View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13724_high_8 (Length: 410)

Name: NF13724_high_8
Description: NF13724
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13724_high_8
NF13724_high_8
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (12-396)||(42127404-42127791)
chr7 (129-396)||(42122460-42122727)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (12-396)||(43577922-43578305)
chr4 (128-396)||(43572981-43573247)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (125-396)||(20973599-20973868)
chr6 (75-137)||(27371986-27372047)
chr6 (75-137)||(27462336-27462397)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (13-294)||(15297256-15297537)
chr8 (13-294)||(15477625-15477906)
chr8 (125-296)||(15027127-15027297)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (124-299)||(1162776-1162949)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (84-124)||(28750334-28750374)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 12 - 396
Target Start/End: Original strand, 42127404 - 42127791
Alignment:
Q  12 atcatcaaaggaacaacttgctaatatac--taacaaaatcattgcatccaggtcctttcaataatcttcggagcaagcttggcatgattgatatctatt 109  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42127404 atcattaaaggaacaagttgctgatatacactaacaaaatcattgcatccaggtcctttcaataatcttcagagcaagcttggcatgattgatatctatt 42127503  T
Q  110 ccagcttgagggg-gatgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagatt 208  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  42127504 ccagcttgaggggggatgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacaaata 42127603  T
Q  209 acagctgtagcagttagttattggttagttacttgcaagttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactca 308  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42127604 acagttgtagcagttaattattggttagttacttgtgagttaagtaaccataattgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactca 42127703  T
Q  309 gttgtaataac-agttttgatatgagataatatacacagtttcagttttttccttttcttcttcaccttgcacatcgcaagcttgattt 396  Q
     |||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42127704 attgtaataacaatttttgatatgaaataatatacacagtttcag-tttttccttttcttcttcaccttgcacattgcaagcttgattt 42127791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 129 - 396
Target Start/End: Original strand, 42122460 - 42122727
Alignment:
Q  129 aaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattacagctgtagcagttagtta 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  42122460 aaagatagtgaagattaagttggttattattgcttgagtatcaagttttattgtgaaactaattagtagcttaacaaattacagttgtagtagttagtta 42122559  T
Q  229 ttggttagttacttgcaagttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactcagttgtaataacag-ttttga 327  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  42122560 ttggttagttacttgtgagttaagtaaccatagttgagttagtgtattagaatactctatatatacacatgagtaactcaattgtaataacagtttttga 42122659  T
Q  328 tatgagataatatacacagtttcagttttttccttttcttcttcaccttgcacatcgcaagcttgattt 396  Q
    ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  42122660 tatgaaataatatacacagtttca-atttttccttttcttcttcaccttgcacattgcaagcttgattt 42122727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 12 - 396
Target Start/End: Original strand, 43577922 - 43578305
Alignment:
Q  12 atcatcaaaggaacaacttgctaatatactaacaaaatcattgcatccaggtcctttcaataatcttcggagcaagcttggcatgattgatatctattcc 111  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43577922 atcatcaaaggaacaagttgctgatatactaacaaaatcattgcatccaggtcctttcaataatcttcagagcaagcttggcatgattgatatctattcc 43578021  T
Q  112 agcttgaggggg-atgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattac 210  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43578022 agcttgaggggggatgataaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcactctgtaactaattagtagcttaacaaattac 43578121  T
Q  211 agctgtagcagttagttattggttagttacttgcaag-ttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactcag 309  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| |  || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43578122 agctgtagcagttagttattagttagttactagtgagtttaagtaaccatagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactcag 43578221  T
Q  310 ttgtaataacagttttgatatgagataatatacacagtttcagttttttccttttcttcttcaccttgcacatcgcaagcttgattt 396  Q
    ||||||  ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43578222 ttgtaaacacagttttgatatgaaata--atacacagtttcag-attttctttttcttcttcaccttgtacattgcaagcttgattt 43578305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 128 - 396
Target Start/End: Original strand, 43572981 - 43573247
Alignment:
Q  128 taaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattacagctgtagcagttagtt 227  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43572981 taaaaatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcactctgtaactaattagtagcttaacaaattacagctgtagcagttagtt 43573080  T
Q  228 attggttagttacttgcaag-ttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactcagttgtaataacagttttg 326  Q
    ||| |||||||||| |  || ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  43573081 attagttagttactagtgagtttaagtaaccatagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactcagttgtaaacacagttttg 43573180  T
Q  327 atatgagataatatacacagtttcagttttttccttttcttcttcaccttgcacatcgcaagcttgattt 396  Q
    |||||| |||  ||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  43573181 atatgaaata--atacacagtttcag-attttctttttcttcttcaccttgtacattgcaagcttgattt 43573247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 125 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 20973868 - 20973599
Alignment:
Q  125 tgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattacagctgtagcagtta 224  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||| || ||||| |||| ||||||||||||| ||| | |||   ||||||||||||  |||||    
T  20973868 tgttaaagttagtgaagaataagttggttgctattacttgtgctgcaagcttcactgtgtaactaatttgtaacctaatc-attacagctgtaatagtta 20973770  T
Q  225 gttattggttagttacttgcaagttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatgagtaactcagttgtaataacagttt 324  Q
    ||||| ||||||||||||   ||||| |||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  20973769 gttataggttagttacttaagagttaagtaaccataattgagttagcatattagaatactctatatatacatatgagtaactcaattgtaa-cacagttt 20973671  T
Q  325 tgat--atgagataatatacacagtttcagttttttcct-tttcttcttcaccttgcacatcgcaagcttgattt 396  Q
    | ||  |||| | |||||||||||||||  |||||| || |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||    
T  20973670 tcatacatga-acaatatacacagtttc--ttttttgctctttcttctgcaccttgcacattgcaaggttgattt 20973599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 137
Target Start/End: Original strand, 27371986 - 27372047
Alignment:
Q  75 tcttcggagcaagcttggcatgattgatatctattccagcttgagggggatgttaaagatagt 137  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  27371986 tcttcggcacaagcttggaatgattgacatctattccagcttg-gggggatgttgaagctagt 27372047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 137
Target Start/End: Original strand, 27462336 - 27462397
Alignment:
Q  75 tcttcggagcaagcttggcatgattgatatctattccagcttgagggggatgttaaagatagt 137  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||    
T  27462336 tcttcggcacaagcttggaatgattgacatctattccagcttg-gggggatgttgaagctagt 27462397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 294
Target Start/End: Original strand, 15297256 - 15297537
Alignment:
Q  13 tcatcaaaggaacaacttgctaatatactaacaaaatcattgcatccaggtcctttcaataatcttcggagcaagcttggcatgattgatatctattcca 112  Q
    ||||||||| ||||| | ||| ||||| | ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| | |||||||| |    
T  15297256 tcatcaaagaaacaagtagctgatatattgacaaagtcattgcatcatggtcctttcaataatcttcagaacaagcttagcatgattaacatctattcaa 15297355  T
Q  113 gcttga-gggggatgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattaca 211  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||| || ||||| |||| ||||||||||||| |||   |||   ||||||    
T  15297356 gcttgagggggggtgttaaagttagtgaagaataagttggttaatattacttgtgctgcaagcttcactgtgtaactaatttgtaaactaa-tcattaca 15297454  T
Q  212 gctgtagcagttagttattggttagttacttgcaagttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatac 294  Q
    | ||||  |||||||||| ||||||||| ||   ||||| |||||  ||||| ||||||  |||||||||| | |||||||||    
T  15297455 gttgtaatagttagttataggttagttatttaagagttaagtaacaatagttcagttagcatattagaatattgtatatatac 15297537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 294
Target Start/End: Original strand, 15477625 - 15477906
Alignment:
Q  13 tcatcaaaggaacaacttgctaatatactaacaaaatcattgcatccaggtcctttcaataatcttcggagcaagcttggcatgattgatatctattcca 112  Q
    ||||||||| ||||| | ||| ||||| | ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||| | |||||||| |    
T  15477625 tcatcaaagaaacaagtagctgatatattgacaaagtcattgcatcatggtcctttcaataatcttcagaacaagcttagcatgattaacatctattcaa 15477724  T
Q  113 gcttga-gggggatgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattaca 211  Q
    |||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| |||| |||| || ||||| |||| ||||||||||||| |||   |||   ||||||    
T  15477725 gcttgagggggggtgttaaagttagtgaagaataagttggttaatattacttgtgctgcaagcttcactgtgtaactaatttgtaaactaa-tcattaca 15477823  T
Q  212 gctgtagcagttagttattggttagttacttgcaagttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatac 294  Q
    | ||||  |||||||||| ||||||||| ||   ||||| |||||  ||||| ||||||  |||||||||| | |||||||||    
T  15477824 gttgtaatagttagttataggttagttatttaagagttaagtaacaatagttcagttagcatattagaatattgtatatatac 15477906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 125 - 296
Target Start/End: Original strand, 15027127 - 15027297
Alignment:
Q  125 tgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattacagctgtagcagtta 224  Q
    |||||||| ||||||| | |||||||||| ||||| |||| || ||||| |||| ||||| ||||||| | |   |||   ||| ||||||||  |||||    
T  15027127 tgttaaagttagtgaaaaataagttggttgctattacttgtgctgcaagcttcactgtgtgactaatttgcaatctaatc-attgcagctgtaatagtta 15027225  T
Q  225 gttattggttagttacttgcaagttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatacat 296  Q
    ||||| ||||||||||||   ||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  15027226 gttataggttagttacttaagagttaagtaaccatagttgagttagcatattagaatactctatatatacat 15027297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 124 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 1162949 - 1162776
Alignment:
Q  124 atgttaaagatagtgaagattaagttggttactattgcttgagcagcaagtttcattgtgtaactaattagtagcttaacagattacagctgtagcagtt 223  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||||| ||||||  ||||    
T  1162949 atgttaaagacagtgaagaataagatggttactattacttgtgcagcaagtttc-ttgtgtaactaatttgtagcttaatc-attactgctgtaatagtt 1162852  T
Q  224 agttattggttagttacttgcaagttatgtaaccttagttgagttagtgtattagaatactctatatatacatatg 299  Q
    | ||||| |||||||||||   ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  1162851 aattattagttagttacttaagagttaagtaaccatagttgagttagtatattagagtactctatatatacatatg 1162776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 84 - 124
Target Start/End: Original strand, 28750334 - 28750374
Alignment:
Q  84 caagcttggcatgattgatatctattccagcttgaggggga 124  Q
    |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||    
T  28750334 caagcttggcatgattgagattcattccagcttgaggggga 28750374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University