaggaatatccttttctgaacctattgtttctgcttcttacttcgacacccacagaaaagacagcac 38053951  T
Q  307 aaacaggtctgtggtcagaaaatcttgattctccgcggatgtatgataattgttcaatgcgtctaccacgccatagtatcctatcacacctgaaaaatat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38053952 aaacaggtctgtggtcagaaaatcttgattctccgcggatgtatgataattgttcaatgcgtctaccacgccatagtatcctatcacacctgaaaaatat 38054051  T
Q  407 tcaatgacagaatattatcaatgattacggtttttgattaatatatcttaagtttttgcttctttgtgcatgtgatattgggttgaagcaaaaattgttg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054052 tcaatgacagaatattatcaatgattacggtttttgattaatatatcttaagtttttgcttctttgtgcatgtgatattgggttgaagcaaaaattgttg 38054151  T
Q  507 aatagtaagaacaagaacttgaaataccatgcgggtgttcggcgtttcttctttgatttaacagtttcaccagcataagagtctgaattatgtgagtact 606  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054152 aatagtaagaacaaggacttgaaataccatgcgggtgttcggcgtttcttctttgatttaacagtttcaccagcataagagtctgaattatgtgagtact 38054251  T
Q  607 tgtaagttggcgcgaacactatttttccctctttgaagccactgaaaactcgtcctgcatctctttctatgttcaactgaataaaaatgaaaagcaagtt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054252 tgtaagttggcgcgaacactatttttccctctttgaagccactgaaaactcgtcctgcatctctttctatgttcaactgaataaaaatgaaaagcaagtt 38054351  T
Q  707 tatcaataaatatactcatgcacaatgaattgttttattatgtatgtatatatgagtggagggacacacttgatctttctctaacaaagtgtcccagtca 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38054352 tatcaataaatatactcatgcacaatgaattgttttattatgtatgtatatatgagtggagggacacacttgatctttctctaacaaagtgtcccagtca 38054451  T
Q  807 ttatcctcc 815  Q
    |||||||||    
T  38054452 ttatcctcc 38054460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University