View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1372-INSERTION-8 (Length: 297)

Name: NF1372-INSERTION-8
Description: NF1372
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1372-INSERTION-8
NF1372-INSERTION-8
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (8-297)||(25985874-25986163)
chr1 (8-297)||(18238953-18239242)
chr1 (35-297)||(34575661-34575923)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-287)||(5196853-5197132)
chr8 (207-297)||(31382450-31382540)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-297)||(35421507-35421796)
chr4 (8-169)||(53667783-53667944)
chr4 (195-297)||(53667944-53668046)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (8-297)||(12716216-12716505)
chr3 (222-297)||(42711289-42711364)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (8-287)||(9676716-9676995)
chr2 (8-297)||(31074524-31074813)
chr2 (8-297)||(35740298-35740587)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-297)||(10900927-10901216)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-297)||(5640765-5641054)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 238; Significance: 1e-132; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Original strand, 25985874 - 25986163
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
25985874 atcttcttcctcaaatcaaatacccctgtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgctgtaccata 25985973  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||    
25985974 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggtttactagttggtgcttgagtagattcaacactcttaggtttatgttgtttgttagctggatcataa 25986073  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
25986074 tttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtctcattccta 25986163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 18239242 - 18238953
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||    
18239242 atcttcttccccaaatcaaatacccctgtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgttgtaccaga 18239143  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
18239142 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggtttactagttggtgcttgagtagattctacactcttaggtttttgttgtttgttagctggaccataa 18239043  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
18239042 cttgaggtgcttgcactagcatccgacctagcttttgctccactagaagattgattattggtattaatcgaagtggaagtctcattccta 18238953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 35 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 34575923 - 34575661
Alignment:
35 gtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccagaggaacttactggtggtactaaataatt 134  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||     
34575923 gtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctgctctttagtgttcctgcaccagaggaatttactggtagtactaaagaatc 34575824  T
135 tgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataacttgaggtgcttgcactagcttccgac 234  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
34575823 tgatgatttactagttggtgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgttagctggaccataacttgaggtgcttgcactagcttccgac 34575724  T
235 acagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||    
34575723 ctagcttttgctccactagaagattgattattggtgttaatcgaagtggaagtctcattccta 34575661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 5197132 - 5196853
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |    
5197132 atcttcttcctcaaatcaaatacccctgtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgttgtaccaaa 5197033  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
5197032 ggaacttactgatggtactaaagaatctgatggtttactagttggtgcttgagaagattcaacactcttaggtttttgttgtttgttagctggaccataa 5196933  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagt 287  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
5196932 cttgaggtgcttgcactagctttcgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagt 5196853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 207 - 297
Target Start/End: Original strand, 31382450 - 31382540
Alignment:
207 acttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||| || ||||||    
31382450 acttgaggtgcttgcactaacttccgacctagctcttgctccactagaagatttattattggtattaatcgaagtgaaagtctcattccta 31382540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 35421796 - 35421507
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
35421796 atcttcttcctcaaatcaaatagccctgtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 35421697  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
35421696 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggtttactagttggtgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgttagctgaaccataa 35421597  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||||    
35421596 cttgaggtgcttgcactagcttccgacctaacttttgctccactagaagattgattattggtgttaatcgaagtggaagtctcattccta 35421507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 8 - 169
Target Start/End: Original strand, 53667783 - 53667944
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     
53667783 atcttcttcctcaaatcaaatacccctgtttatcattctccaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgctgtaccagt 53667882  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaa 169  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
53667883 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggtttactagttggtgcttgagtagattcaa 53667944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 195 - 297
Target Start/End: Original strand, 53667944 - 53668046
Alignment:
195 agctggaccataacttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttc 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
53667944 agctggaccataacttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtctcattc 53668043  T
295 cta 297  Q
    |||    
53668044 cta 53668046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Original strand, 12716216 - 12716505
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
12716216 atcttcttcctcaaatcaaatacccctgtttttcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 12716315  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||    
12716316 gaaacttactggtggtactaaagaatatgatggtttactagttggtgcttgagtagattcaacactcttaggtttttattgtttgttagctggaccataa 12716415  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
12716416 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacaacttttgctcaattagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtctcattccta 12716505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 222 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 42711364 - 42711289
Alignment:
222 actagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||    
42711364 actagcttccgacctagctcttgctccactagaagattgattattggtaataatcgaagtggaagtctcattccta 42711289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 228; Significance: 1e-126; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 228; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 8 - 287
Target Start/End: Complemental strand, 9676995 - 9676716
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||    
9676995 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttttcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgttgttccaga 9676896  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
9676895 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggtttactagttggtgtttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgttagctggaccataa 9676796  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagt 287  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
9676795 cttgaggtgcttgcgctagcttccgacacagattttgctccactagaagattgattattgatattaatccaagtggaagt 9676716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Original strand, 31074524 - 31074813
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    ||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||    
31074524 atcttcttcctcaaaacaaatacctctgtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgctataccaga 31074623  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
31074624 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggtgtactagttggtgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgttagctggaccataa 31074723  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
31074724 cttgaggtgcttgcactagcttccgacctagcttttgctccactagaagattgattattggtattaatcgaagtggaagtctcattccta 31074813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 35740587 - 35740298
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||| |    
35740587 atcttcttcctcaaatcaaatacccctgtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatctttcaaactgttactactttttagtgttgctgtaccata 35740488  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
35740487 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggattactagttggtgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgttagctggaccataa 35740388  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| || ||||||    
35740387 cttgaggtgcatgcactagcttccaacctagcttttgctccacaagaagattgattattggtattaatcaaagtggaagtctcattccta 35740298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Original strand, 10900927 - 10901216
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
10900927 atcttcttcctcaaatcaaatactcctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaactgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 10901026  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||    
10901027 ggaacttactggtggtactaaagaatctgatggtttactagttggttcttgagtaaattcaacactcttagatttttattgtttgttagctggaccataa 10901126  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||    
10901127 cttgaggtgcttgcactaacttccgacctagcttttgctccactagaagattgattattagtattaatcgaagtggaagtctcattccta 10901216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 210; Significance: 1e-115; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 8 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 5641054 - 5640765
Alignment:
8 atcttcttcctcaaatcaaatatccctgtttgtcattctctaacaaaggttttgtaagatcttccaaattgttgctactctttagtgttgctgtaccaga 107  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||||||    
5641054 atcttcttcctcaaatcaaatacccatgtttgtcattctctaacaaaggctttgtaagatcttccaaactcttgctactctttagtgttgttgtaccaga 5640955  T
108 ggaacttactggtggtactaaataatttgatggtttactagttgatgcttgagtagattcaacactcttaggtttttgttgtttgtgagctggaccataa 207  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
5640954 ggaacttactggtggtactaaagaatctaatggtttactagttggtgcttgagtagattcaacactcttagctttttgttgtttgttagctggaccataa 5640855  T
208 cttgaggtgcttgcactagcttccgacacagcttttgctccactagaagattgattattgatattaatcgaagtggaagtttcgttccta 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
5640854 cttgaggtgcttgcactagcttccgacctagctttttctccactaaaagattggttattggtattaatcgaagtggaagtctcattccta 5640765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University