View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF13734_low_1 (Length: 1381)
Name: NF13734_low_1
Description: NF13734
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF13734_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 511
Target Start/End: Original strand, 49914576 - 49915078
Alignment:
| Q |
9 |
catcatcacacttggttcaaaaacatatgggaccaagtatggtcacatctcactcggttgtccaaaccccatcacgtcctgcacaacaaatgagagaact |
108 |
Q |
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| T |
49914576 |
catcatcacacttggttcaaaaacatatgggaccaagtatggtcacatctcactcggttgtccaaaccccatcacgtcctgcacaacaaatgagagaact |
49914675 |
T |
|
| Q |
109 |
tgtacacaaatatgggcaaaacaaaacaactgtaacctcggtaaactggcaggacaaatttggggggtcaattcaaccctggaatgatgacgatgatgat |
208 |
Q |
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| T |
49914676 |
tgtacacaaatatgggcaaaacaaaacaactgtaacctcggtaaactggcaggacaaatttggggggtcaattcaaccctggaatgatgacgatgatgat |
49914775 |
T |
|
| Q |
209 |
ataccagaatggcaacctcaaatcaacaaccagaatcagtttcctcctcaacaaacaatgaataattttcatcttagacctcatgttgtgaatcaatcat |
308 |
Q |
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| T |
49914776 |
ataccagaatggcaacctcaaatcaacaaccagaatcagtttcctcctcaacaaacaatgaataattttcatcttagacctcatgttgtgaatcaatcat |
49914875 |
T |
|
| Q |
309 |
atgcgggtttaccccagcaatcaattatgccgacacaatatctgcaaccccctatgaatgtgacacatgtacagcaaaattttggccctcagtgggttcc |
408 |
Q |
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| T |
49914876 |
atgcgggtttaccccagcaatcaattatgccgacacaatatctgcaaccccctatgaatgtgacacatgtacagcaaaattttggccctcagtgggttcc |
49914975 |
T |
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| Q |
409 |
ttctattcagggtaacaacacacaaccaagtgctgcaccaccctatggaacacctacacaaggaactactccgtggtctcaacatgtttctagaagtaga |
508 |
Q |
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| T |
49914976 |
ttctattcagggtaacaacacacaaccaagtgctgcaccaccctatggaacacctacacaaggaactactccgtggtctcaacatgtttctagaagtaga |
49915075 |
T |
|
| Q |
509 |
aga |
511 |
Q |
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||| |
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| T |
49915076 |
aga |
49915078 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 835 - 1364
Target Start/End: Original strand, 49915586 - 49916115
Alignment:
| Q |
835 |
ggttggaggcacgataaacagttgtatggaaaattcgcttctaactgatatatgtgaaatttgtaataacatatgtaatattagtatattactgttatac |
934 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
49915586 |
ggttggaggcacgataaacagttgtatggaaaattcgcttctaactgatatatgtggaatttataataacatatgtaatattagtatattactgttatac |
49915685 |
T |
|
| Q |
935 |
cagagaatacaacattaagaagggccatgctggtgttacaccaaaaactatgtacgaaaagtcacatgacaaatnnnnnnn-gagtatgatcctagatta |
1033 |
Q |
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| T |
49915686 |
aagagaatacaacattaagaagggccatg-tggtgttacaccaaaaactatgtacgaaaagtcacatgacaaataaaaaaaagagtatgatcctagatta |
49915784 |
T |
|
| Q |
1034 |
accacccaatgctcgctttagtgcagcacgttgttctggtgtcaattttgttgggaacttaacctcaaatatgatcctcaaatcacccctatgaccgggt |
1133 |
Q |
| |
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| T |
49915785 |
accacccaatgctcgctttagtgcagcacgttgttctggtgtcaattttgttgggaacttaacctcaaatatgatcctcaaatcacccctatgaccgggt |
49915884 |
T |
|
| Q |
1134 |
tcctttgttattggcattccttcatttgcaacaacaagctcataaccaggactcacaatgtttttcactgggacacttaaactacgtttgtaaagtgttt |
1233 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
49915885 |
tcctttgttattggcattccttcatttgcaacaacaagctcataaccaggactcacaatgtttttcactgggacacttaaactacgtttgtaaagtgttt |
49915984 |
T |
|
| Q |
1234 |
tgatatttactgaagttccaccaatagcttctgctagtgatatcttttgattcacaataaggtcattcccatctctcttgaacaattcatgaggcatctc |
1333 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
49915985 |
tgatatttactgaagttccaccaatagcttctgctagtgatatcttttgattcacaataaggtcattcccatctctcttgaacaattcatgaggcttctc |
49916084 |
T |
|
| Q |
1334 |
atcaatcacaaatacaagatctgctggaagt |
1364 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
49916085 |
atcaatcacaaatacaagatctgctggaagt |
49916115 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 563 - 838
Target Start/End: Original strand, 49915136 - 49915424
Alignment:
| Q |
563 |
agttgtagccatgtaaactttagtgtcagactgttttcatc-------------aataccctgttgaggtagtaatcggtgcaaatgacttttattctct |
649 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
49915136 |
agttgtagccatgtaaactttagtgtcagactgttttcatctttttccaacatcaataccctgttgaggtagtaaacggtgcaaatgacttttattctct |
49915235 |
T |
|
| Q |
650 |
tcaactgttttagtttgcggtgaataaatacgatggacgatagaatattccttcaattttattttaagagagtttctaatttccacgttgctttttgtat |
749 |
Q |
| |
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|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |
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|
| T |
49915236 |
tctactgttttagtttgcggtgaataaatacgatggacgatagaatattccttcaattttattttaagagagtttctaatttcaacgttgctttttatat |
49915335 |
T |
|
| Q |
750 |
gcttagcgttactaatgccttaactactctatgtaatattcgtacttgggtctctaggacatatacgtttatctattctacgaaaggtt |
838 |
Q |
| |
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| T |
49915336 |
gcttagcgttactaatgccttaactactctatgtaatattcgtacttgggtctttaggacatatacgtttatctattctacgaaaggtt |
49915424 |
T |
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