View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13724_low_2 (Length: 794)

Name: NF13724_low_2
Description: NF13724
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13724_low_2
NF13724_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (10-778)||(55370193-55370959)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 614; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 614; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 778
Target Start/End: Complemental strand, 55370959 - 55370193
Alignment:
Q  10 catcatcaatggaaaaaggatattggattggaatggaaccacatgaagttctacaaagggtggattgagattttgtgagaatggagaataagtaaatgag 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370959 catcatcaatggaaaaaggatattggattggaatggaaccacatgaagttctacaaagggtggattgagattttgtgagaatggagaataagtaaatgag 55370860  T
Q  110 ttgaattattgatagtaataagattggnnnnnnnnnnnnngtgataattagatggaaactcatcattagaatttagagatgaatgcatgaacagatacta 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370859 ttgaattattgatagtaataagattggtttttgtttttttgtgataattagatggaaactcatcattagaatttagagatgaatgcatgaacagatacta 55370760  T
Q  210 ggttgatggtttttgagtcaaaattggtctaagaattttaaagcttgaagtatgagagaataataattatatctgcaagtgttgttgcttttttgaggac 309  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370759 ggttgatggtttttgagtcaaaagtggtctaagaattttaaagcttgaagtatgagagaataataattatatctgcaagtgttgttgcttttttgaggac 55370660  T
Q  310 ctccttttgcttttattattccctcactatggtttctttaatcgtaaactattgatctcttttttgctttctgaattgtgaagcttt-cacaaattatgg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||    
T  55370659 ctccttttgcttttattattccctcactatagtttctttaatcgtaaactattgatctctttttttctttctcaattgttaagctttgcacaaattatgg 55370560  T
Q  409 agagaatctactacaagatgtttggaatcattgaagtaaattgcacacacaatttaattttgcactcattattacaaacgcatcgatcaatgatagttta 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  55370559 agagaatctactacaagatgtttggaatcattgaagtaaattgcacacacaatttaattttgcactc---attacaaacgtatcgattaatgctagttta 55370463  T
Q  509 atgcgaaattcaaaatcgtattctttcaacaggtatgtgtttatacagcgtctcaggagtcactattttgaccaactaagcctaaccatgttattagcnn 608  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  55370462 atgtgaaattcaaaatcgtattctttcaacaggtatgtgtttatacaacgtctcaggagtcactattttgaccaactaagcctaaccatgttattagcaa 55370363  T
Q  609 nnnnnnnnnnnctaagcctgatcatattagttagttggttacttgcactgcaagtaactcaactagctgtaactaacttgttgaattacaactaatttaa 708  Q
               |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370362 aaaaagaaaaactaagcctaaccatattagttagttggttacttgcactgcaagtaactcaactaactgtaactaacttgttgaattacaactaatttaa 55370263  T
Q  709 cacacataccccattcttagcctatacaaatatatctaatttgaattacacttcaacactcccgcttatt 778  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55370262 cacacatacccgattcttagcctatacaaatatatctaatttgaattacacttcaacactcccgcttatt 55370193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University