View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13739_low_2 (Length: 879)

Name: NF13739_low_2
Description: NF13739
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13739_low_2
NF13739_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (28-864)||(46897297-46898133)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 780; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 780; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 864
Target Start/End: Original strand, 46897297 - 46898133
Alignment:
Q  28 tatgagccaaattcaatgataggaaaataccagaagacaagaactatatcactgaggtctaagagatcgaattggctggcgcagcccaataacatttgaa 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897297 tatgagccaaattcaatgataggaaaataccagaagacaagaactatatcactgaggtctaagagatcgaattggctggcgcagcccaataacatttgaa 46897396  T
Q  128 tacatgtcaatttagataatgataatctttatagaaaaatcaatctctattgttattgacataatctttacaattgaaaaaatataataatgaaaaggga 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897397 tacatgtcaatttagataatgataatctttatagaaaaatcaatctctattgttattgacatactctttacaattgaaaaaatataataatgaaaaggga 46897496  T
Q  228 cttgacctacatggcacgtagccaattctactgatctttgacatgttgtcattcaacggtaccatgtgatgtcttttttaatttcaaatcaagatctttc 327  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897497 cttgacctacatggcacgtagccaattctactgatctttgacatgttatcattcaacggtaccatgtgatgtcttttttaatttcaaatcaagatctttc 46897596  T
Q  328 ctaaataggaaacttaaactattaaccacaagaaataaaagctcaacaacttttgtgatgatagaggaaaggatatgataagtaagtaaaggcagcttca 427  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897597 ctaaataggaaacttaaactattaaccacaagaaataaaagctcaacaacttttgtgatgatagaggaaaggatatgataagtaagtaaaggcagcttca 46897696  T
Q  428 ccaattcaaatagtttttcttgtttaattgctcaggtgatcgatgtttaacccgtacaatacgtactaatgtcaattattttattcctctaattcagtca 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897697 ccaattcaaatagtttttcttgtttaattgctcaggtgatcgatgtttaacccgtacaatacgtactaatgtcaattattttattcctctaattcagtca 46897796  T
Q  528 actacacactatctcatcaattttggccatgcaaataaaaaatatatgttagagaagcgattggttctttnnnnnnnttgaagttacctcgatatatttg 627  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  46897797 actacacactatctcatcaattttggccatgcaaataaaaaatatatgttagagaagcgattagttctttaaaaaaattgaagttacctcgatatatttg 46897896  T
Q  628 tctctacaattcttcaaaagtaagatattttggactgacccaaggcctataattcgtcattatctcaagtcccgctcctcaaatgatctaccatatggaa 727  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  46897897 tctctacaattcttcaaaagtaggatattttggactgacccaaggcctataattcgtcattatctcaagccccgcttctcaaatgatctaccatatggaa 46897996  T
Q  728 ctaaaccacaacctttgatcctccctaattcgtaaggccttgataatagtaacgtctctcatcgcccatcaaatctaaacattgatgaggaatagtttgt 827  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46897997 ctaaaccacaacctttgatcctccctaattcgtaaggccttgacaatagtaacgtctctcatcgcccatcaaatctaaacattgatgaggaatagtttgt 46898096  T
Q  828 aatgataacttcatcactctccaacgaccgctctctg 864  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  46898097 aacgataacttcatcactttccaacgaccgctctctg 46898133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University