View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF13747_low_6 (Length: 455)

Name: NF13747_low_6
Description: NF13747
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF13747_low_6
NF13747_low_6
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (18-334)||(34936027-34936343)
chr8 (17-409)||(18315062-18315454)
chr8 (305-438)||(17627819-17627952)
chr8 (18-438)||(17636157-17636580)
chr8 (89-278)||(28246215-28246402)
chr8 (26-196)||(27922435-27922605)
chr8 (89-373)||(32151291-32151572)
chr8 (389-438)||(17643357-17643406)
chr8 (83-171)||(17628041-17628129)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (18-371)||(51764270-51764620)
chr3 (25-438)||(51113544-51113954)
chr3 (82-370)||(13470563-13470848)
chr3 (91-265)||(51120826-51121000)
chr3 (89-190)||(1657241-1657342)
chr3 (296-432)||(514494-514630)
chr3 (232-312)||(1657380-1657460)
chr3 (24-114)||(514812-514902)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (50-435)||(41889317-41889702)
chr5 (18-429)||(41901307-41901715)
chr5 (26-436)||(32267402-32267809)
chr5 (89-190)||(37937877-37937978)
chr5 (89-190)||(38267564-38267665)
chr5 (383-432)||(12845874-12845923)
[»] chr4 (29 HSPs)
chr4 (25-438)||(546839-547252)
chr4 (92-436)||(1548188-1548530)
chr4 (73-369)||(8183859-8184155)
chr4 (124-351)||(1600444-1600671)
chr4 (50-369)||(8186920-8187239)
chr4 (22-278)||(53761692-53761945)
chr4 (22-359)||(55908567-55908904)
chr4 (89-278)||(1524406-1524595)
chr4 (89-197)||(1513408-1513516)
chr4 (83-197)||(1537768-1537882)
chr4 (89-197)||(12121458-12121566)
chr4 (305-438)||(570737-570873)
chr4 (83-345)||(3438419-3438680)
chr4 (89-268)||(553469-553648)
chr4 (27-264)||(7225817-7226054)
chr4 (127-198)||(12116575-12116646)
chr4 (38-116)||(1517578-1517656)
chr4 (123-197)||(1519143-1519217)
chr4 (82-434)||(570334-570680)
chr4 (89-177)||(1508024-1508112)
chr4 (73-116)||(370894-370937)
chr4 (250-437)||(532334-532521)
chr4 (296-435)||(641109-641248)
chr4 (335-406)||(6006564-6006635)
chr4 (232-278)||(558631-558677)
chr4 (38-116)||(1496001-1496079)
chr4 (303-373)||(21834206-21834276)
chr4 (92-197)||(566182-566287)
chr4 (92-176)||(55505130-55505214)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (22-190)||(45245093-45245261)
chr2 (295-438)||(32785535-32785678)
chr2 (22-359)||(1037503-1037840)
chr2 (84-197)||(32785773-32785886)
[»] chr6 (21 HSPs)
chr6 (18-379)||(6432080-6432438)
chr6 (232-438)||(9411485-9411688)
chr6 (22-190)||(11936283-11936451)
chr6 (22-190)||(11948263-11948431)
chr6 (73-276)||(6423191-6423394)
chr6 (85-278)||(6402846-6403039)
chr6 (22-170)||(6603230-6603378)
chr6 (82-370)||(6415949-6416234)
chr6 (73-373)||(6426485-6426782)
chr6 (26-409)||(7993974-7994354)
chr6 (86-171)||(10579763-10579848)
chr6 (18-278)||(6394783-6395043)
chr6 (18-278)||(6594526-6594786)
chr6 (62-278)||(7119120-7119336)
chr6 (62-278)||(7131598-7131814)
chr6 (305-369)||(8913817-8913881)
chr6 (22-159)||(6585276-6585413)
chr6 (86-214)||(6409993-6410121)
chr6 (83-190)||(9411339-9411446)
chr6 (23-173)||(14820617-14820767)
chr6 (320-373)||(6589151-6589204)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (227-438)||(7554547-7554758)
chr1 (232-438)||(9581201-9581407)
chr1 (303-373)||(19468327-19468397)
chr1 (232-438)||(9586769-9586975)
chr1 (26-156)||(7554415-7554545)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (82-369)||(10614576-10614860)
chr7 (18-171)||(15092178-15092331)
chr7 (303-438)||(10169893-10170028)
chr7 (303-438)||(10177418-10177553)
chr7 (124-278)||(7977603-7977757)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (73-278)||(544-749)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 18 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 34936343 - 34936027
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34936343 tcaattgtgtgcaattttcaaccacacgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 34936244  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34936243 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaagtccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaa 34936144  T
Q  218 caatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34936143 caatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagat 34936044  T
Q  318 gcaaattgggaaagatg 334  Q
    |||||||||||||||||    
T  34936043 gcaaattgggaaagatg 34936027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 18315454 - 18315062
Alignment:
Q  17 atcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttg 116  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||| ||   |||| ||||| ||||||||||||||   ||  | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18315454 atcagttgtgtgcagttttctaccacatacttttctcctttctctgtgacatcacaacagcgttccaataacagttgcaaaagcctacgacaactctttg 18315355  T
Q  117 cgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttga 216  Q
     |||  ||||||||| || |||||||||| |||||| |||||| | ||||||||| ||||| ||||| | |||| ||||||   | || |||| | ||||    
T  18315354 agatcacatagagtgcttcatcatcaacttttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaactttaaagttcattccacgtagcttcattcttga 18315255  T
Q  217 acaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcaga 316  Q
    |  |   || |||| ||| |||||||| ||| |||| || | |||||| ||| |||||||||  | || ||||  |  ||| | ||||||||||||||      
T  18315254 atcacgagctaagttcaactgtctaatctcagaacaacttcgtaaaacttgacaaataccttcttcaggtatgttatcgcagtagctcaaatcaagcaac 18315155  T
Q  317 tgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggctt 409  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||| |||| || |||||||||||| ||  ||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  18315154 tgcaaattggggaaaatggaagaaaatattttgatgctttcctctcttaaccatgaattgcaagtaaaacggagagactttaattgagggctt 18315062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 305 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 17627952 - 17627819
Alignment:
Q  305 aaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgag 404  Q
    ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||| ||  ||  |||   ||||| ||||||||||    
T  17627952 aaatcaagcagttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattttgatgttttcatcgcatagcaatgaattgaaagccaaatagagagattttaattgag 17627853  T
Q  405 ggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaatt 438  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  17627852 ggcttacaacgaaatccaccaaagaattagaatt 17627819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 17636580 - 17636157
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||   ||||| ||||| ||||||| |  ||||| || |||| | | ||||||||| | | ||||||||||||     
T  17636580 tcaattgtgtgcaattttctagcacatgcctcactcctttctc-gtgacattaacacaatattcaagtgacaattgcaaaagtctaagacaactctttga 17636482  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgt----gaaggttcacttt 213  Q
    |||  |||| | || || ||| ||||||| ||| | |||||| | ||||||||| | ||| ||||| |||||| ||||||  |    | || |||||| |    
T  17636481 gatcacatacaatgcttcatcgtcaactcctgtttgtgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcattcgatcgatgtagtttcactct 17636382  T
Q  214 tgaacaatcggcc-aagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaag 312  Q
    |||||| |||||| |||| |||||| ||||| | | |||||| ||||||||| ||| |||||||||  |  |||||   | ||||||| |  ||||||||    
T  17636381 tgaaca-tcggcctaagttcaaatgcctaatattagaacatccccttaaaacttgacaaatacctttctctgatattttattgcaatctcgtaaatcaag 17636283  T
Q  313 cagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttaca 412  Q
    ||| ||||||||||| || |||| | | | | || ||| | ||||||| |||||||||||| ||| ||  ||| | |||||||| ||||||||| |||||    
T  17636282 cagctgcaaattggggaaaatggtatcgagctttatgaggctttcatctcttaaccatgaattgtaaggcaaatggagagacttaaattgagggtttaca 17636183  T
Q  413 accaaatccatcaaagaattagaatt 438  Q
    || |||| |||| |||||||||||||    
T  17636182 acaaaattcatcgaagaattagaatt 17636157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 89 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 28246402 - 28246215
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||| |||   |||||||| |||||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  28246402 agttgcaaaagcccgctacaactctttgagatccaatagagtgatttat--tcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaa 28246305  T
Q  189 agatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
    || ||| | | || || |||| | ||||||||   |  || | |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||  ||||||||    
T  28246304 agttcaatgtatgtagcttcagtcttgaacaacgagttaaattcaaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaatacctt 28246215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 26 - 196
Target Start/End: Original strand, 27922435 - 27922605
Alignment:
Q  26 gtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcat 125  Q
    ||||| ||||| |||||||| |  ||||||||||  |||| ||||  |||||||| |||| | | || ||||||||||| ||||||||||| |||   ||    
T  27922435 gtgcagttttctaccacatggttcactcccttctttgtgaaatcattacaattttcaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactctttgagatcatat 27922534  T
Q  126 agagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcatt 196  Q
    | |||| || |||||||||  ||||||||||||| | ||||||||| | ||| ||||| |||||| |||||    
T  27922535 aaagtgcttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacctccaatttgggaacttcaaagttcatt 27922605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 373
Target Start/End: Original strand, 32151291 - 32151572
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||| |  |||||||| || || | ||| || |    
T  32151291 agttgcaaaagcccactacaactctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaaccttgtacatgacaagtttaacacctccagattggaaacttcga 32151390  T
Q  189 agatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatat 288  Q
    || ||||||   | || ||||| | | ||||  |||  || | |||||| ||||| ||| | |||||   |||||| ||| |||| ||||  | ||||||    
T  32151391 agttcattccacgcagcttcacatgtaaacagccggtgaaattcaaatgcctaatctcagagcatct---taaaacttgacaaattccttcttcagatat 32151487  T
Q  289 gccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaa 373  Q
    |  |  ||||   |||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||   |||||||||||    
T  32151488 gttatggcaacacctcaaatcaagcagttgcaaattagggaaaatggaagcaaacattttgatgttatcatatgttaaccatgaa 32151572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 389 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 17643406 - 17643357
Alignment:
Q  389 agagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaatt 438  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||||||    
T  17643406 agagacttaaattgagggcttagaatgaaattcatcaaagaattagaatt 17643357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 83 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 17628129 - 17628041
Alignment:
Q  83 agtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctc 171  Q
    |||||||||| ||| ||||||  |||| |||||| |||  ||  ||||| ||||||||||||||| |||| |||||| | |||||||||    
T  17628129 agtaatagtttcaagagcccaaaacaattctttgagatcacacggagtgctttatcatcaactctagtatgtgacaagttcaacacctc 17628041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 18 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 51764620 - 51764270
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||| |||||| |  ||||| ||  |||||||||||||||||||| | |||| ||||||     
T  51764620 tcaattgtgtgcagttttcaaccacatgtttcactcccttctccttgacattatcacaatgttccagtaatagttgcaaaagcccgcaacaattctttga 51764521  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaa 217  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || |||||||| || || |||||  ||||| ||||||   | || |||||| |||||    
T  51764520 gatcgcatagagtgttttatcatcaacttttgtaaatgacaagtctaacacctccagcttcggaactgcaaagttcattccaagtagcttcactcttgaa 51764421  T
Q  218 caatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagat 317  Q
    || ||||  | || |||||| ||||| | | |||||||||||||||| | | | | ||||   |||||||||| | |||||    | ||||||||||| |    
T  51764420 cattcggataggttcaaatgcctaatcttagaacatctccttaaaacttcacagacacct---ttagatatgcgattgcaagaattaaaatcaagcagct 51764324  T
Q  318 gcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatg 371  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  51764323 gcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatgctttcatcacttaaccatg 51764270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 25 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 51113954 - 51113544
Alignment:
Q  25 tgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggca 124  Q
    |||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| |||||||   |||||||||  ||||| |||||||||||||||| ||||||||| | |||  ||    
T  51113954 tgtgcatttttctaccacatgcttcactcccttctctgtgacatggtaacaatttttcagtaacagttgcaaaagcccacaacaactcttcgagatcaca 51113855  T
Q  125 tagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcgg 224  Q
    |||||||||| |||||||||  |||||| |||||| || |||||||| ||||| ||| | |||||| ||||||   | || |||| ||||||||| |  |    
T  51113854 tagagtgtttcatcatcaaccattgtatttgacaagtctaacacctccagtttgggagcttcaaagttcattccaagtagcttcagttttgaacagtaag 51113755  T
Q  225 ccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaatt 324  Q
    | || | |||||| ||||| | |||||||||| ||||||| ||| ||||||||   |  |||||  ||  |||||   | |||||||| || |||| |||    
T  51113754 ctaatttcaaatgcctaattttacaacatctctttaaaacttgacaaatacct---tcggatatctcatagcaatgagttaaatcaagaagctgcagatt 51113658  T
Q  325 gggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatc 424  Q
    ||| || |||||||||| |||| ||||| | ||||| |||||||||| | |||||   ||  | |||||||||||||| || |||||||| ||| |||||    
T  51113657 ggggaaaatggaagcaatcattatgatgctctcatctcttaaccatggattgtgatccaactggagagactttaattgcggtcttacaacaaaacccatc 51113558  T
Q  425 aaagaattagaatt 438  Q
    ||||||||||||||    
T  51113557 aaagaattagaatt 51113544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 82 - 370
Target Start/End: Complemental strand, 13470848 - 13470563
Alignment:
Q  82 aagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttgga 181  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||   ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||| | ||||||||| || || |||    
T  13470848 aagtaatagttgcaaaagcccacaacaattctttgagatcatatagagtgttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccagattggga 13470749  T
Q  182 acatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgat 281  Q
    ||| ||||| ||||||   | || |||||||||  ||||| ||| |||| |||||| ||||| | ||||||| |||||||||| ||| ||||||||   |    
T  13470748 acaacaaagttcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaatacct---t 13470652  T
Q  282 tagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccat 370  Q
    | |||| |  | |||||    ||||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||  |||||| |||||||||    
T  13470651 ttgataagagattgcaacaattcaaatcaagcagctgcaaattggggaaattggaagcaaacattatgatgccttcatcacttaaccat 13470563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 91 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 51121000 - 51120826
Alignment:
Q  91 ttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaag 190  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||| ||| |||||||||||||||||  ||||| | ||||||||| | |||  |||| ||||||    
T  51121000 ttgcaaaagcccacgacaactctttgagattacatatagtttttcatcatcaactcttgtatgcgacaagttcaacacctccaatttgagaacttcaaag 51120901  T
Q  191 atcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaaca 265  Q
     ||||||  || || |||||| |||||||| |||  |||| ||| |||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  51120900 ttcattccatgcagtttcactcttgaacaaccggtgaagttcaagtgtctaatgttacaacatctccataaaaca 51120826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 190
Target Start/End: Original strand, 1657241 - 1657342
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||| |||   |||||||| | |||  |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||    
T  1657241 agttgcaaaagcccgctgcaactctttgagatccaatagagtgatatattgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaa 1657340  T
Q  189 ag 190  Q
    ||    
T  1657341 ag 1657342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 514630 - 514494
Alignment:
Q  296 caatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagact 395  Q
    |||| |||||||||||  || |||||||| || || || |||||||||||| | | ||||||||| ||||| |||||| ||||||  |||   ||||| |    
T  514630 caatagctcaaatcaattagctgcaaattcgggaaaattgaagcaaacattataaggttttcatctcttaagcatgaattgtgagccaaatagagagatt 514531  T
Q  396 ttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaatt 432  Q
    ||||||||||| | ||||| || |||| |||||||||    
T  514530 ttaattgagggttcacaacaaagtccaacaaagaatt 514494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 232 - 312
Target Start/End: Original strand, 1657380 - 1657460
Alignment:
Q  232 caaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaag 312  Q
    |||||||||||||| ||||||| || |||||||||||  ||||||||  | ||||||| |  |||||| ||||||||||||    
T  1657380 caaatgtctaatgttacaacatatcattaaaacatgaacaataccttcttcagatatgtctttgcaatggctcaaatcaag 1657460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 514902 - 514812
Alignment:
Q  24 gtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctt 114  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||  |||||| |||| |||| | |   ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  514902 gtgtgcagtttttcaccacatgcttcactcccgtctctgtgataccttcacaattttgcagtaatagttgcaaaagcccacagcaactctt 514812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 50 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 41889702 - 41889317
Alignment:
Q  50 actcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttg 149  Q
    ||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||| | || | ||||||| | ||||||||||| |||   ||| ||||||| |||||||||| |||    
T  41889702 actcccttctttgtgacatcataacaatttttaagtaacaatttcgaaagcccgcaacaactctttgagatcttataaagtgtttcatcatcaacttttg 41889603  T
Q  150 tatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcaca 249  Q
    ||||||| || | ||||||||| | ||| ||||| | |||| |||||    | || |||||| |||||||  |||  |||| ||||| |||||||| |||    
T  41889602 tatatgataagttcaacacctccaatttgggaactttaaagttcatttcaagtagcttcactattgaacatccggataagttcaaatatctaatgttaca 41889503  T
Q  250 acatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttg 349  Q
    |||| |||||||||| |||  |||||||| || | |||||| ||  |||| |||||||||||| || |||||||| || || ||||||||||||||| ||    
T  41889502 acatatccttaaaacttgagtaataccttcatcaaatatgcgacaacaattgctcaaatcaagtagctgcaaattagggaaaatggaagcaaacattatg 41889403  T
Q  350 atgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaattaga 435  Q
    |||| ||||||   |||||||| | | ||||  |||||||||  |||||||||||||  | |||| |||||||||||||| |||||    
T  41889402 atgtcttcatctgataaccatggattttgagccaaacgaagatgctttaattgagggtatgcaacaaaatccatcaaagatttaga 41889317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 41901715 - 41901307
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    ||||||| || || ||||| ||||||||||  ||||||||||  |||||||||  ||||| ||||||| | | || |||||| |||| |||||||||||     
T  41901715 tcaattgcgtacagttttctaccacatgcttcactcccttctttgtgacatcattacaatcttgaagtgacaatttcaaaagtccacaacaactctttga 41901616  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaa 217  Q
    |||   ||| |||| || |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| ||||||   |||   |  ||  ||||| | |||    
T  41901615 gatcatataaagtgcttcatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctccagtttgggaacttcaaagtctatt---tctagtctcactatggaa 41901519  T
Q  218 caatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagat 317  Q
    || | ||  |||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||| |||  ||||||||  | | |||||| ||  |||| ||||||||||||||| |    
T  41901518 cacttggataagttcaaatgtctaatgttacaacacatccttaaaacttgaacaataccttcttcaaatatgcgacaacaattgctcaaatcaagcagct 41901419  T
Q  318 gcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaa 417  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||| |||||| ||||||   |||||| | | ||||||  || |||||| ||||||||||||||  | |||| ||    
T  41901418 gcaaattggggaaaatggaagcgaacattgtgatgtcttcatcaaataaccacggattgtgagccaatcgaagatactttaattgagggtatgcaacaaa 41901319  T
Q  418 atccatcaaaga 429  Q
    || |||||||||    
T  41901318 attcatcaaaga 41901307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 436
Target Start/End: Original strand, 32267402 - 32267809
Alignment:
Q  26 gtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcat 125  Q
    ||||| ||||| || |||||||  ||||||||||  |||| ||||  |||||||| |||| | | || ||||||||||| ||||||||||| |||   ||    
T  32267402 gtgcagttttctactacatgcttcactcccttctttgtgatatcattacaatttttaagtgacaatttcaaaagcccacaacaactctttgagatcatat 32267501  T
Q  126 agagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggc 225  Q
    | |||| || |||||||||| |||| | |||||| | ||| ||||| | ||| ||||| |||||| |||||   |  || |||||| ||||||| | ||     
T  32267502 aaagtgcttcatcatcaactattgtttgtgacaagttcaatacctccaatttgggaacttcaaagttcatt---tctagtttcactgttgaacactggga 32267598  T
Q  226 caagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattg 325  Q
     |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||  |||   |||||||  | |||||||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  32267599 taagttcaaatgtctaatgttacaacatatccttaaaaattgaacgataccttcttcagatatgcgacaacaattgctcaaatcaagcagctgcaaattg 32267698  T
Q  326 ggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatca 425  Q
    |  ||||||||||||| |||  |||| | ||||||   || ||||| | ||||||  ||||||||| |||||||||||||||   |||| ||||||||||    
T  32267699 gagaagatggaagcaagcatggtgatatattcatcaaatagccatggattgtgagccaaacgaagatactttaattgagggcaagcaacaaaatccatca 32267798  T
Q  426 aagaattagaa 436  Q
    |||| ||||||    
T  32267799 aagatttagaa 32267809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 89 - 190
Target Start/End: Original strand, 37937877 - 37937978
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||| |||  |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| ||||||||||| || || ||||| ||||    
T  37937877 agttgcaaaagcccacgacacatctttgagattacatagagtgtttgatcatcaattcttgtatgtgtcaagtccaacacctcaaggttgggaacttcaa 37937976  T
Q  189 ag 190  Q
    ||    
T  37937977 ag 37937978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 38267665 - 38267564
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    |||| |||||||||||| ||  |||||| |||  |||||||||| | ||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| || || ||||| ||||    
T  38267665 agtttcaaaagcccacggcacgtctttgagattacatagagtgtgtcatcatcaactcttgtatgtgtcaagtccaacacctcaaggttgggaacttcaa 38267566  T
Q  189 ag 190  Q
    ||    
T  38267565 ag 38267564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 383 - 432
Target Start/End: Original strand, 12845874 - 12845923
Alignment:
Q  383 aaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaatt 432  Q
    |||||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12845874 aaacgaagagacttcactcgagggcttacaaccaaatccatcgaagaatt 12845923  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 29)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 25 - 438
Target Start/End: Original strand, 546839 - 547252
Alignment:
Q  25 tgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggca 124  Q
    |||||| ||||| | |||||| |  ||||||||||| ||||||| | |||| | ||  ||||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||  ||    
T  546839 tgtgcagttttctagcacatgtttcactcccttctctgtgacatgaaaacattcttccagtaacaattccaaaagcccacaacaactctttgagatcaca 546938  T
Q  125 tagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcgg 224  Q
    |||||||||| |||||  ||  |||||  |||||| | || |||||| | ||| ||||| |||||| ||||||     |||||||||  | |||||| ||    
T  546939 tagagtgtttcatcattgacaattgtacgtgacaagttcaccacctccaatttaggaacttcaaagttcattccaaataggttcactactaaacaattgg 547038  T
Q  225 ccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaatt 324  Q
      |||| |||||| || || | |||||||||||||||||||| | ||||||  |  | |||||||  ||  ||||  || ||||||||||| ||||||||    
T  547039 ataagttcaaatgccttatcttacaacatctccttaaaacatcacaaatactgtcttcagatatgttacgacaataacttaaatcaagcagttgcaaatt 547138  T
Q  325 gggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatc 424  Q
    ||| || ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||| | | ||  ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||| |     
T  547139 ggggaacatggaaggaaacattttgatgctttcatctcttatgcatgaatttttagccaaatggagagacttcaattgagggcttacaacaaaatccttg 547238  T
Q  425 aaagaattagaatt 438  Q
    ||||||||||||||    
T  547239 aaagaattagaatt 547252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 92 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 1548530 - 1548188
Alignment:
Q  92 tgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaaga 191  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||||||| ||||||||  ||||||| |||||| | ||||||||| ||||| ||||  ||||||     
T  1548530 tgcaaaagcccacaacaactctttgagatcacattgagtgtttcatcatcaatacttgtatgtgacaagttcaacacctccagtttgggaatttcaaagt 1548431  T
Q  192 tcattctgt-gaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgc 290  Q
    ||| ||    | || ||||||||| ||| |   || |||| ||| |||||||| | |||||||||   |||||| | | |||||||||  |  |||||||    
T  1548430 tcagtccaaagtagcttcacttttaaactacgagctaagttcaactgtctaatcttacaacatct---taaaacttcacaaataccttcgtctgatatgc 1548334  T
Q  291 cactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaag 390  Q
    |||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| || || |||| ||| ||||||||| ||||||| ||||| | |||| ||||||| ||||  ||    
T  1548333 cactgcaattaatcaaatcaagcagttgcaaattggggaaaatcgaagaaaatattttgatggtttcatctcttaagcgtgaattgtgagtcaaacagag 1548234  T
Q  391 agactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaa 436  Q
     |||||||||||||| |||||||| |  ||||| ||||||||||||    
T  1548233 tgactttaattgaggtcttacaacaaggtccatgaaagaattagaa 1548188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 73 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 8184155 - 8183859
Alignment:
Q  73 acaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctct 172  Q
    ||||||||  ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| | |||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  8184155 acaattttccagtaacagttccaaaagcccacaacaactctttgagattgcatagagtgctatatcatcaactcttgtatgtgacaagttcaacacctct 8184056  T
Q  173 agttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaa 272  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||||   ||  ||| ||||| |   |  || |||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||||  |||  ||    
T  8184055 agtttcggaacttcaaagttcattctgctcagcctcatttttggaatgtaagctaagttcaaatctctaatctcacaacaactccttaaaatttgagtaa 8183956  T
Q  273 taccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaacca 369  Q
    ||||||  | ||| ||| ||  |||||  |||||||||||| | ||||||||||| || | |||||||||  |||||| ||||| |||  |||||||    
T  8183955 tacctttttcagaaatgtcaaagcaatgactcaaatcaagccgctgcaaattggggaacacggaagcaaattttttgacgtttttatctgttaacca 8183859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 124 - 351
Target Start/End: Original strand, 1600444 - 1600671
Alignment:
Q  124 atagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcg 223  Q
    |||||||| || ||| ||||| |||||||||||||| | ||||||||| |||||  |||| |||||| ||||||   | || |||| | ||||||| | |    
T  1600444 atagagtgcttcatcgtcaacccttgtatatgacaagttcaacacctccagtttaagaacttcaaagttcattcctcgcagcttcattattgaacactgg 1600543  T
Q  224 gccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaat 323  Q
    || |||| |||||||||||| | | || ||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||  | |||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  1600544 gctaagttcaaatgtctaattttagaaaatctccttaaaacttgacaaataccttcttcagatatgttaatgcaactgctcaaatcaagcagttgcaaat 1600643  T
Q  324 tgggaaagatggaagcaaacattttgat 351  Q
    |||||||  |||||||||||||| ||||    
T  1600644 tgggaaaattggaagcaaacattatgat 1600671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 50 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 8187239 - 8186920
Alignment:
Q  50 actcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttg 149  Q
    ||||||||| | ||||| | || ||||||||  ||||| |  ||||||||||||| |||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8187239 actcccttccctgtgacgttacgacaattttccagtaacaactgcaaaagcccacaacaactctttgaaattgcataaagtgttttatcatcaactcttg 8187140  T
Q  150 tatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcaca 249  Q
    ||| |||||| | ||||||||| ||||| | ||  |||||| |||||| |   ||    ||| ||| ||| | ||| |||| |||||  ||||| |||||    
T  8187139 tatgtgacaagttcaacacctccagtttggaaatttcaaagttcattccggagagcccaactcttggacagtaggctaagttcaaatccctaatctcaca 8187040  T
Q  250 acatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttg 349  Q
    ||||||| | ||||| ||| |||||||||  | ||||||| ||  |||||  |||||||||||||  ||||||||||| || | |||||  ||||||| |    
T  8187039 acatctcttcaaaacttgacaaataccttcttcagatatgtcatagcaatgactcaaatcaagcaactgcaaattggggaataaggaagataacatttcg 8186940  T
Q  350 atgttttcatcccttaacca 369  Q
    | ||||||||  ||||||||    
T  8186939 aggttttcattacttaacca 8186920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 53761945 - 53761692
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    ||||||||| |||||  ||||||| |  |||||||| |||||||||| |  ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||| | |||     
T  53761945 ttgtgtgcagttttcttccacatgtttcactcccttgtccgtgacattatcacaatgtttcagtaata-ttgcaaaagcccacgacaattcttcgagat- 53761848  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaat 221  Q
     || ||||||||||||| | |||| | ||| ||||||| | |||| ||||||| || |||||  ||||| ||||||     || |||||| ||||||| |    
T  53761847 -cacagagtgttttatcgttaactttcgtaaatgacaagttcaacgcctctagcttgggaactacaaagttcattccaattagcttcactcttgaacact 53761749  T
Q  222 cggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
    |||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  53761748 cggctaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 53761692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 55908904 - 55908567
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    ||||||||| ||||| || ||||| |  || || ||||| ||||| |||  ||||||||  || || ||||| |||||||||| |||| |||||| |||     
T  55908904 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatc 55908805  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaat 221  Q
      ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||| |  |||||||||| ||  ||||| | |||| | |||||  | || |||||| ||||||| |    
T  55908804 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagt 55908705  T
Q  222 cggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaa 321  Q
     ||| || | |||||||||||  | |||||||||||||| ||| | | |||||||||  | |||||||  |  |||   |||||||||||| |  |||||    
T  55908704 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttagaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 55908605  T
Q  322 attgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcat 359  Q
    |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  55908604 attggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 55908567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 1524595 - 1524406
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||||||||||| ||||||||| ||||||  |||||| | ||||||||| |  || ||||| ||||    
T  1524595 agttgcaaaagcccacgacaactctgtgagatcatatagagtgtttcatcatcaacacttgtacgtgacaaattcaacacctccaaattgggaacttcaa 1524496  T
Q  189 agatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
    || ||||||  ||||| |  | ||| ||||| | ||| |||| |||||| ||||  | |||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  1524495 agttcattccatgaagttctattttagaacagttggctaagttcaaatgcctaagtttacaacatctccttaaaacctgaagaatacctt 1524406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 89 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 1513516 - 1513408
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||  | |||||||||| |||||||||  ||||| ||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||    
T  1513516 agttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacgtagagtgtttcatcatcaacatttgtaaatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaa 1513417  T
Q  189 agatcattc 197  Q
    || ||||||    
T  1513416 agttcattc 1513408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 83 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 1537882 - 1537768
Alignment:
Q  83 agtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaa 182  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||  || | |||||||| |||| |||  ||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||    
T  1537882 agtaaaagttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacacacagtgttttgtcattaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaa 1537783  T
Q  183 catcaaagatcattc 197  Q
    | |||||| ||||||    
T  1537782 cttcaaagttcattc 1537768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 89 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 12121566 - 12121458
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| |||  |  ||||||||| |||||||||  ||||||||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||    
T  12121566 agttgcaaaagcccacggcaacactttgagattacggagagtgtttcatcatcaacatttgtatatgacaagttcaacacttctagtttgggaacttcaa 12121467  T
Q  189 agatcattc 197  Q
    || ||||||    
T  12121466 agttcattc 12121458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 305 - 438
Target Start/End: Original strand, 570737 - 570873
Alignment:
Q  305 aaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgat---gttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaatt 401  Q
    |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||| | ||   ||||||||| |||||||||| | ||||||  ||    |||||||| ||||    
T  570737 aaatcaagtagttgcaaattggggaaaatggaagcaaacattataataatgttttcatcacttaaccatgtattgtgagccaaggatagagacttcaatt 570836  T
Q  402 gagggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaatt 438  Q
    |||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  570837 gagggcatacagccaaatcaaccaaagaattagaatt 570873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 83 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 3438680 - 3438419
Alignment:
Q  83 agtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaa 182  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||  ||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||   ||| ||||| | ||||| ||    
T  3438680 agtaacagttgcaaaagcccacaacaactctttgagattacatggagtattt-atcatcaactcttgtatgtgacaagctcaatacctccaattttgaaa 3438582  T
Q  183 catcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgatt 282  Q
    |||||||| |||||      |  ||||||  | ||||| | || |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||  || |||||  |     
T  3438581 catcaaagttcattgcacacaaattcactcctaaacaaccagctaagttcaaatgtctaatcttacaacatctccttaaaacttgaataacaccttcgtc 3438482  T
Q  283 agatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacat 345  Q
    |||||||     ||| || |||| ||||||||| ||||||||||| || || |||| ||||||    
T  3438481 agatatgtagtcgcattctctcacatcaagcagctgcaaattggggaaaatagaagaaaacat 3438419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 268
Target Start/End: Original strand, 553469 - 553648
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaa 188  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||  ||  |||  |||| || |||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |||||  |||| | ||    
T  553469 agttgcaaaagcccagaacaactctttgaaatcacattaagtgcttcatcatcaactcttgtaaatgacaagttcaacacctccagtttgagaactttaa 553568  T
Q  189 agatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatga 268  Q
    || ||| | |  | |  |||||| |||||||   ||  |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  553569 agttcaatgtacgtaacttcactcttgaacagcgggttaagttcaaatgtctaatgttacaacatgtccttaaaacatga 553648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 7226054 - 7225817
Alignment:
Q  27 tgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcata 126  Q
    |||| ||||| ||||| ||||  | ||||||||| ||||| ||| ||||| |||  ||||||||||||||||| |||| |||||||||||  ||  ||      
T  7226054 tgcagttttctaccacgtgcttcaatcccttctcggtgacctcaaaacaactttccagtaatagttgcaaaagtccacaacaactctttgatatcacacg 7225955  T
Q  127 gagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggcc 226  Q
     |||  ||| |||||||||||||||| |||||| | ||| ||||| | ||   |||| |||||| ||||  || | || |||||| ||| ||| | ||      
T  7225954 aagtcctttgtcatcaactcttgtatgtgacaagttcaagacctccaattcgagaacttcaaagttcatgttgcgtagcttcactcttggacagtaggat 7225855  T
Q  227 aagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaac 264  Q
    |||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||    
T  7225854 aagttcaaatgtctaatcttacaacatctccgtaaaac 7225817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 12116646 - 12116575
Alignment:
Q  127 gagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattct 198  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||    
T  12116646 gagtgattcatcatcaacacttgtatgtgacaagttcaacacctctaaatttggaacatcaaagttcattct 12116575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 38 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 1517656 - 1517578
Alignment:
Q  38 accacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttg 116  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||||||||  ||||||||  |||||||||| |||||  ||||||||| ||||||    
T  1517656 accacatgcctaactcccttctctgtgacatcatgacaattttccagtaatagtttcaaaattccacgacaattctttg 1517578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 123 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 1519217 - 1519143
Alignment:
Q  123 catagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattc 197  Q
    ||||||||| ||  |||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  1519217 catagagtgcttattcatcaacccttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggaacttcaaagttcattc 1519143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 434
Target Start/End: Original strand, 570334 - 570680
Alignment:
Q  82 aagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttgga 181  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||   |||||||  ||  | |||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||  ||    
T  570334 aagtaacagttgcaaaagcccgcgacaactctttgaaatcagatagagttcttcgttatcaactcctgtatatgacaagttcaacacctcgagtttgaga 570433  T
Q  182 acatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgat 281  Q
    || |||||| ||| ||   | || ||||||||||| || |  || |||| |||||| ||||  | |||||||||   |||||| ||| ||||||    ||    
T  570434 acttcaaagttcaatccacgcagtttcacttttgagcagtgagctaagttcaaatgcctaagtttacaacatct---taaaacttgacaaatact---at 570527  T
Q  282 tagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagt 381  Q
      |||||   | ||||||  || |||||||| |  ||||||||||| || || ||||||||||||   ||||||||||| |||||||||| | || ||||    
T  570528 cggatatctgattgcaataacttaaatcaagtatctgcaaattggggaaaatagaagcaaacattaaaatgttttcatcacttaaccatgtattgcgagt 570627  T
Q  382 gaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaattag 434  Q
     ||    |||||||| |||||| || ||||||| || |||||  |||||||||    
T  570628 caagaatagagacttcaattgatggtttacaacaaattccattgaagaattag 570680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 89 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 1508112 - 1508024
Alignment:
Q  89 agttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttt 177  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||  || | ||||||| |||||||||  | |||| |||||| | |||||| ||||||||    
T  1508112 agttgcaaaagcccacgacaacactttgagattacacacagtgtttcatcatcaacattggtatgtgacaagttcaacacttctagttt 1508024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 116
Target Start/End: Original strand, 370894 - 370937
Alignment:
Q  73 acaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttg 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  370894 acaattttgcagtaatagttgcaaaagccgacaacaactctttg 370937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 250 - 437
Target Start/End: Original strand, 532334 - 532521
Alignment:
Q  250 acatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttg 349  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||  |||||||||  |   |||| |||||| || |||| ||| |||||||| || ||||| ||||||||| |     
T  532334 acatctcttcaaaacttgataaataccttctttagatatgttataacaatagctcaagtccagcatatgtaaattggggaaaatggatgcaaacattata 532433  T
Q  350 atgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaat 437  Q
    ||| ||||||| || ||||||  |||   |   |||   ||||||||||| ||||| | |||||| |||||| |||||||||||||||    
T  532434 atgctttcatctctcaaccattgactcatacccaaatttagagactttaactgaggccgtacaacaaaatccttcaaagaattagaat 532521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 435
Target Start/End: Original strand, 641109 - 641248
Alignment:
Q  296 caatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagact 395  Q
    ||||| |||||||||||||   | ||||| || || ||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||  || | ||||  ||| | ||| |||    
T  641109 caatcactcaaatcaagcaaccgtaaatttgggaacatggaagcaaacattattatgttttcatctcttagccaaaaattatgagccaaatggagacact 641208  T
Q  396 ttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaattaga 435  Q
    |||| ||| ||| |||||| ||||| || |||||||||||    
T  641209 ttaactgacggcgtacaacaaaatctatgaaagaattaga 641248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 335 - 406
Target Start/End: Original strand, 6006564 - 6006635
Alignment:
Q  335 gaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgaggg 406  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| ||| ||| | |||||   ||||||||||||||||||||||||    
T  6006564 gaagcaaacatattgatgtcatcatccctcaacgatgtattgtgacctaaacgaagagactttaattgaggg 6006635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 232 - 278
Target Start/End: Original strand, 558631 - 558677
Alignment:
Q  232 caaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
    |||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  558631 caaatgtctaatgttagaacatgtccttaaaacatgacaaatacctt 558677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 1496079 - 1496001
Alignment:
Q  38 accacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttg 116  Q
    |||||||||  |||||||||||| |||| ||||  ||||||||  |||||| |||||||||  ||||||||| ||||||    
T  1496079 accacatgcctaactcccttctctgtgatatcatgacaattttccagtaattgttgcaaaattccacgacaattctttg 1496001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 21834276 - 21834206
Alignment:
Q  303 tcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaa 373  Q
    ||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||| ||||  |||||||  |||||||||||    
T  21834276 tcaaatcaagcagctgtaaattggggaaaattgaagcaaacattatgattctttcatcatttaaccatgaa 21834206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 197
Target Start/End: Original strand, 566182 - 566287
Alignment:
Q  92 tgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaaga 191  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |||  |||||||||||| ||||||||| |||| | |||| || ||||||   || |||||| |||| ||||||     
T  566182 tgcaaaagcccacgacagtactttgagatcacatagagtgtttcatcatcaacgcttgaacatgataaatccaacgtttcaagttttagaacttcaaagt 566281  T
Q  192 tcattc 197  Q
    ||||||    
T  566282 tcattc 566287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 55505214 - 55505130
Alignment:
Q  92 tgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagtt 176  Q
    |||||||| ||||||||| |||||| | |  |||| ||||||  ||| |||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  55505214 tgcaaaagtccacgacaattctttgaggtcacataaagtgttccatcgtcaacctttgtatatgacaagttcaacacctctagtt 55505130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 69; Significance: 9e-31; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 22 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 45245261 - 45245093
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| || ||||||| | |||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
T  45245261 ttgtgtgcaattttctaccacatgtttcactcccttatctgtgacatgataacattttttcaataatagttgcaaaagcccacgacaactctttgagatc 45245162  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaag 190  Q
     ||| |||||||| |||||||||  |||| | |||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  45245161 acatggagtgtttcatcatcaaccattgtctctgacaaattcaacacctcaagttttggaacttcaaag 45245093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 295 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 32785678 - 32785535
Alignment:
Q  295 gcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagac 394  Q
    ||||| |||||||||||| || |||||||||| ||| || |||| ||||||  ||||| ||||||| ||||||||  || || |||  ||| | ||| ||    
T  32785678 gcaatagctcaaatcaagtagttgcaaattggaaaaaatagaagaaaacatcctgatgctttcatctcttaaccaataattgcgagccaaatggagaaac 32785579  T
Q  395 tttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaatt 438  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  32785578 tttaattgagggattacaacaaaatccatcaaagaattagaatt 32785535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 22 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 1037840 - 1037503
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    ||||||||| ||||| || ||||| |  || || ||||| ||||| |||  ||||||||  || || ||||| |||||||||| |||| |||||| |||     
T  1037840 ttgtgtgcagttttcgactacatgtttcacaccattctctgtgacttcatcacaattttccagaaacagttgtaaaagcccacaacaattctttgagatc 1037741  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaat 221  Q
      ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||| |  |||||||||| ||  ||||| | |||| | |||||  | || |||||| ||||| | |    
T  1037740 atatagagtgtttcatcatcaacacatgtatgtgacaagttaaacacctctaattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaatagt 1037641  T
Q  222 cggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaa 321  Q
     ||| || | |||||||||||  | |||||||||||||||||| | | |||||||||  | |||||||  |  |||   |||||||||||| |  |||||    
T  1037640 aggctaaattcaaatgtctaaccttacaacatctccttaaaacttcacaaataccttcttcagatatgttatggcaggagctcaaatcaagaaattgcaa 1037541  T
Q  322 attgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcat 359  Q
    |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||||    
T  1037540 attggggaaaatggaagcaaacaatatgatgttttcat 1037503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 32785886 - 32785773
Alignment:
Q  84 gtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaac 183  Q
    |||| |||| |||||||||| || ||||  ||| |||  |||| |||| || |||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||| ||| |    
T  32785886 gtaacagtttcaaaagcccatgaaaacttattgagatcacataaagtgcttcatcatcaattcttgtatgtgacaagttcaacacctctagtttgggagc 32785787  T
Q  184 atcaaagatcattc 197  Q
     | |||| ||||||    
T  32785786 tttaaagttcattc 32785773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 21)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 18 - 379
Target Start/End: Original strand, 6432080 - 6432438
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| | |  ||||||||||  ||||||| |  |||||| |  || |||||||||| |||||||| |||| |||||      
T  6432080 tcaattgtgtgcatttttctaccacaagtttcactcccttctgtgtgacattatcacaattgtacaggaatagttgcagaagcccacaacaattctttaa 6432179  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaa 217  Q
    |||  |||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||  || || ||||| |||||| ||||||  || || |||||||||  |    
T  6432180 gatcacataaagtgtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacaccttcagcttgggaacttcaaagttcattccatgtagcttcacttttata 6432279  T
Q  218 caatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagat 317  Q
    |||| ||| |||| ||||||| |||  | |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||   ||| | |   ||    | |||||||||  | |    
T  6432280 caataggctaagttcaaatgtttaagtttacaacatctccttaaaacttgacaaataccttcatt---tatacgatgacaccaacgcaaatcaagatgtt 6432376  T
Q  318 gcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtga 379  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||| ||||  |||||| ||||||||||||| |||||    
T  6432377 gcaaattggggaaaatggaagcaaacattatgatcctttcattccttaaccatgaattgtga 6432438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 232 - 438
Target Start/End: Original strand, 9411485 - 9411688
Alignment:
Q  232 caaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaag 331  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||  |||||||||  |||||||||  ||  ||  |||||||||||||||| ||||||||||| ||     
T  9411485 caaatgtctaatgttaccacatctccttaaaacctgcaaaataccttcgttagatatgttacaacatccgctcaaatcaagcagctgcaaattggggaaa 9411584  T
Q  332 atggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaat 431  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||   || || ||   ||||  |||||||| ||||| || |||||| | |||| |||||||||||    
T  9411585 atggaagcaaaccttttgatgtttttatctcttaacc---aattgcgaaccaaacctagagacttcaattggggccttacagcaaaattcatcaaagaat 9411681  T
Q  432 tagaatt 438  Q
    |||||||    
T  9411682 tagaatt 9411688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 11936451 - 11936283
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    ||||||||| |||||||||||||||   ||||| || || |||||| |   ||||  || |||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||     
T  11936451 ttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagcccactacaactctttgagatc 11936352  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaag 190  Q
      |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  11936351 caatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaag 11936283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 11948431 - 11948263
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    ||||||||| |||||||||||||||   ||||| || || |||||| |   ||||  || |||| | |||||||||||||||| ||||||||||| |||     
T  11948431 ttgtgtgcatttttcaaccacatgcgtcactcctttgtctgtgacaccttcacaaaatttaagtgacagttgcaaaagcccactacaactctttgagatc 11948332  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaag 190  Q
      |||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  11948331 caatagagtgatttatcgtcaactcttgtaaatgacaagtccaacacctccagtttgggaacttcaaag 11948263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 73 - 276
Target Start/End: Original strand, 6423191 - 6423394
Alignment:
Q  73 acaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctct 172  Q
    ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||   ||||||||||| |||||| | |||||||||     
T  6423191 acaatcttcaagtaatagttgcaaaatcccacaacaactctttgagatcgcatagagtgttttatcgctaactcttgtatttgacaagttcaacacctcc 6423290  T
Q  173 agttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaa 272  Q
    || || ||||| | |||| |||||    | || ||||||| |  ||||| ||| |||| ||||||| |||  |||| |||| ||| |||||||||| |||    
T  6423291 agcttgggaacttaaaagttcattgcacgtagcttcacttgttcacaataggctaagttcaaatgtttaagctcacgacatttccgtaaaacatgacaaa 6423390  T
Q  273 tacc 276  Q
    ||||    
T  6423391 tacc 6423394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 85 - 278
Target Start/End: Original strand, 6402846 - 6403039
Alignment:
Q  85 taatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaaca 184  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||  |||||||||||| |||||||||  | |||| |||||| | |||||| |||||||  |||||     
T  6402846 taatagtttcaaaagcccactacaattctttgagatcacatagagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagttcaacacttctagttggggaact 6402945  T
Q  185 tcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
     ||||| | ||||   | || |||||| |||||||  | |  |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6402946 gcaaagtttattccaagtagcttcactcttgaacacccagttaagttcaaatgcctaatgttacaacatctccttaaaacttgacaaatacctt 6403039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 170
Target Start/End: Complemental strand, 6603378 - 6603230
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    |||| |||| ||||| |||||||| |  ||||| ||||| ||||||| | |||||| ||  | |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||     
T  6603378 ttgtttgcagttttctaccacatgtttcactcctttctctgtgacataataacaatatttcaataatagttccaaaagcccaggacaactctttgagatc 6603279  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacct 170  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| | ||||| || ||| ||||||||||    
T  6603278 gcatagactgtttcatcatcaacacctgtatctgccaagtccaacacct 6603230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 82 - 370
Target Start/End: Original strand, 6415949 - 6416234
Alignment:
Q  82 aagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttgga 181  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||  ||||||| |||||||||| |||  |||||| |||||| | ||||||||| || || |||    
T  6415949 aagtaatagttgcaaaagcccgctacaattctttgagatcacatagagagttttatcattaacctttgtatttgacaagttcaacacctccaggttggga 6416048  T
Q  182 acatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgat 281  Q
    ||  |||||  |||||  || || |||||||||  ||||  ||| |||| |||||| | ||| | ||||||| || ||||||| ||| ||||||||   |    
T  6416049 actacaaagtccattccatgtagcttcacttttttacaaaaggctaagttcaaatgcccaatcttacaacatatctttaaaacttgacaaatacct---t 6416145  T
Q  282 tagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccat 370  Q
     ||||| |  | | |||    ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||| ||||||| ||||   |||||| |||||||||    
T  6416146 cagataagagattacaacgattcaaatcaagcagctgcaaattggggaagttggaagaaaacattatgataccttcatcgcttaaccat 6416234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 73 - 373
Target Start/End: Original strand, 6426485 - 6426782
Alignment:
Q  73 acaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctct 172  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| || || |||| |||||| ||| ||||| |  |||| ||||||||  ||||| | |||||| | |||||||||     
T  6426485 acaattttcaagtaataattgcaaaatccgacaacaattctttgagatcgcataaaaagtttcatcatcaatgcttgtgtttgacaaattcaacacctcc 6426584  T
Q  173 agttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaa 272  Q
    || |  |||||  ||||| ||||||  || || ||||| ||||||||    || |||| ||||||| |||  | ||||||| |||||||||| | | |||    
T  6426585 agctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacgtttgaacagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttccttaaaacttcacaaa 6426684  T
Q  273 taccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatga 372  Q
    |||||| |   |||||  ||| |||| |  |||||||||| || || |||||||| || ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||    
T  6426685 taccttca---gatatttcacggcaaaccttcaaatcaagtagctgtaaattggggaaaatggaagcatacattatgatgatttcatcacttaaccatga 6426781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 7994354 - 7993974
Alignment:
Q  26 gtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcat 125  Q
    ||||| ||||| |||||||| |  ||||||| ||| || ||||||  ||||  || |||||||||||||||||| |||  |||| |||||| |||  |||    
T  7994354 gtgcagttttctaccacatgtttcactccctcctcggtaacatcattacaaagttcaagtaatagttgcaaaagtccagaacaattctttgagatcacat 7994255  T
Q  126 agagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggc 225  Q
    | |||||||  |||| ||| ||||||| |||||  | |||||||||||| || |||||  ||||| ||||||   | || |||||| ||| |||||||||    
T  7994254 atagtgtttcgtcattaacccttgtatttgacatgttcaacacctctagcttcggaactacaaagttcattcctagtagcttcactcttgtacaatcggc 7994155  T
Q  226 caagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattg 325  Q
     | || |||||| || || | ||||||| |||||||||| | | ||||||||   | |||||| ||| |||||    ||||||| ||||  ||||||||     
T  7994154 tatgttcaaatgcctgatcttacaacatttccttaaaacgtaacaaatacct---tcagatataccattgcaagaattcaaatcgagcatctgcaaattt 7994058  T
Q  326 ggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggctt 409  Q
    || || |||| |||||||| | |||||||| |||| || |||  |  || | |||  |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  7994057 gggaaaatggtagcaaacaatatgatgtttgcatctctcaactgttgacagagagctaaacaaagagacttcaattgagggctt 7993974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 86 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 10579848 - 10579763
Alignment:
Q  86 aatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctc 171  Q
    ||||||| |||||||| || |||| |||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||    
T  10579848 aatagttccaaaagccgacaacaattctttgagatcgaatagagtgttttatcatcaacttttgtatatgacaagttcaacacctc 10579763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 278
Target Start/End: Original strand, 6394783 - 6395043
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||| || |||||||    |||||| | ||||  || |||||||||||||| |||| ||||||     
T  6394783 tcaattgtgtgcagttttctaccacatgttccacacccttttctgtgacatttttacaattatcaagttgtaattgcaaaagcccacaacaattctttga 6394882  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaa 217  Q
    |||  || | || |||| ||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||| || |  |||||  ||||| ||||||  || || ||||||||||||    
T  6394883 gatcacagaaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgacaagttcaacacctccagctcgggaactgcaaagttcattccatgtagtttcacttttgaa 6394982  T
Q  218 caatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
    ||    || |||| ||||||| |||  | ||||||| || ||||||| ||| |||||||||    
T  6394983 cagaaagctaagttcaaatgtttaagcttacaacatttctttaaaacttgacaaatacctt 6395043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 18 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 6594786 - 6594526
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| |   |||||| ||| |||| || |  ||||||||  |||  |||||| |||||||||| |||| ||||||     
T  6594786 tcaattgtgtgcagttttctaccacatgtttggctccctcctctgtgagatgatcacaattttctagttttagttgtaaaagcccacaacaattctttga 6594687  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaa 217  Q
    |||  ||   ||||| | |||||||||   ||||| |||||| | ||||||||| ||||| |||||   |||| | ||||  || || |||||| |||||    
T  6594686 gatcacacgtagtgtctcatcatcaacctctgtatttgacaagtacaacacctccagtttgggaactaaaaagtttattccatgtagcttcactcttgaa 6594587  T
Q  218 caatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
    ||  |||  |||||||||||| |||| | | |||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  6594586 cacccggataagtacaaatgtgtaatcttataacatctccttaaaacttgacaaatacctt 6594526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 278
Target Start/End: Original strand, 7119120 - 7119336
Alignment:
Q  62 gtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaatt 161  Q
    ||||||| | |||||| ||  |||||||||| ||||||||| | |||| |||| | |||  ||| |||||||| |||||||||  | |||| |||||| |    
T  7119120 gtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagt 7119219  T
Q  162 ccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaa 261  Q
     ||||||||| || |   ||||| ||||| ||||||   | || |||||| ||||||| | ||| |||| ||||||| |||| | | |||||||||||||    
T  7119220 tcaacacctccagctggtgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaa 7119319  T
Q  262 aacatgataaatacctt 278  Q
    ||| ||| |||||||||    
T  7119320 aacttgacaaatacctt 7119336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 62 - 278
Target Start/End: Original strand, 7131598 - 7131814
Alignment:
Q  62 gtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaatt 161  Q
    ||||||| | |||||| ||  |||||||||| ||||||||| | |||| |||| | |||  ||| |||||||| |||||||||  | |||| |||||| |    
T  7131598 gtgacataataacaatctttcagtaatagttccaaaagcccgcaacaattcttcgagatcacatggagtgtttcatcatcaaccttcgtatctgacaagt 7131697  T
Q  162 ccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaa 261  Q
     ||||||||| || |   ||||| ||||| ||||||   | || |||||| ||||||| | ||| |||| ||||||| |||| | | |||||||||||||    
T  7131698 tcaacacctccagctggcgaacaacaaagttcattccaagtagcttcactcttgaacagtgggctaagttcaaatgtttaatcttagaacatctccttaa 7131797  T
Q  262 aacatgataaatacctt 278  Q
    ||| ||| |||||||||    
T  7131798 aacttgacaaatacctt 7131814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 305 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 8913881 - 8913817
Alignment:
Q  305 aaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaacca 369  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  8913881 aaatcaagcatatgcaaattggaaaaaatggaagcaaacattatgatgatttcatccgttaacca 8913817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 22 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 6585413 - 6585276
Alignment:
Q  22 ttgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatg 121  Q
    |||||||||| |||| |||||||| |  | ||||||||| |||||||    ||||  ||  |||||||||| ||||||| ||  ||||||||||| |||     
T  6585413 ttgtgtgcaaatttctaccacatgtttcagtcccttctctgtgacattttcacaacctttcagtaatagttccaaaagcgcagaacaactctttgagatc 6585314  T
Q  122 gcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaa 159  Q
     |||||||||||| |||||||||  |||||| ||||||    
T  6585313 acatagagtgtttcatcatcaacctttgtatctgacaa 6585276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 214
Target Start/End: Original strand, 6409993 - 6410121
Alignment:
Q  86 aatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacat 185  Q
    |||||||||||||||| || |||| |||||| |||  |||| || |||| ||||||||| ||||||| |||| | | ||||||||  || || ||||| |    
T  6409993 aatagttgcaaaagccgacaacaattctttgagatcacataaagagtttcatcatcaacgcttgtatttgactagttcaacaccttcagcttgggaactt 6410092  T
Q  186 caaagatcattctgtgaaggttcactttt 214  Q
    ||||| ||||||  || || |||||||||    
T  6410093 caaagttcattccatgtagcttcactttt 6410121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 83 - 190
Target Start/End: Original strand, 9411339 - 9411446
Alignment:
Q  83 agtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaa 182  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||| |||||| |||  |||||||| ||| |||   ||| | |||||||||||| | ||||||||| || || ||||    
T  9411339 agtaacagttgcaaaagtccacgacaattctttgagatctcatagagtatttcatcgaaaacacctgtatatgacaagttcaacacctccagcttgggaa 9411438  T
Q  183 catcaaag 190  Q
    | ||||||    
T  9411439 cctcaaag 9411446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 23 - 173
Target Start/End: Original strand, 14820617 - 14820767
Alignment:
Q  23 tgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatgg 122  Q
    |||||||| ||||  |||||||| |  || |||||||| |||||||||  ||| |||| |||||||| | |||||||||||| |||| |||| | |||      
T  14820617 tgtgtgcagttttttaccacatgtttcacacccttctctgtgacatcattacatttttcaagtaataatcgcaaaagcccacaacaattcttggagatca 14820716  T
Q  123 catagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctcta 173  Q
     ||| ||||||| || ||||||  |||||| ||| || | |||||||||||    
T  14820717 tataaagtgtttcattatcaacctttgtatttgataagttcaacacctcta 14820767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 6589204 - 6589151
Alignment:
Q  320 aaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaa 373  Q
    |||||||| || ||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||    
T  6589204 aaattggggaaaatggaagcaaacattatgatatttgcatcacttaaccatgaa 6589151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 68; Significance: 3e-30; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 227 - 438
Target Start/End: Original strand, 7554547 - 7554758
Alignment:
Q  227 aagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgg 326  Q
    |||| |||||||||||||| |  |||||| |||||||  ||| |||||||||  ||||||||| ||  |||||   ||||||||||||| |  |||||||    
T  7554547 aagttcaaatgtctaatgttatgacatcttcttaaaatgtgaaaaataccttctttagatatgtcatagcaatttttcaaatcaagcagctctaaattgg 7554646  T
Q  327 gaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaa 426  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||||||||| ||||||  | ||||||||   ||||  ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||||||    
T  7554647 gaaagatggaagctaagactttgatgttttcatctcttaactgtaaactgtgacccaaacatagagactttaagttggggcttacaacaaaatccatcaa 7554746  T
Q  427 agaattagaatt 438  Q
    ||||| ||||||    
T  7554747 agaataagaatt 7554758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 232 - 438
Target Start/End: Original strand, 9581201 - 9581407
Alignment:
Q  232 caaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaag 331  Q
    |||||||||||| | |||||||||  ||||||| ||| ||||||||   |||||||||  || ||||| || || ||||||||| ||||||||||| ||     
T  9581201 caaatgtctaatctgacaacatctttttaaaacttgacaaatacctcttttagatatgttacagcaatggcgcagatcaagcagctgcaaattggggaaa 9581300  T
Q  332 atggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaat 431  Q
    || |||||||||||| ||||||||| ||| ||||| |||  | |||||   |||  ||||||||||||||||||||||||| | | |||| | ||||| |    
T  9581301 attgaagcaaacattatgatgtttttatctcttaaacattgattgtgacccaaatcaagagactttaattgagggcttacaccaatatccttgaaagact 9581400  T
Q  432 tagaatt 438  Q
    |||||||    
T  9581401 tagaatt 9581407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 303 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 19468397 - 19468327
Alignment:
Q  303 tcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaa 373  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  19468397 tcaaatcaagcagctgcaaattgggaaaaatggaagcaaacattatgatgttttcatcgcttaaccatgaa 19468327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 232 - 438
Target Start/End: Original strand, 9586769 - 9586975
Alignment:
Q  232 caaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgattagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaag 331  Q
    |||||||||||| | |||||||||   |||||| ||| ||||||||   |||||||||  || ||||| || || ||||||||| ||||||||||| ||     
T  9586769 caaatgtctaatctgacaacatctttgtaaaacttgacaaatacctcttttagatatgttacagcaatggcacagatcaagcagctgcaaattggggaaa 9586868  T
Q  332 atggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattgagggcttacaaccaaatccatcaaagaat 431  Q
    || |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||  | || ||   |||  ||||||||| |||||||| |||||||| | |||| ||||| | |    
T  9586869 attgaagcaaacattatgatgtttttatctcttaaccattgattgcgacccaaatcaagagacttcaattgaggtcttacaacaatatccttcaaaaatt 9586968  T
Q  432 tagaatt 438  Q
    |||||||    
T  9586969 tagaatt 9586975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 26 - 156
Target Start/End: Original strand, 7554415 - 7554545
Alignment:
Q  26 gtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcat 125  Q
    ||||| ||||| ||||||||||  |||||||| || ||||||| |  |||   ||  ||||| ||||| ||||| |||| ||||||||||| |||   ||    
T  7554415 gtgcagttttctaccacatgcttcactcccttttctgtgacattatcacatcctttcagtaacagttgtaaaagtccaccacaactctttgagatcatat 7554514  T
Q  126 agagtgttttatcatcaactcttgtatatga 156  Q
    |||||| || ||||||||| |||||||||||    
T  7554515 agagtgcttcatcatcaacacttgtatatga 7554545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 54; Significance: 8e-22; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 82 - 369
Target Start/End: Original strand, 10614576 - 10614860
Alignment:
Q  82 aagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttgga 181  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||  |||| | |||  |||||||||||||||||| |||  | |||| |||||| | ||||||||| || || |||    
T  10614576 aagtaatagttgcaaaagcccactacagttcttcgagatcacatagagtgttttatcattaaccttcgtatttgacaagttcaacacctccagattggga 10614675  T
Q  182 acatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaataccttgat 281  Q
    ||| ||| | ||||||   | || |||||||||  ||||| ||| |||| |||||| ||||| | ||||||| |||||||||| ||| ||||||||| ||    
T  10614676 acaacaacgttcattccaagtagcttcacttttttacaataggctaagttcaaatgcctaatcttacaacatatccttaaaacttgacaaataccttcat 10614775  T
Q  282 tagatatgccactgcaatcgctcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaacca 369  Q
       ||| |  | |||||    ||||||||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||| || | |||  |||||| ||||||||    
T  10614776 ---ataagagattgcaacgattcaaatcaagcagttgcaaattggggaaattggaagcaaactttataatgccttcatcgcttaacca 10614860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 15092331 - 15092178
Alignment:
Q  18 tcaattgtgtgcaattttcaaccacatgctcaactcccttctccgtgacatcacaacaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgc 117  Q
    ||||||||||||| ||||| | |||||| |  ||||||   || ||||||| | |||||  || ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||     
T  15092331 tcaattgtgtgcagttttctagcacatgtttcactcccacttctgtgacattataacaaaattcaagtaatagttgcaaaagcccacaacaattctttga 15092232  T
Q  118 gatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctc 171  Q
    ||| ||||||||||||||||||| |||  |||| | |||||| | |||||||||    
T  15092231 gatcgcatagagtgttttatcattaacctttgtttctgacaaattcaacacctc 15092178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 10170028 - 10169893
Alignment:
Q  303 tcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattg 402  Q
    ||||||||| ||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||  |||   |||||||| |||||    
T  10170028 tcaaatcaaacagcttcaaattaggaaaaatggaagaaaacattatgatgtgttcatcccttacccatgtattgtaagccaaatagagagacttcaattg 10169929  T
Q  403 agggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaatt 438  Q
    ||||  |||| | ||||||  |||||||| ||||||    
T  10169928 agggtatacaccaaaatccggcaaagaatcagaatt 10169893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 303 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 10177553 - 10177418
Alignment:
Q  303 tcaaatcaagcagatgcaaattgggaaagatggaagcaaacattttgatgttttcatcccttaaccatgaactgtgagtgaaacgaagagactttaattg 402  Q
    ||||||||| ||| | |||||| ||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||  |||   |||||||| |||||    
T  10177553 tcaaatcaaacagcttcaaattaggaaaaatggaagaaaacattatgatgtgttcatcccttacccatgtattgtaagccaaatagagagacttcaattg 10177454  T
Q  403 agggcttacaaccaaatccatcaaagaattagaatt 438  Q
    ||||  |||| | ||||||  |||||||| ||||||    
T  10177453 agggtatacaccaaaatccggcaaagaatcagaatt 10177418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 124 - 278
Target Start/End: Original strand, 7977603 - 7977757
Alignment:
Q  124 atagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctctagttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcg 223  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | |||  |||| |||||   ||| || ||  ||||||   | || |||||  ||||||||  |    
T  7977603 atagagtgttttatcatcaactgttgtatgtgacaagttcaaagcctcgagtttgcaaacgtcgaatttcattccacgtagattcacccttgaacaacag 7977702  T
Q  224 gccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaatacctt 278  Q
    || | ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  7977703 gctaggtttaaatgtctaatgttacaacatctccttaaaacttgaccaatacctt 7977757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 73 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 749 - 544
Alignment:
Q  73 acaattttgaagtaatagttgcaaaagcccacgacaactctttgcgatggcatagagtgttttatcatcaactcttgtatatgacaattccaacacctct 172  Q
    ||||||||  ||||| ||||| || ||||||| |||| |||| | |||   ||||||||||| |||||| || ||||||| |||||| |  |||||||||    
T  749 acaattttccagtaacagttgtaatagcccacaacaattcttcgagatcatatagagtgtttcatcatcgacacttgtatgtgacaagttaaacacctct 650  T
Q  173 agttttggaacatcaaagatcattctgtgaaggttcacttttgaacaatcggccaagtacaaatgtctaatgtcacaacatctccttaaaacatgataaa 272  Q
    | ||  ||||| | |||| | |||||  | || |||||| ||||||| | ||| || | ||||||||||   | |||||||||||||| ||| | | |||    
T  649 aattcaggaactttaaagtttattctaagtagtttcactcttgaacagtaggctaaattcaaatgtctagccttacaacatctccttagaacttcacaaa 550  T
Q  273 tacctt 278  Q
    ||||||    
T  549 tacctt 544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University