View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13725_high_1 (Length: 725)

Name: NF13725_high_1
Description: NF13725
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13725_high_1
NF13725_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-718)||(43348892-43349593)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 671; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 671; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 718
Target Start/End: Original strand, 43348892 - 43349593
Alignment:
Q  19 acaatgctcttattcaaaccaagaacaagcctagtatgttggtgatgttgaaggttttaaagaaacttttttccatcaacaattctcatggtaaaccaag 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43348892 acaatgctcttattcaaaccaagaacaagcctagtatgttggtgatgttgaaggttttaaagaaacttttttccatcaacaattctcatggtaaaccaag 43348991  T
Q  119 aagaagaatactctaattctatcattatgttggtgatcatgctattggcttttgggtaagcgtgcttattcatgctttcttttattttagaagaagaaaa 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  43348992 aagaagaatactctaattctatcattatgttggtgatcatgctattggcttttgggtaagagtgcttattcatgttttcttttattttataagaagaaaa 43349091  T
Q  219 ttgtcttgttaattatatataattagtagtatagaattgtttttattctatgaggagcttatatgtaaaagtaaattaaaattatagagaaactttcttt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349092 ttgtcttgttaattatatataattagtagtatagaattgtttttattctatgaggagcttatatgtaaaagtaaattaaaattatagagaaactttcttt 43349191  T
Q  319 gattcatgcaagttcaatatatatgtacctttgttttgtgagacagacacacttttgttttgttcttaaatattttggcattgccaattgatgagtgatg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349192 gattcatgcaagttcaatatatatgtacctttgttttgtgagacagacacacttttgttttgttcttaaatattttggcattgccaattgatgagtgatg 43349291  T
Q  419 ccataattcaattgattatgcatatctgtgcagtggtttcttgtatttggtattgtttttctttgattaagaataatttcttttgctaataataattgat 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349292 ccataattcaattgattatgcatatctgtgcagtggtttcttgtatttggtattgtttttctttgattaagaataatttcttttgctaataataattgat 43349391  T
Q  519 tattagttcctataggcttgggataagtaataattataaatgttgaaattgtatttgtcaaagtccttagaaaagatggttcaacttgtttgttgggtag 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43349392 tattagttcctataggcttgggataagtaataattataaatgttgaaattgtttttgtcaaagtccttagaaaagatggttcaacttgtttgttgggtag 43349491  T
Q  619 ctgggatggactc--ttttaaatatgaaaaattcaacctaaaaaatgcaagtaactatctccaaagtaaccactactgttgtggcttcttcatattcttc 716  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  43349492 ctgggatggactctgttttaaatatgaaaaattcaacctaaaaaatgcaagtaactatctccaaagtaaccactactgttgtggcttcttcatattgttc 43349591  T
Q  717 ga 718  Q
    ||    
T  43349592 ga 43349593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University