View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1374_low_5 (Length: 428)
Name: NF1374_low_5
Description: NF1374
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1374_low_5 |
 | |
|
| [»] chr8 (5 HSPs) |
| |
|
| [»] chr4 (9 HSPs) |
| |
|
| [»] chr1 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] chr7 (7 HSPs) |
| |
|
| [»] chr5 (5 HSPs) |
| |
|
| [»] chr2 (1 HSPs) |
| |
|
| [»] chr3 (3 HSPs) |
| |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 12931052 - 12930658
Alignment:
| Q |
32 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnn |
131 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12931052 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataa |
12930953 |
T |
|
| Q |
132 |
nnn--tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatatta |
229 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930952 |
aaaaatgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatatta |
12930853 |
T |
|
| Q |
230 |
caatattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacct |
329 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
12930852 |
caatattctctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacct |
12930757 |
T |
|
| Q |
330 |
agaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12930756 |
agaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
12930658 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 44 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 12935786 - 12935404
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnn--tgaacac |
141 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
12935786 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaacac |
12935687 |
T |
|
| Q |
142 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935686 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
12935587 |
T |
|
| Q |
242 |
cactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttataga |
341 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935586 |
cactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttactctaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
12935491 |
T |
|
| Q |
342 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12935490 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
12935404 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 179 - 249
Target Start/End: Original strand, 26504985 - 26505055
Alignment:
| Q |
179 |
aaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctct |
249 |
Q |
| |
|
|||||||| | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
26504985 |
aaaaccacagtacaaactccaaaaaatattcaactataataaaaaatattacaatattctttcaactctct |
26505055 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 15589060 - 15588948
Alignment:
| Q |
135 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaata |
234 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| || ||||||||||| || |||| |||||| || | ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||| |||||||||| | |
|
|
| T |
15589060 |
tgaacatcaatatttattttgaaaaaccctctattaatgagagaaaaatcaagtgacaaactctaaaaaatatttcactttatcaaacaatattacaaca |
15588961 |
T |
|
| Q |
235 |
ttctctccactct |
247 |
Q |
| |
|
|| |||||||||| |
|
|
| T |
15588960 |
ttttctccactct |
15588948 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 52 - 97
Target Start/End: Original strand, 26504850 - 26504895
Alignment:
| Q |
52 |
tcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa |
97 |
Q |
| |
|
|||||||| |||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
26504850 |
tcgacgagtttaatggaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaa |
26504895 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 14174314 - 14173919
Alignment:
| Q |
32 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnn |
131 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174314 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagtgataa |
14174215 |
T |
|
| Q |
132 |
nnn---tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatatt |
228 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174214 |
aaaaaatgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatatt |
14174115 |
T |
|
| Q |
229 |
acaatattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacc |
328 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
14174114 |
acaatattctctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacc |
14174019 |
T |
|
| Q |
329 |
tagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14174018 |
tagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
14173919 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 32 - 428
Target Start/End: Original strand, 28611556 - 28611951
Alignment:
| Q |
32 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnn |
131 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611556 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataa |
28611655 |
T |
|
| Q |
132 |
nnn---tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatatt |
228 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611656 |
aaaaaatgaacaccaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatatt |
28611755 |
T |
|
| Q |
229 |
acaatattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacc |
328 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
28611756 |
acaatattctctccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacc |
28611851 |
T |
|
| Q |
329 |
tagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28611852 |
tagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
28611951 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 43 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 14179057 - 14178673
Alignment:
| Q |
43 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnn---tgaac |
139 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14179057 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcaataaaaaaaatgaac |
14178958 |
T |
|
| Q |
140 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178957 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
14178858 |
T |
|
| Q |
240 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
339 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178857 |
tccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
14178762 |
T |
|
| Q |
340 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14178761 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
14178673 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 43 - 428
Target Start/End: Original strand, 28606805 - 28607189
Alignment:
| Q |
43 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnn---tgaac |
139 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| |
|
|
| T |
28606805 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaattaac |
28606904 |
T |
|
| Q |
140 |
accaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
239 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28606905 |
accaatatttaacgtgaaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctc |
28607004 |
T |
|
| Q |
240 |
tccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttata |
339 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607005 |
tccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttata |
28607100 |
T |
|
| Q |
340 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28607101 |
gagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
28607189 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 44 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 44161949 - 44161571
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnn---tgaaca |
140 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
44161949 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
44161850 |
T |
|
| Q |
141 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
240 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
44161849 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaat--tctct |
44161752 |
T |
|
| Q |
241 |
ccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatag |
340 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
44161751 |
ccactctcttacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtaagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatag |
44161656 |
T |
|
| Q |
341 |
agatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacaca |
425 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
44161655 |
agatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctattattcctctcacacacctctacacaca |
44161571 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 44 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 11104829 - 11104456
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnntgaacacca |
143 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |
|
|
| T |
11104829 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagctgtagcgataaaaatgaacacca |
11104730 |
T |
|
| Q |
144 |
atatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
243 |
Q |
| |
|
||||||||| | ||||| ||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104729 |
atatttaacatagaaaatcctctaatatcgagggtaaa-ccacgggacaaactccgaaaaatattccaccatatctaagaatattacaatattctctcca |
11104631 |
T |
|
| Q |
244 |
ctctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagaga |
343 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104630 |
ctctcttacacacaa-----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcaaatgctattattttataacacctagaagttatagaga |
11104536 |
T |
|
| Q |
344 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacaca |
423 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
11104535 |
tgatatccacccggtgtatttttcctacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacaca |
11104456 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 141; E-Value: 9e-74
Query Start/End: Original strand, 43 - 348
Target Start/End: Original strand, 48826701 - 48827000
Alignment:
| Q |
43 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnnt-gaacac |
141 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
48826701 |
ttgttgggatcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaattcaa--gagattggatcttgcagcgcagcggtagcgatagaaaaagaacac |
48826798 |
T |
|
| Q |
142 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
241 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826799 |
caatatttaacgtggaaaatcctctaataccgagggaaaaatcacgggacaa-ctccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctt |
48826897 |
T |
|
| Q |
242 |
cactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttataga |
341 |
Q |
| |
|
| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48826898 |
cgctctct----tacacacacaagagatacaatatagtgtttcccgtgagattcactcctatttgaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
48826993 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 71 - 241
Target Start/End: Original strand, 48708086 - 48708256
Alignment:
| Q |
71 |
tgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnntgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaata |
170 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| || ||||| ||| || | || ||||||||||||| || ||||| || ||||| |
|
|
| T |
48708086 |
tgtaaattaaaattccaaaatataaaagaaattgaatcttacaacgcagtggtggcgataaaattaaataccaatatttaacatgaaaaactctataata |
48708185 |
T |
|
| Q |
171 |
ctgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
241 |
Q |
| |
|
|| || ||||||||||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48708186 |
ctaagagaaaaaccacgtgacaaactccaaaaaatatttcattatattaaaaaatattacaatattctctc |
48708256 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 156 - 249
Target Start/End: Original strand, 24726288 - 24726381
Alignment:
| Q |
156 |
gaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctct |
249 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | ||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
24726288 |
gaaaaccatctaatatcaagggaaaagccacgagacaaactctgaaaaatattccattatattaaagaacataataatattctctccattctct |
24726381 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 44 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 34907503 - 34907121
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnn--tgaacac |
141 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
34907503 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaatgaacac |
34907404 |
T |
|
| Q |
142 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907403 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
34907304 |
T |
|
| Q |
242 |
cactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttataga |
341 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907303 |
cactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttttattctaatgctattattttatagcacctagaagttataga |
34907208 |
T |
|
| Q |
342 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34907207 |
gatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
34907121 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 44 - 428
Target Start/End: Original strand, 37040426 - 37040809
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnn---tgaaca |
140 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
37040426 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagactggatcttgcagcgcagcggtagcgataaaaaaaatgaaca |
37040525 |
T |
|
| Q |
141 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctct |
240 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
37040526 |
ccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattttct |
37040625 |
T |
|
| Q |
241 |
ccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatag |
340 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040626 |
ccactctctcacacacaca----agagatacaatatagtgttttccgtgagacctacttctattctaatgctattattttatagcacctagaagttatag |
37040721 |
T |
|
| Q |
341 |
agatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
37040722 |
agatgatacccacccgatgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcctctcacacacttctacacacacag |
37040809 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 7e-99
Query Start/End: Original strand, 32 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 15290606 - 15290223
Alignment:
| Q |
32 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaa-gagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnn |
130 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15290606 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaattgtaaattaaaatttcaaaatccaaaaagagattggatcttgcagcgcagccttagcgata |
15290507 |
T |
|
| Q |
131 |
nnnn---tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatat |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
15290506 |
aaaaaaatgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaataccgaggtataaaccacgggacaaactccaaaagattttccactatatttaagaatat |
15290407 |
T |
|
| Q |
228 |
tacaatattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcac |
327 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| |||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
15290406 |
tacaatattctctccactctct----tacacacacaagagatacaatatagtgttt-ccgtgagacccactcctattcgaatgctat--tatttcagcac |
15290314 |
T |
|
| Q |
328 |
ctagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacaca |
425 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15290313 |
ctagaagttatagagatgatacccacccggtgtattttt-ccacactttctggatttagtcaacactcta------ttctcacacacttctacacaca |
15290223 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 12099361 - 12098988
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnntgaacacca |
143 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| |||| | || |
|
|
| T |
12099361 |
tgttgggctcgacgagtttaacgcgagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagatatgatcttgcagctcaccgatagcgataaaaatgaaaagca |
12099262 |
T |
|
| Q |
144 |
atatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
243 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12099261 |
atattttacgtgaaaaaccctctaatgacgaaggaaaaaccaagggacaaactccgaaaaaatttcaactatattaaagaatattacaatattctctcca |
12099162 |
T |
|
| Q |
244 |
ctctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagaga |
343 |
Q |
| |
|
|||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||| |||| |||||| ||||| |||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
12099161 |
ctctct----tacacgcacaagagacacaatattgtgtttctagtgagactcactcctattcaaatgatattattttataacacctaaaagttatagaga |
12099066 |
T |
|
| Q |
344 |
tgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacaca |
425 |
Q |
| |
|
|||||| ||| | | |||||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
12099065 |
tgatactcactcaatctatttt--cgaga--ctctgaatttactcaacactctatttttcctttcacatacttctacacaca |
12098988 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 192 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 12082227 - 12082002
Alignment:
| Q |
192 |
aaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctccactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgag |
291 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12082227 |
aaactccaaaaaatattccactatattaa-gaatattacaatattttctccactctcttacacggaaa----agagatacaatatagtgtttctaatgag |
12082133 |
T |
|
| Q |
292 |
acctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaac |
391 |
Q |
| |
|
|| || |||||| |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||| | | ||||||||||| |||| |
|
|
| T |
12082132 |
actcgctcctattcaaatgttattattttatagcgcctagaagttatagagataatacctacccgatatatttttccc-ctttttctggatttacccaac |
12082034 |
T |
|
| Q |
392 |
actctatttttcttctcacacacttctacaca |
423 |
Q |
| |
|
|||||| |||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
12082033 |
actctaattttctgatcacacacttctacaca |
12082002 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 44 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 12084751 - 12084669
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
126 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||| |
|
|
| T |
12084751 |
tgttgggctcaacgagcttaacacgagggtaaattaaaatttcaaaatccaatagacattggatcttgtagcgcaacggtagc |
12084669 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 137 - 249
Target Start/End: Original strand, 2757307 - 2757418
Alignment:
| Q |
137 |
aacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatatt |
236 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||| |||| |||| || | |||||||||| | |||||| | ||||| |||||||||||||| || |||||| || |||| |
|
|
| T |
2757307 |
aacaccaatatttaatatgaaaacccctttaatgcttaaggaaaaaccatgagacaaattttgaaaa-tattccactatatttaaaaatattgcactatt |
2757405 |
T |
|
| Q |
237 |
ctctccactctct |
249 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |
|
|
| T |
2757406 |
ctctccactctct |
2757418 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 40 - 104
Target Start/End: Original strand, 2757209 - 2757273
Alignment:
| Q |
40 |
cacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattg |
104 |
Q |
| |
|
||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |
|
|
| T |
2757209 |
cacttgttgtgttcaacgagcttattacaagtgtaaattaaaattccaaaattcaaaagaaattg |
2757273 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 239; Significance: 1e-132; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 43 - 428
Target Start/End: Original strand, 42910992 - 42911372
Alignment:
| Q |
43 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnntgaacacc |
142 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | |||||||| |
|
|
| T |
42910992 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtggaaattaaaattttaaaatccaaaagagattagatcttgcagcgcagcggcaacgataaaaatgaacacc |
42911091 |
T |
|
| Q |
143 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcc |
242 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911092 |
aatatttaacatggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaa-tattccactatatttaagaatattacaatattctctcc |
42911190 |
T |
|
| Q |
243 |
actctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagag |
342 |
Q |
| |
|
||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
42911191 |
actctctcacacacaca----aaagatacaatatagtgtttcccttgagacctacttctattctaatgctattattttatagcaccaagaagttatagag |
42911286 |
T |
|
| Q |
343 |
atgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42911287 |
atgatacccacccagtgtattttttccacactctctggatttactcaacactctattttttctctcacacacttctacacacacag |
42911372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 44 - 421
Target Start/End: Original strand, 29106878 - 29107249
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnntgaacacca |
143 |
Q |
| |
|
||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
29106878 |
tgttgggatcgaggagcttaatgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaaagattggatcttgcagcgcagcggtagcgttaaaaatgaacacca |
29106977 |
T |
|
| Q |
144 |
atatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
243 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29106978 |
atatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctcca |
29107077 |
T |
|
| Q |
244 |
ctctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagaga |
343 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
29107078 |
ctctct----tacacacacaagagatacaa-atagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattattttttagcacctagaagttataaaga |
29107172 |
T |
|
| Q |
344 |
tgata-cccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctaca |
421 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
29107173 |
tgataccccacccaatgtatttttcccacactctctggatttactcaaca--ctattttttctctcacacacttctaca |
29107249 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 124
Target Start/End: Original strand, 38994687 - 38994779
Alignment:
| Q |
32 |
tctgataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggta |
124 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
38994687 |
tctgataccacttgttgggcttgacgatcttaatgctagtgtaaattaaaattccaaaacccaaacaaaattggatcttgcagtgcagcggta |
38994779 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 136 - 226
Target Start/End: Original strand, 38997230 - 38997320
Alignment:
| Q |
136 |
gaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
226 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
38997230 |
gaacagcaatattttacgtcgaaaaccctctaatatcgaacgaaaaactacgggacaaactccaaaaaataatccattatattaaagaata |
38997320 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 99
Target Start/End: Original strand, 38997130 - 38997193
Alignment:
| Q |
36 |
ataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaaga |
99 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||| |||| | |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
38997130 |
atactacttgttgggttcgaagggcttaatgcgggtgtaaattaaaattccagaatccaaaaga |
38997193 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 43 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 8539549 - 8539165
Alignment:
| Q |
43 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnn-tgaacac |
141 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |
|
|
| T |
8539549 |
ttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaattctaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtaacaataaaaaatgaacat |
8539450 |
T |
|
| Q |
142 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaatattacaatattctctc |
241 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
8539449 |
caatatttaacgtggaaaaccctctaataccgagggaaaaatcacgggacaaactccgaaagatattccactatatttaagaatattacaatattatctc |
8539350 |
T |
|
| Q |
242 |
cactctctnnnnnnnnnnnnnnagagatacaatat---agtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttat |
338 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||| ||| |||||||| ||||||| |
|
|
| T |
8539349 |
cactctcttacacacaca----agagatacaatattatagtgtttcc-gtgagacccactcctattcgattgctattattttacagcacctaaaagttat |
8539255 |
T |
|
| Q |
339 |
agagatgatacccacccggtgtatttttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
8539254 |
agagatgatacccatccgatgtatttttcccacactctctgaatttactgaacactatatttttcctctcacacacttctacacacacag |
8539165 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 116; Significance: 7e-59; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 265 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 51302306 - 51302143
Alignment:
| Q |
265 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacctacttctattctaatgctattatattatagcacctagaagttatagagatgatacccacccggtgtattt |
364 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302306 |
gagatacaatatagtgtttcccgtgagacccactcctattcgaatgcaattgttttatagcacctagaagttatagagatgattcccacccggtgtattt |
51302207 |
T |
|
| Q |
365 |
ttcccacactctctggatttactcaacactctatttttcttctcacacacttctacacacacag |
428 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302206 |
tatccacactctctggatttactcaatactctatttttcctcacacacacttctacacacacag |
51302143 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 35 - 126
Target Start/End: Complemental strand, 51303028 - 51302937
Alignment:
| Q |
35 |
gataccacttgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
126 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51303028 |
gataccacttgttgggatcgacgagcttaatgcaagtgtaaattaaaatttcaaaatccaaaacagattggatcttgcagcgcagcggtagc |
51302937 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 135 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 51302344 - 51302308
Alignment:
| Q |
135 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatac |
171 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
51302344 |
tgaacaccaatatttaacgtggaaaaccctctaatac |
51302308 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 44 - 226
Target Start/End: Original strand, 2100199 - 2100379
Alignment:
| Q |
44 |
tgttgggctcgacgagcttaacgcaagtgtaaattaaaattccaaaatccaaaagagattgga-tcttgcagcgcagcggtagcnnnnnnnntgaacacc |
142 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || | ||||||| || || || |||||| | |
|
|
| T |
2100199 |
tgttgggctcgacgagcttaacacaagtgtaaattaaaattccaaaattcataagagatttgaattttgcagcacaacgataatgataaaattgaacatc |
2100298 |
T |
|
| Q |
143 |
aatatttaacgtggaaaaccctctaatactgagggaaaaaccacgggacaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
226 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2100299 |
aatatttaaggtggaaaaccctttaataatgagcgaaaaac---ggggcaaactccgaaaaatattccactatattaaagaata |
2100379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 219 - 249
Target Start/End: Original strand, 2100723 - 2100753
Alignment:
| Q |
219 |
aaagaatattacaatattctctccactctct |
249 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2100723 |
aaagaatattacaatattctctccactctct |
2100753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University