View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1372-INSERTION-5 (Length: 559)
Name: NF1372-INSERTION-5
Description: NF1372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1372-INSERTION-5 |
 | |
|
| [»] chr4 (9 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 14174309 - 14173778
Alignment:
| Q |
23 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnn |
122 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
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| T |
14174309 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagtgataaaaaaa |
14174210 |
T |
|
| Q |
123 |
nttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaa |
222 |
Q |
| |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
14174209 |
at-gaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaa |
14174111 |
T |
|
| Q |
223 |
tattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctaga |
322 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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|
| T |
14174110 |
tattctctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctaga |
14174015 |
T |
|
| Q |
323 |
agttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgt |
422 |
Q |
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|
|
| T |
14174014 |
agttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaaac |
14173915 |
T |
|
| Q |
423 |
ttgatattttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctt |
522 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |
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|
| T |
14173914 |
tttgtattttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcggctgatgaagagttaaatgctatgccctcctt |
14173815 |
T |
|
| Q |
523 |
tcacaccaaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
559 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14173814 |
tcacaccaaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
14173778 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 14179057 - 14178532
Alignment:
| Q |
29 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaa |
128 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| |
|
|
| T |
14179057 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcaataaaaaaaat-gaa |
14178959 |
T |
|
| Q |
129 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
228 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178958 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
14178859 |
T |
|
| Q |
229 |
ctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttat |
328 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178858 |
ctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttat |
14178763 |
T |
|
| Q |
329 |
agagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgata |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || || |
|
|
| T |
14178762 |
agagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgta |
14178663 |
T |
|
| Q |
429 |
ttttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacac |
528 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178662 |
ttttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctttatttataggggaaatcggctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacac |
14178563 |
T |
|
| Q |
529 |
caaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
559 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178562 |
caaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
14178532 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 30 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 44161949 - 44161428
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaac |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
44161949 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaat-gaac |
44161851 |
T |
|
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |
|
|
| T |
44161850 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaat--tctc |
44161753 |
T |
|
| Q |
230 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161752 |
tccactctcttacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
44161657 |
T |
|
| Q |
330 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgatat |
429 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| | |||| | |
|
|
| T |
44161656 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattattcctctcacacacctctacacacaga-agctttgtgtt |
44161558 |
T |
|
| Q |
430 |
tttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacacc |
529 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161557 |
tttcacttctgcttcgatgccttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacacc |
44161458 |
T |
|
| Q |
530 |
aaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
559 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161457 |
aaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
44161428 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 23 - 444
Target Start/End: Original strand, 28611561 - 28611977
Alignment:
| Q |
23 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnn |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611561 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa |
28611660 |
T |
|
| Q |
123 |
nttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaa |
222 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
28611661 |
at-gaacaccaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaa |
28611759 |
T |
|
| Q |
223 |
tattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctaga |
322 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
28611760 |
tattctctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctaga |
28611855 |
T |
|
| Q |
323 |
agttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgt |
422 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |
|
|
| T |
28611856 |
agttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagc |
28611955 |
T |
|
| Q |
423 |
ttgatattttcacttctgcttc |
444 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611956 |
tttgtattttcacttctgcttc |
28611977 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 29 - 444
Target Start/End: Original strand, 28606805 - 28607215
Alignment:
| Q |
29 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaa |
128 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |
|
|
| T |
28606805 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatt-aa |
28606903 |
T |
|
| Q |
129 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
228 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28606904 |
caccaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
28607003 |
T |
|
| Q |
229 |
ctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttat |
328 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607004 |
ctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttat |
28607099 |
T |
|
| Q |
329 |
agagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgata |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || || |
|
|
| T |
28607100 |
agagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgta |
28607199 |
T |
|
| Q |
429 |
ttttcacttctgcttc |
444 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607200 |
ttttcacttctgcttc |
28607215 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 30 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 11104829 - 11104456
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaac |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
11104829 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagctgtagcgataaaaa----tgaac |
11104734 |
T |
|
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||| | ||||| ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104733 |
accaatatttaacatagaaaatcctctaatatcgagggtaaa-ccacgggacaaactccgaaaaatattccaccatatctaagaatattacaatattctc |
11104635 |
T |
|
| Q |
230 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104634 |
tccactctcttacacacaa-----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttata |
11104540 |
T |
|
| Q |
330 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacaca |
413 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104539 |
gagatgatatccacccggtgtatttttcctacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacaca |
11104456 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 29 - 338
Target Start/End: Original strand, 48826701 - 48827000
Alignment:
| Q |
29 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaa |
128 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
48826701 |
ttgttgggatcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaattcaa--gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatagaaaaa---gaa |
48826795 |
T |
|
| Q |
129 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
228 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826796 |
caccaatatttaacgtggaaaatcctctaataccgagggaaaaatcacgggac-aactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattct |
48826894 |
T |
|
| Q |
229 |
ctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttat |
328 |
Q |
| |
|
|| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826895 |
cttcgctctct----tacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttat |
48826990 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 130 - 231
Target Start/End: Original strand, 48708155 - 48708256
Alignment:
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || ||||| || |||||| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48708155 |
accaatatttaacatgaaaaactctataatactaagagaaaaaccacgtgacaaactccaaaaaatatttcattatattaaaaaatattacaatattctc |
48708254 |
T |
|
| Q |
230 |
tc |
231 |
Q |
| |
|
|| |
|
|
| T |
48708255 |
tc |
48708256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 146 - 239
Target Start/End: Original strand, 24726288 - 24726381
Alignment:
| Q |
146 |
gaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctct |
239 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| | |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| || | ||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
24726288 |
gaaaaccatctaatatcaagggaaaagccacgagacaaactctgaaaaatattccattatattaaagaacataataatattctctccattctct |
24726381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 29 - 558
Target Start/End: Original strand, 42910992 - 42911513
Alignment:
| Q |
29 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaa |
128 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | |||| |||| |
|
|
| T |
42910992 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtggaaattaaaattttaaaatccaaaagagattagatcttgcagcgcagcggcaacgataaaaa----tgaa |
42911087 |
T |
|
| Q |
129 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
228 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911088 |
caccaatatttaacatggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaa-tattccactatatttaagaatattacaatattct |
42911186 |
T |
|
| Q |
229 |
ctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttat |
328 |
Q |
| |
|
||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
42911187 |
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42911282 |
T |
|
| Q |
329 |
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427 |
Q |
| |
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| T |
42911283 |
agagatgatacccacccagtgtattttttccacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacacacagaagctttgtg |
42911382 |
T |
|
| Q |
428 |
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526 |
Q |
| |
|
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| T |
42911383 |
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42911481 |
T |
|
| Q |
527 |
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558 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911482 |
accaaagtcatgtccttaatgtgtgaaaacta |
42911513 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 30 - 555
Target Start/End: Original strand, 29106878 - 29107393
Alignment:
| Q |
30 |
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129 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
|
|
| T |
29106878 |
tgttgggatcgaggagcttaatgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagattggatcttgcagcgcagcggtagcgttaaaaa----tgaac |
29106973 |
T |
|
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29106974 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
29107073 |
T |
|
| Q |
230 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29107074 |
tccactctcttacacacaca----agagatacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttata |
29107168 |
T |
|
| Q |
330 |
gagatgataccc-acccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgata |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||| | | || || |
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|
| T |
29107169 |
aagatgataccccacccaatgtatttttcccacactctctggatttactcaacact--attttttctctcacacacttctacatacagagaagctttgta |
29107266 |
T |
|
| Q |
429 |
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528 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || | |
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|
| T |
29107267 |
tttccacttctgcttcgatgctttcattccttcaagtacccctttatttatagaggaaatcagttgatgatgagttaaatgctatgcactccttttacgc |
29107366 |
T |
|
| Q |
529 |
caaagtcatgtccttaatgtgtgaaaa |
555 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
29107367 |
caaagttatgtcctcaatgtgtgaaaa |
29107393 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 23 - 110
Target Start/End: Original strand, 38994692 - 38994779
Alignment:
| Q |
23 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggta |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
38994692 |
taccacttgttgggcttgacgatcttaatgctagtgtaaattaaaattccaaaacccaaacaaaattggatcttgcagtgcagcggta |
38994779 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 126 - 216
Target Start/End: Original strand, 38997230 - 38997320
Alignment:
| Q |
126 |
gaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaata |
216 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
38997230 |
gaacagcaatattttacgtcgaaaaccctctaatatcgaacgaaaaactacgggacaaactccaaaaaataatccattatattaaagaata |
38997320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 27 - 85
Target Start/End: Original strand, 38997135 - 38997193
Alignment:
| Q |
27 |
acttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaga |
85 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
38997135 |
acttgttgggttcgaagggcttaatgcgggtgtaaattaaaattccagaatccaaaaga |
38997193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 308; Significance: 1e-173; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 308; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 23 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 12931047 - 12930631
Alignment:
| Q |
23 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnn |
122 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12931047 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa |
12930948 |
T |
|
| Q |
123 |
nttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaa |
222 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
12930947 |
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12930850 |
T |
|
| Q |
223 |
tattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctaga |
322 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
12930849 |
tattctctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctaga |
12930754 |
T |
|
| Q |
323 |
agttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgt |
422 |
Q |
| |
|
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|
| T |
12930753 |
agttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagc |
12930654 |
T |
|
| Q |
423 |
ttgatattttcacttctgcttca |
445 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||||||| |
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|
| T |
12930653 |
tttgtattttcacttctgcttca |
12930631 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 30 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 12935786 - 12935377
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaac |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
12935786 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa--tgaac |
12935689 |
T |
|
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935688 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
12935589 |
T |
|
| Q |
230 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935588 |
tccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
12935493 |
T |
|
| Q |
330 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgatat |
429 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || ||| |
|
|
| T |
12935492 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtat |
12935393 |
T |
|
| Q |
430 |
tttcacttctgcttca |
445 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935392 |
tttcacttctgcttca |
12935377 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 239
Target Start/End: Original strand, 26504945 - 26505055
Alignment:
| Q |
127 |
aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatatt |
226 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||| || ||| ||||||| | ||| |||| |||| | ||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
26504945 |
aacatcaatatttaacgtg-aataccgtctaataacaaggcaaaa-ccacagtacaaactccaaaaaatattcaactataataaaaaatattacaatatt |
26505042 |
T |
|
| Q |
227 |
ctctccactctct |
239 |
Q |
| |
|
|| || ||||||| |
|
|
| T |
26505043 |
ctttcaactctct |
26505055 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 83
Target Start/End: Original strand, 26504850 - 26504895
Alignment:
| Q |
38 |
tcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa |
83 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
26504850 |
tcgacgagtttaatggaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaa |
26504895 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 125 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 15589060 - 15588948
Alignment:
| Q |
125 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaata |
224 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| || ||||||||||| || ||| |||||| || | ||||||||| ||||||||| |||| ||| || |||||||||| | |
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|
| T |
15589060 |
tgaacatcaatatttattttgaaaaaccctctattaatgagagaaaaatcaagtgacaaactctaaaaaatatttcactttatcaaacaatattacaaca |
15588961 |
T |
|
| Q |
225 |
ttctctccactct |
237 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |
|
|
| T |
15588960 |
ttttctccactct |
15588948 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 30 - 445
Target Start/End: Complemental strand, 34907503 - 34907094
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaac |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
34907503 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaa--tgaac |
34907406 |
T |
|
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907405 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
34907306 |
T |
|
| Q |
230 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907305 |
tccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
34907210 |
T |
|
| Q |
330 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgatat |
429 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || ||| |
|
|
| T |
34907209 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtat |
34907110 |
T |
|
| Q |
430 |
tttcacttctgcttca |
445 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907109 |
tttcacttctgcttca |
34907094 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 30 - 445
Target Start/End: Original strand, 37040426 - 37040836
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaac |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |
|
|
| T |
37040426 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaat-gaac |
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T |
|
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |
|
|
| T |
37040525 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattttc |
37040624 |
T |
|
| Q |
230 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040625 |
tccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
37040720 |
T |
|
| Q |
330 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgatat |
429 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | || ||| |
|
|
| T |
37040721 |
gagatgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacagaagctttgtat |
37040820 |
T |
|
| Q |
430 |
tttcacttctgcttca |
445 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040821 |
tttcacttctgcttca |
37040836 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 23 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 15290601 - 15290078
Alignment:
| Q |
23 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa-gagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnn |
121 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
15290601 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaatccaaaaagagattggatcttgcagcgcagccttagcgataaaaaa |
15290502 |
T |
|
| Q |
122 |
nnttgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattaca |
221 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| | |||||||||| |
|
|
| T |
15290501 |
aat-gaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggtataaaccacgggacaaactccaaaagattttccactatatttaagaatattaca |
15290403 |
T |
|
| Q |
222 |
atattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctag |
321 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||| | | |||||||| |
|
|
| T |
15290402 |
atattctctccactctcttacacacaca----agagatacaatatagtgtttcc-gtgagacccactcctattcgaatgctattatttca--gcacctag |
15290310 |
T |
|
| Q |
322 |
aagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacg |
421 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15290309 |
aagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcc-acactttctggatttagtcaacactctatt------ctcacacacttctacacacagaagct |
15290217 |
T |
|
| Q |
422 |
tttga-tattttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttataggggaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcc |
520 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | | |
|
|
| T |
15290216 |
tttttgtattttcacttctgctacgatgctttcattccttcaagtacccctctatttatagaggaaatcagttgatgaagagttaaatgctatgcatttc |
15290117 |
T |
|
| Q |
521 |
tttcacaccaaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
559 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290116 |
tttcacaccaaagtcatgtcttcaatgtgtgaaaactat |
15290078 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 30 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 12099361 - 12098988
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaac |
129 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||| |||| |
|
|
| T |
12099361 |
tgttgggctcgacgagtttaacgcgagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagatatgatcttgcagctcaccgatagcgataaaaa----tgaaa |
12099266 |
T |
|
| Q |
130 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctc |
229 |
Q |
| |
|
| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12099265 |
agcaatattttacgtgaaaaaccctctaatgacgaaggaaaaaccaagggacaaactccgaaaaaatttcaactatattaaagaatattacaatattctc |
12099166 |
T |
|
| Q |
230 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
12099165 |
tccactctct----tacacgcacaagagacacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttata |
12099070 |
T |
|
| Q |
330 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacaca |
415 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||| | | |||||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12099069 |
gagatgatactcactcaatctatttt--cgaga--ctctgaatttactcaacactctatttttcctttcacatacttctacacaca |
12098988 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 108; E-Value: 6e-54
Query Start/End: Original strand, 384 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 15302960 - 15302785
Alignment:
| Q |
384 |
tctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttgatattttcacttctgcttcattgatttcattccttcaagtacccctctatttataggg |
483 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||| | | | || |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
15302960 |
tctatttttgctctcacacacttctacacacacagaagctttgtattttcaattctgcttcgatgctttcattccttcaagtacccctctatttatagag |
15302861 |
T |
|
| Q |
484 |
gaaatcagctgatgaagagttaaatgctatgcactcctttcacaccaaagtcatgtccttaatgtgtgaaaactat |
559 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
15302860 |
gaaatcagttgatgaagagttaaatgctatggactcctttcacacgaaagtcatgtcttcaatgtgtgaaaactat |
15302785 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 182 - 413
Target Start/End: Complemental strand, 12082227 - 12082002
Alignment:
| Q |
182 |
aaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgag |
281 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12082227 |
aaactccaaaaaatattccactatattaa-gaatattacaatattttctccactctcttacacggaaa----agagatacaatatagtgtttctaatgag |
12082133 |
T |
|
| Q |
282 |
acctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaac |
381 |
Q |
| |
|
|| || |||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| | | ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12082132 |
actcgctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataatacctacccgatatatttttccc-ctttttctggatttacccaac |
12082034 |
T |
|
| Q |
382 |
actctatttttcctctcacacacttctacaca |
413 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12082033 |
actctaattttctgatcacacacttctacaca |
12082002 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 30 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 12084751 - 12084666
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgat |
115 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||| | ||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
12084751 |
tgttgggctcaacgagcttaacacgagggtaaattaaaatttcaaaatccaatagacattggatcttgtagcgcaacggtagcgat |
12084666 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 85
Target Start/End: Original strand, 2757209 - 2757268
Alignment:
| Q |
26 |
cacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaga |
85 |
Q |
| |
|
||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
2757209 |
cacttgttgtgttcaacgagcttattacaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaaga |
2757268 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 191 - 239
Target Start/End: Original strand, 2757370 - 2757418
Alignment:
| Q |
191 |
aaaatattccactatattaatgaatattacaatattctctccactctct |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2757370 |
aaaatattccactatatttaaaaatattgcactattctctccactctct |
2757418 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 202; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 29 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 8539549 - 8539139
Alignment:
| Q |
29 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaa |
128 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| | || |||| |
|
|
| T |
8539549 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaattctaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtaacaataaaaaa---tgaa |
8539453 |
T |
|
| Q |
129 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaatattacaatattct |
228 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||| | |
|
|
| T |
8539452 |
catcaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaagatattccactatatttaagaatattacaatattat |
8539353 |
T |
|
| Q |
229 |
ctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatat---agtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagt |
325 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
8539352 |
ctccactctcttacacacaca----agagatacaatattatagtgtttcc-gtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagt |
8539258 |
T |
|
| Q |
326 |
tatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacagacacgtttg |
425 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | | | || |
|
|
| T |
8539257 |
tatagagatgatacccatccgatgtatttttcccacactctctgaatttactgaacactatatttttcctctcacacacttctacacacacagaagcttt |
8539158 |
T |
|
| Q |
426 |
atattttcacttctgcttc |
444 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8539157 |
gtattttcacttctgcttc |
8539139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 255 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302146
Alignment:
| Q |
255 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtattt |
354 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302306 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgattcccacccggtgtattt |
51302207 |
T |
|
| Q |
355 |
ttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacaca |
415 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302206 |
tatccacactctctggatttactcaatactctatttttcctcacacacacttctacacaca |
51302146 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 51303026 - 51302937
Alignment:
| Q |
23 |
taccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagc |
112 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51303026 |
taccacttgttgggatcgacgagcttaatgcaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaacagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
51302937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 125 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 51302344 - 51302304
Alignment:
| Q |
125 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
165 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302344 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgag |
51302304 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 61; Significance: 6e-26; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 216
Target Start/End: Original strand, 2100199 - 2100379
Alignment:
| Q |
30 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactgga-tcttgcagcgcagcggtagcgatnnnnnnnnttgaa |
128 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||| | || | ||||||| || || || ||| ||||| |
|
|
| T |
2100199 |
tgttgggctcgacgagcttaacacaagtgtaaattaaaattccaaaattcataagagatttgaattttgcagcacaacgataatgataaaa----ttgaa |
2100294 |
T |
|
| Q |
129 |
caccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaatgaata |
216 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
2100295 |
catcaatatttaaggtggaaaaccctttaataatgagcgaaaaac---ggggcaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
2100379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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