View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13735_low_11 (Length: 399)

Name: NF13735_low_11
Description: NF13735
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13735_low_11
NF13735_low_11
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (12-391)||(8189678-8190057)
chr7 (12-391)||(14290769-14291148)
chr7 (16-344)||(48350362-48350690)
chr7 (113-227)||(1946112-1946226)
chr7 (113-227)||(15944222-15944336)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (12-391)||(4715323-4715702)
chr6 (12-391)||(4023422-4023801)
chr6 (12-391)||(4709713-4710092)
chr6 (12-391)||(4735129-4735508)
chr6 (12-391)||(7066469-7066848)
chr6 (12-344)||(34651859-34652191)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (12-391)||(34838037-34838416)
chr2 (12-391)||(2160658-2161037)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (12-391)||(45018841-45019220)
chr1 (12-344)||(39056557-39056889)
chr1 (12-338)||(41294123-41294449)
chr1 (12-339)||(41302376-41302701)
chr1 (12-387)||(35087055-35087429)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (16-344)||(2962960-2963288)
chr5 (16-344)||(29976974-29977302)
chr5 (16-344)||(30019340-30019668)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-344)||(8010200-8010528)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (12-344)||(9573835-9574167)
chr3 (55-344)||(8049822-8050109)
[»] scaffold0510 (2 HSPs)
scaffold0510 (12-339)||(5737-6062)
scaffold0510 (139-338)||(12171-12370)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (117-387)||(5918-6188)
[»] scaffold0053 (1 HSPs)
scaffold0053 (113-227)||(52854-52968)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 8190057 - 8189678
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8190057 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 8189958  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8189957 gccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 8189858  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8189857 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 8189758  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8189757 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 8189678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Original strand, 14290769 - 14291148
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14290769 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 14290868  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14290869 gccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 14290968  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14290969 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 14291068  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14291069 gccattgtgtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 14291148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 48350690 - 48350362
Alignment:
Q  16 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48350690 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 48350591  T
Q  116 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  48350590 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggtgggtacccag 48350491  T
Q  216 cttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgcca 315  Q
    | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48350490 cctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatgtatgggtatggcactggtattgcca 48350391  T
Q  316 ttgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||| | |||| | ||||||||| ||||    
T  48350390 ttgagcgaagcttgaaaagtcaaaagcag 48350362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 113 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 1946226 - 1946112
Alignment:
Q  113 ccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtacc 212  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||   |||| |||||| |||||    ||||||||| ||||   ||| ||||||||||||||||    
T  1946226 ccaccccctccataaggacctggcatgtcctcaggccaattcacataagcctggaaagctggaggtgtcatgtattgccccataacctccggagggtacc 1946127  T
Q  213 ctgcttgctgctgca 227  Q
    ||||||| |||||||    
T  1946126 ctgcttgttgctgca 1946112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 227
Target Start/End: Original strand, 15944222 - 15944336
Alignment:
Q  113 ccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtacc 212  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||   |||| |||||| |||||    ||||||||||| ||   ||| |||||| |||||||||    
T  15944222 ccaccccctccataaggacctggcatgtcctcaggccaattgacataagcctggaaagctggaggtgtcatgaactgccccataacctccagagggtacc 15944321  T
Q  213 ctgcttgctgctgca 227  Q
    ||||||| |||||||    
T  15944322 ctgcttgttgctgca 15944336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4715702 - 4715323
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4715702 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 4715603  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4715602 gccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 4715503  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4715502 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 4715403  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4715402 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 4715323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4023801 - 4023422
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023801 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 4023702  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  4023701 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcttgaaaggcctctggtgtcataaattgtgacatcacctccggagggtaa 4023602  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023601 tctgcctgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 4023502  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4023501 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 4023422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4710092 - 4709713
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4710092 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcatcagaaagcgtcccgaacgatga 4709993  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4709992 gccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcttgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 4709893  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4709892 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcatggtttgtaggttccagtatattccaagtatgggtatggcactggtatt 4709793  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4709792 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 4709713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4735508 - 4735129
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4735508 catcattatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcatcagaaagcgtcccgaacgatga 4735409  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4735408 gccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcttgaaaagcctttggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 4735309  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4735308 cctgcttgcttctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcatggtttgtaggttccagtatattccaagtatgggtatggcactggtatt 4735209  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4735208 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 4735129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 7066848 - 7066469
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7066848 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 7066749  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  7066748 gccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcttgaaaggcctctggtgtcataaattgtgacatcacctccggagggtaa 7066649  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
     |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7066648 tctgcctgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacagtttgtagctcccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 7066549  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7066548 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtgattggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 7066469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 12 - 344
Target Start/End: Original strand, 34651859 - 34652191
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34651859 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcagtatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 34651958  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34651959 gccaccccctccgtaaggatcaggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgataggcttctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggtgggtac 34652058  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    || || ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34652059 ccagcctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatgtatgggtatggcactggtatt 34652158  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||||||| | |||| | ||||||||| ||||    
T  34652159 gccattgagcgaagcttgaaaagtcaaaagcag 34652191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 34838416 - 34838037
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34838416 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 34838317  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34838316 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcttgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 34838217  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34838216 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatggttatggcactggtatt 34838117  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34838116 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 34838037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Original strand, 2160658 - 2161037
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2160658 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctatctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 2160757  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2160758 tccacccccttcgtaacgatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 2160857  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2160858 cctgcttgctgctgcactaaatactgaggctgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 2160957  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2160958 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 2161037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 391
Target Start/End: Original strand, 45018841 - 45019220
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45018841 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 45018940  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||     
T  45018941 gccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcttgaaaggcctctggtgtcataaattgtgacatcacctccggagggtat 45019040  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45019041 tctgcctgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 45019140  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatgatgt 391  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  45019141 gccattgtgtgtagctggcaaagtcgaaggcagttgtggttggcatctgaaatggttcagaccctgattgtggatgatgt 45019220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 12 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 39056889 - 39056557
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39056889 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 39056790  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39056789 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcttgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggtgggtac 39056690  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    || || ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  39056689 ccagcctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatgtatgggtatggcactggtatt 39056590  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||||||| | |||| | ||||||||| ||||    
T  39056589 gccattgagcgaagcttgaaaagtcaaaagcag 39056557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 12 - 338
Target Start/End: Original strand, 41294123 - 41294449
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41294123 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctttgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 41294222  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  41294223 tccaccccctccgtaaggatctggcctgcccttaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcataaattgtgacatcacctctggtgggtac 41294322  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||| || ||||| |  || ||||| || ||||| || || |||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||    
T  41294323 cctgcatgctgctgcatcaaatactgggattgctggaagtaggtatttgctcggttagtggcgtccagcatgttccaagtgtaagtatggcattggtatt 41294422  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaa 338  Q
    ||||||||| | |||| ||||| ||||    
T  41294423 gccattgagcgaagcttgcaaaatcaa 41294449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 41302701 - 41302376
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  41302701 catcatcatctgaaccgccagttgcacttggaactctatctggatcgtctctgttagagtctcccatcaatatatcatcagaaagcgtctcaaacgatga 41302602  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    |||||||| ||| |||| |||| | || |||||||||||||||| |||  ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  41302601 tccaccccttccataagcatctagtcttccctcaggccaagaaaaatg--cctgataggcctctggtgtcataaattgtgacatcacctccggtgggtac 41302504  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  41302503 cctgcctgctgctgcatcaaatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttagttgagtccagcatgttccatgcatgagtatggcactggtatt 41302404  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaa 339  Q
    ||||||||| | |||| |||| ||||||    
T  41302403 gccattgagcgaagcttgcaacgtcaaa 41302376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 12 - 387
Target Start/End: Original strand, 35087055 - 35087429
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| || || ||| | ||||| || |||||    
T  35087055 catcatcatctgaaccatcagttgcactagaaactctgtctggatcatctttgtcagaatctcccatcaatatgtcatctgaagg-gtcccaaatgatga 35087153  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||    
T  35087154 tccaccccctccataagcatctggcctgccctcaggccaagagacatgagcctgataggcctctggtgtcatgaactaggacatcaactccggagggtac 35087253  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    |||||||| |||||||  ||||||||||| ||||  | ||| || ||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||  | ||    
T  35087254 cctgcttgttgctgcatcaaatactgagaatgctagaaatatgtgttagcacggttagttgcctccagcatgttccatgtatgagtatggcactaatgtt 35087353  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatg 387  Q
    ||||||  | ||||||||||||||| |||||||   ||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  35087354 gccattatgcgtagctggcaaagtcgaaggcagccatggatggaatctgaaatggttcgggccctggttgtggatg 35087429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Original strand, 2962960 - 2963288
Alignment:
Q  16 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2962960 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 2963059  T
Q  116 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  2963060 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggtgggtacccag 2963159  T
Q  216 cttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgcca 315  Q
    | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  2963160 cctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatgtatgggtatggcactggtattgcca 2963259  T
Q  316 ttgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||| | |||| | ||||||||| ||||    
T  2963260 ttgagcgaagcttgaaaagtcaaaagcag 2963288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Original strand, 29976974 - 29977302
Alignment:
Q  16 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29976974 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 29977073  T
Q  116 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  29977074 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggtgggtacccag 29977173  T
Q  216 cttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgcca 315  Q
    | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29977174 cctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatgtatgggtatggcactggtattgcca 29977273  T
Q  316 ttgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||| | |||| | ||||||||| ||||    
T  29977274 ttgagcgaagcttgaaaagtcaaaagcag 29977302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 30019668 - 30019340
Alignment:
Q  16 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30019668 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 30019569  T
Q  116 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  30019568 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggtgggtacccag 30019469  T
Q  216 cttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgcca 315  Q
    | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30019468 cctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatgtatgggtatggcactggtattgcca 30019369  T
Q  316 ttgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||| | |||| | ||||||||| ||||    
T  30019368 ttgagcgaagcttgaaaagtcaaaagcag 30019340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 16 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 8010528 - 8010200
Alignment:
Q  16 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8010528 atcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatcca 8010429  T
Q  116 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctg 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  8010428 ccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggtgggtacccag 8010329  T
Q  216 cttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgcca 315  Q
    | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  8010328 cctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatttatgggtatggcactggtattgcca 8010229  T
Q  316 ttgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||| | |||| | ||||||||| ||||    
T  8010228 ttgagcgaagcttgaaaagtcaaaagcag 8010200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 12 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 9574167 - 9573835
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9574167 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcagtatatcgtcagaaagcatcccgaacgatga 9574068  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
     |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  9574067 gccaccccctccgtaaggatcaggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctctggtgggtac 9573968  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    || || ||||||||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9573967 ccagcctgctgctgcatcacatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttggttgcgtccagcatgttccatgtatgggtatggcactggtatt 9573868  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||| ||||    
T  9573867 gccattgagcgaagcttgcaaagtcaaaagcag 9573835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 55 - 344
Target Start/End: Original strand, 8049822 - 8050109
Alignment:
Q  55 atcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatgatccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaa 154  Q
    |||||||| |||||| ||| |||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||| |||| |||| |||||||||||||||||||     
T  8049822 atcgtctccgtcagagtcttccatcaatatgttatcagaaagcgtcccaaacgatgattcacccc-tccataagcatctagcctgccctcaggccaagag 8049920  T
Q  155 acatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataag 254  Q
    |||| || |||| | |||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||  |||||||||||||||| || ||| |    
T  8049921 acataagtctgataggcctctggtgtcataaactgggacatcacctccgg-gggtaccctgtctgctgccgcatcaaatactgagactgctaaaaatatg 8050019  T
Q  255 tattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgccattgagtgtagctggcaaagtcaaaggcag 344  Q
    | ||||||||||| || || |||||||| || || ||||| |||| |||||||| ||||||||| | |||| | ||||| ||||| ||||    
T  8050020 tgttagcacggttagttgcctccagcatgtttcatgtatgagtattgcactggtgttgccattgggcgtagtttgcaaaatcaaaagcag 8050109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0510 (Bit Score: 177; Significance: 3e-95; HSPs: 2)
Name: scaffold0510
Description:

Target: scaffold0510; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 12 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 6062 - 5737
Alignment:
Q  12 catcatcatctgaaccaccagttgcacttgggactctgtctggatcgtctctgtcagaatctcccatcaatatatcgtcagaaagcgtcccgaacgatga 111  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||    
T  6062 catcatcatctgaaccgccagttgcacttggaactctatctggatcgtctctgttagagtctcccatcaatatatcatcagaaagcgtctcaaacgatga 5963  T
Q  112 tccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtac 211  Q
    |||||||| ||| |||| |||| | || |||||||||||||||| |||  ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5962 tccaccccttccataagcatctagtcttccctcaggccaagaaaaatg--cctgataggcctctggtgtcataaattgtgacatcacctccggtgggtac 5865  T
Q  212 cctgcttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtatt 311  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |  |||||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  5864 cctgcctgctgctgcatcaaatactgagactgctgaagatatgtattagcacggttagttgagtccagcatgttccatgcatgagtatggcactggtatt 5765  T
Q  312 gccattgagtgtagctggcaaagtcaaa 339  Q
    ||||||||| | |||| |||| ||||||    
T  5764 gccattgagcgaagcttgcaacgtcaaa 5737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0510; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 139 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 12370 - 12171
Alignment:
Q  139 gccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctgcttgctgctgcactaaatactga 238  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||  ||||||||     
T  12370 gcccttaggccaagaaacatgagcctgataggcctctggtgtcataaattgtgacatcacctctggtgggtaccctgcatgctgctgcatcaaatactgg 12271  T
Q  239 gactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgccattgagtgtagctggcaaagtcaa 338  Q
    || ||||| |  || ||||| || ||||| || || |||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||| ||||    
T  12270 gattgctggaagtaggtatttgctcggttagtggcgtccagcatgttccaagtgtaagtatggcattggtattgccattgagcgaagcttgcaaaatcaa 12171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 79; Significance: 8e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 117 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 6188 - 5918
Alignment:
Q  117 cccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtaccctgc 216  Q
    ||||||| |||||| ||||| || |||||||||||   |||| || |||||||||    ||| ||||||| ||   ||| ||||||||||||||||||||    
T  6188 cccctccataaggacctggcatgtcctcaggccaatttacataagtctgaaaagcgggaggtctcatgaactgccccataacctccggagggtaccctgc 6089  T
Q  217 ttgctgctgcactaaatactgagactgctgaagataagtattagcacggtttgtagcttccagcatattccaagtatgggtatggcactggtattgccat 316  Q
    |||||| ||||  | ||| || |||||||| |  || || || || ||||| || ||| ||||||| |||||||| || ||||||||||| | |||||||    
T  6088 ttgctgttgcatcagatattgggactgctggaagtatgtgttggctcggttagtggctgccagcatgttccaagtgtgagtatggcactgatgttgccat 5989  T
Q  317 tgagtgtagctggcaaagtcaaaggcagttgtggttggtatctgaaatggttcggaccctgattgtggatg 387  Q
    || | |||||||| |||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5988 tgtgcgtagctggaaaagtcgaaggcagtcgtgggtggaatctgaaatggttcggaccctggttgtggatg 5918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 113 - 227
Target Start/End: Original strand, 52854 - 52968
Alignment:
Q  113 ccaccccctccgtaaggatctggcctgccctcaggccaagaaacatgagcctgaaaagcctctggtgtcatgaattgtgacatcacctccggagggtacc 212  Q
    ||||||||||| |||||| ||||| || |||||||||||   |||| |||||| |||||    ||||||||||| ||   ||| |||| |||| | ||||    
T  52854 ccaccccctccataaggacctggcatgtcctcaggccaattcacataagcctggaaagctggaggtgtcatgaactgccccataacctacggaagatacc 52953  T
Q  213 ctgcttgctgctgca 227  Q
    |||||||||||||||    
T  52954 ctgcttgctgctgca 52968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University