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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF13724_high_17 (Length: 205)
Name: NF13724_high_17
Description: NF13724
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13724_high_17 |
 | |
|
| [»] scaffold0413 (2 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold1838 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 181; Significance: 5e-98; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 5004836 - 5004640
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004836 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
5004737 |
T |
|
| Q |
101 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5004736 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatacgagttttacgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
5004640 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 46404678 - 46404537
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404678 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatatctgtatgataatgttttgtggaatggcattt---------ttctattcatatatgtttttgtgg |
46404588 |
T |
|
| Q |
101 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
151 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404587 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
46404537 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 90 - 197
Target Start/End: Original strand, 16975453 - 16975569
Alignment:
| Q |
90 |
tgtttttgtggtattgt-aaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtc |
180 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16975453 |
tgtttttgtggtattgttaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcagtttggtt |
16975552 |
T |
|
| Q |
181 |
catgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16975553 |
catgtggatgatgatgt |
16975569 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 11968006 - 11967862
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatg--tttttgt |
98 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
11968006 |
taaaagttattagtttaattatattttatacgatgtgtgtat-aaaatgttccgtagaatgacatttattttattttgatatgcatatatgtttttttgt |
11967908 |
T |
|
| Q |
99 |
ggtatt-gtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga |
145 |
Q |
| |
|
|||||| | ||||||||||| | |||| |||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
11967907 |
ggtattgggaaagaagtgtt--attttgttgataaactaaagaaatga |
11967862 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 1 - 63
Target Start/End: Original strand, 16975388 - 16975450
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgac |
63 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
16975388 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtctgtatgataattttatgtggaatgac |
16975450 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 46404544 - 46404508
Alignment:
| Q |
161 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
46404544 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
46404508 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 146 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 11937838 - 11937787
Alignment:
| Q |
146 |
aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11937838 |
aaatatgagttttatgaaaatattttattttggttcatgtggatgatgatgt |
11937787 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 3e-84; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 24 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 37667271 - 37667098
Alignment:
| Q |
24 |
ttttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattgtaaagaagtgttagactt |
123 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667271 |
ttttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggaatgacttttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattgtaaagaagtgttagactt |
37667172 |
T |
|
| Q |
124 |
tgctgataaactaaataaatgaaaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37667171 |
tgctgataaactaaataaatgaaaatatgagttttatgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
37667098 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 35762165 - 35761961
Alignment:
| Q |
2 |
aaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggt |
101 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
35762165 |
aaaagttattagtttaactatattttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctatgcatatatgtttttgtggt |
35762066 |
T |
|
| Q |
102 |
attg-taaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatgat |
192 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
35762065 |
attgttaatgaagtgttagactttgtagataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgtgttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatgat |
35761966 |
T |
|
| Q |
193 |
gatgt |
197 |
Q |
| |
|
||||| |
|
|
| T |
35761965 |
gatgt |
35761961 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 9537472 - 9537377
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgttttt |
96 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| || || |||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
9537472 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgataatgttatgtagaatgacatttatttcatgttgctatgcgtatatgttttt |
9537377 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 149; Significance: 7e-79; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 23260694 - 23260490
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
23260694 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
23260595 |
T |
|
| Q |
101 |
tattg-taaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatga |
191 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
23260594 |
tattgttaaagaagtgttaga-tttgctgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcagtttggttcatgtggatga |
23260496 |
T |
|
| Q |
192 |
tgatgt |
197 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
23260495 |
tgatgt |
23260490 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 40 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 10751637 - 10751480
Alignment:
| Q |
40 |
tatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaat |
139 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10751637 |
tatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtggtattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaat |
10751538 |
T |
|
| Q |
140 |
aaatgaaaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10751537 |
aaatgaaaatacgagttttacgaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
10751480 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 32450379 - 32450174
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
32450379 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttatttttctatgcatatatgtttttgtgg |
32450280 |
T |
|
| Q |
101 |
tattg-taaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatga |
191 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
32450279 |
tattgttaaagaagtgttagactttgttgataaactaaataaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtgcatga |
32450180 |
T |
|
| Q |
192 |
tgatgt |
197 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
32450179 |
tgatgt |
32450174 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 25005278 - 25005429
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005278 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtctgtatgataattttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
25005377 |
T |
|
| Q |
101 |
tattg-taaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
151 |
Q |
| |
|
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25005378 |
tattgttaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
25005429 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 34636321 - 34636457
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636321 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggcatgacat--------tttttctattcatatatgtttttgtgg |
34636412 |
T |
|
| Q |
101 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
151 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636413 |
tatt------aagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
34636457 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 197
Target Start/End: Original strand, 34636450 - 34636486
Alignment:
| Q |
161 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34636450 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
34636486 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0413 (Bit Score: 132; Significance: 9e-69; HSPs: 2)
Name: scaffold0413
Description:
Target: scaffold0413; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 5 - 151
Target Start/End: Original strand, 8978 - 9125
Alignment:
| Q |
5 |
agttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttt-tctattcatatatgtttttgtggtat |
103 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8978 |
agttattagtttaattatattttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggaatgacatttattttattttttctattcatatatgtttttgtggtat |
9077 |
T |
|
| Q |
104 |
tgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
151 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9078 |
tgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
9125 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0413; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 197
Target Start/End: Original strand, 9118 - 9154
Alignment:
| Q |
161 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9118 |
gaaaatatttcagattggtccatgtggatgatgatgt |
9154 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 1e-55; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Original strand, 536948 - 537090
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
536948 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtctgtatgataatgttatgtggaatggcattt--------tttctattcatatatgtttttgtgg |
537039 |
T |
|
| Q |
101 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
151 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
537040 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
537090 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 4558088 - 4557883
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgt--ttttgt |
98 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| | ||||||| || ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
4558088 |
taaaagttattagtttaatcatattttatataatgtgtgtataataatgttacgtagaatgacttttattttattttgatatgcatatatgtttttttgt |
4557989 |
T |
|
| Q |
99 |
ggtattg-taaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggat |
189 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4557988 |
ggtattgagaaagaagtgttggattttgttgataaactaaagaaatgaaaatatataaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggat |
4557889 |
T |
|
| Q |
190 |
gatgat |
195 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
4557888 |
gatgat |
4557883 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 197
Target Start/End: Original strand, 537083 - 537119
Alignment:
| Q |
161 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
537083 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
537119 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 102; Significance: 7e-51; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 15874053 - 15873911
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgtttttgtgg |
100 |
Q |
| |
|
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| T |
15874053 |
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15873962 |
T |
|
| Q |
101 |
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151 |
Q |
| |
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| T |
15873961 |
tattgtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatgaaaatat |
15873911 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 21491612 - 21491405
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgt---ttttg |
97 |
Q |
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| T |
21491612 |
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21491514 |
T |
|
| Q |
98 |
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188 |
Q |
| |
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| T |
21491513 |
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21491414 |
T |
|
| Q |
189 |
tgatgatgt |
197 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
21491413 |
tgatgatgt |
21491405 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 2 - 96
Target Start/End: Original strand, 22077766 - 22077860
Alignment:
| Q |
2 |
aaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgttttt |
96 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
22077766 |
aaaagttattagtttaattatattttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtagaatgacatttgctttattttcctatgcatatatgttttt |
22077860 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 18367439 - 18367239
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgt--ttttgt |
98 |
Q |
| |
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| T |
18367439 |
taaaagttattagtttaattatattttaa-------ttatattaaaatgttacgtagaatgacatttattttattttgatatgcatatatgtttttttgt |
18367347 |
T |
|
| Q |
99 |
ggtatt-gtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggat |
189 |
Q |
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| T |
18367346 |
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18367247 |
T |
|
| Q |
190 |
gatgatgt |
197 |
Q |
| |
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|
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| T |
18367246 |
gatgatgt |
18367239 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 3 - 77
Target Start/End: Original strand, 48576465 - 48576540
Alignment:
| Q |
3 |
aaagttattagttt-aattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttt |
77 |
Q |
| |
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|
|
| T |
48576465 |
aaagttattagttttaattatatattatatgatgtgtgtatgataatgtgatgcagaatgacatttattctatttt |
48576540 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 161 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 15873918 - 15873882
Alignment:
| Q |
161 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
197 |
Q |
| |
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| T |
15873918 |
gaaaatatttcagtttggtccatgtggatgatgatgt |
15873882 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Original strand, 49499146 - 49499351
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatg-tttttgtg |
99 |
Q |
| |
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| T |
49499146 |
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49499244 |
T |
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| Q |
100 |
gtatt-gtaaagaagtgttagactttgctgataaactaaataaatga--------aaatatgagttttaagaaaatatttcagtttggtccatgtggatg |
190 |
Q |
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| T |
49499245 |
gtattgggaaagaagtgttggattttgttgataaactaaagaaatgaaaatatagaaatatgagttttatgaaaatatttcattttggttcatgtggatg |
49499344 |
T |
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| Q |
191 |
atgatgt |
197 |
Q |
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| T |
49499345 |
atgatgt |
49499351 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 28969299 - 28969204
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatatgttttt |
96 |
Q |
| |
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| T |
28969299 |
taaaagttattagtttaattatattctatatgatgtgtgtatgataattttatgtagaatgacatttattttattttgctatgcatatatgttttt |
28969204 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1838 (Bit Score: 62; Significance: 5e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold1838
Description:
Target: scaffold1838; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 90
Target Start/End: Original strand, 308 - 397
Alignment:
| Q |
1 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtttgtatgaaaatgttatgtggaatgacatttattttatttttctattcatatat |
90 |
Q |
| |
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| T |
308 |
taaaagttattagtttaattatattttatatgatgtgtgtatgataatgttatgtagaatgccatttattttattttgccatgcatatat |
397 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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